Systematic coarse-graining of a multicomponent lipid bilayer

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 5, 2009, Pages 1501-1510

  Lu, Lanyuan ^a   Voth, Gregory A ^a  

^a UNIVERSITY OF UTAH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINARY MIXTURES; COMPUTATIONAL EFFICIENCY; LIPID BILAYERS;

B-SPLINE BASIS FUNCTIONS; BI LAYERS; COARSE-GRAINED; COARSE-GRAINED MODELS; COARSE-GRAINING; CUBIC SPLINES; DIOLEOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE; FORCE FIELDS; FREE ENERGY LANDSCAPES; LATERAL DIFFUSIONS; LATERAL DISTRIBUTIONS; LIPID COMPOSITIONS; LIPID PHASE BEHAVIORS; MANY-BODY POTENTIALS; MEMORY REQUIREMENTS; MULTI COMPONENTS; MULTI-SCALE; NON-UNIFORM DISTRIBUTIONS; SMALL CLUSTERS; SOLVENT-FREE;

SPLINES;

EID: 61949390790     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp809604k     Document Type: Article

References (56)

1. Engelman, D. M. Nature 2005, 438, 578.
2. Maxfield, F. R.; Tabas, I. Nature 2005, 438, 612.
3. Dupuy, A. D.; Engelman, D. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 2848.
4. Lingwood, D.; Ries, J.; Schwille, P.; Simons, K Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 10005.
5. Brown, D. A.; London, E. J. Biol. Chem. 2000, 275, 17221.
6. Binder, W. H.; Barragan, V.; Menger, F. M. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 5802.
7. Marsh, D. Biochim. Biophys. Acta Biomembr. 1996, 1286, 183.
8. Haque, M. E.; McIntosh, T. J.; Lentz, B. R. Biochemistry 2001, 40, 4340.
9. Yang, L.; Ding, L.; Huang, H. W. Biochemistry 2003, 42, 6631.
10. Kasson, P. M.; Pande, V. S. PLoS Comput. Biol. 2007, 3, 2228.
11. Scarlata, S.; Gruner, S. M. Biophys. Chem. 1997, 67, 269.
12. Hunter, G. W.; Negash, S.; Squier, T. C. Biochemistry 1999, 38, 1356.
13. Lewis, J. R.; Cafiso, D. S. Biochemistry 1999, 38, 5932.
14. Botelho, A. V.; Gibson, N. J.; Thurmond, R. L.; Wang, Y.; Brown, M. F. Biochemistry 2002, 41, 6354.
15. Alves, I. D.; Salgado, G. F. J.; Salamon, Z.; Brown, M. F.; Tollin, G.; Hruby, V. J. Biophys. J. 2005, 88, 198.
16. Mclntosh, T. J. Chem. Phys. Lipids 1996, 81, 117.
17. Cheng, K. H.; Ruonala, M.; Virtanen, J.; Somerharju, P Biophys. J. 1997, 73, 1967.
18. Ahn, T.; Yun, C. H. Arch. Biochem. Biophys. 1999, 369, 288.
19. de Vries, A. H.; Mark, A. E.; Marrink, S. J. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 2454.
20. Joannis, J.; Jiang, Y.; Yin, F. C.; Kindt, J. T. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 25875.
21. Illya, G.; Lipowsky, R.; Shillcock, J. C. J. Chem. Phys. 2006, 125.
22. Laradji, M.; Kumar, P. B. S. J. Chem, Phys. 2005, 123.
23. Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812.
24. Bennun, S. V.; Longo, M; Faller, R. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 9504.
25. Faller, R.; Marrink, S. J. Langmuir 2004, 20, 7686.
26. Risselada, H. J.; Marrink, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 17367.
27. Shelley, J. C.; Shelley, M. Y.; Reeder, R. C.; Bandyopadhyay, S.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 4464.
28. Meyer, H.; Biermann, O.; Faller, R.; Reith, D.; Muller-Plathe, F. J. Chem. Phys. 2000, 113, 6264.
29. Murtola, T.; Falck, E.; Patra, M.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. J. Chem. Phys. 2004, 121, 9156.
30. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 2469.
31. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2005, 123.
32. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 637.
33. Noid, W. G.; Chu, J.-W.; Ayton, G. S.; Krishna, V.; Izvekov, S.; Voth, G. A.; Das, A.; Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 2008, 128, 244114.
34. Noid, W. G.; Liu, P.; Wang, Y.; Chu, J.-W.; Ayton, G. S.; Izvekov, S.; Andersen, H. C; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2008, 128, 244115.
35. Press, W. H.; Teukolsky, S. A.; Vettering, W. T.; Flannery, B. P. Numerical Recipes in C. The Art of Scientific Computing, Second ed.; Cambridge University Press: Cambridge, UK, 1997.
36. Lawson, C. L.; Hanson, R. J. Solving Least Squares Problems; Prentice-Hall: Englewood Cliffs, NJ, 1974.
37. de Boor, C. A Practical Guide to Splines, Revised ed.; Springer: New York, 2001.
38. Wang, Y. T.; Izvekov, S.; Yan, T. Y.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3564.
39. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B (submitted).
40. Berger, O.; Edholm, O.; Jahnig, F Biophys. J. 1997, 72, 2002.
41. Berendsen, H. I. C.; Postma, J. P. M.; Van Gunsteren, W. F.; Hermans, J.; In Intermoleular Forces; Pullman, B., Ed.; D. Reidel Publishing Company: Dordrecht, 1981.
42. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577.
43. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463.
44. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952.
45. Nose, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511.
46. Nose, S.; Klein, M. L. Mol. Phys. 1983, 50, 1055.
47. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Appl. Phys. 1981, 52, 7182.
48. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306.
49. Somerharju, P.; Virtanen, J. A.; Cheng, K. H. BBA-Mol. Cell. Biol. Lipids 1999, 1440, 32.
50. Noid, W. G.; Chu, J. W.; Ayton, G. S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 4116.
51. Silvius, J. R. Biochim. Biophys. Acta Biomembr. 2003, 1610, 174.
52. Elliott, R.; Katsov, K.; Schick, M.; Szleifer, I. J. Chem. Phys. 2005, 122.
53. Nielsen, S. O.; Lopez, C. F.; Srinivas, G.; Klein, M. L. J. Phys. Condes. Matter 2004, 16, R481.
54. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2006, 125.
55. Sevick, E. M.; Monson, P. A.; Ottino, J. M. J. Chem. Phys. 1988, 88, 1198.
56. Liu, P.; Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11566.