A molecular dynamics investigation of the influence of hydration and temperature on structural and dynamical properties of a dimyristoylphosphatidylcholine bilayer

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 29, 2006, Pages 14326-14336

  Högberg, Carl Johan ^a   Lyubartsev, Alexander P ^a  

^a STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CARRIER CONCENTRATION; CHEMICAL BONDS; COMPUTER SIMULATION; DIFFUSION; HYDRATION; MOLECULAR DYNAMICS; WATER;

AUTOCORRELATION FUNCTIONS; DIMYRISTOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE BILAYER; LIPID MEMBRANES; ORDER PARAMETERS; STRUCTURAL PROPERTIES; WATER CONTENT;

LIPIDS;

EID: 33746897341     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0614796     Document Type: Article

References (63)

1. Pastor, R. W. Curr. Opin. Struct. Biol. 1994, 4, 486-492.
2. Marrink, S. J.; Berendsen H. J. C. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4155-4168.
3. Huang, P.; Perez, J. J.; Loew, G. H. J. Biomol. Struct. Dyn. 1994, 11, 927-956.
4. Tieleman, D. P.; Berendsen H. J. C. J. Chem. Phys. 1996, 105, 4871-4880.
5. Tieleman, D. P.; Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. C. Biochim. Biophys. Acta 1997, 1331, 235-270.
6. Berger, O.; Edholm, O.; Jahnig, F. Biophys. J. 1997, 72, 2002-2013.
7. Zubrzycki, I. Z.; Xu, Y.; Madrid, M.; Tang, P J. Chem. Phys. 2000, 112, 3437-3441.
8. Scott, H. L. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 495-502.
9. Feller, S. E.; MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7510-7515.
10. Chandrasekhar, I.; Kastenholz, M.; Lins, R. D.; Oostenbrink, C.; Schuler, L. D.; Tieleman, D. P.; van Gunsteren, W. F. Eur. Biophys. J. 2003, 32, 67-77.
11. Lindahl, E.; Edholm, O Biophys. J. 2000, 79, 426-433.
12. Marrink, S. J.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6122-6127.
13. Pandit, S. A.; Bostick, D.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 2003, 85, 3120-3131.
14. Wohlert, J.; Edholm, O. Biophys. J. 2004, 87, 2433-2445.
15. Falck, E.; Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvonen, M. T.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2004, 87, 1076-1091.
16. Lopes, F. L.; Nielsen, S. O.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6603-6610.
17. Ulrich, A. S.; Watts, A. Biophys. J. 1994, 66, 1441-1449.
18. Hristova, K.; White, S. H. Biophys. J. 1998, 74, 2419-2433.
19. Binder, H.; Gawrisch, K. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 12378-1239.
20. Killian, J. A. Biochim Biophys. Acta 1998, 1376, 401-416.
21. Ueda, I.; Yoshida, T Chem. Phys. Lipids 1999, 101, 65-79.
22. Feller, S. E.; Yin, D.; Pastor, R. W.; MacKerell, A. D. Biophys. J. 1997, 73, 2269-2279.
23. Armen, R. S.; Uitto, O. D.; Feller, S. E. Biophys. J. 1998, 75, 734-744.
24. Mashl, R. J.; Scott, H. L.,; Subramaniam S.; Jakobsson, E. Biophys. J. 2001, 81, 3005-3015.
25. Janiak, M. J.; Small, D. M.; Shipley, G. S. J. Biol. Chem. 1979, 254, 6068-6078.
26. Carlson, J. M.; Sethna, J. P. Phys. Rev. A 1987, 36, 3359-3374.
27. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Harmans, J. In Intermolecular Forces; Pullman, B., Ed.; Reidel: Dordrecht, The Netherlands, 1981; pp 331-342.
28. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel. D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317.
29. Hess, B.; Bekker, H.; Berendssen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472.
30. Anezo, C.; de Vries, A. H.; Holtje, H. D.; Tieleman, D. P.; Marrink, S. J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9424-9433.
31. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1986, 34, 2499-2500.
32. Parinello, M.; Rahman, A. Phys. Rev. Lett. 1980, 45, 1196-1199.
33. Darden, T. A.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
34. De Vries, A. H.; Chandrasekhar I.; van Gunsteren, W. F.; Hunenberger, P. H. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11643-11652.
35. Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvönen, M. T.; Falck., E., Lindqvist, P.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2003, 84, 3636-3645.
36. Patra, M.; Karttunen, M., Hyvönen, M. T.; Falck, E.; Vattulainen, I. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 4485-4494.
37. Petrache, H.; Dodd, S.; Brown, M. Biophys. J. 2000, 79, 3172-3192.
38. Costigan, S. C.; Booth, P. J.; Templer, R. H. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1468, 41-54.
39. Nagle, J. F.; Tristam-Nagle, S. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1469, 159-195.
40. Kucerka, N.; Liu, Y.; Chu, N.; Petrache, H. I.; Tristam-Nagle, S.; Nagle, J. F Biophys. J. 2005, 88, 2626-2637.
41. Parsegian, V. A.; Fuller, N.; Rand, R. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1979, 76, 2750-2754.
42. de Vries, A. H.; Yefimov, S.; Mark, A. E.; Marrink, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 5392-5396.
43. Benz, R. W.; Castro-Roman, F.; Tobias, D. J.; White, S. H. Biophys. J. 2005, 88, 805-817.
44. Petrache, H. I.; Tristam-Nagle, S.; Nagle, J. F. Chem. Phys. Lipids 1998, 95, 83-94.
45. Bechinger, B.; Seelig, J. Chem. Phys. Lipids 1993, 58, 1-5.
46. Aman, K.; Lindahl, E.; Edholm, O.; Håkansson, P.; Westlund, P.-O. Biophys. J. 2003, 84, 102-115.
47. Macdonald, P. M.; Leisen, J.; Marassi, F. M., Biochemistry 1991, 30, 3558-3566.
48. Raghavan, K.; Reddy, M. R.; Berkowitz, M. L. Langmuir 1992, 8, 233-240.
49. Aussenac, F.; Laguerre, M.; Schmitter, J.-M.; Dufourc, E. Langmuir 2003, 19, 10468-10479.
50. Gross, J. D.; Warschawski, D. E.; Griffin, R. G. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 796-802.
51. Otten, D.; Brown, M. F.; Beyer, K. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 12119-12129.
52. Douliez J.-P.; Leonadr, A.; Dufourc E. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 18450.
53. Dvinskikh, S.; Castro, V.; Sandström, D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3255-3257.
54. Pasenkiewicz-Gierula, M.; Takaoka, Y.; Miyagawa, H.; Kitamura, K.; Kusumi, A. Biophys J. 1999, 76, 1228-1240.
55. Lindahl, E.; Edholm, O. J. Chem. Phys. 2001, 115, 4938-4950.
56. Almeida, P. F. F.; Vaz, W. L. C.; Thompson, T. E. Biochemistry 1992, 31, 6739-6747.
57. Oradd, G.; Lindblom, G.; Westerman, P. W. Biophys. J. 2002, 83, 2702-2704.
58. Kuo, A.-L.; Wade, C. G. Biochemistry 1979, 18, 2300-2308.
59. Cohen, M. H.; Turnbull, D. J. Chem. Phys. 1959, 31, 1164-1169.
60. Falck, E.; Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvönen, M. T.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2004, 87, 1076-1091.
61. Kupiainen, M.; Falck, E.; Ollila, S.; Niemelä, P.; Gurtovenko, A. A.; Hyvönen, M. T.; Patra, M.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. J. Comput. Theor. Nanosci. 2005, 2, 401-413.
62. Volke, F.; Eisenblätter, S.; Galle, J.; Klose, G. Chem. Phys. Lipids 1994, 70, 121-131.
63. Pohle, W.; Gauger, D. R.; Bohl, R.; Mrazkova, E.; Hobza, P. Biopolymers 2004, 74, 27-31.