SCOPUS 정보 검색 플랫폼

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 8, 2006, Pages 3674-3684

Coarse grained protein-lipid model with application to lipoprotein particles

(4) Shih, Amy Y a Arkhipov, Anton a,b Freddolino, Peter L a Schulten, Klaus a,b

a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN (United States)

b University of Illinois at Urbana Champaign (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEINS; WATER;

HELICAL PROTEINS; LIPOPROTEIN PARTICLES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION;

LIPIDS;

EID: 33644893631 PISSN: 15206106 EISSN: None Source Type: Journal
DOI: 10.1021/jp0550816 Document Type: Article

Times cited : (242)

References (58)

1
- 0742321817
- Wang, M.; Briggs, M. R. Chem. Rev. 2004, 104, 119-137.
- (2004) Chem. Rev. , vol.104 , pp. 119-137
- Wang, M.¹ Briggs, M.R.²

2
- 20544470749
- Davidson, W. S.; Silva, R. A. G. D. Curr. Opin. Lipidol. 2005, 16, 295-300.
- (2005) Curr. Opin. Lipidol. , vol.16 , pp. 295-300
- Davidson, W.S.¹ Silva, R.A.G.D.²

3
- 0023002101
- Boguski, M. S.; Freeman, M.; Elshourbagy, N. A.; Taylor, J. M.; Gordon, J. I. J. Lipid Res. 1986, 27, 1011-1034.
- (1986) J. Lipid Res. , vol.27 , pp. 1011-1034
- Boguski, M.S.¹ Freeman, M.² Elshourbagy, N.A.³ Taylor, J.M.⁴ Gordon, J.I.⁵

4
- 0026736891
- Nolte, R. T.; Atkinson, D. Biophys. J. 1992, 63, 1221-1239.
- (1992) Biophys. J. , vol.63 , pp. 1221-1239
- Nolte, R.T.¹ Atkinson, D.²

5
- 0033527736
- Segrest, J. P.; Jones, M. K.; Klon, A. E.; Sheldahl, C. J.; Hellinger, M.; De Loof, H.; Harvey, S. C. J. Biol. Chem. 1999, 274, 31755-31758.
- (1999) J. Biol. Chem. , vol.274 , pp. 31755-31758
- Segrest, J.P.¹ Jones, M.K.² Klon, A.E.³ Sheldahl, C.J.⁴ Hellinger, M.⁵ De Loof, H.⁶ Harvey, S.C.⁷

6
- 0033849918
- Klon, A. E.; Jones, M. K.; Segrest, J. P.; Harvey, S. C. Biophys. J. 2000, 79, 1679-1685.
- (2000) Biophys. J. , vol.79 , pp. 1679-1685
- Klon, A.E.¹ Jones, M.K.² Segrest, J.P.³ Harvey, S.C.⁴

7
- 0036712111
- Klon, A. E.; Segrest, J. P.; Harvey, S. C. Biochemistry 2002, 41, 10895-10905.
- (2002) Biochemistry , vol.41 , pp. 10895-10905
- Klon, A.E.¹ Segrest, J.P.² Harvey, S.C.³

8
- 0036926084
- Klon, A. E.; Segrest, J. P.; Harvey, S. C. J. Mol. Biol. 2002, 324, 703-721.
- (2002) J. Mol. Biol. , vol.324 , pp. 703-721
- Klon, A.E.¹ Segrest, J.P.² Harvey, S.C.³

9
- 0017446960
- Segrest, J. P. Chem. Phys. Lipids 1977, 18, 7-22.
- (1977) Chem. Phys. Lipids , vol.18 , pp. 7-22
- Segrest, J.P.¹

10
- 0024523877
- Jonas, A.; Kézdy, K. E.; Wald, J. H. J. Biol Chem. 1989, 264, 4818-4824.
- (1989) J. Biol Chem. , vol.264 , pp. 4818-4824
- Jonas, A.¹ Kézdy, K.E.² Wald, J.H.³

11
- 0030786781
- Phillips, J. C.; Wriggers, W.; Li, Z.; Jonas, A.; Schulten, K. Biophys. J. 1997, 73, 2337-2346.
- (1997) Biophys. J. , vol.73 , pp. 2337-2346
- Phillips, J.C.¹ Wriggers, W.² Li, Z.³ Jonas, A.⁴ Schulten, K.⁵

12
- 0029024415
- Brouillette, C. G.; Anantharamaiah, G. M. Biochim. Biophys. Acta 1995, 1256, 103-129.
- (1995) Biochim. Biophys. Acta , vol.1256 , pp. 103-129
- Brouillette, C.G.¹ Anantharamaiah, G.M.²

13
- 0032548464
- Rogers, D. P.; Roberts, L. M.; Lebowitz, J.; Engler, J. A.; Brouillette, C. G. Biochemistry 1998, 37, 945-955.
- (1998) Biochemistry , vol.37 , pp. 945-955
- Rogers, D.P.¹ Roberts, L.M.² Lebowitz, J.³ Engler, J.A.⁴ Brouillette, C.G.⁵

14
- 0025221262
- Wald, J. H.; Coormaghtigh, E.; De Meutter, J.; Ruysschaert, J. M.; Jonas, A. J. Biol. Chem. 1990, 265, 20044-20050.
- (1990) J. Biol. Chem. , vol.265 , pp. 20044-20050
- Wald, J.H.¹ Coormaghtigh, E.² De Meutter, J.³ Ruysschaert, J.M.⁴ Jonas, A.⁵

15
- 0033591430
- Koppaka, V.; Silvestro, L.; Engler, J. A.; Brouillette, C. G.; Axelsen, P. H. J. Biol. Chem. 1999, 274, 14541-14544.
- (1999) J. Biol. Chem. , vol.274 , pp. 14541-14544
- Koppaka, V.¹ Silvestro, L.² Engler, J.A.³ Brouillette, C.G.⁴ Axelsen, P.H.⁵

16
- 0035900724
- Panagotopulos, S. E.; Horace, E. M.; Maiorano, J. N.; Davidson, W. S. J. Biol. Chem. 2001, 276, 42965-42970.
- (2001) J. Biol. Chem. , vol.276 , pp. 42965-42970
- Panagotopulos, S.E.¹ Horace, E.M.² Maiorano, J.N.³ Davidson, W.S.⁴

17
- 0030732162
- Borhani, D. W.; Rogers, D. P.; Engler, J. A.; Brouillette, C. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 12291-12296.
- (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.94 , pp. 12291-12296
- Borhani, D.W.¹ Rogers, D.P.² Engler, J.A.³ Brouillette, C.G.⁴

18
- 20544444749
- Silva, R. A. G. D.; Hilliard, G. M.; Li, L.; Segrest, J. P.; Davidson, W. S. Biochemistry 2005, 44, 8600-8607.
- (2005) Biochemistry , vol.44 , pp. 8600-8607
- Silva, R.A.G.D.¹ Hilliard, G.M.² Li, L.³ Segrest, J.P.⁴ Davidson, W.S.⁵

19
- 5444259691
- Wang, L.; Miller, A.; Rusch, S. L.; Kendall, D. A. Biochemistry 2004, 43, 13185-13192.
- (2004) Biochemistry , vol.43 , pp. 13185-13192
- Wang, L.¹ Miller, A.² Rusch, S.L.³ Kendall, D.A.⁴

20
- 0037076392
- Bayburt, T. H.; Sligar, S. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 6725-6730.
- (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.99 , pp. 6725-6730
- Bayburt, T.H.¹ Sligar, S.G.²

21
- 0142179052
- Bayburt, T. H.; Sligar, S. G. Protein Sci. 2003, 12, 2476-2481.
- (2003) Protein Sci. , vol.12 , pp. 2476-2481
- Bayburt, T.H.¹ Sligar, S.G.²

22
- 0042691480
- Civjan, N. R.; Bayburt, T. H.; Schuler, M. A.; Sligar, S. G. BioTechniques 2003, 35, 556-560, 562-563.
- (2003) BioTechniques , vol.35 , pp. 556-560
- Civjan, N.R.¹ Bayburt, T.H.² Schuler, M.A.³ Sligar, S.G.⁴

23
- 1642463798
- Duan, H.; Civjan, N. R.; Sligar, S. G.; Schuler, M. A. Arch. Biochem. Biophys. 2004, 424, 141-153.
- (2004) Arch. Biochem. Biophys. , vol.424 , pp. 141-153
- Duan, H.¹ Civjan, N.R.² Sligar, S.G.³ Schuler, M.A.⁴

24
- 4444297536
- Baas, B. J.; Denisov, I. G.; Sligar, S. G. Arch. Biochem. Biophys. 2004, 430, 218-228.
- (2004) Arch. Biochem. Biophys. , vol.430 , pp. 218-228
- Baas, B.J.¹ Denisov, I.G.² Sligar, S.G.³

25
- 1642382983
- Denisov, I. G.; Grinkova, Y. V.; Lazarides, A. A.; Sligar, S. G. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 3477-3487.
- (2004) J. Am. Chem. Soc. , vol.126 , pp. 3477-3487
- Denisov, I.G.¹ Grinkova, Y.V.² Lazarides, A.A.³ Sligar, S.G.⁴

26
- 24344483500
- Denisov, I. G.; McLean, M. A.; Shaw, A. W.; Grinkova, Y. V.; Sligar, S. G. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 15580-15588.
- (2005) J. Phys. Chem. B , vol.109 , pp. 15580-15588
- Denisov, I.G.¹ McLean, M.A.² Shaw, A.W.³ Grinkova, Y.V.⁴ Sligar, S.G.⁵

27
- 11244346546
- Shih, A. Y.; Denisov, I. G.; Phillips, J. C.; Sligar, S. G.; Schulten, K. Biophys. J. 2005, 88, 548-556.
- (2005) Biophys. J. , vol.88 , pp. 548-556
- Shih, A.Y.¹ Denisov, I.G.² Phillips, J.C.³ Sligar, S.G.⁴ Schulten, K.⁵

28
- 0043007514
- Bayburt, T. H.; Grinkova, Y. V.; Sligar, S. G. Nano Lett. 2002, 2, 853-6.
- (2002) Nano Lett. , vol.2 , pp. 853-856
- Bayburt, T.H.¹ Grinkova, Y.V.² Sligar, S.G.³

29
- 0035846402
- Shelley, J. C.; Shelley, M. Y.; Reeder, R. C.; Bandyopadhyay, S.; Moore, P. B.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9785-9792.
- (2001) J. Phys. Chem. B , vol.105 , pp. 9785-9792
- Shelley, J.C.¹ Shelley, M.Y.² Reeder, R.C.³ Bandyopadhyay, S.⁴ Moore, P.B.⁵ Klein, M.L.⁶

30
- 1642485164
- Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750-760.
- (2004) J. Phys. Chem. B , vol.108 , pp. 750-760
- Marrink, S.J.¹ De Vries, A.H.² Mark, A.E.³

31
- 11044233935
- Stevens, M. J. J. Chem. Phys. 2004, 121, 11942-11948.
- (2004) J. Chem. Phys. , vol.121 , pp. 11942-11948
- Stevens, M.J.¹

32
- 0035902367
- Shelley, J. C.; Shelley, M. Y.; Reeder, R. C.; Bandyopadhyay, S.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 4464-4470.
- (2001) J. Phys. Chem. B , vol.105 , pp. 4464-4470
- Shelley, J.C.¹ Shelley, M.Y.² Reeder, R.C.³ Bandyopadhyay, S.⁴ Klein, M.L.⁵

33
- 2342473866
- Nielsen, S. O.; Lopez, C. F.; Srinivas, G.; Klein, M. L. J. Phys.: Condens. Matter 2004, 16 (R481-R512).
- (2004) J. Phys.: Condens. Matter , vol.16
- Nielsen, S.O.¹ Lopez, C.F.² Srinivas, G.³ Klein, M.L.⁴

34
- 22244472946
- Nielsen, S. O.; Ensing, B.; Ortiz, V.; Moore, P. B.; Klein, M. L. Biophys. J. 2005, 88, 3822-3828.
- (2005) Biophys. J. , vol.88 , pp. 3822-3828
- Nielsen, S.O.¹ Ensing, B.² Ortiz, V.³ Moore, P.B.⁴ Klein, M.L.⁵

35
- 17844379740
- Lopez, C. F.; Nielsen, S. O.; Ensing, B.; Moore, P. B.; Klein, M. L. Biophys. J. 2005, 88, 3083-3094.
- (2005) Biophys. J. , vol.88 , pp. 3083-3094
- Lopez, C.F.¹ Nielsen, S.O.² Ensing, B.³ Moore, P.B.⁴ Klein, M.L.⁵

36
- 21244467594
- Pickholz, M.; Saiz, L.; Klein, M. L. Biophys. J. 2005, 88, 1524-1534.
- (2005) Biophys. J. , vol.88 , pp. 1524-1534
- Pickholz, M.¹ Saiz, L.² Klein, M.L.³

37
- 4444293963
- Faller, R.; Marrink, S. J. Langmuir 2004, 20, 7686-7693.
- (2004) Langmuir , vol.20 , pp. 7686-7693
- Faller, R.¹ Marrink, S.J.²

38
- 0345098288
- Marrink, S. J.; Mark, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15233-15242.
- (2003) J. Am. Chem. Soc. , vol.125 , pp. 15233-15242
- Marrink, S.J.¹ Mark, A.E.²

39
- 0042193019
- Marrink, S. J.; Mark, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 11144-11145.
- (2003) J. Am. Chem. Soc. , vol.125 , pp. 11144-11145
- Marrink, S.J.¹ Mark, A.E.²

40
- 19744367689
- Marrink, S. J.; Risselada, J.; Mark, A. E. Chem. Phys. Lipids 2005, 135 (2), 223-244.
- (2005) Chem. Phys. Lipids , vol.135 , Issue.2 , pp. 223-244
- Marrink, S.J.¹ Risselada, J.² Mark, A.E.³

41
- 17244370140
- de Vries, A. H.; Yefimov, S.; Mark, A. E.; Marrink, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 5392-5396.
- (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.102 , pp. 5392-5396
- De Vries, A.H.¹ Yefimov, S.² Mark, A.E.³ Marrink, S.J.⁴

42
- 11044225076
- Stevens, M. J.; Hoh, J. H.; Woolf, T. B. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 188102.
- (2003) Phys. Rev. Lett. , vol.91 , pp. 188102
- Stevens, M.J.¹ Hoh, J.H.² Woolf, T.B.³

43
- 0033215735
- Kumar, P. S.; Gompper, G.; Lipowsky, R. Phys. Rev. E 1999, 60, 4610-4618.
- (1999) Phys. Rev. E , vol.60 , pp. 4610-4618
- Kumar, P.S.¹ Gompper, G.² Lipowsky, R.³

44
- 14744297207
- Shillcock, J. C.; Lipowsky, R. Nat. Mater. 2005, 4, 225-228.
- (2005) Nat. Mater. , vol.4 , pp. 225-228
- Shillcock, J.C.¹ Lipowsky, R.²

45
- 0035997053
- Ayton, G. S.; Smondyrev, A. M.; Bardenhagen, S. G.; McMurtry, P.; Voth, G. A. Biophys. J. 2002, 83, 1026-1038.
- (2002) Biophys. J. , vol.83 , pp. 1026-1038
- Ayton, G.S.¹ Smondyrev, A.M.² Bardenhagen, S.G.³ McMurtry, P.⁴ Voth, G.A.⁵

46
- 0036928383
- Ayton, G. S.; Voth, G. A. Biophys. J. 2002, 83, 3357-3370.
- (2002) Biophys. J. , vol.83 , pp. 3357-3370
- Ayton, G.S.¹ Voth, G.A.²

47
- 34548090976
- Chang, R.; Ayton, G. S.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 244716-244728.
- (2005) J. Chem. Phys. , vol.122 , pp. 244716-244728
- Chang, R.¹ Ayton, G.S.² Voth, G.A.³

48
- 0346721219
- Cieplak, M.; Hoang, T. X. Phys. Rev. E 1998, 58, 3589-3596.
- (1998) Phys. Rev. E , vol.58 , pp. 3589-3596
- Cieplak, M.¹ Hoang, T.X.²

49
- 0030628825
- Onuchic, J. N.; Luthey-Schulten, Z.; Wolynes, P. G. Annu. Rev. Phys. Chem. 1997, 48, 545-600.
- (1997) Annu. Rev. Phys. Chem. , vol.48 , pp. 545-600
- Onuchic, J.N.¹ Luthey-Schulten, Z.² Wolynes, P.G.³

50
- 0037108176
- Doruker, P.; Jernigan, R. L.; Navizet, I.; Hernandez, R. Int. J. Quantum Chem. 2002, 90, 822-837.
- (2002) Int. J. Quantum Chem. , vol.90 , pp. 822-837
- Doruker, P.¹ Jernigan, R.L.² Navizet, I.³ Hernandez, R.⁴

51
- 22544446147
- Das, P.; Matysiak, S.; Clementi, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 10141-10146.
- (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.102 , pp. 10141-10146
- Das, P.¹ Matysiak, S.² Clementi, C.³

52
- 4644340168
- Matysiak, S.; Clementi, C. J. Mol. Biol. 2004, 343, 235-248.
- (2004) J. Mol. Biol. , vol.343 , pp. 235-248
- Matysiak, S.¹ Clementi, C.²

53
- 27344436659
- Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802.
- (2005) J. Comput. Chem. , vol.26 , pp. 1781-1802
- Phillips, J.C.¹ Braun, R.² Wang, W.³ Gumbart, J.⁴ Tajkhorshid, E.⁵ Villa, E.⁶ Chipot, C.⁷ Skeel, R.D.⁸ Kale, L.⁹ Schulten, K.¹⁰

54
- 33644888913
- Marrink, S. J. Folk Symp. 2004, 139, 98-105.
- (2004) Folk Symp. , vol.139 , pp. 98-105
- Marrink, S.J.¹

55
- 0035789518
- Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Mod. 2001, 7, 306-317.
- (2001) J. Mol. Mod. , vol.7 , pp. 306-317
- Lindahl, E.¹ Hess, B.² Van Der Spoel, D.³

56
- 0033954256
- Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucl. Acids Res. 2000, 28, 235-242.
- (2000) Nucl. Acids Res. , vol.28 , pp. 235-242
- Berman, H.M.¹ Westbrook, J.² Feng, Z.³ Gilliland, G.⁴ Bhat, T.N.⁵ Weissig, H.⁶ Shindyalov, I.N.⁷ Bourne, P.E.⁸

57
- 36449007836
- Feller, S. E.; Zhang, Y. H.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613-4621.
- (1995) J. Chem. Phys. , vol.103 , pp. 4613-4621
- Feller, S.E.¹ Zhang, Y.H.² Pastor, R.W.³ Brooks, B.R.⁴

58
- 0029878720
- Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38.
- (1996) J. Mol. Graphics , vol.14 , pp. 33-38
- Humphrey, W.¹ Dalke, A.² Schulten, K.³

* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.