Solvent-free lipid bilayer model using multiscale coarse-graining

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 13, 2009, Pages 4443-4455

  Izvekov, Sergei ^a   Voth, Gregory A ^a  

^a UNIVERSITY OF UTAH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTATIONAL EFFICIENCY; ELASTICITY; SOLVENTS;

BI LAYERS; COARSE-GRAINED; COARSE-GRAINING; EFFECTIVE FORCE FIELDS; ELASTIC PROPERTIES; ENTROPIC CONTRIBUTIONS; LIQUID STATE; MANY-BODY POTENTIALS; MULTI-SCALE; SOLVENT-FREE;

LIPID BILAYERS;

EID: 64749094483     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp810440c     Document Type: Article

References (73)

1. Gennis, R. B. Biomembranes: Molecular Structure and Function; Springer: New York, 1989.
2. Katsaras, J.; Gutberlet, T. Lipid Bilayers: Structure and Interactions; Springer: Berlin, 2001.
3. Feller, S. E.; Pastor, R. W. Biophys. J. 1996, 71, 1350.
4. Tieleman, D. P.; Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. C Biophys. J. 1997, 1331, 235.
5. Feller, S. E.; Yin, D.; Pastor, R. W.; MacKerell, J. A. D. Biophys. J. 1997, 73, 2269.
6. Feller, S. E.; Venable, R. M.; Pastor, R. W. Langmuir 1997, 13, 6555.
7. Tu, K.; Klein, M. L.; Tobias, D. J. Biophys. J. 1998, 75, 2147.
8. Smondyrev, A. M.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 1999, 77, 2075.
9. Smondyrev, A. M.; Berkowitz, M. L. J. Chem. Phys. 1999, 111, 9864.
10. Feller, S. E.; Pastor, R. W. J. Chem. Phys. 1999, 111, 1281.
11. Pasenkiewicz-Gierula, M.; Róg, T.; Kitamura, K.; Kusumi, A Biophys. J. 2000, 78, 1376.
12. Smondyrev, A. M.; Berkowitz, M. L. J. Comput. Chem. 1999, 20, 531.
13. Feller, S. E. Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2002, 5, 217.
14. Brannigan, G.; Lin, L. C.-L.; Frank, L. H. Eur. Biophys. J. 2006, 35, 104.
15. Ayton, G. S.; Noid, W. G.; Voth, G. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 192.
16. Tozzini, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 144.
17. Coarse-graining of condensed phase and biomolecular systems; Voth, G. A., Ed.; CRC Press/Taylor and Francis Group: Boca Raton, FL, 2009; Vol. 455.
18. Nèmethy, G.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1962, 66, 1773.
19. Shelley, J. C.; Shelley, M. Y.; Reeder, R. C.; Bandyopadhyay, S.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 4464.
20. Marrink, S. J.; Mark, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15233.
21. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750.
22. Brannigan, G.; Brown, F. L. H. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1059.
23. Brannigan, G.; Philips, P. F.; Brown, F. L. H. Phys. Rev. E 2005, 72, 011915.
24. Soper, A. K. Chem. Phys. 1996, 202, 295.
25. Lyubartsev, A. P.; Laaksonen, A. Phys. Rev. E 1995, 52, 3730.
26. Garde, S.; Ashbaugh, H. S. J. Chem. Phys. 2001, 115, 977.
27. Murtola, T.; Falck, E.; Patra, M.; Karttunen, M.; Vattulainena, I. J. Chem. Phys. 2004, 121, 9156.
28. Drouffe, J. M.; Maggs, A. C.; Leibler, S. Science 1991, 254, 1353.
29. Noguchi, H.; Takasu, M. Phys. Rev. E 2001, 64, 41913.
30. Cooke, I. R.; Deserno, M. J. Chem. Phys. 2005, 123, 224710.
31. Noguchi, H.; Takasu, M. Phys. Rev. E 2002, 65, 51907.
32. Farago, O. J. Chem. Phys. 2003, 119, 596.
33. Cooke, I. R.; Kremer, K.; Deserno, M. Phys. Rev. E 2005, 72, 011506.
34. Lyubartsev, A. P. Eur. Biophys. J. 2005, 35, 53.
35. Müller-Plathe, F.; Florian, M. ChemPhysChem 2002, 3, 754.
36. Reith, D.; Putz, M.; Müller-Plathe, F. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1624.
37. Sun, Q.; Faller, R. Macromolecules 2006, 39, 812.
38. Sun, Q.; Faller, R. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 607.
39. Chen, L.-J.; Qian, H.-J.; Lu, Z.-Y.; Li, Z.-S.; Sun, C.-C. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 24093.
40. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 2469.
41. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2005, 123, 134105.
42. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 637.
43. Chu, J. W.; Ayton, G. S.; Izvekov, S.; Voth, G. A. Mol. Phys. 2007, 105, 167.
44. Zhou, J.; Thorpe, I. F.; Izvekov, S.; Voth, G. A. Biophys. J. 2007, 92, 4289.
45. Liu, P.; Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11566.
46. Noid, W. G.; Chu, J. W.; Ayton, G. S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 4116.
47. Noid, W. G.; Chu, J.-W.; Ayton, G. S.; Krishna, V.; Izvekov, S.; Voth, G. A.; Das, A.; Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 2008, 128, 244114.
48. Noid, W. G.; Liu, P.; Wang, Y.; Chu, J.-W.; Ayton, G. S.; Izvekov, S.; Andersen, H. C.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2008, 128, 244115.
49. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
50. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
51. Ayton, G.; Smondyrev, A. M.; Bardenhagen, S. G.; McMurtry, P.; Voth, G. A. Biophys. J. 2002, 83, 1026.
52. Melchionna, S.; Ciccotti, G.; Holian, B. L. Mol. Phys. 1993, 78, 533.
53. Leonard, A.; Escrive, C.; Laguerre, M.; Pebay-Peyroula, E.; Neri, W.; Pott, T.; Katsaras, J.; Dufourc, E. J. Langmuir 2001, 17, 2019.
54. Guo, W.; Kurze, V.; Huber, T.; Afdhal, N. H.; Beyer, K.; Hamilton, J. A. Biophys. J. 2002, 83, 1465.
55. Hofsä, C.; Lindahl, E.; Edholm, O. Biophys. J. 2003, 84, 2192.
56. Pandit, S. A.; Bostick, D.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 2004, 86, 1345.
57. Somerharju, P.; Virtanen, J. A.; Cheng, K. H. Biochim. Biophys. Acta 1999, 1440, 32.
58. Filippov, A.; Oradd, G.; Lindblom, G. Biophys. J. 2003, 84, 3079.
59. Scherfeld, D.; Kahya, N.; Schwille, P. Biophys. J. 2003, 85, 3758.
60. Almeida, P. F. F.; Vaz, W. L. C.; Thompson, T. E Biophys. J. 2005, 88, 4434.
61. Chiu, S. W.; Jakobsson, E.; Mashl, R. J.; Scott, H. L. Biophys. J. 2002, 83, 1842.
62. Karmakar, S.; Raghunathan, V. A. Phys. Rev. E 2005, 71, 061924.
63. Vanderkooi, G. Biophys. J. 1994, 66, 1457.
64. Chong, P. L. Proc. Natl. Acad. Sci. 1994, 91, 10069.
65. Sengupta, P.; Singh, R. R. P.; Cox, D. L.; Slepoy, A. Phys. Rev. E 2004, 70, 021902.
66. Lindahl, E.; Edholm, O. J. Chem. Phys. 2000, 113, 3882.
67. Gullingsrud, J.; Schulten, K Biophys. J. 2004, 86, 3496.
68. Patra, M. Eur. Biophys. J. Biophys. Lett 2005, 35, 79.
69. Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; deVries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812.
70. Szleifer, I.; Kramer, D.; Ben-Shaul, A.; Gelbart, W. M.; Safran, S. A. J. Chem. Phys. 1990, 92, 6800.
71. Marsh, D Biophys. J. 2007, 93, 3884.
72. Evans, E.; Needham, D. J. Phys. Chem. 1987, 91, 4219.
73. Meleard, P.; Gerbeaud, C.; Pott, T.; Fernandez-Puente, L.; Bivas, I.; Mitov, M. D.; Dufourcq, J.; Bothorel, P. Biophys. J. 1997, 72, 2616.