Effect of ions on a dipalmitoyl phosphatidylcholine bilayer. A molecular dynamics simulation study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 5, 2008, Pages 1397-1408

  Cordomí, Arnau ^a   Edholm, Olle ^b   Perez, Juan J ^a  

^a UNIVERSITAT POLITÈCNICA DE CATALUNYA   (Spain)

^b ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; CHARGE DISTRIBUTION; COMPUTER SIMULATION; LIPIDS; MOLECULAR DYNAMICS;

DIPALMITOYL PHOSPHATIDYLCHOLINE (DPPC); ELECTROSTATIC POTENTIAL;

CHLORINE COMPOUNDS;

EID: 39649091441     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp073897w     Document Type: Article

References (67)

1. White, S. H.; Wimley, W. C. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28, 319.
2. Singer, S. J.; Nicolson, G. L. Science 1972, 175, 720.
3. van der Ploeg, P.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1982, 76, 3271.
4. Berger, O.; Edholm, O.; Jähnig, F. Biophys. J. 1997, 72, 2002.
5. Feller, S. E. Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2000, 5, 217.
6. Tieleman, D. P.; Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. G Biochim. Biophys. Acta 1997, 1331, 235.
7. Smondyrev, A. M.; Berkowitz, M. L. J. Comput. Chem. 1999, 20, 531.
8. Lindahl, E.; Edholm, O. Biophys. J. 2000, 79, 426.
9. Feller, S. E.; Gawrisch, K.; MacKerell, A. D., Jr. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 318.
10. Leekumjorn, S.; Sum, A. K. Biophys. J. 2006, 90, 3951.
11. Gurtovenko, A. A.; Patra, M.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2004, 86, 3461.
12. Pandit, S. A.; Bostick, D.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 2003, 85, 3120.
13. Hofsäβ, C.; Lindahl, E.; Edholm, O. Biophys. J. 2003, 84, 2192.
14. Pitman, M. C.; Suits, F.; Mackerell, A. D., Jr.; Feller, S. E. Biochemistry 2004, 43, 15318.
15. Pitman, M. C.; Grossfield, A.; Suits, F.; Feller, S. E. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4576.
16. Mukhopadhyay, P.; Monticelli, L.; Tieleman, D. P. Biophys. J. 2004, 86, 1601.
17. Pandit, S. A.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 2002, 82, 1818.
18. Pandit, S. A.; Bostick, D.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 2003, 84, 3743.
19. Sachs, J. N.; Nanda, H.; Petrache, H. I.; Woolf, T. B. Biophys. J. 2004, 86, 3772.
20. Gurtovenko, A. A. J. Chem. Phys. 2005, 122.
21. Böckmann, R. A.; Hac, A.; Heimburg, T.; Grubmüller, H. Biophys. J. 2003, 85, 1647.
22. Böckmann, R. A.; Grubmüller, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 1021.
23. Berkowitz, M. L.; Bostick, D. L.; Pandit, S. Chem. Rev. 2006, 106, 1527.
24. Parsegian, V. A. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1975, 264, 161.
25. Loosleymillman, M. E.; Rand, R. P.; Parsegian, V. A. Biophys. J. 1982, 40, 221.
26. Tatulian, S. A. Eur. J. Biochem. 1987, 170, 413.
27. Cunningham, B. A.; Gelerinter, E.; Lis, L. J. Chem. Phys. Lipids 1988, 46, 205.
28. Roux, M.; Bloom, M. Biochemistry 1990, 29, 7077.
29. Clarke, R. J.; Lupfert, C. Biophys. J. 1999, 76, 2614.
30. Akutsu, H.; Seelig, J. Biochemistry 1981, 20, 7366.
31. Altenbach, C.; Seelig, J. Biochemistry 1984, 23, 3913.
32. Brown, M. F.; Seelig, J. Nature 1977, 269, 721.
33. Lis, L. J.; Lis, W. T.; Parsegian, V. A.; Rand, R. P. Biochemistry 1981, 20, 1771.
34. Lis, L. J.; Parsegian, V. A.; Rand, R. P. Biochemistry 1981, 20, 1761.
35. Herbette, L.; Napolitano, C. A.; McDaniel, R. V. Biophys. J. 1984, 46, 677.
36. Elmore, D. E. FEBS Lett. 2006, 580, 144.
37. Zhao, W.; Rog, T.; Gurtovenko, A. A.; Vattulainen, I.; Karttunen, M. Biophys. J. 2007, 92, 1114.
38. Watts, A.; Hartos, K.; Marsh, D. Biochim. Biophys. Acta 1981, 645, 91.
39. Hauser, H.; Shipley, G. G. Biochemistry 1984, 23, 34.
40. Binder, H.; Zschornig, O. Chem. Phys. Lipids 2002, 115, 39.
41. Garcia-Manyes, S.; Oncins, G.; Sanz, F. Biophys. J. 2005, 89, 1812.
42. Petrache, H. I.; Tristram-Nagle, S.; Harries, D.; Kucerka, N.; Nagle, J. F.; Parsegian, V. A. J. Lipid Res. 2006, 47, 302.
43. Pedersen, U. R.; Leidy, C.; Westh, P.; Peters, G. H. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1758, 573.
44. Gurtovenko, A. A.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2007, 92, 1878.
45. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43.
46. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306.
47. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
48. Gambu, I.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 6066.
49. Tieleman, D. P.; Berendsen, H. J. G J. Chem. Phys. 1996, 105, 4871.
50. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952.
51. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
52. Cordomi, A.; Edholm, O.; Perez, J. J. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1017.
53. Wohlert, J.; Edholm, O. Biophys. J. 2004, 87, 2433.
54. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; TiradoRives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
55. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
56. Patra, M.; Karttunen, M. J. Comput. Chem. 2004, 25, 678.
57. Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvonen, M. T.; Falck, E.; Vattulainen, I. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 4485.
58. Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvonen, M. T.; Falck, E.; Lindqvist, P.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2003, 84, 3636.
59. Cordomi, A.; Perez, J. J. J.. Phys. Chem. B. 2007, 111, 7052.
60. Seelig, J.; Macdonald, P. M.; Scherer, P. G. Biochemistry. 1987, 26, 7535.
61. Akutsu, H.; Nagamori, T. Biochemistry. 1991, 30, 4510.
62. Nagle, J. F.; Tristram-Nagle, S. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1469, 159.
63. Shannon, R. D. Acta. Crystallogr.Sect. A: Found. Crystallogr. 1976, 32, 751.
64. Tunell, I.; Lim, G Inorg. Chem. 2006, 45, 4811.
65. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
66. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E.; Debolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1.
67. Tieleman, D. P.; MacCallum, J. L.; Ash, W. L.; Kandt, C.; Xu, Z. T.; Monticelli, L. J. Phys. Condens. Matter 2006, 18, S1221.