Systematic coarse-graining of molecular models by the Newton inversion method

Faraday Discussions

Volumn 144, Issue , 2009, Pages 43-56

  Lyubartsev, Alexander ^a   Mirzoev, Alexander ^a   Chen, Lijun ^a   Laaksonen, Aatto ^a  

^a STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 70350215902     PISSN: 13596640     EISSN: 13645498     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b901511f     Document Type: Article

References (45)

1. R. Car M. Parrinello Phys. Rev. Lett. 1985 55 2471
2. A. Warshel M. Levitt J. Mol. Biol. 1976 103 227
3. M. J. Field P. A. Bash M. Karplus J. Comput. Chem. 1990 11 700
4. P. Espanol Phys. Rev. E 1995 52 1734
5. R. Benzi S. Succi M. Vergassola Phys. Rep. 1992 222 145
6. R. D. Groot Langmuir 2000 16 7493
7. H. Noguchi M. P. Takasu J. Chem. Phys. 2001 115 9547
8. S. J. Marrink A. H. de Vries A. E. Mark J. Phys. Chem. B 2004 108 750
9. A. P. Lyubartsev Laaksonen Phys. Rev. E 1995 52 3730
10. A. P. Lyubartsev A. Laaksonen Chem. Phys. Lett. 2000 325 15
11. A. P. Lyubartsev K. Laasonen A. Laaksonen J. Chem. Phys. 2001 114 3120
12. A. P. Lyubartsev Laaksonen Phys. Rev. E 1997 55 5689
13. A. P. Lyubartsev A. Laaksonen J. Chem. Phys. 1999 111 11207
14. A. P. Lyubartsev Eur. Biophys. J. 2005 35 53
15. W. G. Noid J.-W. Chu G. S. Ayton V. Krishna S. Izvekov G. A. Voth A. Das H. C. Andersen J. Chem. Phys. 2008 128 244114
16. F. Ercolessi J. Adams Europhys. Lett. 1994 26 583
17. S. Izvekov M. Parrinello C. J. Burnham G. A. Voth J. Chem. Phys. 2004 120 10896
18. S. Izvekov G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2005 109 2469
19. G. Toth J. Phys.: Condens. Matter 2007 19 335222
20. R. L. Henderson Phys. Lett. A 1974 49 197
21. A. P. Lyubartsev and A. Laaksonen, On the reduction of molecular degrees of freedom in computer simulations in Novel Methods in Soft Matter Simulations, ed., M. Karttunen, I. Vattulainen, A. Lukkarinen, Springer, Berlin, 2004, pp. 219-244
22. S. L. Njo W. F. van Gunsteren F. Müller-Plathe J. Chem. Phys. 1995 102 6199
23. A. K. Soper Chem. Phys. 1996 202 295
24. J. C. Shelley M. Y. Shelley R. C. Reeder S. Bandyopadhyay M. L. Klein J. Phys. Chem. B 2001 105 4464
25. D. Reith M. Putz F. Muller-Plathe J. Comput. Chem. 2003 24 1624
26. D. Reith M. Putz F. Muller-Plathe J. Phys. Chem. B 2005 109 2469
27. V. A. Harmandaris N. P. Adhikari N. F. A. van der Vegt K. Kremer Macromolecules 2006 39 6708
28. L. Reatto D. Levesque J. J. Weis Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1986 33 3451
29. A. P. Lyubartsev S. Marcelia Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2002 65 041202
30. M. Ostheimer H. Bertagnolli Mol. Simul. 1989 3 227
31. Y. Rosenfeld G. Kahl J. Phys.: Condens. Matter 1997 9 L89
32. G. Toth A. Baranyai J. Mol. Liq. 2000 85 3
33. R. L. C. Akkermans W. L. Briels J. Chem. Phys. 2001 114 1020
34. N. G. Almarza E. Lomba Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2003 68 011202
35. R. D. Groot, Applications of Dissipative particle Dynamics in Novel Methods in Soft Matter Simulations, ed., M. Karttunen, I. Vattulainen, A. Lukkarinen, Springer, Berlin, 2004, pp. 5-37
36. A. Eriksson M. N. Jacobi J. Nyström K. Tunstrøm J. Chem. Phys. 2008 129 024106
37. M. Praprotnik L. D. Site K. Kremer Annu. Rev. Phys. Chem. 2008 59 545
38. H. Wang C. Junghans K. Kremer Eur. Phys. J. E 2009 28 221
39. K. Toukan A. Rahman Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1985 31 2643
40. A. P. Lyubartsev A. Laaksonen Comput. Phys. Commun. 2000 128 565
41. S. J. Marrink A. E. Mark J. Am. Chem. Soc. 2003 125 15233 15242
42. C.-J. Högberg A. M. Nikitin A. P. Lyubartsev J. Comput. Chem. 2008 29 2359
43. H. Limbach A. Arnold B. A. Mann C. Holm Comput. Phys. Commun. 2006 174 704
44. N. Kucerka Y. Liu N. Chu H. I. Petrache S. Tristram-Nagle J. F. Nagle Biophys. J. 2005 88 2626
45. Y. Tu S. P. Jacobsson A. Laaksonen Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 2006 74 205104