Performance of the general amber force field in modeling aqueous POPC membrane bilayers

Journal of Computational Chemistry

Volumn 28, Issue 12, 2007, Pages 2051-2058

  Jójárt, Balázs ^a   Martinek, Tamás A ^b  

^a UNIVERSITY OF SZEGED   (Hungary)

^b UNIVERSITY OF SZEGED   (Hungary)

Author keywords

AMBER; GAFF; Lipid bilayer; Membrane simulation; POPC

Indexed keywords

MEMBRANE SIMULATION; PARTICLE MESH EWALD ELECTROSTATICS;

COMPUTATIONAL METHODS; ELECTROSTATICS; HYDRATION; SOLUTIONS;

LIPID BILAYERS;

1-PALMITOYL-2-OLEOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE; 2 OLEOYL 1 PALMITOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE; MEMBRANE LIPID; PHOSPHATIDYLCHOLINE; UNCLASSIFIED DRUG; WATER;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ELECTRON; LIPID BILAYER;

ELECTRONS; LIPID BILAYERS; MEMBRANE LIPIDS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; PHOSPHATIDYLCHOLINES; WATER;

EID: 34547372334     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.20748     Document Type: Article

References (54)

1. Merz, K. M.; Roux, B., Eds. Biological Membranes: A Molecular Perspective from Computation and Experiment; Birkhäuser: Boston, 1996.
2. Tieleman, D. P.; Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. C. Biochim Biophys Acta 1997, 1331, 235.
3. Anézo, C.; de Vries, A. H.; Höltje, H. D.; Tieleman, D. P.; Marrink, S. J. J Phys Chem 2003, 107, 9424.
4. Darden, T.; York, D.; Pederson, L. J Chem Phys 1993, 98, 10089.
5. Feller, S. E.; Mackerell, A. D. J Phys Chem B 2000, 104, 7510.
6. Berger, O.; Edholm, O.; Jähnig, F. Biophys J 1997, 72, 2002.
7. van Gunsteren, W. F.; Kruger, P.; Billeter, S. R.; Mark, A. E.; Eising, A. Á. Scott, W. R. P.; Huneberg, P. H.; Tironi, I. G. Biomolecular Simulation: The GROMOS96 Manual and User Guide; Biomos Hochschulverlag AG an der ETH Zurich: Groningen, Germany, 1996.
8. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J Am Chem Soc 1996, 118, 11225.
9. Mackerell, A. D. J Comput Chem 2004, 25, 1584.
10. Iadanza, M.; Höltje, M.; Ronsisvalle, G.; Höltje, H. D. J Med Chem 2002, 45, 4838.
11. Zhang, Y.; Sham, Y. Y.; Rajamani, R.; Gao, J.; Portoghese, P. S. Chem Bio Chem 2005, 6, 853.
12. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J Comput Chem 2004, 25, 1157.
13. Tuccinardi, T.; Calderone, V.; Rapposelli, S.; Martinelli, A. J Med Chem 2006, 49, 4305.
14. Kinsella, G. K.; Rozas, I.; Watson, G. W. J Med Chem 2006, 49, 501.
15. Swaminath, G.; Deupi, X.; Lee, T. W.; Zhu, W.; Thian, F. S.; Kobilka, T. S.; Kobilka, B. J Biol Chem 2005, 280, 22165.
16. Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Bayly, C.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1995, 16, 1357.
17. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J Chem Phys 1983, 79, 926.
18. Heller, H.; Shaefer, M.; Schulten, K. J Chem Phys 1993, 97, 8343.
19. Feller, S. E. J Phys Chem B 2000, 104, 7510.
20. CCG. Molecular Operating Environment, Version 2005.06; CCG: Montreal, Quebec, Canada, 2005.
21. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery Jr., J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P, Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision B01; Gaussian: Pittsburgh, PA, 2003.
22. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., Ill; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8; University of California: San Francisco, 2004.
23. Takaoka, Y.; Pasenkiewicz-Gierula, M.; Miyagawa, H.; Kitamura, K.; Tamura, Y.; Kusumi, A. Biophys J 2000, 79, 3118.
24. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kalé, L.; Schulten, K. J Comput Chem 2005, 26, 1781.
25. Dadarlat, V. M.; Post, C. B. J Phys Chem B 2001, 105, 715.
26. Schroll, R. M.; Straatsma, T. P. Biopolymers 2002, 65, 395.
27. Hyslop, P. A.; Morel, M.; Sauerheber, R. D. Biochemistry 1990, 29, 1025.
28. Smaby. J. M.; Momsen, M. M.; Brockman, H. L.; Brown, R. E. Biophys J 1997, 73, 1492.
29. Pabst, G.; Rappolt, M.; Amenitsch, H.; Laggner, P. Phys Rev E 2000, 62, 4000.
30. Kucerka, N.; Tristram-Nagle, S.; Nagle, J. F. J Membr Biol 2006, 208, 193.
31. Feller, S. E.; Pastor, R. W. Biophys J 1996, 71, 1350.
32. Forrest, L. R.; Sansom, S. P. M. Curr Opin Struct Biol 2000, 10, 174.
33. Jähnig, F. Biophys J 1996, 71, 1348.
34. Rawicz, W.; Olbrich, K. C.; McIntosh, T.; Needham, D.; Evans, E. Biophys J 2000, 79, 328.
35. Matti, V.; Säily, J.; Ryhänen, S. J.; Holopainen, J. M.; Borocci, S.; Mancini, G.; Kinnunen, P. K. J. Biophys J 2001, 81, 2135.
36. Binder, H.; Gawrisch, K. J Phys Chem B 2001, 105, 12378.
37. Seelig, J.; Waespe-Šarčević, N. Biochemistry 1978, 17, 3310.
38. Huber, T.; Rajamoorthi, K.; Kurze, V. F.; Beyer, K.; Brown, M. F. J Am Chem Soc 2002, 124, 298.
39. Perly, B.; Smith, I. C. P.; Jarrell, H. C. Biochemistry 1985, 24, 1055.
40. Seelig, A.; Seelig, J. Biochemistry 1974, 13, 4839.
41. Hubbell, W. L.; McConnell, H. M. J Am Chem Soc 1971, 93, 314.
42. Tuchtenhagen, J.; Ziegler, W.; Blume, A. Eur Biophys J 1994, 23, 323.
43. Pastor, R. W.; Venable, R. M.; Feller, S. E. Acc Chem Res 2002, 35, 438.
44. Vaz, W. L. C.; Clegg, R. M.; Hallmann, D. Biochemistry 1985, 24, 781.
45. Kuo, A. L.; Wade, C. G. Biochemistry 1979, 18, 2300.
46. Shin, Y. K.; Freed, J. H. Biophys J 1989, 55, 537.
47. Fujiwara, T.; Ritchie, K.; Murakoshi, H.; Kusumi, A. J Cell Biol 2002, 157, 1071.
48. Schwille, P.; Korlach, J.; Webb, W. W. Cytometry 1999, 36, 176.
49. Tabony, J.; Perly, B. Biochim Biophys Acta 1991, 1063, 67.
50. König, S.; Pfeiffer, W.; Bayerl, T.; Richter, D.; Sackmann, E. J Phys II 1992, 2, 1589.
51. Wohlert, J.; Edholm, O. J Chem Phys 2006, 125, 204703.
52. Arnold, K. L.; Pratsch, L.; Gawrisch, K. Biochim Biophys Acta 1983, 728, 121.
53. Nagle, J. F. Biophys J 1993, 64, 1476.
54. Murzyn, K.; Róg, T.; Jezierski, G.; Takaoka, Y.; Gierula-Pasenkiewicz, M. Biophys J 2001, 81, 170.