An ab initio study on the torsional surface of alkanes and its effect on molecular simulations of alkanes and a DPPC bilayer

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 109, Issue 11, 2005, Pages 5300-5311

  Klauda, Jeffery B ^a   Brooks, Bernard R ^a   MacKerell Jr , Alexander D ^b   Venable, Richard M ^c   Pastor, Richard W ^c  

^a NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH   (United States)

^b UNIVERSITY OF MARYLAND SCHOOL OF PHARMACY   (United States)

^c CENTER FOR BIOLOGICS EVALUATION AND RESEARCH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GAUCHE CONFORMERS; QUANTUM MECHANICAL (QM); TORSIONAL SURFACES; TRANSITION RATES;

COMPUTER SIMULATION; EXTRAPOLATION; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; OPTIMIZATION; PARAMETER ESTIMATION; QUANTUM THEORY; SOLVENTS;

PARAFFINS;

ALKANE; DIPALMITOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; LIPID BILAYER;

1,2-DIPALMITOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE; ALKANES; LIPID BILAYERS; MODELS, MOLECULAR;

EID: 15744368593     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0468096     Document Type: Article

References (52)

1. Flory, P. L. Statistical Mechanics of Chain Molecules; John Wiley & Sons: New York, 1969.
2. Feller, S. E.; MacKerell, A. D., Jr. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7510.
3. Smith, G. D.; Jaffe, R. L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 18718.
4. Salam, A.; Deleuze, M. S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 1296.
5. Koglin, E; Meier, R. J. Chem. Phys. Lett. 1999, 312, 284.
6. Tsuzuki, S.; Uchimaru, T.; Tanabe, K. Chem. Phys. Lett. 1995, 246, 9.
7. Chandrasekhar, I.; van Gunsteren, W. F. Eur. Biophys. J. Biophys. Lett. 2002, 31, 89.
8. Schuler, L. D.; Daura, X.; Van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1205.
9. Schuler, L. D.; van Gunsteren, W. F. Mol. Simul. 2000, 25, 301.
10. Yin, D. X.; Mackerell, A. D., Jr. J. Comput. Chem. 1998, 19, 334.
11. Wang, J. M.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.
12. Price, M. L. P.; Ostrovsky, D.; Jorgensen, W. L. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1340.
13. Lagüe, P.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 363.
14. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; J. A. Montgomery, J.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.: Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Pjskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keidi, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03: (Revision B.03) ed.; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
15. Ayala, P. Y.; Schlegel, H. B. J. Chem. Phys. 1997, 107, 375.
16. Schlegel, H. B. J. Comput. Chem. 1982, 3, 214.
17. Klauda, J. B.; Garrison, S. L.; Jiang, J.; Arora, G.; Sandler, S. I. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 107.
18. Curtiss, L. A.; Redfern, P. C.; Raghavachari, K.; Rassolov, V.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1999, 110, 4703.
19. Curtiss, L. A.; Raghavachari, K.; Redfern, P. C.; Rassolov, V.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1998, 109, 7764.
20. Dunning, T. H.; Peterson, K. A. J. Chem. Phys. 2000, 113, 7799.
21. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, P. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.: Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
22. Garrison, S. L.; Sandler, S. I. J. Chem. Phys. 2002, 117, 10571.
23. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.: Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
24. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269.
25. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9620.
26. Durell, S. R.; Brooks, B. R.; Bennaim, A. J. Phys. Chem. 1994, 98, 2198.
27. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
28. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
29. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
30. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695.
31. Nose, S.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 78, 6928.
32. Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 1980, 72, 2384.
33. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulations of Liquids; Clarendon Press: Oxford, England, 1987.
34. Lipari, G.; Szabo, A. Biophys. J. 1980, 30, 489.
35. Ottiger, M.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 12334.
36. Yen, I. C.; Hummer, G. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15873.
37. Mondello, M.; Grest, G. S. J. Chem. Phys. 1997, 106, 9327.
38. Nagle, J. F.; Tristram-Nagle, S. Biochim, Biophys. Acta-Rev. Biomembr. 2000, 1469, 159.
39. Feller, S. E.; Venable, R. M.; Pastor, R. W. Langmuir 1991, 13, 6555.
40. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tiradorives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
41. Small, D. M. Handhook of Lipid Research; Plenum Press: New York, 1986; Vol. 4.
42. Lide, D. R. CRC Handbook, 81 st ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 2000.
43. Douglass, D. C.; McCall, D. W. J. Phys. Chem. 1958, 62, 1102.
44. Lyerla, J. R., Jr.; McIntyre, H. M.; Torchia, D. A. Macromolecules 1974, 7, 11.
45. Holler, F.; Callis, J. B. J. Phys. Chem. 1989, 93, 2053.
46. Seelig, A.; Seelig, J. Biochemistry 1974, 13, 4839.
47. Nagle, J. F.; Zhang, R. T.; TristramNagle, S.; Sun, W. J.; Petrache, H. I.; Suter, R. M. Biophys. J. 1996, 70, 1419.
48. Mendelsohn, R.; Davies, M. A.; Schuster, H. F.; Xu, Z. C.; Bittman, R. Biochemistry 1991, 30, 8558.
49. Senak, L.; Davies, M. A.; Mendelsohn, R. J. Phys. Chem. 1991, 95, 2565.
50. Karaborni, S.; O'Connell, J. P. J. Chem. Phys. 1990, 92, 6190.
51. Pastor, R. W.; Venable, R. M.; Feller, S. E. Acc. Chem. Res. 2002. 35, 438.
52. Berne, B. J.: Pecora, R. Dynamic Light Scattering; John Wiley & Sons: New York, 1976.