The use of network analyses for elucidating mechanisms in cardiovascular disease

Molecular BioSystems

Volumn 6, Issue 2, 2010, Pages 289-304

  Diez, Diego ^a   Wheelock, Åsa M ^a,b,c   Goto, Susumu ^a   Haeggström, Jesper Z ^b   Paulsson Berne, Gabrielle ^c   Hansson, Göran K ^c   Hedin, Ulf ^b   Gabrielsen, Anders ^c   Wheelock, Craig E ^a,b  

^a KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

^b KAROLINSKA INSTITUTE   (Sweden)

^c KAROLINSKA UNIVERSITY HOSPITAL   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATHEROSCLEROSIS; BIOLOGICAL MODEL; FEMALE; GENE EXPRESSION PROFILING; GENETICS; GENOMICS; HUMAN; MALE; METABOLISM; METHODOLOGY; REVIEW; SYSTEMS BIOLOGY;

ATHEROSCLEROSIS; FEMALE; GENE EXPRESSION PROFILING; GENOMICS; HUMANS; MALE; MODELS, BIOLOGICAL; SYSTEMS BIOLOGY;

EID: 75749119678     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b912078e     Document Type: Review

References (149)

1. H. Kitano Science 2002 295 1662 1664
2. H. Kitano Nature 2002 420 206 210
3. A. Aderem Cell (Cambridge, Mass.) 2005 121 511 513
4. A. L. Barabasi Z. N. Oltvai Nat. Rev. Genet. 2004 5 101 113
5. A. C. Ahn M. Tewari C. S. Poon R. S. Phillips PLoS Med. 2006 3 e208
6. A. C. Ahn M. Tewari C. S. Poon R. S. Phillips PLoS Med. 2006 3 e209
7. L. Hood J. R. Heath M. E. Phelps B. Lin Science 2004 306 640 643
8. L. Hood R. M. Perlmutter Nat. Biotechnol. 2004 22 1215 1217
9. A. D. Weston L. Hood J. Proteome Res. 2004 3 179 196
10. M. Stoll A. W. Cowley, Jr. P. J. Tonellato A. S. Greene M. L. Kaldunski R. J. Roman P. Dumas N. J. Schork Z. Wang H. J. Jacob Science 2001 294 1723 1726
11. R. Tabibiazar R. A. Wagner E. A. Ashley J. Y. King R. Ferrara J. M. Spin D. A. Sanan B. Narasimhan R. Tibshirani P. S. Tsao B. Efron T. Quertermous Physiol. Genomics 2005 22 213 226
12. J. Y. King R. Ferrara R. Tabibiazar J. M. Spin M. M. Chen A. Kuchinsky A. Vailaya R. Kincaid A. Tsalenko D. X. Deng A. Connolly P. Zhang E. Yang C. Watt Z. Yakhini A. Ben-Dor A. Adler L. Bruhn P. Tsao T. Quertermous E. A. Ashley Physiol. Genomics 2005 23 103 118
13. E. A. Ashley R. Ferrara J. Y. King A. Vailaya A. Kuchinsky X. He B. Byers U. Gerckens S. Oblin A. Tsalenko A. Soito J. M. Spin R. Tabibiazar A. J. Connolly J. B. Simpson E. Grube T. Quertermous Circulation 2006 114 2644 2654
14. P. S. Gargalovic M. Imura B. Zhang N. M. Gharavi M. J. Clark J. Pagnon W. P. Yang A. He A. Truong S. Patel S. F. Nelson S. Horvath J. A. Berliner T. G. Kirchgessner A. J. Lusis Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 12741 12746
15. A. Ghazalpour S. Doss B. Zhang S. Wang C. Plaisier R. Castellanos A. Brozell E. E. Schadt T. A. Drake A. J. Lusis S. Horvath PLoS Genet. 2006 2 e130
16. J. Skogsberg J. Lundström A. Kovacs R. Nilsson P. Noori S. Maleki M. Köhler A. Hamsten J. Tegner J. Björkegren PLoS Genet. 2008 4 e1000036
17. M. Toenjes M. Schueler S. Hammer U. J. Pape J. J. Fischer F. Berger M. Vingron S. Sperling Mol. BioSyst. 2008 4 589 598
18. S. Cagnin M. Biscuola C. Patuzzo E. Trabetti A. Pasquali P. Laveder G. Faggian M. Iafrancesco A. Mazzucco P. F. Pignatti G. Lanfranchi BMC Genomics 2009 10 13
19. W. Zhu L. Yang Z. Du PLoS One 2009 4 e6288
20. N. J. Samani J. Erdmann A. S. Hall C. Hengstenberg M. Mangino B. Mayer R. J. Dixon T. Meitinger P. Braund H. E. Wichmann J. H. Barrett I. R. Konig S. E. Stevens S. Szymczak D. A. Tregouet M. M. Iles F. Pahlke H. Pollard W. Lieb F. Cambien M. Fischer W. Ouwehand S. Blankenberg A. J. Balmforth A. Baessler S. G. Ball T. M. Strom I. Braenne C. Gieger P. Deloukas M. D. Tobin A. Ziegler J. R. Thompson H. Schunkert N. Engl. J. Med. 2007 357 443 453
21. T. W. T. C. C. Consortium Nature 2007 447 661 678
22. S. Kathiresan C. J. Willer G. M. Peloso S. Demissie K. Musunuru E. E. Schadt L. Kaplan D. Bennett Y. Li T. Tanaka B. F. Voight L. L. Bonnycastle A. U. Jackson G. Crawford A. Surti C. Guiducci N. P. Burtt S. Parish R. Clarke D. Zelenika K. A. Kubalanza M. A. Morken L. J. Scott H. M. Stringham P. Galan A. J. Swift J. Kuusisto R. N. Bergman J. Sundvall M. Laakso L. Ferrucci P. Scheet S. Sanna M. Uda Q. Yang K. L. Lunetta J. Dupuis P. I. de Bakker C. J. O'Donnell J. C. Chambers J. S. Kooner S. Hercberg P. Meneton E. G. Lakatta A. Scuteri D. Schlessinger J. Tuomilehto F. S. Collins L. Groop D. Altshuler R. Collins G. M. Lathrop O. Melander V. Salomaa L. Peltonen M. Orho-Melander J. M. Ordovas M. Boehnke G. R. Abecasis K. L. Mohlke L. A. Cupples Nat. Genet. 2009 41 56 65
23. E. E. Schadt S. H. Friend D. A. Shaywitz Nat. Rev. 2009 8 286 295
24. X. Yang J. L. Deignan H. Qi J. Zhu S. Qian J. Zhong G. Torosyan S. Majid B. Falkard R. R. Kleinhanz J. Karlsson L. W. Castellani S. Mumick K. Wang T. Xie M. Coon C. Zhang D. Estrada-Smith C. R. Farber S. S. Wang A. van Nas A. Ghazalpour B. Zhang D. J. Macneil J. R. Lamb K. M. Dipple M. L. Reitman M. Mehrabian P. Y. Lum E. E. Schadt A. J. Lusis T. A. Drake Nat. Genet. 2009 41 415 423
25. S. Bornholdt Science 2005 310 449 451
26. A. R. Joyce B. O. Palsson Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006 7 198 210
27. A. Maayan IET Syst. Biol. 2008 2 206 221
28. G. W. Bell F. Lewitter Methods Enzymol. 2006 411 408 421
29. J. D. Han Cell Res. 2008 18 224 237
30. R. E. Bumgarner K. Y. Yeung Methods Mol. Biol. (Totowa, N. J.) 2009 541 225 245
31. R. Albert A. Barabási Rev. Mod. Phys. 2002 74 47 97
32. M. E. J. Newman Soc. Ind. Appl. Math. 2003 167 256
33. A. Clauset C. Moore M. E. J. Newman Nature 2008 453 98 101
34. S. Bornholdt and H. G. Schuster, Handbook of Graphs and Networks: From the Genome to the Internet, Wiley-VCH, Berlin, 2003
35. S. N. Dorogovstev and J. F. F. Mendes, Evolution of Networks from Biologicals Nets to the Internet and WWW, Oxford University Press, Oxford, 2003
36. W. Huber V. J. Carey L. Long S. Falcon R. Gentleman BMC Bioinformatics 2007 8 suppl 6 S8
37. H. Hu S. Myers V. Colizza A. Vespignani Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 1318 1323
38. A. Vespignani Science 2009 325 425 428
39. N. A. Christakis J. H. Fowler N. Engl. J. Med. 2007 357 370 379
40. J. Raacke J. Bonds-Raacke Cyberpsychol. Behav. 2008 11 169 174
41. G. Karlebach R. Shamir Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2008 9 770 780
42. N. Blow Nature 2009 460 415 418
43. T. Ideker R. Sharan Genome Res. 2008 18 644 652
44. S. H. Strogatz Nature 2001 410 268 276
45. D. Bray Science 2003 301 1864 1865
46. L. Chang M. Karin Nature 2001 410 37 40
47. H. Kitano A. Funahashi Y. Matsuoka K. Oda Nat. Biotechnol. 2005 23 961 966
48. C. E. Wheelock A. M. Wheelock S. Kawashima D. Diez M. Kanehisa M. van Erk R. Kleemann J. Z. Haeggstrom S. Goto Mol. BioSyst. 2009 5 588 602
49. R. C. Gentleman V. J. Carey D. M. Bates B. Bolstad M. Dettling S. Dudoit B. Ellis L. Gautier Y. Ge J. Gentry K. Hornik T. Hothorn W. Huber S. Iacus R. Irizarry F. Leisch C. Li M. Maechler A. J. Rossini G. Sawitzki C. Smith G. Smyth L. Tierney J. Y. Yang J. Zhang GenomeBiology 2004 5 R80
50. M. Reimers V. J. Carey Methods Enzymol. 2006 411 119 134
51. J. D. Zhang S. Wiemann Bioinformatics 2009 25 1470 1471
52. J. L. Bos Cancer Res. 1989 49 4682 4689
53. J. Downward Nat. Rev. Cancer 2003 3 11 22
54. M. Kanehisa S. Goto Nucleic Acids Res. 2000 28 27 30
55. M. Kanehisa M. Araki S. Goto M. Hattori M. Hirakawa M. Itoh T. Katayama S. Kawashima S. Okuda T. Tokimatsu Y. Yamanishi Nucleic Acids Res. 2008 36 D480 484
56. E. Ravasz A. L. Somera D. A. Mongru Z. N. Oltvai A. L. Barabasi Science 2002 297 1551 1555
57. E. Almaas J. Exp. Biol. 2007 210 1548 1558
58. A. L. Barabasi Science 2009 325 412 413
59. C. T. Butts Science 2009 325 414 416
60. A. Barrat M. Barthelemy R. Pastor-Satorras A. Vespignani Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 3747 3752
61. P. Grindrod M. Kibble Expert Rev. Proteomics 2004 1 229 238
62. O. Mason M. Verwoerd IET Syst. Biol. 2007 1 89 119
63. K. I. Goh E. Oh B. Kahng D. Kim Phys. Rev. 2003 67 017101
64. J. Yoon A. Blumer K. Lee Bioinformatics 2006 22 3106 3108
65. H. Jeong S. P. Mason A. L. Barabasi Z. N. Oltvai Nature 2001 411 41 42
66. H. Jeong B. Tombor R. Albert Z. N. Oltvai A. L. Barabasi Nature 2000 407 651 654
67. S. S. Shen-Orr R. Milo S. Mangan U. Alon Nat. Genet. 2002 31 64 68
68. R. Milo S. Shen-Orr S. Itzkovitz N. Kashtan D. Chklovskii U. Alon Science 2002 298 824 827
69. A. P. Burgard E. V. Nikolaev C. H. Schilling C. D. Maranas Genome Res. 2004 14 301 312
70. E. V. Nikolaev A. P. Burgard C. D. Maranas Biophys. J. 2005 88 37 49
71. V. Vermeirssen M. I. Barrasa C. A. Hidalgo J. A. Babon R. Sequerra L. Doucette-Stamm A. L. Barabasi A. J. Walhout Genome Res. 2007 17 1061 1071
72. N. K. Hollenberg Curr. Hypertens. Rep. 2002 4 412 413
73. S. E. Calvano W. Xiao D. R. Richards R. M. Felciano H. V. Baker R. J. Cho R. O. Chen B. H. Brownstein J. P. Cobb S. K. Tschoeke C. Miller-Graziano L. L. Moldawer M. N. Mindrinos R. W. Davis R. G. Tompkins S. F. Lowry Nature 2005 437 1032 1037
74. K. I. Goh M. E. Cusick D. Valle B. Childs M. Vidal A. L. Barabasi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 8685 8690
75. X. Wu R. Jiang M. Q. Zhang S. Li Mol. Syst. Biol. 2008 4 189
76. J. C. Nacher T. Akutsu Cell Biochem. Biophys. 2007 49 37 47
77. M. Arita J. Biochem. 2005 138 1 4
78. D. J. Watts S. H. Strogatz Nature 1998 393 440 442
79. R. Cohen S. Havlin Phys. Rev. Lett. 2003 90 058701
80. A. L. Barabasi R. Albert Science 1999 286 509 512
81. R. Albert H. Jeong A. L. Barabasi Nature 2000 406 378 382
82. C. Song S. Havlin H. A. Makse Nature 2005 433 392 395
83. A. Barabási H. Jeong Physica A (Amsterdam) 2000 281 69 77
84. M. Girvan M. E. Newman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 7821 7826
85. N. Lin H. Zhao BMC Bioinformatics 2005 6 119
86. R. Cohen K. Erez D. ben-Avraham S. Havlin Phys. Rev. Lett. 2000 85 4626 4628
87. D. Deutscher I. Meilijson M. Kupiec E. Ruppin Nat. Genet. 2006 38 993 998
88. U. Alon Nat. Rev. Genet. 2007 8 450 461
89. R. Schleif Trends Genet. 2000 16 559 565
90. P. M. Yen Physiol. Rev. 2001 81 1097 1142
91. R. P. Alexander P. M. Kim T. Emonet M. B. Gerstein Sci. Signaling 2009 2 pe44
92. E. Ravasz Methods Mol. Biol. 2009 541 145 160
93. S. A. Ramsey S. L. Klemm D. E. Zak K. A. Kennedy V. Thorsson B. Li M. Gilchrist E. S. Gold C. D. Johnson V. Litvak G. Navarro J. C. Roach C. M. Rosenberger A. G. Rust N. Yudkovsky A. Aderem I. Shmulevich PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000021
94. T. Kuhlman Z. Zhang M. H. Saier, Jr. T. Hwa Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 6043 6048
95. A. Maayan S. L. Jenkins J. Goldfarb R. Iyengar Mt. Sinai J. Med. 2007 74 27 32
96. A. Ghazalpour S. Doss X. Yang J. Aten E. M. Toomey A. Van Nas S. Wang T. A. Drake A. J. Lusis J. Lipid Res. 2004 45 1793 1805
97. E. E. Schadt P. Y. Lum J. Lipid Res. 2006 47 2601 2613
98. J. Tegner J. Skogsberg J. Bjorkegren J. Lipid Res. 2007 48 267 277
99. L. Gautier L. Cope B. M. Bolstad R. A. Irizarry Bioinformatics 2004 20 307 315
100. G. K. Smyth, in Bioinformatics and Computational Biology Solutions using R and Bioconductor, ed., R. Gentleman, V. Carey, S. Dudoit, R. Irizarry, and, W. Huber, Springer, New York, 2005, pp. 397-420
101. L. Dumont T. Gautier J. P. de Barros H. Laplanche D. Blache P. Ducoroy J. Fruchart J. C. Fruchart P. Gambert D. Masson L. Lagrost J. Biol. Chem. 2005 280 38108 38116
102. N. S. Shachter Curr. Opin. Lipidol. 2001 12 297 304
103. J. F. Berbee C. C. van der Hoogt D. Sundararaman L. M. Havekes P. C. Rensen J. Lipid Res. 2005 46 297 306
104. Y. Benjamini Y. Hochberg J. R. Stat. Soc. Ser. B (Methodological) 1995 57 289 300
105. A. Ng B. Bursteinas Q. Gao E. Mollison M. Zvelebil Briefings Bioinf. 2006 7 318 330
106. A. Bauer-Mehren L. I. Furlong F. Sanz Mol. Syst. Biol. 2009 5 290
107. P. Shannon A. Markiel O. Ozier N. S. Baliga J. T. Wang D. Ramage N. Amin B. Schwikowski T. Ideker Genome Res. 2003 13 2498 2504
108. M. S. Cline M. Smoot E. Cerami A. Kuchinsky N. Landys C. Workman R. Christmas I. Avila-Campilo M. Creech B. Gross K. Hanspers R. Isserlin R. Kelley S. Killcoyne S. Lotia S. Maere J. Morris K. Ono V. Pavlovic A. R. Pico A. Vailaya P. L. Wang A. Adler B. R. Conklin L. Hood M. Kuiper C. Sander I. Schmulevich B. Schwikowski G. J. Warner T. Ideker G. D. Bader Nat. Protoc. 2007 2 2366 2382
109. N. Yeung, M. S. Cline, A. Kuchinsky, M. E. Smoot and G. D. Bader, Current protocols in bioinformatics, ed., A. D. Baxevanis, L. D. Stein, G. D. Stormo, and, J. R. Yates III, Wiley, New York, 2008, ch. 8, Unit 8, p. 13
110. S. Killcoyne G. W. Carter J. Smith J. Boyle Methods Mol. Biol. 2009 563 219 239
111. A. Vailaya P. Bluvas R. Kincaid A. Kuchinsky M. Creech A. Adler Bioinformatics 2005 21 430 438
112. Y. Assenov F. Ramirez S. E. Schelhorn T. Lengauer M. Albrecht Bioinformatics 2008 24 282 284
113. T. Ideker O. Ozier B. Schwikowski A. F. Siegel Bioinformatics 2002 18 suppl 1 S233 240
114. S. Maere K. Heymans M. Kuiper Bioinformatics 2005 21 3448 3449
115. G. Bindea B. Mlecnik H. Hackl P. Charoentong M. Tosolini A. Kirilovsky W. H. Fridman F. Pages Z. Trajanoski J. Galon Bioinformatics 2009 25 1091 1093
116. O. Garcia C. Saveanu M. Cline M. Fromont-Racine A. Jacquier B. Schwikowski T. Aittokallio Bioinformatics 2007 23 394 396
117. C. B. Dugani A. Klip EMBO Rep. 2005 6 1137 1142
118. T. Y. Chang B. L. Li C. C. Chang Y. Urano Am. J. Physiol.: Cell Physiol. 2009 297 E1 9
119. T. A. Bell, 3rd J. M. Brown M. J. Graham K. M. Lemonidis R. M. Crooke L. L. Rudel Arterioscler., Thromb., Vasc. Biol. 2006 26 1814 1820
120. G. K. Hansson N. Engl. J. Med. 2005 352 1685 1695
121. M. Westerterp W. de Haan J. F. Berbee L. M. Havekes P. C. Rensen J. Lipid Res. 2006 47 1203 1211
122. M. Westerterp M. Van Eck W. de Haan E. H. Offerman T. J. Van Berkel L. M. Havekes P. C. Rensen Atherosclerosis 2007 195 e9 16
123. M. Westerterp J. F. Berbee N. M. Pires G. J. van Mierlo R. Kleemann J. A. Romijn L. M. Havekes P. C. Rensen Circulation 2007 116 2173 2181
124. J. Bjorkegren A. Silveira S. Boquist R. Tang F. Karpe M. G. Bond U. de Faire A. Hamsten Arterioscler., Thromb., Vasc. Biol. 2002 22 1470 1474
125. A. Kolmakova P. Kwiterovich D. Virgil P. Alaupovic C. Knight-Gibson S. F. Martin S. Chatterjee Arterioscler., Thromb., Vasc. Biol. 2004 24 264 269
126. A. T. Noto E. B. Mathiesen J. Brox J. Bjorkegren J. B. Hansen Lipids 2008 43 673 679
127. J. Bjorkegren S. Boquist A. Samnegard P. Lundman P. Tornvall C. G. Ericsson A. Hamsten Circulation 2000 101 227 230
128. A. Hamsten A. Silveira S. Boquist R. Tang M. G. Bond U. de Faire J. Bjorkegren J. Am. Coll. Cardiol. 2005 45 1013 1017
129. M. C. Jong V. E. Dahlmans P. J. van Gorp K. W. van Dijk M. L. Breuer M. H. Hofker L. M. Havekes J. Clin. Invest. 1996 98 2259 2267
130. S. Dickman PLoS Biol. 2003 1 E48
131. P. Sharma R. D. Senthilkumar V. Brahmachari E. Sundaramoorthy A. Mahajan A. Sharma S. Sengupta Lipids Health Dis. 2006 5 1
132. R. B. Altman C. M. Bergman J. Blake C. Blaschke A. Cohen F. Gannon L. Grivell U. Hahn W. Hersh L. Hirschman L. J. Jensen M. Krallinger B. Mons S. I. ODonoghue M. C. Peitsch D. Rebholz-Schuhmann H. Shatkay A. Valencia GenomeBiology 2008 9 suppl 2 S7
133. M. Krallinger A. Valencia L. Hirschman GenomeBiology 2008 9 suppl 2 S8
134. C. J. Baker R. Kanagasabai W. T. Ang A. Veeramani H. S. Low M. R. Wenk BMC Bioinformatics 2008 9 suppl 1 S5
135. A. Krishnan J. P. Zbilut M. Tomita A. Giuliani Curr. Protein Pept. Sci. 2008 9 28 38
136. R. Chowdhary J. Zhang J. S. Liu Bioinformatics 2009 25 1535 1542
137. M. Ashburner C. A. Ball J. A. Blake D. Botstein H. Butler J. M. Cherry A. P. Davis K. Dolinski S. S. Dwight J. T. Eppig M. A. Harris D. P. Hill L. Issel-Tarver A. Kasarskis S. Lewis J. C. Matese J. E. Richardson M. Ringwald G. M. Rubin G. Sherlock Nat. Genet. 2000 25 25 29
138. P. H. Lee D. Lee Bioinformatics 2005 21 2739 2747
139. G. D. Bader C. W. Hogue BMC Bioinformatics 2003 4 2
140. A. Barsky J. L. Gardy R. E. Hancock T. Munzner Bioinformatics 2007 23 1040 1042
141. T. Xia J. A. Dickerson Bioinformatics 2008 24 2557 2558
142. U. Sauer M. Heinemann N. Zamboni Science 2007 316 550 551
143. J. K. Nicholson E. Holmes J. C. Lindon I. D. Wilson Nat. Biotechnol. 2004 22 1268 1274
144. J. M. Ordovas J. Shen J. Periodontol. 2008 79 1508 1513
145. J. M. Ordovas E. S. Tai Curr. Opin. Lipidol. 2008 19 158 167
146. P. J. Turnbaugh M. Hamady T. Yatsunenko B. L. Cantarel A. Duncan R. E. Ley M. L. Sogin W. J. Jones B. A. Roe J. P. Affourtit M. Egholm B. Henrissat A. C. Heath R. Knight J. I. Gordon Nature 2009 457 480 484
147. N. Ishii K. Nakahigashi T. Baba M. Robert T. Soga A. Kanai T. Hirasawa M. Naba K. Hirai A. Hoque P. Y. Ho Y. Kakazu K. Sugawara S. Igarashi S. Harada T. Masuda N. Sugiyama T. Togashi M. Hasegawa Y. Takai K. Yugi K. Arakawa N. Iwata Y. Toya Y. Nakayama T. Nishioka K. Shimizu H. Mori M. Tomita Science 2007 316 593 597
148. P. Kohl D. Noble Mol. Syst. Biol. 2009 5 292
149. C. A. Hidalgo N. Blumm A. L. Barabasi N. A. Christakis PLoS Comput. Biol. 2009 5 e1000353