Design and synthesis of biorelated polymers by combinatorial bioengineering

ACS Symposium Series

Volumn 999, Issue , 2008, Pages 194-215

  Ito, Yoshihiro ^a   Abe, Hiroshi ^a   Wada, Akira ^a   Liu, Mingzhe ^a  

^a INST OF PHYS AND CHEMICAL RESEARCH   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CATALYSIS; FUNCTIONAL POLYMERS;

BIODEVICE; COMBINATORIAL BIOENGINEERING; MOLECULAR LIBRARIES; POLYMER CONTENT; TARGETING MOLECULES;

NUCLEIC ACIDS;

EID: 58349115612     PISSN: 00976156     EISSN: 19475918     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1021/bk-2008-0999.ch013     Document Type: Conference Paper

References (122)

1. Ellington, A. D.; Szostak, J. W. Nature 1990, 346, 818-822.
2. Tuerk, C.; Gold, L. Science 1990, 249, 505-510.
3. Wilson, D. S.; Szostak, J. W. Ann Rev Biochem. 1999, 68, 611-647.
4. Ito, Y.; Kawazoe, N.; Imanishi, Y. Methods 2000, 22, 107-114.
5. Perrin, D. M. Comb. Chem. High Throughput Screen 2000, 3, 243-269.
6. Brody, E. N.; Gold, L. Rev. Mol. Biotechnol. 2000, 74, 5-13.
7. Hesselberth, J.; Robertson, M. P.; Jhaveri, S.; Ellington, A. D. Rev. Mol. Biotechnol. 2000, 74, 15-25.
8. http://aptamer.icmb.utexas.edu.
9. Kawazoe, N.; Ito, Y.; Imanishi, Y. Anal. Chem. 1996, 68, 4309-4311.
10. Ito, Y.; Suzuki, A.; Kawazoe, N.; Imanishi, Y. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1997, 70, 695-698.
11. Ito, Y.; Fujita, S.; Kawazoe, N.; Imanishi, Y. Anal Chem. 1998, 70, 3510- 3512.
12. Kawazoe, N.; Ito, Y.; Shirakawa, M.; Imanishi, Y. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1998, 71, 1699-1703.
13. Fukusaki, E.; Kato, T.; Maeda, H.; Kawazoe, N.; Ito, Y.; Okazawa, A.; Kajiyama, S.; Kobayashi, A. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2000, 10, 423-425.
14. Cox, J. C.; Rudolph, P.; Ellington, A. D. Biotechnol. Prog. 1998, 14, 845- 850.
15. Zhang, H.; Hamasaki, A.; Toshiro, E.; Aoyama, Y.; Ito, Y. Nucleic Acids Symp. Ser. 2000, 2000, 219-220.
16. Cox, J. C.; Ellington, A. D. Bioorg. Med. Chem. 2001, 9, 2525-2531.
17. http://www.somalogic.com/tech/photoselex.html.
18. Blank, M.; Weinschenk, T.; Priemer, M.; Schluesener, H. J. Biol. Chem. 2001, 276, 16464-16468.
19. Shangguan, D.; Li, Y.; Tang, Z.; Cao, Z. C.; Chen, H. W.; Mallikaratchy, P.; Sefah, K.; Yang, C. J.; Tan, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 11838-11843.
20. Misono, T. S.; Kumar, P. K. R. Anal. Biochem. 2005, 342, 312-317.
21. Mendonsa, S. D.; Bowser, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 9382-9383.
22. Mendonsa, S. D.; Bowser, M. T. Anal. Chem. 2004, 76, 5387-5392.
23. Berezovski, M.; Musheev, M.; Drabovich, A.; Krylov, S. N. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1410-1411.
24. Rothe, A.; Hosse, R. J.; Power, B. E. FASEB J. 2006, 20, 1599-1610.
25. Bickle, M. B. T.; Dusserre, E.; Moncorge, O.; Bottin, H.; Colas, P. Nat. Protoc. 2006, 1, 1066-1091.
26. Buerger, C.; Groner, B. J. Cancer Res. Clin. Oncol. 2003, 129, 669-675.
27. Hoess, R. H. Chem. Rev. 2001, 101, 3205-3218.
28. Ladner, R. C.; Sato, A. K.; Gorzelany, J.; de Souza, M. Drug Discov. Today 2004, 9, 525-529.
29. Krag, D. N.; Shukla, G. S.; Shen, G.-P.; Pero, S.; Ashikaga, T.; Fuller, S.; Weaver, D. L.; Burdette-Radoux, S.; Thomas, C. Cancer Res. 2006, 66, 7724-7733.
30. Hoppe-Seyler, F.; Butz, K. J. Mol. Med. 2000, 78, 426-430.
31. Yan, X.; Xu, Z. Drug Discov. Today 2006, 11, 911-916.
32. Rothe, A.; Hosse, R. J.; Power, B. E. Expert Opin. Biol. Ther. 2006, 6, 177- 187.
33. Keefe, A. D.; Szostak, J. W. Nature 2001, 410, 715-718.
34. Wilson, D. S.; Keefe, A. D.; Szostak, J. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 3750-3755.
35. Miyamoto-Sato, E.; Yanagawa, H. J. Drug Target. 2006, 14, 505-511.
36. Lipovsek, D.; Pluckthun, A. J. Immunol. Methods 2004, 290, 51-67.
37. Griffiths, A. D.; Tawfik, D. S. Curr. Opin. Biotechnol. 2000, 11, 338-353
38. Li, Y.; Breaker, R. R. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 315-323.
39. Cochran; A. G.; Schultz; P. G. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9414-9415.
40. Conn, M. M.; Prudent, J. R.; Schultz, P. G. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7012-7013.
41. Li, Y.; Sen, D. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 743-747.
42. Pan, T. Curr. Opin. Chem. Biol. 1997, 1, 17-25.
43. Seelig, B.; Keiper, S.; Stuhlmann, F.; Jaschke, A. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 2000, 39, 4576-4579.
44. Miyamoto, Y.; Teramoto, N.; Imanishi, Y.; Ito, Y. Biotechnol. Bioeng. 2001, 75, 590-596.
45. Miyamoto, Y.; Teramoto, N.; Imanishi, Y.; Ito, Y. Biotechnol. Bioeng. 2005, 90, 36-45.
46. Miller, O. J.; Bernath, K.; Agresti, J. J.; Amitai, G.; Kelly, B. T.; Mastrobattista, E.; Taly, V.; Magdassi, S.; Tawfik, D. S.; Griffiths, A. D. Nat. Methods 2006, 3, 561-570.
47. Mastrobattista, E.; Taly, V.; Chanudet, E.; Treacy, P.; Kelly, B. T.; Griffiths, A. D. Chem. Biol. 2005, 12, 1291-1300.
48. Matsuura, T.; Yomo, T. J. Biosci. Bioeng. 2006, 101, 449-456.
49. Olsen, M. J.; Stephens, D.; Griffiths, D.; Daugherty, P.; Georgiou, G.; Iverson, B. L. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1071-1074.
50. Kawarasaki, Y.; Griswold, K. E.; Stevenson, J. D.; Selzer, T.; Benkovic, S. J.; Iverson, B. L.; Georgiou, G. Nucleic Acids Res. 2003, 31, e126.
51. Cesaro-Tadic, S.; Lagos, D.; Honegger, A.; Rickard, J. H.; Partridge, L. J.; Blackburn, G. M.; Pluckthun, A. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 679-685.
52. Santoro, S. W.; Wang, L.; Herberich, B.; King, D. S.; Schultz, P. G. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 1044-1048.
53. Eaton, B. E. Curr. Opin. Chem. Biol. 1997, 1, 10-16.
54. Kusser, W. J. Biotechnol. 2000, 74, 27-38.
55. Wilson, C.; Keefe, A. D. Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 607-614.
56. Vaught, J. D.; Dewey, T.; Eaton, B. E. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11231-11237.
57. Ahle, J. D.; Barr, S.; Chin, A. M.; Battersby, T. R. Nucleic Acid Res. 2005, 33, 3176-3184.
58. Jager, S.; Rasched, G.; Kornreich-Leshem, H.; Engeser, M.; Thum, O.; Famulok, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 15071-15082.
59. Kuwahara, M.; Nagashima, J.; Hasegawa, M.; Tamura, T.; Kitagata, R.; Hanawa, K.; Hososhima, S.; Kasamatsu, T.; Ozaki, H.; Sawai, H. Nucleic Acid Res. 2006, 34, 5383-5394.
60. Hirao, I.; Kimoto, M.; Mitsui, T.; Fujiwara, T.; Kawai, R.; Sato, A.; Harada, Y.; Yokoyama, S. Nat. Method 2006, 3, 729-735.
61. Matsui, M.; Nishiyama, Y.; Ueji, S.; Ebara, Y. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2007, 17, 456-460.
62. Kato, Y.; Minakawa, N.; Komatsu, Y.; Kamiya, H.; Ogawa, N.; Harashima, H.; Matsuda, A. Nucleic Acid Res. 2005, 33, 2942-2951
63. Bugaut, A.; Toulme, J. J.; Rayner, B. Org. Biomol. Chem. 2006, 4, 4082- 4088.
64. Shoji, A.; Kuwahara, M.; Ozaki, H.; Sawai, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1456-1464.
65. Jhaveri, S.; Rajendran, M.; Ellington, A. D. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1293-1297.
66. Chelliserrykattil, J.; Ellington, A. D. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1155-1160.
67. Burmeister, P. E.; Lewis, S. D.; Silva, R. F.; Preiss, J. R.; Horwitz, L. R.; Pendergrast, P. S.; McCauley, T. G.; Kurz, J. C.; Epstein, D. M.; Wilson, Keefe, A. D. Chem. Biol. 2005, 12, 25-33.
68. Padilla, R.; Sousa, R. Nucleic Acid Res. 1999, 27, 1561-1563.
69. Padilla, R.; Sousa, R. Nucleic Acid Res. 2002, 50, e138.
70. Ito, Y.; Suzuki, A.; Kawazoe, N.; Imanishi, Y. Bioconjug. Chem. 2001, 12, 850-854.
71. Gragoudas, E. S.; Adamis, A. P.; Cunningham, E. T. Jr.; Feinsod, M.; Guyer, D. R. N. Engl. J. Med. 2004, 351, 2805-2816.
72. Chakravarthy, U.; Adamis, A. P.; Cunningham, E. T. Jr.; Goldbaum, M.; Guyer, D. R.; Katz, B.; Patel, M. Ophthalmology 2006, 113, 1508e1-25.
73. Ruckman, J. Green, L. S.; Beeson, J.; Waugh, S.; Gillette, W. L.; Henninger, D. D.; Claesson-Welsh, L.; Janjic, N. J. Biol. Chem. 1998, 273, 20556- 20567.
74. Wlotzka, B.; Leva, S.; Eschgfaller, B.; Burmeister J.; Kleiniung, F.; Kaduk, C.; Muhn, P.; Hess-Stumpp, H.; Klussmann, S. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2002, 99, 8898-8902.
75. Vater, A.; Klussmann, S. Curr. Opin. Drug Discov. Devel. 2003, 6, 253- 261.
76. Shearman, L. P.; Wang, S. P.; Helmling, S.; Stribling, D. S.; Mazur, P.; Ge, L.; Wang, L.; Klussmann, S.; Macintyre, D. E.; Howard, A. D.; Strack, A. M. Endocrinology 2006, 147, 1517-1526.
77. Denekas, T.; Troltzsch, M.; Vater, A.; Klussmann, S.; Messlinger, K. Br. J. Pharmacol. 2006, 148, 536-543.
78. Purschke, W. G.; Eulberg, D.; Buchner, K.; Vonhoff, S.; Klussmann, S. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A 2006, 103, 5173-5178.
79. Schmidt, K. S.; Borkowski, S.; Kurreck, J.; Stephens, A. W.; Bald, R.; Hecht, M.; Friebe, M.; Dinkelborg, L.; Erdmann, V. A. Nucleic Acid Res. 2004, 32, 5757-5765.
80. Frankel, A.; Li, S.; Starck, S. R.; Roberts, R. W. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 506-512.
81. Li, S.; Roberts, R. W. Chem. Biol. 2003, 10, 233-239.
82. Frankel, A.; Roberts, R. W. RNA 2003, 9, 780-786.
83. Frankel, A.; Millward, S. W.; Roberts, R. W. Chem. Biol. 2003, 10, 1043- 1050.
84. Ja, W. W.; Roberts, R. W. Biochemistry 2004, 43, 9265-9275
85. Starck, S. R.; Green, H. M.; Alberola-Ila, J.; Roberts, R. W. Chem. Biol. 2004, 11, 999-1008.
86. Millward, S. W.; Takahashi, T. T.; Roberts, R. W. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14142-14143.
87. Muranaka, N.; Hohsaka, T.; Sisido, M. Nucleic Acids Res. 2006, 34, e7.
88. Green, L. S.; Jellinek, D.; Bell, C.; Beebe, L. A.; Feistner, B. D.; Gill, S. C.; Jucker, F. M.; Janjic, N. Chem. Biol. 1995, 2, 683-695.
89. Teramoto, N.; Imanishi, Y.; Ito, Y. Bioconjug. Chem. 2000, 11, 744-748.
90. Teramoto, N.; Imanishi, Y.; Ito, Y. J. Bioact. Comp. Polym. 15, 2000, 297- 308.
91. Tarasow, T. M.; Tarasow, S. L.; Eaton, B. E. Nature 1997, 389, 54-57.
92. Tarasow, T. M.; Kellogg, E.; Holley, B. L.; Nieuwlandt, D.; Tarasow, S. L.; Eaton, B. E. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11843-11851.
93. Santoro, S. W.; Joyce, G. F.; Sakthivel, K.; Gramatikova, S. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2433-2439.
94. Perrin, D. M.; Garestier, T.; Helene, C. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 1556-1563.
95. Lermer, L.; Roupioz, Y.; Ting, R.; Perrin, D. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9960-9961.
96. Kawazoe, N.; Teramoto, N.; Ichinari, H.; Imanishi, Y.; Ito, Y. Biomacromolecules 2001, 2, 681-686.
97. Teramoto, N.; Ichinari, H.; Kawazoe, N.; Imanishi, Y.; Ito, Y. Biotechnol Bioeng. 2001, 75, 463-468.
98. Koizumi, M.; Soukup, G. A.; Kerr, J. N.; Breaker, R. R. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 1062-1071.
99. Seetharaman, S.; Zivarts, M.; Sudarsan, N.; Breaker, R. R. Nat. Biotechnol 2001, 19, 336-341.
100. Piganeau, N.; Jenne, A; Thuillier, V; Famulok, M. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 2000, 39, 4369-4373.
101. Robertson, M. P.; Ellington, A. D. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 650-655.
102. Robertson, M. P.; Ellington, A. D. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 62-66.
103. Li, J.; Lu, Y. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10466-10467.
104. Stojanovic, M. N.; de Prada, P.; Landry, D. W. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 11547-11548.
105. Stojanovic, M. N.; de Prada, P.; Landry, D. W. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4928-4931.
106. Stojanovic, M. N.; Mitchell, T. E.; Stefanovic, D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3555-3561.
107. Stojanovic, M. N.; Stefanovic, D. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 6914-6915.
108. Kolpashchikov, D. M.; Stojanovic, M. N. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 11348-11351.
109. Stojanovic, M. N.; Stefanovic, D. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 1069-1074.
110. Penchovsky, R.; Breaker, R. R. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 1424-1433.
111. Jayasena, S. D. Clin. Chem. 1999, 45, 1628-1650.
112. Hartig, J. S.; Najafi-Shoushtari, S. H.; Grune, I.; Yan, A.; Ellington, A. D.; Famulok, M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 717-722.
113. Fredriksson, S.; Gullberg, M.; Jarvius, J.; Olsson, C.; Pietras, K.; Gustafsdottir, S. M.; Ostman, A.; Landegren, U. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 413-417.
114. Liu, J.; Lu, Y. Angew. Chem. Int. Edn. 2005, 45, 90-94.
115. Levy, M.; Cater, S. F.; Ellington, A. D. ChemBioChem 2005, 6, 2163-2166.
116. Ito, Y.; Hasuda, H. Biotechnol. Bioeng. 2004, 86, 72-77.
117. Ito, Y. Polym. Adv. Technol. 2004, 15, 3-14.
118. Ito, Y.; Fukusaki, E. J. Mol. Catal. B 2004, 28, 155-166.
119. LaBean, T. H.; Li, H. Y. Nano Today 2007, 2, 26-35.
120. Liedl, T.; Sobey, T. L.; Simmel, F. C. Nano Today 2007, 2, 36-41.
121. Niemeyer, C. M. Nano Today 2007, 2, 42-52.
122. Bath, J.; Turberfield, A. J. Nat. Nanotechnol. 2007, 2, 275-284