Experimental metagenomics and ribosomal profiling of the human skin microbiome

Experimental Dermatology

Volumn 26, Issue 3, 2017, Pages 211-219

  Ferretti, Pamela ^a   Farina, Stefania ^b   Cristofolini, Mario ^b   Girolomoni, Giampiero ^c   Tett, Adrian ^a   Segata, Nicola ^a  

^a UNIVERSITY OF TRENTO   (Italy)

^b Terme di Comano   (Italy)

^c UNIVERSITY OF VERONA   (Italy)

Author keywords

metagenomics; next generation sequencing; profiling; ribosomal; ribosomal profiling; skin microbiome

Indexed keywords

AMPLICON; CASE STUDY; COMPARATIVE STUDY; DNA EXTRACTION; ELBOW; HIGH THROUGHPUT SEQUENCING; HUMAN; MATHEMATICAL ANALYSIS; METAGENOMICS; MICROBIAL COMMUNITY; NONHUMAN; REVIEW; RIBOSOME; SEQUENCE ANALYSIS; SHOTGUN METAGENOMICS SEQUENCING; SKIN FLORA; STATISTICAL ANALYSIS; BIOLOGY; DNA SEQUENCE; GENETICS; MICROBIOLOGY; MICROFLORA; PROCEDURES; SKIN;

BACTERIAL DNA; RNA 16S;

COMPUTATIONAL BIOLOGY; DNA, BACTERIAL; HUMANS; METAGENOMICS; MICROBIOTA; RNA, RIBOSOMAL, 16S; SEQUENCE ANALYSIS, DNA; SKIN;

EID: 85010526709     PISSN: 09066705     EISSN: 16000625     Source Type: Journal    
DOI: 10.1111/exd.13210     Document Type: Review

References (163)

1. R. Sender, S. Fuchs, R. Milo, PLoS Biol 2016, 14, e1002533.
2. J. J. Leyden, K. J. McGinley, K. M. Nordstrom, G. F. Webster, Dermatology 1987, 88, 65.
3. Z. Gao, C. H. Tseng, Z. Pei, M. J. Blaser Proc. Natl Acad. Sci. USA 2007, 104, 2927.
4. E. K. Costello, C. L. Lauber, M. Hamady, N. Fierer, J. I. Gordon, R. Knight, Science 2009, 326, 1694.
5. The Human Microbiome Project Consortium, Nature 2012, 486, 207.
6. H. H. Kong, J. A. Segre, J. Invest. Dermatol. 2012, 132, 933.
7. E. A. Grice, J. A. Segre, Microbiology 2011, 9, 244.
8. E. A. Grice, Semin. Cutan. Med. Surg. 2014, 33, 98.
9. A. L. Cogen, K. Yamasaki, K. M. Sanchez, R. A. Dorschner, Y. Lai, D. T. MacLeod, J. W. Torpey, M. Otto, V. Nizet, J. E. Kim, R. L. Gallo J. Invest. Dermatol. 2010, 130, 192.
10. Y. Lai, A. L. Cogen, K. A. Radek, H. J. Park, D. T. Macleod, A. Leichtle, A. F. Ryan, A. Di Nardo, R. L. Gallo J. Invest. Dermatol. 2010, 130, 2211.
11. T. Iwase, Y. Uehara, H. Shinji, A. Tajima, H. Seo, K. Takada, T. Agata, Y. Mizunoe, Nature 2010, 465, 346.
12. K. A. Capone, S. E. Dowd, G. N. Stamatas, J. Nikolovski, J. Invest. Dermatol. 2011, 131, 2026.
13. S. Naik, N. Bouladoux, J. L. Linehan, S. J. Han, O. J. Harrison, C. Wilhelm, S. Conlan, S. Himmelfarb, A. L. Byrd, C. Deming, M. Quinones, J. M. Brenchley, H. H. Kong, R. Tussiwand, K. M. Murphy, M. Merad, J. A. Segre, Y. Belkaid, Nature 2015, 520, 104.
14. Y. Lai, A. Di Nardo, T. Nakatsuji, A. Leichtle, Y. Yang, A. L. Cogen, Z. R. Wu, L. V. Hooper, R. R. Schmidt, von Aulock S., K. A. Radek, C. M. Huang, A. F. Ryan, R. L. Gallo, Nat. Med. 2009, 15, 1377.
15. R. L. Gallo, T. Nakatsuji, J. Invest. Dermatol. 2011, 131, 1974.
16. N. O. Verhulst, W. Takken, M. Dicke, G. Schraa, R. C. Smallegange, FEMS Microbiol. Ecol. 2010, 74, 1.
17. N. Fierer, C. L. Lauber, N. Zhou, D. McDonald, E. K. Costello, R. Knight, Proc. Natl Acad. Sci. USA 2010, 107, 6477.
18. S. Ying, D. N. Zeng, L. Chi, Y. Tan, C. Galzote, C. Cardona, S. Lax, J. Gilbert, Z. X. Quan, PLoS One 2015, 10, e0141842.
19. N. Fierer, M. Hamady, C. L. Lauber, R. Knight, Proc. Natl Acad. Sci. USA 2008, 105, 17994.
20. A. SanMiguel, E. A. Grice, Cell. Mol. Life Sci. 2015, 72, 1499.
21. R. Knight, J. Jansson, D. Field, N. Fierer, N. Desai, J. A. Fuhrman, P. Hugenholtz, der van Lelie D., F. Meyer, R. Stevens, M. J. Bailey, J. I. Gordon, G. A. Kowalchuk, J. A. Gilbert, Nat. Biotechnol. 2012, 30, 513.
22. T. L. Tickle, N. Segata, L. Waldron, U. Weingart, C. Huttenhower, ISME J. 2013, 7, 2330.
23. E. A. Grice, H. H. Kong, S. Conlan, C. B. Deming, J. Davis, A. C. Young; NISC Comparative Sequencing Program, G. G. Bouffard, R. W. Blakesley, P. R. Murray, E. D. Green, M. L. Turner, J. A. Segre, Science 2009, 324, 1190.
24. G. E. Flores, J. G. Caporaso, J. B. Henley, J. R. Rideout, D. Domogala, J. Chase, J. W. Leff, Y. Vázquez-Baeza, A. Gonzalez, R. Knight, R. R. Dunn, N. Fierer, Genome Biol. 2014, 15, 531.
25. G. Wu, H. Zhao, C. Li, M. P. Rajapakse, W. C. Wong, J. Xu, C. W. Saunders, N. L. Reeder, R. A. Reilman, A. Scheynius, S. Sun, B. R. Billmyre, W. Li, A. F. Averette, P. Mieczkowski, J. Heitman, B. Theelen, der Schrö M. S., P. F. De Sessions, G. Butler, S. Maurer-Stroh, T. Boekhout, N. Nagarajan, T. L. Dawson Jr, PLoS Genet. 2015, 11, e1005614.
26. J. Liu, R. Yan, Q. Zhong, S. Ngo, N. J. Bangayan, L. Nguyen, T. Lui, M. Liu, M. C. Erfe, N. Craft, S. Tomida, H. Li, ISME J. 2015, 9, 2078.
27. L. A. Ogilvie, B. V. Jones, Front. Microbiol. 2015, 6, 918.
28. G. D. Hannigan, J. S. Meisel, A. S. Tyldsley, Q. Zheng, B. P. Hodkinson, A. J. SanMiguel, S. Minot, F. D. Bushman, E. A. Grice, mBio 2015, 6, e01578.
29. K. Cadwell, Immunity 2015, 42, 805.
30. E. A. Grice, Genome Res. 2015, 25, 1514.
31. E. J. Stewart, J. Bacteriol. 2012, 194, 4151.
32. H. Al-Awadhi, N. Dashti, M. Khanafer, D. Al-Mailem, N. Ali, S. Radwan, Springerplus 2013, 2, 369.
33. K. Findley, J. Oh, J. Yang, S. Conlan, C. Deming, J. A. Meyer, D. Schoenfeld, E. Nomicos, M. Park; NIH Intramural Sequencing Center Comparative Sequencing Program, H. H. Kong, J. A. Segre, Nature 2013, 498, 367.
34. C. R. Woese, O. Kandler, M. L. Wheelis, Proc. Natl Acad. Sci. USA 1990, 87, 4576.
35. M. Hamady, R. Knight, Genome Res. 2009, 19, 1141.
36. R. Poretsky, L. M. Rodriguez-R, C. Luo, D. Tsementzi, K. T. Konstantinidis, PLoS One 2014, 9, e93827.
37. M. J. Claesson, O. O'Sullivan, Q. Wang, J. Nikkilä, J. R. Marchesi, H. Smidt, de Vos W. M., R. P. Ross, P. W. O'Toole, PLoS One 2009, 4, e6669.
38. T. J. Sharpton, Front. Plant Sci. 2014, 5, 209.
39. H. H. Kong, J. Oh, C. Deming, S. Conlan, E. A. Grice, M. A. Beatson, E. Nomicos, E. C. Polley, H. D. Komarow; NISC Comparative Sequence Program, P. R. Murray, M. L. Turner, J. A. Segre, Genome Res. 2012, 22, 850.
40. M. J. Blaser, M. G. Dominguez-Bello, M. Contreras, M. Magris, G. Hidalgo, I. Estrada, Z. Gao, J. C. Clemente, E. K. Costello, R. Knight, ISME J. 2013, 7, 85.
41. S. M. Huse, Y. Ye, Y. Zhou, A. A. Fodor, PLoS One 2012, 7, e34242.
42. J. Oh, S. Conlan, E. C. Polley, J. A. Segre, H. H. Kong, Genome Med. 2012, 4, 77.
43. T. Nakatsuji, H. I. Chiang, S. B. Jiang, H. Nagarajan, K. Zengler, R. L. Gallo, Nat. Commun. 2013, 4, 1431.
44. A. Fahlén, L. Engstrand, B. S. Baker, A. Powles, L. Fry, Arch. Dermatol. Res. 2012, 304, 15.
45. T. Staudinger, A. Pipal, B. Redl, J. Appl. Microbiol. 2011, 110, 1381.
46. A. Chao, Scand. J. Stat., 1948, 11, 265.
47. E. A. Grice, H. H. Kong, G. Renaud, A. C. Young, NISC Comparative Sequencing Program, G. G. Bouffard, R. W. Blakesley, T. G. Wolfsberg, M. L. Turner, J. A. Segre, Genome Res. 2008, 18, 1043.
48. G. R. Feehery, E. Yigit, S. O. Oyola, B. W. Langhorst, V. T. Schmidt, F. J. Stewart, E. T. Dimalanta, L. A. Amaral-Zettler, T. Davis, M. A. Quail, S. Pradhan, PLoS One 2013, 8, e76096.
49. H. P. Horz, S. Scheer, F. Huenger, M. E. Vianna, G. Conrads, J. Microbiol. Methods 2008, 72, 98.
50. L. Zhou, A. J. Pollard, BMC Infect. Dis. 2012, 12, 164.
51. M. Garcia-Garcerà, K. Garcia-Etxebarria, M. Coscollà, A. Latorre, F. Calafell, PLoS One 2013, 8, e74914.
52. S. Mollerup, J. Friis-Nielsen, L. Vinner, T. A. Hansen, S. R. Richter, H. Fridholm, J. A. R. Herrera, O. Lund, S. Brunak, J. M. G. Izarzugaza, T. Mourier, L. P. Nielsen, A. J. Hansen, J. Clin. Microbiol. 2016, 54, 980.
53. S. J. Salter, M. J. Cox, E. M. Turek, S. T. Calus, W. O. Cookson, M. F. Moffatt, P. Turner, J. Parkhill, N. J. Loman, A. W. Walker, BMC Biol. 2014, 12, 87.
54. C. L. Lauber, N. Zhou, J. I. Gordon, R. Knight, N. Fierer, FEMS Microbiol. Lett. 2010, 307, 80.
55. P. L. J. M. Zeeuwen, J. Boekhorst, van den Bogaard E. H., de Koning H. D., de van Kerkhof P. M. C., D. M. Saulnier, van Swam I. I., van Hijum S. A. F. T., M. Kleerebezem, J. Schalkwijk, H. M. Timmerman, Genome Biol. 2012, 13, R101.
56. J. Kuczynski, C. L. Lauber, W. A. Walters, L. W. Parfrey, J. C. Clemente, D. Gevers, R. Knight, Nat. Rev. Genet. 2012, 13, 47.
57. Jumpstart Consortium Human Microbiome Project Data Generation Working Group, PLoS One 2012, 7, e39315.
58. B. J. Haas, D. Gevers, A. M. Earl, M. Feldgarden, D. V. Ward, G. Giannoukos, D. Ciulla, D. Tabbaa, S. K. Highlander, E. Sodergren, B. Methé, T. Z DeSantis; Human Microbiome Consortium, J. F. Petrosino, R. Knight, B. W. Birren, Genome Res. 2011, 21, 494.
59. E. A. Eloe-Fadrosh, N. N. Ivanova, T. Woyke, N. C. Kyrpides, Nat. Microbiol. 2016, 1, 15032.
60. J. Oh, A. F. Freeman, N. I. S. C. Comparative Sequencing Program, M. Park, R. Sokolic, F. Candotti, S. M. Holland, J. A. Segre, H. H. Kong, Genome Res. 2013, 23, 2103.
61. The Human Microbiome Project Consortium, Nature 2012, 486, 215.
62. Z. Liu, T. Z. De Santis, G. L. Andersen, R. Knight, Nucleic Acids Res. 2008, 36, e120.
63. Q. Wang, G. M. Garrity, J. M. Tiedje, J. R. Cole, Appl. Environ. Microbiol. 2007, 73, 5261.
64. S. Lax, D. P. Smith, J. Hampton-Marcell, S. M. Owens, K. M. Handley, N. M. Scott, S. M. Gibbons, P. Larsen, B. D. Shogan, S. Weiss, J. L. Metcalf, L. K. Ursell, Y. Vázquez-Baeza, W. Van Treuren, N. A. Hasan, M. K. Gibson, R. Colwell, G. Dantas, R. Knight, J. A. Gilbert, Science 2014, 345, 1048.
65. J. S. Meisel, G. D. Hannigan, A. S. Tyldsley, A. J. SanMiguel, B. P. Hodkinson, Q. Zheng, E. A. Grice, J. Invest. Dermatol. 2016, 136, 947.
66. A. J. Probst, A. K. Auerbach, C. Moissl-Eichinger, PLoS One 2013, 8, e65388.
67. G. C. Baker, J. J. Smith, D. A. Cowan, J. Microbiol. Methods 2003, 55, 541.
68. Y. Wang, P. Y. Qian, PLoS One 2009, 4, e7401.
69. J. G. Caporaso, C. L. Lauber, W. A. Walters, D. Berg-Lyons, C. A. Lozupone, P. J. Turnbaugh, N. Fierer, R. Knight, Proc. Natl Acad. Sci. USA 2011, 108(Suppl 1), 4516.
70. J. G. Caporaso, C. L. Lauber, W. A. Walters, D. Berg-Lyons, J. Huntley, N. Fierer, S. M. Owens, J. Betley, L. Fraser, M. Bauer, N. Gormley, J. A. Gilbert, G. Smith, R. Knight, ISME J. 2012, 6, 1621.
71. E. R. H. William Walters, D. Berg-Lyons, G. Ackermann, G. Humphrey, A. Parada, J. A Gilbert, J. K. Jansson, J. Gregory Caporaso, J. A. Fuhrman, A. Apprill, R. Knight. mSystems 2015, 1, e00009.
72. W. J. Sul, J. R. Cole, C. Jesus Eda, Q. Wang, R. J. Farris, J. A. Fish, J. M. Tiedje, Proc. Natl Acad. Sci. USA 2011, 108, 14637.
73. L. Mamanova, A. J. Coffey, C. E. Scott, I. Kozarewa, E. H. Turner, A. Kumar, E. Howard, J. Shendure, D. J. Turner, Nat. Methods 2010, 7, 111.
74. S. J. Salipante, T. Kawashima, C. Rosenthal, D. R. Hoogestraat, L. A. Cummings, D. J. Sengupta, T. T. Harkins, B. T. Cookson, N. G. Hoffman, Appl. Environ. Microbiol. 2014, 80, 7583.
75. D. J. Lahr, L. A. Katz, Biotechniques 2009, 47, 857.
76. P. D. Schloss, D. Gevers, S. L. Westcott, PLoS One 2011, 6, e27310.
77. J. Oh, A. L. Byrd, C. Deming, S. Conlan; NISC Comparative Sequencing Program, H. H. Kong, J. A. Segre, Nature 2014, 514, 59.
78. D. T. Truong, E. A. Franzosa, T. L. Tickle, M. Scholz, G. Weingart, E. Pasolli, A. Tett, C. Huttenhower, N. Segata, Nat. Methods 2015, 12, 902.
79. M. Fakruddin, K. S. Bin Mannan, A. Chowdhury, R. M. Mazumdar, M. N. Hossain, S. Islam, M. A. Chowdhury, J. Pharm. Bioallied Sci. 2013, 5, 245.
80. C. Spits, C. Le Caignec, M. De Rycke, L. Van Haute, A. Van Steirteghem, I. Liebaers, K. Sermon, Nat. Protoc. 2006, 1, 1965.
81. S. Lamble, E. Batty, M. Attar, D. Buck, R. Bowden, G. Lunter, D. Crook, B. El-Fahmawi, P. Piazza, BMC Biotechnol. 2013, 13, 104.
82. M. A. Quail, M. Smith, P. Coupland, T. D. Otto, S. R. Harris, T. R. Connor, A. Bertoni, H. P. Swerdlow, Y. Gu, BMC Genom. 2012, 13, 341.
83. K. H. Wong, Y. Jin, Z. Moqtaderi. Curr. Protoc. Mol. Biol. 2013, Chapter 7, Unit 7.11.
84. P. D. Hebert, A. Cywinska, S. L. Ball, J. R. deWaard, Proc. Biol. Sci. 2003, 270, 313.
85. P. Parameswaran, R. Jalili, L. Tao, S. Shokralla, B. Gharizadeh, M. Ronaghi, A. Z. Fire, Nucleic Acids Res. 2007, 35, e130.
86. Z. Gao, G. I. Perez-Perez, Y. Chen, M. J. Blaser, J. Clin. Microbiol. 2010, 48, 3575.
87. N. Segata, D. Boernigen, T. L. Tickle, X. C. Morgan, W. S. Garrett, C. Huttenhower, Mol. Syst. Biol. 2013, 9, 666.
88. Q. Zhou, X. Su, A. Wang, J. Xu, K. Ning, PLoS One 2013, 8, e60234.
89. R. K. Patel, M. Jain, PLoS One 2012, 7, e30619.
90. J. G. Caporaso, J. Kuczynski, J. Stombaugh, K. Bittinger, F. D. Bushman, E. K. Costello, N. Fierer, A. G. Peña, J. K. Goodrich, J. I. Gordon, G. A. Huttley, S. T. Kelley, D. Knights, J. E. Koenig, R. E. Ley, C. A. Lozupone, D. McDonald, B. D. Muegge, M. Pirrung, J. Reeder, J. R. Sevinsky, P. J. Turnbaugh, W. A. Walters, J. Widmann, T. Yatsunenko, J. Zaneveld, R. Knight, Nat. Methods 2010, 7, 335.
91. P. D. Schloss, S. L. Westcott, T. Ryabin, J. R. Hall, M. Hartmann, E. B. Hollister, R. A. Lesniewski, B. B. Oakley, D. H. Parks, C. J. Robinson, J. W. Sahl, B. Stres, G. G. Thallinger, D. J. Van Horn, C. F. Weber, Appl. Environ. Microbiol. 2009, 75, 7537.
92. J. T. Erica Plummer, D. M. Bulach, S. M. Garland, S. N. Tabrizi. J. Prot. Bioinform. 2015, 8, 283.
93. E. Kopylova, J. A. Navas-Molina, C. Mercier, Z. Z. Xu, F. Mahé, Y. He, H. W. Zhou, T. Rognes, J. Gregory Caporaso, R. Knight, mSystems 2016, 1, e00003.
94. P. D. Schloss. mSystems 2016, 1, e00027.
95. R. Schmieder, R. Edwards, PLoS One 2011, 6, e17288.
96. M. M. Haque, T. Bose, A. Dutta, C. V. Reddy, S. S. Mande, Genomics 2015, 106, 116.
97. H. Li, R. Durbin, Bioinformatics 2009, 25, 1754.
98. B. Langmead, S. L. Salzberg, Nat. Methods 2012, 9, 357.
99. T. Thomas, J. Gilbert, F. Meyer, Microb. Inform. Exp. 2012, 2, 3.
100. T. Magoc, S. Pabinger, S. Canzar, X. Liu, Q. Su, D. Puiu, L. J. Tallon, S. L. Salzberg, Bioinformatics 2013, 29, 1718.
101. W. Zhang, J. Chen, Y. Yang, Y. Tang, J. Shang, B. Shen, PLoS One 2011, 6, e17915.
102. M. Hunt, C. Newbold, M. Berriman, T. D. Otto, Genome Biol. 2014, 15, R42.
103. M. Comin, M. Schimd, BMC Bioinformatics 2014, 15(Suppl 9), S1.
104. P. Meinicke, K. P. Asshauer, T. Lingner, Bioinformatics 2011, 27, 1618.
105. D. H. Huson, A. F. Auch, J. Qi, S. C. Schuster, Genome Res. 2007, 17, 377.
106. A. Brady, S. L. Salzberg, Nat. Methods 2009, 6, 673.
107. N. N. Diaz, L. Krause, A. Goesmann, K. Niehaus, T. W. Nattkemper, BMC Bioinformatics 2009, 10, 56.
108. H. Teeling, A. Meyerdierks, M. Bauer, R. Amann, F. O. Glöckner, Environ. Microbiol. 2004, 6, 938.
109. S. Sunagawa, D. R. Mende, G. Zeller, F. Izquierdo-Carrasco, S. A. Berger, J. R. Kultima, L. P. Coelho, M. Arumugam, J. Tap, H. B. Nielsen, S. Rasmussen, S. Brunak, O. Pedersen, F. Guarner, de Vos W. M., J. Wang, J. Li, J. Doré, S. D. Ehrlich, A. Stamatakis, P. Bork, Nat. Methods 2013, 10, 1196.
110. N. Segata, D. Börnigen, X. C. Morgan, C. Huttenhower Nat. Commun. 2013, 4, 2304.
111. N. Segata, L. Waldron, A. Ballarini, V. Narasimhan, O. Jousson, C. Huttenhower, Nat. Methods 2012, 9, 811.
112. M. Scholz, D. V. Ward, E. Pasolli, T. Tolio, M. Zolfo, F. Asnicar, D. T. Truong, A. Tett, A. L. Morrow, N. Segata, Nat. Methods 2016, 13, 435.
113. S. F. Altschul, W. Gish, W. Miller, E. W. Myers, D. J. Lipman, J. Mol. Biol. 1990, 215, 403.
114. R. D. Finn, J. Clements, S. R. Eddy, Nucleic Acids Res. 2011, 39, W29.
115. T. Prakash, T. D. Taylor, Brief. Bioinform. 2012, 13, 711.
116. G. W. Tyson, J. Chapman, P. Hugenholtz, E. E. Allen, R. J. Ram, P. M. Richardson, V. V. Solovyev, E. M. Rubin, D. S. Rokhsar, J. F. Banfield, Nature 2004, 428, 37.
117. A. Masoudi-Nejad, S. Goto, T. R. Endo, M. Kanehisa, Methods Mol. Biol. 2007, 406, 437.
118. B. E. Suzek, H. Huang, P. McGarvey, R. Mazumder, C. H. Wu, Bioinformatics 2007, 23, 1282.
119. C. J. Krieger, P. Zhang, L. A. Mueller, A. Wang, S. Paley, M. Arnaud, J. Pick, S. Y. Rhee, P. D. Karp, Nucleic Acids Res. 2004, 32, D438.
120. J. Huerta-Cepas, D. Szklarczyk, K. Forslund, H. Cook, D. Heller, M. C. Walter, T. Rattei, D. R. Mende, S. Sunagawa, M. Kuhn, L. J. Jensen, von Mering C., P. Bork, Nucleic Acids Res. 2016, 44, D286.
121. S. Nayfach, P. H. Bradley, S. K. Wyman, T. J. Laurent, A. Williams, J. A. Eisen, K. S. Pollard, T. J. Sharpton, PLoS Comput. Biol. 2015, 11, e1004573.
122. S. Abubucker, N. Segata, J. Goll, A. M. Schubert, J. Izard, B. L. Cantarel, B. Rodriguez-Mueller, J. Zucker, M. Thiagarajan, B. Henrissat, O. White, S. T. Kelley, B. Methé, P. D. Schloss, D. Gevers, M. Mitreva, C. Huttenhower, PLoS Comput. Biol. 2012, 8, e1002358.
123. J. R. Kultima, S. Sunagawa, J. Li, W. Chen, H. Chen, D. R. Mende, M. Arumugam, Q. Pan, B. Liu, J. Qin, J. Wang, P. Bork, PLoS One 2012, 7, e47656.
124. R. H. Whittaker. Taxon. 1972, 21, 213.
125. X. C. Morgan, C. Huttenhower, PLoS Comput. Biol. 2012, 8, e1002808.
126. S. W. Kembel, J. A. Eisen, K. S. Pollard, J. L. Green, PLoS One 2011, 6, e23214.
127. C. E. Shannon, MD Comput. 1997, 14, 306.
128. D. P. Faith, A. M. Baker, Evol. Bioinf. Online 2006, 2, 121.
129. J. R. Bray, J. T. Curtis. Ecological Monographs 1957, 27, 326.
130. C. Lozupone, M. E. Lladser, D. Knights, J. Stombaugh, R. Knight, ISME J. 2011, 5, 169.
131. D. Li, C. M. Liu, R. Luo, K. Sadakane, T. W. Lam, Bioinformatics 2015, 31, 1674.
132. T. Seemann, Bioinformatics 2014, 30, 2068.
133. R. M. Schowalter, D. V. Pastrana, K. A. Pumphrey, A. L. Moyer, C. B. Buck, Cell Host Microbe 2010, 7, 509.
134. S. Andrews. 2010, Available online at: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc.
135. S. I. Nikolenko, A. I. Korobeynikov, M. A. Alekseyev, BMC Genom. 2013, 14(Suppl 1), S7.
136. J. Zhang, K. Kobert, T. Flouri, A. Stamatakis, Bioinformatics 2014, 30, 614.
137. A. P. Masella, A. K. Bartram, J. M. Truszkowski, D. G. Brown, J. D. Neufeld, BMC Bioinformatics 2012, 13, 31.
138. N. A. Joshi, J. N. F. Sickle. 2011, Available online at: https://github.com/najoshi/sickle.
139. R. C. Edgar, B. J. Haas, J. C. Clemente, C. Quince, R. Knight, Bioinformatics 2011, 27, 2194.
140. M. P. Cox, D. A. Peterson, P. J. Biggs, BMC Bioinformatics 2010, 11, 485.
141. G. Bacci, M. Bazzicalupo, A. Benedetti, A. Mengoni, Mol. Ecol. Resour. 2014, 14, 426.
142. C. Quast, E. Pruesse, P. Yilmaz, J. Gerken, T. Schweer, P. Yarza, J. Peplies, F. O. Glöckner, Nucleic Acids Res. 2013, 41, D590.
143. T. Z. DeSantis, P. Hugenholtz, N. Larsen, M. Rojas, E. L. Brodie, K. Keller, T. Huber, D. Dalevi, P. Hu, G. L. Andersen, Appl. Environ. Microbiol. 2006, 72, 5069.
144. J. R. Cole, Q. Wang, J. A. Fish, B. Chai, D. M. McGarrell, Y. Sun, C. T. Brown, A. Porras-Alfaro, C. R. Kuske, J. M. Tiedje, Nucleic Acids Res. 2014, 42, D633.
145. R. C. Edgar, Bioinformatics 2010, 26, 2460.
146. R. C. Edgar, Nat. Methods 2013, 10, 996.
147. X. Hao, R. Jiang, T. Chen, Bioinformatics 2011, 27, 611.
148. S. M. Huse, D. M. Welch, H. G. Morrison, M. L. Sogin, Environ. Microbiol. 2010, 12, 1889.
149. W. Li, A. Godzik, Bioinformatics 2006, 22, 1658.
150. D. A. Soergel, N. Dey, R. Knight, S. E. Brenner, ISME J. 2012, 6, 1440.
151. T. Z. DeSantis, K. Keller, U. Karaoz, A. V. Alekseyenko, N. N. Singh, E. L. Brodie, Z. Pei, G. L. Andersen, N. Larsen, BMC Ecol. 2011, 11, 11.
152. R. C. Gentleman, V. J. Carey, D. M. Bates, B. Bolstad, M. Dettling, S. Dudoit, B. Ellis, L. Gautier, Y. Ge, J. Gentry, K. Hornik, T. Hothorn, W. Huber, S. Iacus, R. Irizarry, F. Leisch, C. Li, M. Maechler, A. J. Rossini, G. Sawitzki, C. Smith, G. Smyth, L. Tierney, J. Y. Yang, J. Zhang, Genome Biol. 2004, 5, R80.
153. P. J. McMurdie, S. Holmes, PLoS One 2013, 8, e61217.
154. D. Knights, J. Kuczynski, E. S. Charlson, J. Zaneveld, M. C. Mozer, R. G. Collman, F. D. Bushman, R. Knight, S. T. Kelley, Nat. Methods 2011, 8, 761.
155. N. Segata, J. Izard, L. Waldron, D. Gevers, L. Miropolsky, W. S. Garrett, C. Huttenhower, Genome Biol. 2011, 12, R60.
156. D. H. Parks, G. W. Tyson, P. Hugenholtz, R. G. Beiko, Bioinformatics 2014, 30, 3123.
157. J. R. White, N. Nagarajan, M. Pop, PLoS Comput. Biol. 2009, 5, e1000352.
158. A. M. Eren, L. Maignien, W. J. Sul, L. G. Murphy, S. L. Grim, H. G. Morrison, M. L. Sogin. Methods Ecol. Evol. 2013: 4, 1111.
159. F. Asnicar, G. Weingart, T. L. Tickle, C. Huttenhower, N. Segata, PeerJ 2015, 3, e1029.
160. P. Shannon, A. Markiel, O. Ozier, N. S. Baliga, J. T. Wang, D. Ramage, N. Amin, B. Schwikowski, T. Ideker, Genome Res. 2003, 13, 2498.
161. C. Lozupone, R. Knight, Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71, 8228.
162. M. G. Langille, J. Zaneveld, J. G. Caporaso, D. McDonald, D. Knights, J. A. Reyes, J. C. Clemente, D. E. Burkepile, R. L. Vega Thurber, R. Knight, R. G. Beiko, C. Huttenhower, Nat. Biotechnol. 2013, 31, 814.
163. J. S. Meisel, G. D. Hannigan, A. S. Tyldsley, A. J. SanMiguel, B. P. Hodkinson, Q. Zheng, E. A. Grice, J. Invest. Dermatol. 2016, 136, 94.