Type III Polyketide Synthases: Functional Classification and Phylogenomics

ChemBioChem

Volumn 18, Issue 1, 2017, Pages 50-65

  Shimizu, Yugo ^a   Ogata, Hiroyuki ^a   Goto, Susumu ^a  

^a KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

biosynthesis; enzyme reaction classification; genome mining; phylogenomic distribution; polyketides

Indexed keywords

POLYKETIDE SYNTHASE; TYPE III POLYKETIDE SYNTHASE; UNCLASSIFIED DRUG;

BACTERIUM; CYCLIZATION; ENZYME ACTIVITY; ENZYME CHEMISTRY; ENZYME KINETICS; ENZYME SPECIFICITY; EUKARYOTE; FUNGUS; NONHUMAN; PHYLOGENOMICS; PLANT; POLYMERIZATION; PREDICTION; PRIORITY JOURNAL; PROTIST; REACTION ANALYSIS; REVIEW; TAXONOMY; CLASSIFICATION; ENZYMOLOGY; GENETICS; METABOLISM; MULTIGENE FAMILY; PHYLOGENY;

BACTERIA; FUNGI; MULTIGENE FAMILY; PHYLOGENY; PLANTS; POLYKETIDE SYNTHASES; SUBSTRATE SPECIFICITY;

EID: 85006489549     PISSN: 14394227     EISSN: 14397633     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbic.201600522     Document Type: Review

References (147)

1. T. T. H. Dao, H. J. M. Linthorst, R. Verpoorte, Phytochem. Rev. 2011, 10, 397–412.
2. J. Zeng, R. Decker, J. Zhan, Appl. Biochem. Biotechnol. 2012, 166, 1020–1033.
3. M. Funabashi, N. Funa, S. Horinouchi, J. Biol. Chem. 2008, 283, 13983–13991.
4. E. Grienenberger, S. S. Kim, B. Lallemand, P. Geoffroy, D. Heintz, C. D. A. Souza, T. Heitz, C. J. Douglas, M. Legrand, Plant Cell 2010, 22, 4067–4083.
5. T. Saito, A. Kato, R. R. Kay, Dev. Biol. 2008, 317, 444–453.
6. J. Staunton, K. J. Weissman, Nat. Prod. Rep. 2001, 18, 380–416.
7. Y.-H. Chooi, Y. Tang, J. Org. Chem. 2012, 77, 9933–9953.
8. C. Hertweck, Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 4688–4716;
9. Angew. Chem. 2009, 121, 4782–4811.
10. A. M. Haapalainen, G. Meriläinen, R. K. Wierenga, Trends Biochem. Sci. 2006, 31, 64–71.
11. C. Jiang, S. Y. Kim, D.-Y. Suh, Mol. Phylogenet. Evol. 2008, 49, 691–701.
12. U. Reimold, M. Kröger, F. Kreuzaler, K. Hahlbrock, EMBO J. 1983, 2, 1801–1805.
13. N. Funa, Y. Ohnishi, I. Fujii, M. Shibuya, Y. Ebizuka, S. Horinouchi, Nature 1999, 400, 897–899.
14. M. Hashimoto, T. Nonaka, I. Fujii, Nat. Prod. Rep. 2014, 31, 1306–1317.
15. M. B. Austin, T. Saito, M. E. Bowman, S. Haydock, A. Kato, B. S. Moore, R. R. Kay, J. P. Noel, Nat. Chem. Biol. 2006, 2, 494–502.
16. L. Meslet-Cladière, L. Delage, C. J.-J. Leroux, S. Goulitquer, C. Leblanc, E. Creis, E. A. Gall, V. Stiger-Pouvreau, M. Czjzek, P. Potin, Plant Cell 2013, 25, 3089–3103.
17. H. Baharum, H. Morita, A. Tomitsuka, F.-C. Lee, K.-Y. Ng, R. A. Rahim, I. Abe, C.-L. Ho, Mar. Biotechnol. 2011, 13, 845–856.
18. E. J. Helfrich, S. Reiter, J. Piel, Curr. Opin. Biotechnol. 2014, 29, 107–115.
19. S. Oguro, T. Akashi, S. Ayabe, H. Noguchi, I. Abe, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004, 325, 561–567.
20. J. M. Jez, M. E. Bowman, J. P. Noel, Biochemistry 2001, 40, 14829–14838.
21. K. Wanibuchi, H. Morita, H. Noguchi, I. Abe, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2011, 21, 2083–2086.
22. I. Abe, H. Morita, Nat. Prod. Rep. 2010, 27, 809–838.
23. M. B. Austin, J. P. Noel, Nat. Prod. Rep. 2003, 20, 79–110.
24. C. Jiang, C. K. Schommer, S. Y. Kim, D.-Y. Suh, Phytochemistry 2006, 67, 2531–2540.
25. H.-N. Yu, L. Wang, B. Sun, S. Gao, A.-X. Cheng, H.-X. Lou, Plant Cell Rep. 2015, 34, 233–245.
26. J. B. Harborne, C. A. Williams, Phytochemistry 2000, 55, 481–504.
27. E. K. Bomati, M. B. Austin, M. E. Bowman, R. A. Dixon, J. P. Noel, J. Biol. Chem. 2005, 280, 30496–30503.
28. A. B. Christensen, P. L. Gregersen, J. Schröder, D. B. Collinge, Plant Mol. Biol. 1998, 37, 849–857.
29. B. Liu, H. Falkenstein-Paul, W. Schmidt, L. Beerhues, Plant J. 2003, 34, 847–855.
30. N. Nualkaew, H. Morita, Y. Shimokawa, K. Kinjo, T. Kushiro, W. De-Eknamkul, Y. Ebizuka, I. Abe, Phytochemistry 2012, 77, 60–69.
31. L.-Q. Ma, Y.-W. Guo, D.-Y. Gao, D.-M. Ma, Y.-N. Wang, G.-F. Li, B.-Y. Liu, H. Wang, H.-C. Ye, Planta 2009, 229, 1077–1086.
32. D. Zheng, G. Hrazdina, Arch. Biochem. Biophys. 2008, 470, 139–145.
33. T. Reinecke, H. Kindl, Phytochemistry 1993, 35, 63–66.
34. B. Liu, T. Raeth, T. Beuerle, L. Beerhues, Planta 2007, 225, 1495–1503.
35. B. Liu, T. Raeth, T. Beuerle, L. Beerhues, Plant Mol. Biol. 2010, 72, 17–25.
36. C. Chizzali, M. M. Gaid, A. K. Belkheir, R. Hänsch, K. Richter, H. Flachowsky, A. Peil, M.-V. Hanke, B. Liu, L. Beerhues, Plant Physiol. 2012, 158, 864–875.
37. C. Eckermann, G. Schröder, S. Eckermann, D. Strack, J. Schmidt, B. Schneider, J. Schröder, Phytochemistry 2003, 62, 271–286.
38. A. Schöppner, H. Kindl, J. Biol. Chem. 1984, 259, 6806–6811.
39. Y.-W. Guo, H.-L. Guo, X. Li, L.-L. Huang, B.-N. Zhang, X.-B. Pang, B.-Y. Liu, L.-Q. Ma, H. Wang, Plant Biotechnol. Rep. 2013, 7, 371–381.
40. S. Samappito, J. E. Page, J. Schmidt, W. De-Eknamkul, T. M. Kutchan, Phytochemistry 2003, 62, 313–323.
41. F. Sparvoli, C. Martin, A. Scienza, G. Gavazzi, C. Tonelli, Plant Mol. Biol. 1994, 24, 743–755.
42. C. K. Y. Yu, K. Springob, J. Schmidt, R. L. Nicholson, I. K. Chu, W. K. Yip, C. Lo, Plant Physiol. 2005, 138, 393–401.
43. A. Kodan, H. Kuroda, F. Sakai, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 3335–3339.
44. Y. Yamazaki, D.-Y. Suh, W. Sitthithaworn, K. Ishiguro, Y. Kobayashi, M. Shibuya, Y. Ebizuka, U. Sankawa, Planta 2001, 214, 75–84.
45. M. N. A. Khalil, T. Beuerle, A. Müller, L. Ernst, V. B. R. Bhavanam, B. Liu, L. Beerhues, Phytochemistry 2013, 96, 101–109.
46. T. Akiyama, M. Shibuya, H.-M. Liu, Y. Ebizuka, Eur. J. Biochem. 1999, 263, 834–839.
47. D. Zheng, G. Schröder, J. Schröder, G. Hrazdina, Plant Mol. Biol. 2001, 46, 1–15.
48. J. Schröder, S. Raiber, T. Berger, A. Schmidt, J. Schmidt, A. M. Soares-Sello, E. Bardshiri, D. Strack, T. J. Simpson, M. Veit, G. Schröder, Biochemistry 1998, 37, 8417–8425.
49. L.-Q. Ma, X.-B. Pang, H.-Y. Shen, G.-B. Pu, H.-H. Wang, C.-Y. Lei, H. Wang, G.-F. Li, B.-Y. Liu, H.-C. Ye, Planta 2009, 229, 457–469.
50. I. Abe, Y. Takahashi, H. Morita, H. Noguchi, Eur. J. Biochem. 2001, 268, 3354–3359.
51. Y. Katsuyama, T. Kita, N. Funa, S. Horinouchi, J. Biol. Chem. 2009, 284, 11160–11170.
52. Y. Katsuyama, T. Kita, S. Horinouchi, FEBS Lett. 2009, 583, 2799–2803.
53. S. Brand, D. Hölscher, A. Schierhorn, A. Svatoš, J. Schröder, B. Schneider, Planta 2006, 224, 413–428.
54. M. Lütge, PhD Thesis, Technische Universität Braunschweig (Germany), 2012.
55. Y. Katsuyama, M. Matsuzawa, N. Funa, S. Horinouchi, J. Biol. Chem. 2007, 282, 37702–37709.
56. K. Springob, R. Lukačin, C. Ernwein, I. Gröning, U. Matern, Eur. J. Biochem. 2000, 267, 6552–6559.
57. T. Mori, Y. Shimokawa, T. Matsui, K. Kinjo, R. Kato, H. Noguchi, S. Sugio, H. Morita, I. Abe, J. Biol. Chem. 2013, 288, 28845–28858.
58. M. S. Resmi, P. Verma, R. S. Gokhale, E. V. Soniya, J. Biol. Chem. 2013, 288, 7271–7281.
59. I. Abe, T. Abe, K. Wanibuchi, H. Noguchi, Org. Lett. 2006, 8, 6063–6065.
60. H. Morita, M. Yamashita, S.-P. Shi, T. Wakimoto, S. Kondo, R. Kato, S. Sugio, T. Kohno, I. Abe, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2011, 108, 13504–13509.
61. N. B. Paniego, K. W. M. Zuurbier, S.-Y. Fung, R. van der Heijden, J. J. C. Scheffer, R. Verpoorte, Eur. J. Biochem. 1999, 262, 612–616.
62. F. Taura, S. Tanaka, C. Taguchi, T. Fukamizu, H. Tanaka, Y. Shoyama, S. Morimoto, FEBS Lett. 2009, 583, 2061–2066.
63. S. J. Gagne, J. M. Stout, E. Liu, Z. Boubakir, S. M. Clark, J. E. Page, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2012, 109, 12811–12816.
64. S. Eckermann, G. Schröder, J. Schmidt, D. Strack, R. A. Edrada, Y. Helariutta, P. Elomaa, M. Kotilainen, I. Kilpeläinen, P. Proksch, T. H. Teeri, J. Schröder, Nature 1998, 396, 387–390.
65. H. Hotti, T. Seppänen-Laakso, M. Arvas, T. H. Teeri, H. Rischer, FEBS J. 2015, 282, 4141–4156.
66. H. Morita, S. Kondo, S. Oguro, H. Noguchi, S. Sugio, I. Abe, T. Kohno, Chem. Biol. 2007, 14, 359–369.
67. A. Jindaprasert, K. Springob, J. Schmidt, W. De-Eknamkul, T. M. Kutchan, Phytochemistry 2008, 69, 3043–3053.
68. I. Abe, Y. Utsumi, S. Oguro, H. Noguchi, FEBS Lett. 2004, 562, 171–176.
69. Y. Mizuuchi, S.-P. Shi, K. Wanibuchi, A. Kojima, H. Morita, H. Noguchi, I. Abe, FEBS J. 2009, 276, 2391–2401.
70. I. Abe, S. Oguro, Y. Utsumi, Y. Sano, H. Noguchi, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12709–12716.
71. K. Karppinen, J. Hokkanen, S. Mattila, P. Neubauer, A. Hohtola, FEBS J. 2008, 275, 4329–4342.
72. S.-P. Shi, K. Wanibuchi, H. Morita, K. Endo, H. Noguchi, I. Abe, Org. Lett. 2009, 11, 551–554.
73. M. Matsuzawa, Y. Katsuyama, N. Funa, S. Horinouchi, Phytochemistry 2010, 71, 1059–1067.
74. D. Cook, A. M. Rimando, T. E. Clemente, J. Schröder, F. E. Dayan, N. P. D. Nanayakkara, Z. Pan, B. P. Noonan, M. Fishbein, I. Abe, S. O. Duke, S. R. Baerson, Plant Cell 2010, 22, 867–887.
75. R. Yao, Master Thesis, The University of British Columbia, 2011.
76. S. Y. Kim, C. C. Colpitts, G. Wiedemann, C. Jepson, M. Rahimi, J. R. Rothwell, A. D. McInnes, M. Hasebe, R. Reski, B. T. Sterenberg, D.-Y. Suh, J. Biol. Chem. 2013, 288, 2767–2777.
77. S. S. Kim, E. Grienenberger, B. Lallemand, C. C. Colpitts, S. Y. Kim, C. de Azevedo Souza, P. Geoffroy, D. Heintz, D. Krahn, M. Kaiser, E. Kombrink, T. Heitz, D.-Y. Suh, M. Legrand, C. J. Douglas, Plant Cell 2010, 22, 4045–4066.
78. C. Jepson, K. Karppinen, R. M. Daku, B. T. Sterenberg, D.-Y. Suh, FEBS J. 2014, 281, 3855–3868.
79. Y. Wang, Y.-C. Lin, J. So, Y. Du, C. Lo, Physiol. Plant. 2013, 149, 13–24.
80. C. C. Colpitts, S. S. Kim, S. E. Posehn, C. Jepson, S. Y. Kim, G. Wiedemann, R. Reski, A. G. H. Wee, C. J. Douglas, D.-Y. Suh, New Phytol. 2011, 192, 855–868.
81. J. B. Shen, F. C. Hsu, Mol. Gen. Genet. 1992, 234, 379–389.
82. Y. Hihara, C. Hara, H. Uchimiya, Plant Mol. Biol. 1996, 30, 1181–1193.
83. N. Barbacar, S. Hinnisdaels, I. Farbos, F. Moneger, A. Lardon, C. Delichere, A. Mouras, I. Negrutiu, Plant J. 1997, 12, 805–817.
84. I. Atanassov, E. Russinova, L. Antonov, A. Atanassov, Plant Mol. Biol. 1998, 38, 1169–1178.
85. A. R. Walden, C. Walter, R. C. Gardner, Plant Physiol. 1999, 121, 1103–1116.
86. N. Funa, T. Awakawa, S. Horinouchi, J. Biol. Chem. 2007, 282, 14476–14481.
87. M. Jeya, T.-S. Kim, M. K. Tiwari, J. Li, H. Zhao, J.-K. Lee, Mol. Biosyst. 2012, 8, 2864–2867.
88. J. Li, Y. Luo, J.-K. Lee, H. Zhao, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2011, 21, 6085–6089.
89. Y. Lv, J. Xiao, L. Pan, Biotechnol. Lett. 2014, 36, 2303–2310.
90. Y. Seshime, P. R. Juvvadi, K. Kitamoto, Y. Ebizuka, T. Nonaka, I. Fujii, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2010, 20, 4785–4788.
91. M. Hashimoto, T. Koen, H. Takahashi, C. Suda, K. Kitamoto, I. Fujii, J. Biol. Chem. 2014, 289, 19976–19984.
92. D. Yu, J. Zeng, D. Chen, J. Zhan, Enzyme Microb. Technol. 2010, 46, 575–580.
93. Y. Seshime, P. R. Juvvadi, K. Kitamoto, Y. Ebizuka, I. Fujii, Bioorg. Med. Chem. 2010, 18, 4542–4546.
94. M. Hashimoto, Y. Seshime, K. Kitamoto, N. Uchiyama, Y. Goda, I. Fujii, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2013, 23, 650–653.
95. R. Ghosh, A. Chhabra, P. A. Phatale, S. K. Samrat, J. Sharma, A. Gosain, D. Mohanty, S. Saran, R. S. Gokhale, J. Biol. Chem. 2008, 283, 11348–11354.
96. T. B. Narita, K. Koide, N. Morita, T. Saito, FEMS Microbiol. Lett. 2011, 319, 82–87.
97. K. Mohri, T. Hata, H. Kikuchi, Y. Oshima, H. Urushihara, Biol. Open 2014, 3, 553–560.
98. N. Funa, M. Funabashi, E. Yoshimura, S. Horinouchi, J. Biol. Chem. 2005, 280, 14514–14523.
99. S. Isogai, M. Nishiyama, T. Kuzuyama, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2012, 22, 5823–5826.
100. J. M. Winter, M. C. Moffitt, E. Zazopoulos, J. B. McAlpine, P. C. Dorrestein, B. S. Moore, J. Biol. Chem. 2007, 282, 16362–16368.
101. R. Teufel, L. Kaysser, M. T. Villaume, S. Diethelm, M. K. Carbullido, P. S. Baran, B. S. Moore, Angew. Chem. Int. Ed. 2014, 53, 11019–11022;
102. Angew. Chem. 2014, 126, 11199–11202.
103. T. A. Kidarsa, N. C. Goebel, T. M. Zabriskie, J. E. Loper, Mol. Microbiol. 2011, 81, 395–414.
104. A. Anand, P. Verma, A. K. Singh, S. Kaushik, R. Pandey, C. Shi, H. Kaur, M. Chawla, C. K. Elechalawar, D. Kumar, Y. Yang, N. S. Bhavesh, R. Banerjee, D. Dash, A. Singh, V. T. Natarajan, A. K. Ojha, C. C. Aldrich, R. S. Gokhale, Mol. Cell 2015, 60, 637–650.
105. M. B. Austin, M. Izumikawa, M. E. Bowman, D. W. Udwary, J.-L. Ferrer, B. S. Moore, J. P. Noel, J. Biol. Chem. 2004, 279, 45162–45174.
106. J. Cortés, J. Velasco, G. Foster, A. P. Blackaby, B. A. M. Rudd, B. Wilkinson, Mol. Microbiol. 2002, 44, 1213–1224.
107. F. Gross, N. Luniak, O. Perlova, N. Gaitatzis, H. Jenke-Kodama, K. Gerth, D. Gottschalk, E. Dittmann, R. Müller, Arch. Microbiol. 2006, 185, 28–38.
108. N. Funa, Y. Ohnishi, Y. Ebizuka, S. Horinouchi, J. Biol. Chem. 2002, 277, 4628–4635.
109. J. Achkar, M. Xian, H. Zhao, J. W. Frost, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 5332–5333.
110. H.-C. Wu, Y.-S. Li, Y.-C. Liu, S.-Y. Lyu, C.-J. Wu, T.-L. Li, ChemBioChem 2012, 13, 862–871.
111. S. C. Wenzel, H. B. Bode, I. Kochems, R. Müller, ChemBioChem 2008, 9, 2711–2721.
112. L. Song, F. Barona-Gomez, C. Corre, L. Xiang, D. W. Udwary, M. B. Austin, J. P. Noel, B. S. Moore, G. L. Challis, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 14754–14755.
113. X. Tang, K. Eitel, L. Kaysser, A. Kulik, S. Grond, B. Gust, Nat. Chem. Biol. 2013, 9, 610–615.
114. S. Grüschow, T. J. Buchholz, W. Seufert, J. S. Dordick, D. H. Sherman, ChemBioChem 2007, 8, 863–868.
115. T. Aizawa, S.-Y. Kim, S. Takahashi, M. Koshita, M. Tani, Y. Futamura, H. Osada, N. Funa, J. Antibiot. 2014, 67, 819–823.
116. C. Nakano, N. Funa, Y. Ohnishi, S. Horinouchi, J. Bacteriol. 2012, 194, 1544–1551.
117. T. Hayashi, Y. Kitamura, N. Funa, Y. Ohnishi, S. Horinouchi, ChemBioChem 2011, 12, 2166–2176.
118. K. Gokulan, S. E. O'Leary, W. K. Russell, D. H. Russell, M. Lalgondar, T. P. Begley, T. R. Ioerger, J. C. Sacchettini, J. Biol. Chem. 2013, 288, 16484–16494.
119. P. Saxena, G. Yadav, D. Mohanty, R. S. Gokhale, J. Biol. Chem. 2003, 278, 44780–44790.
120. T. Awakawa, N. Fujita, M. Hayakawa, Y. Ohnishi, S. Horinouchi, ChemBioChem 2011, 12, 439–448.
121. H. Nakamura, H. A. Hamer, G. Sirasani, E. P. Balskus, J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 18518–18521.
122. A. Miyanaga, N. Funa, T. Awakawa, S. Horinouchi, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105, 871–876.
123. C. Nakano, H. Ozawa, G. Akanuma, N. Funa, S. Horinouchi, J. Bacteriol. 2009, 191, 4916–4923.
124. T. Awakawa, Y. Sugai, K. Otsutomo, S. Ren, S. Masuda, Y. Katsuyama, S. Horinouchi, Y. Ohnishi, ChemBioChem 2013, 14, 1006–1013.
125. N. Funa, M. Funabashi, Y. Ohnishi, S. Horinouchi, J. Bacteriol. 2005, 187, 8149–8155.
126. V. Pfeifer, G. J. Nicholson, J. Ries, J. Recktenwald, A. B. Schefer, R. M. Shawky, J. Schröder, W. Wohlleben, S. Pelzer, J. Biol. Chem. 2001, 276, 38370–38377.
127. A. Thanapipatsiri, J. Claesen, J.-P. Gomez-Escribano, M. Bibb, A. Thamchaipenet, Microb. Cell Fact. 2015, 14, 145.
128. V. S. Dubey, T. D. Sirakova, M. H. Cynamon, P. E. Kolattukudy, J. Bacteriol. 2003, 185, 4620–4625.
129. M. Kanehisa, Y. Sato, M. Kawashima, M. Furumichi, M. Tanabe, Nucleic Acids Res. 2016, 44, D457–D462.
130. S. F. Altschul, T. L. Madden, A. A. Schäffer, J. Zhang, Z. Zhang, W. Miller, D. J. Lipman, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 3389–3402.
131. L. Fu, B. Niu, Z. Zhu, S. Wu, W. Li, Bioinformatics 2012, 28, 3150–3152.
132. K. Katoh, D. M. Standley, Mol. Biol. Evol. 2013, 30, 772–780.
133. S. Capella-Gutiérrez, J. M. Silla-Martínez, T. Gabaldón, Bioinformatics 2009, 25, 1972–1973.
134. M. N. Price, P. S. Dehal, A. P. Arkin, PLoS One 2010, 5, e9490.
135. N. Funa, H. Ozawa, A. Hirata, S. Horinouchi, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 103, 6356–6361.
136. P. J. Keeling, F. Burki, H. M. Wilcox, B. Allam, E. E. Allen, L. A. Amaral-Zettler, E. V. Armbrust, J. M. Archibald, A. K. Bharti, C. J. Bell et al., PLoS Biol. 2014, 12, e1001889.
137. A. Marchler-Bauer, M. K. Derbyshire, N. R. Gonzales, S. Lu, F. Chitsaz, L. Y. Geer, R. C. Geer, J. He, M. Gwadz, D. I. Hurwitz, C. J. Lanczycki, F. Lu, G. H. Marchler, J. S. Song, N. Thanki, Z. Wang, R. A. Yamashita, D. Zhang, C. Zheng, S. H. Bryant, Nucleic Acids Res. 2015, 43, D222–D226.
138. M. Z. Ansari, G. Yadav, R. S. Gokhale, D. Mohanty, Nucleic Acids Res. 2004, 32, W405–W413.
139. S. Anand, M. V. R. Prasad, G. Yadav, N. Kumar, J. Shehara, M. Z. Ansari, D. Mohanty, Nucleic Acids Res. 2010, 38, W487–W496.
140. V. Mallika, K. C. Sivakumar, S. Jaichand, E. V. Soniya, J. Integr. Bioinform. 2010, 7, 143.
141. M. Vijayan, S. K. Chandrika, S. E. Vasudevan, Bioinformation 2011, 6, 125–127.
142. M. H. Medema, K. Blin, P. Cimermancic, V. de Jager, P. Zakrzewski, M. A. Fischbach, T. Weber, E. Takano, R. Breitling, Nucleic Acids Res. 2011, 39, W339–W346.
143. T. Weber, K. Blin, S. Duddela, D. Krug, H. U. Kim, R. Bruccoleri, S. Y. Lee, M. A. Fischbach, R. Müller, W. Wohlleben, R. Breitling, E. Takano, M. H. Medema, Nucleic Acids Res. 2015, 43, W237–W243.
144. P. Cimermancic, M. H. Medema, J. Claesen, K. Kurita, L. C. Wieland Brown, K. Mavrommatis, A. Pati, P. A. Godfrey, M. Koehrsen, J. Clardy, B. W. Birren, E. Takano, A. Sali, R. G. Linington, M. A. Fischbach, Cell 2014, 158, 412–421.
145. R. D. Finn, A. Bateman, J. Clements, P. Coggill, R. Y. Eberhardt, S. R. Eddy, A. Heger, K. Hetherington, L. Holm, J. Mistry, E. L. L. Sonnhammer, J. Tate, M. Punta, Nucleic Acids Res. 2014, 42, D222–D230.
146. M. B. Austin, M. E. Bowman, J.-L. Ferrer, J. Schröder, J. P. Noel, Chem. Biol. 2004, 11, 1179–1194.
147. T. Yamaguchi, F. Kurosaki, D.-Y. Suh, U. Sankawa, M. Nishioka, T. Akiyama, M. Shibuya, Y. Ebizuka, FEBS Lett. 1999, 460, 457–461.