Erratum: Classical electrostatics for biomolecular simulations (Chemical Reviews (2014) 114:1 (779-814) DOI: 10.1021/cr300461d);Classical electrostatics for biomolecular simulations

Chemical Reviews

Volumn 114, Issue 1, 2014, Pages 779-814

  Cisneros, G Andrés ^a   Karttunen, Mikko ^b   Ren, Pengyu ^c   Sagui, Celeste ^d  

^a WAYNE STATE UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITY OF WATERLOO   (Canada)

^c The University of Texas at Austin   (United States)

^d NORTH CAROLINA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CALCULATIONS; NUCLEIC ACIDS; POISSON EQUATION; VAN DER WAALS FORCES; WAVE FUNCTIONS;

ATOM-CENTERED POINT CHARGES; BIOMOLECULAR SIMULATION; CLASSICAL FORCE FIELDS; ELECTROSTATIC POTENTIALS; EXPLICIT SOLVENTS; MOLECULAR ELECTROSTATIC POTENTIALS; MOLECULAR WAVE FUNCTIONS; SEMI-EMPIRICAL METHODS;

ELECTROSTATICS;

PROTEIN;

CHEMISTRY; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; MONTE CARLO METHOD; QUANTUM THEORY; REVIEW; STATIC ELECTRICITY;

MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MONTE CARLO METHOD; PROTEINS; QUANTUM THEORY; STATIC ELECTRICITY;

EID: 84892157404     PISSN: 00092665     EISSN: 15206890     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr500124k     Document Type: Erratum

References (617)

1. Alder, B. J.; Wainwright, T. E. J. Chem. Phys. 1957, 27, 1208
2. Born, M.; Oppenheimer, R. Ann. Phys. 1927, 84, 0457
3. Sagui, C.; Darden, T. A. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28, 155
4. Marshall, G. R. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2013, 27, 107
5. Proft, F. D.; Alsenov, C. V.; Peeters, A.; Langenaeker, W.; Geerlings, P. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1198
6. Stone, A. J. The Theory of Intermolecular Forces; International Series of Monographs on Chemistry; Oxford University Press: Oxford, 1996.
7. Francl, M. M.; Chirlian, L. A. In Reviews in Computational Chemistry; Lipkowitz, K.; Boyd, D. B., Eds.; VCH Publishers: New York, 1999; Vol. 14.
8. Dixon, R.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1632
9. Wheatley, R.; Mitchell, J. J. Comput. Chem. 1994, 15, 1187
10. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. In Reviews in Computational Chemistry; Lipkowitz, K.; Boyd, D. B., Eds.; VCH Publishers: New York, 1995; Vol. 6
11. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 1999, 99, 2161
12. Bashford, D.; Case, D. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 129
13. Simonson, T. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 243
14. Feig, M.; Brooks, C. L. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 217
15. Baker, N. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 137
16. Gallicchio, E.; Levy, R. M. J. Comput. Chem. 2004, 25, 479
17. Wagoner, J.; Baker, N. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1623
18. Roux, B.; Simonson, T. Biophys. Chem. 1999, 78, 1, CECAM Workshop on Implicit Solvent Models for Biomolecular Simulations, Center for Calculations on Atoms and Molecules, Lyon, France, May, 1998.
19. Tomasi, J.; Persico, M. Chem. Rev. 1994, 94, 2027
20. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999
21. Chen, J.; Brooks, C. L., III; Khandogin, J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 140
22. Heyes, D. M.; Barber, M.; Clarke, J. H. R. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1977, 2, 1485
23. Hautman, J.; Klein, M. L. Mol. Phys. 1992, 75, 379
24. de Leeuw, S. W.; Perram, J. W. Mol. Simul. 1979, 37, 1313
25. Nijboer, B. R. A.; de Wette, F. W. Physica 1957, 23, 309
26. Yeh, I.-C.; Berkowitz, M. L. J. Chem. Phys. 1999, 111, 3155
27. Lekner, J. Physica A 1989, 157, 826
28. Lekner, J. Physica A 1991, 176, 485
29. Lekner, J. Mol. Simul. 1998, 20, 357
30. Sperb, R. Mol. Simul. 1994, 13, 189
31. Sperb, R. Mol. Simul. 1998, 20, 179
32. Sperb, R. Mol. Simul. 1999, 22, 199
33. Strebel, R.; Sperb, R. Mol. Simul. 2001, 27, 61
34. Arnold, A.; Holm, C. Chem. Phys. Lett. 2002, 354, 324
35. Arnold, A.; Holm, C. Comput. Phys. Commun. 2002, 148, 327
36. Ewald, P. Ann. Phys. 1921, 64, 253
37. Ewald, P. Fifty Years of X-ray Diffraction; N.V.A. Oosthoek's Uitgeversmaatschappij: Utrecht, The Netherlands, 1962.
38. Juretschke, H.; Wagenfeld, H. Current Contents/Eng. Technol. Appl. Sci. 1985, 49) 20
39. DeLeeuw, S. W.; Perram, J. W.; Smith, E. R. Proc. R. Soc. London 1980, A373, 27
40. Boresch, S.; Steinhauser, O. Ber. Bunsen.-Ges. 1997, 101, 1019
41. Hockney, R. W.; Eastwood, J. W. Computer Simulation Using Particles; McGraw-Hill: New York, 1981.
42. Pollock, E.; Glosli, J. Comput. Phys. Commun. 1996, 95, 93
43. Darden, T. A.; York, D. M.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089
44. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577
45. York, D.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1994, 101, 3298
46. Sagui, C.; Darden, T. A. J. Chem. Phys. 2001, 114, 6578
47. Smith, E. R. J. Stat. Phys. 1994, 77, 449
48. Caillol, J. P. J. Chem. Phys. 1994, 101, 6080
49. Smith, W. CCP5 Information Quarterly 1982, 4, 13
50. Toukmaji, A.; Sagui, C.; Board, J. A.; Darden, T. J. Chem. Phys. 2000, 113, 10913
51. Nymand, T. M.; Linse, P. J. Chem. Phys. 2000, 112, 6152
52. Aguado, A.; Madden, P. J. Chem. Phys. 2003, 119, 7471
53. Sagui, C.; Pedersen, L. G.; Darden, T. A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 73
54. Sagui, C.; Roland, C.; Pedersen, L. G.; Darden, T. A. In New Algorithms for Macromolecular Simulations; Leimkuhler, B.; Chipot, C.; Elber, R.; Laaksonen, A.; Mark, A.; Schlick, T.; Schuette, C.; Skeel, R., Eds.; Springer Verlag: Berlin, 2005; Vol. 49; pp 297.
55. Smith, W. CCP5 Information Quarterly 1987, 26, 43
56. Alejandre, J.; Tildesley, D. J.; Chapela, G. A. J. Chem. Phys. 1995, 102, 4574
57. Nose, S.; Klein, M. Mol. Phys. 1983, 50, 1055
58. Ferrell, R.; Bertschinger, E. J. Mod. Phys. 1994, 5, 933
59. Toukmaji, A.; Board, J. A. Comput. Phys. Commun. 1996, 95, 78
60. Darden, T.; Toukmaji, A.; Pedersen, L. J. Chim. Phys. Phys.-Chim. Biol. 1997, 94, 1346
61. Deserno, M.; Holm, C. J. Chem. Phys. 1998, 109, 7678
62. Deserno, M.; Holm, C. J. Chem. Phys. 1998, 109, 7694
63. Sagui, C.; Darden, T. A. In Simulation and Theory of Electrostatic Interactions in Solution; Pratt, L. R.; Hummer, G., Eds.; AIP: Melville, NY, 1999; Vol. 492; pp 104.
64. Ballenegger, V.; Cerda, J. J.; Lenz, O.; Holm, C. J. Chem. Phys. 2008, 128, 034109
65. Wang, H.; Dommert, F.; Holm, C. J. Chem. Phys. 2010, 133, 034117
66. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668
67. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187
68. Brooks, B. R. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545
69. Phillips, J.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781
70. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435
71. Bowers, K. J.; Chow, E.; Xu, H.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Gregersen, B. A.; Klepeis, J. L.; Kolossvary, I.; Moraes, M. A.; Sacerdoti, F. D.; Salmon, J. K.; Shan, Y.; Shaw, D. E. SC'06: Proceedings of the 2006 ACM/IEEE Conference on Supercomputing; ACM Press: New York, 2006.
72. Bush, I. J.; Todorov, I. T.; Smith, W. Comput. Phys. Commun. 2006, 175, 323
73. Smith, W. Mol. Simul. 2006, 32, 933
74. Hedman, F.; Laaksonen, A. Chem. Phys. Lett. 2006, 425, 142
75. Cerutti, D. S.; Duke, R. E.; Darden, T. A.; Lybrand, T. P. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2322
76. Chen, L.; Langdon, A. B.; Birdsall, C. K. J. Comput. Phys. 1974, 14, 200
77. Neelov, A.; Holm, C. J. Chem. Phys. 2010, 132, 234103
78. Cerutti, D. S.; Case, D. A. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 443
79. Genovese, L.; Deutsch, T.; Neelov, A.; Goedecker, S.; Beylkin, G. J. Chem. Phys. 2006, 125, 074105
80. Neelov, A.; Ghasemi, S. A.; Goedecker, S. J. Chem. Phys. 2007, 127, 024109
81. Genovese, L.; Deutsch, T.; Goedecker, S. J. Chem. Phys. 2007, 127, 054704
82. Duke, R. E.; Pedersen, L. G. PMEMD 3; University of North Carolina-Chapel Hill, 2003. The code has been implemented in AMBER 6-12, see for instance ref 273.
83. Schulten, K.; Phillips, J. C.; Kale, L. V.; Bhatele, A. In Petascale Computing: Algorithms and Applications; Bader, D., Ed.; Chapman & Hall/CRC Press: Boca Raton, FL, 2008; p 165.
84. Brandt, A. Math. Comput. 1977, 31, 333
85. Briggs, E. L.; Sullivan, D. J.; Bernholc, J. Phys. Rev. B 1996, 54, 14362
86. Beck, T. L. Rev. Mod. Phys. 2000, 72, 1041
87. Brandt, A. SIAM J. Numer. Anal. 1994, 31, 1695
88. Brandt, A. In Multiscale and Multiresolution Methods: Theory and Applications; Barth, T. J.; Chan, T. F.; Haimes, R., Eds.; Springer Verlag: Heidelberg, Germany, 2001.
89. Honig, B.; Nicholls, A. Science 1995, 268, 1144
90. Holst, M.; Saied, F. J. Comput. Chem. 1993, 14, 105
91. Holst, M.; Kozack, R. E.; Saied, F.; Subramaniam, S. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1994, 18, 231
92. Holst, M.; Saied, F. J. Comput. Chem. 1995, 16, 337
93. Ripoll, D. R.; Vorobjev, Y. N.; Liwo, A.; Vila, J. A.; Scheraga, H. A. J. Mol. Biol. 1996, 264, 770
94. Vorobjev, Y. N.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 569
95. Qian, X.; Schlick, T. J. Chem. Phys. 2002, 116, 5971
96. Press, W.; Teukolsky, S. A.; Vettering, W. T.; Flannery, B. P. Numerical Recipes in FORTRAN: The Art of Scientific Computing, 2 nd ed.; Cambridge University Press: Cambridge, 1992.
97. Zaslavsky, L.; Schlick, T. Appl. Math. Comput. 1998, 97, 237
98. Hackbush, W. Multigrid Methods and Applications; Springer-Verlag: Berlin, 1985.
99. Skeel, R. D.; Tezcan, I.; Hardy, D. J. J. Comput. Chem. 2002, 23, 673
100. Goedecker, S.; Chauvin, C. J. Theor. Comput. Chem. 2003, 2, 483
101. Tsukerman, I. IEEE Trans. Magn. 2004, 40, 2158, 9th Joint Magnetism and Magnetic Materials Conference/ International Magnetics Conference, Anaheim, CA, Jan 05-09, 2004.
102. Izaguirre, J. A.; Hampton, S. S.; Matthey, T. J. Parallel Distrib. Comput. 2005, 65, 949
103. Banerjee, S.; Board, J. A. J. Comput. Chem. 2005, 26, 957
104. Shan, Y.; Klepeis, J. L.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. J. Chem. Phys. 2005, 122, 054101
105. Groot, R. D. J. Chem. Phys. 2003, 118, 11265
106. Lovett, R.; Stillinger, F. H. J. Chem. Phys. 1991, 94, 7353
107. Bernholc, J.; Hodak, M.; Lu, W. J. Phys.: Condens. Matter 2008, 20, 294205, CECAM Workshop on Linear-Scaling Ab Initio Calculation-Applications and Future Directions, Lyon, France, Sep 03-06, 2007.
108. Bishop, T.; Skeel, R.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1785
109. Barnes, J.; Hut, P. Nature 1986, 324, 446
110. Greengard, L.; Rokhlin, V. J. Comput. Phys. 1987, 73, 325
111. Board, J. A.; Causey, J. W.; Leathrum, J. F.; Windemuth, A.; Schulten, K. Chem. Phys. Lett. 1992, 198, 89
112. Schmidt, K. E.; Lee, M. A. J. Stat. Phys. 1991, 63, 1223
113. Lambert, C. G.; Darden, T. A.; Board, J. A. J. Comput. Phys. 1996, 126, 274
114. Kurzak, J.; Pettitt, B. M. J. Parallel Distrib. Comp. 2005, 65, 870
115. Greengard, L. F. The Rapid Evaluation of Potential Fields in Particle Systems; The MIT Press: Cambridge, MA, 1988.
116. Greengard, L. F. Science 1994, 265, 909
117. Greengard, L.; Rokhlin, V. Acta Numerica 1997, 6, 229
118. Greengard, L.; Rokhlin, V. J. Comput. Phys. 1997, 135, 280
119. White, C. A.; Headgordon, M. J. Chem. Phys. 1994, 101, 6593
120. Kurzak, J.; Pettitt, B. M. Mol. Simul. 2006, 32, 775
121. Cheng, H.; Greengard, L.; Rokhlin, V. J. Chem. Phys. 1999, 155, 468
122. Fenley, M.; Olson, W.; Chua, K.; Boschitsch, A. J. Comput. Chem. 1994, 17, 976
123. Zhou, R.; Berne, B. J. Chem. Phys. 1995, 103, 9444
124. Ogata, S.; Campbell, T.; Kalia, R.; Nakano, A.; Vashishta, P.; Vemparala, S. Comput. Phys. Commun. 2003, 153, 445
125. Kurzak, J.; Mirkovic, D.; Pettitt, B. M.; Johnsson, S. L. Int. J. High Perform. Comput. Appl. 2008, 22, 219
126. Giese, T. J.; York, D. M. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1895
127. Maggs, A. C.; Rossetto, V. Phys. Rev. Lett. 2002, 88, 196402
128. Rottler, J.; Maggs, A. C. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 170201
129. Pasichnyk, I.; Duenweg, B. J. Phys.: Cond. Mater. 2004, 16, S3999
130. Rottler, J. J. Chem. Phys. 2007, 127, 134104
131. Rottler, J.; Maggs, A. C. Soft Matter 2011, 7, 3260
132. Brooks, C. L.; Pettitt, B. M.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1985, 83, 5897
133. Steinbach, P. J.; Brooks, B. R. J. Comput. Chem. 1994, 15, 667
134. Auffinger, P.; Westhof, E. Encyclopedia of Computational Chemistry; John Wiley and Sons: New York, 1998.
135. Cheatham, T. E., III; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 4805
136. Karttunen, M.; Rottler, J.; Vattulainen, I.; Sagui, C. Curr. Top. Membr. 2008, 60, 49
137. Alper, H. E.; Levy, R. M. J. Chem. Phys. 1989, 91, 1242
138. Alper, H. E.; Bassolino, D.; Stouch, T. R. J. Chem. Phys. 1993, 98, 9798
139. Alper, H. E.; Bassolino-Klimas, D.; Stouch, T. R. J. Chem. Phys. 1993, 99, 5547
140. Feller, S. E.; Pastor, R. W.; Rojnuckarin, A.; Bogusz, S.; Brooks, B. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 17011
141. Brunsteiner, M.; Boresch, S. J. Chem. Phys. 2000, 112, 6953
142. Mark, P.; Nilsson, L. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1211
143. Hess, B. J. Chem. Phys. 2002, 116, 209
144. Smith, P. E.; Pettitt, B. M. J. Chem. Phys. 1991, 95, 8430
145. Schreiber, H.; Steinhauser, O. Biochemistry 1992, 31, 5856
146. York, D. M.; Yang, W. T.; Lee, H.; Darden, T.; Pedersen, L. G. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5001
147. Norberg, J.; Nilsson, L. Biophys. J. 2000, 79, 1537
148. York, D. M.; Darden, T. A.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1993, 99, 8345
149. Saito, M. J. Chem. Phys. 1994, 101, 4055
150. Ibragimova, G. T.; Wade, R. C. Biophys. J. 1998, 74, 2906
151. Zuegg, J.; Greedy, J. E. Biochemistry 1999, 38, 13862
152. Faraldo-Gómez, J. D.; Smith, G. R.; Sansom, M. S. P. Eur. Biophys. J. 2002, 31, 217
153. Tieleman, D. P.; Hess, B.; Sansom, M. S. P. Biophys. J. 2002, 83, 2393
154. Kessel, A.; Tieleman, D. P.; Ben-Tal, N. Eur. Biophys. J. 2004, 33, 16
155. Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvönen, M. T.; Falck, E.; Lindqvist, P.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2003, 84, 3636
156. Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvönen, M. T.; Falck, E.; Vattulainen, I. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 4485
157. Anézo, C.; de Vries, A. H.; Höltje, H.-D.; Tieleman, D. P. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9424
158. Khelashvili, G. A.; Scott, H. L. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9841
159. Wohlert, J.; Edholm, O. Biophys. J. 2004, 87, 2433
160. Patra, M.; Hyvönen, M. T.; Falck, E.; Sabouri-Ghomi, M.; Vattulainen, I.; Karttunen, M. Comput. Phys. Commun. 2007, 176, 14
161. Lyubartsev, A. P.; Karttunen, M.; Vattulainen, I.; Laaksonen, A. Soft Mater. 2002, 1, 121
162. van der Spoel, D.; van Maaren, P. J. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1
163. Wolf, D.; Keblinski, P.; Phillpot, S.; Eggebrecht, J. J. Chem. Phys. 1999, 110, 8254
164. Zahn, D.; Schilling, B.; Kast, S. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 10725
165. Fennell, C. J.; Gezelter, J. D. J. Chem. Phys. 2006, 124, 234104
166. McCann, B.; Acevedo, O. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 944
167. Yonezawa, Y. J. Chem. Phys. 2012, 136, 244103
168. Kikugawa, G.; Apostolov, R.; Kamiya, N.; Taiji, M.; Himeno, R.; Nakamura, H.; Yonezawa, Y. J. Comput. Chem. 2009, 30, 110
169. Hansen, J.; Schroeder, T.; Dyre, J. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 5738
170. Piana, S.; Lindorff-Larsen, K.; Dirks, R. M.; Salmon, J. K.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. PLoS One 2012, 7, e39918
171. Nguyen, T.; Carrillo, J.; Dobrynin, A.; Brown, W. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 273
172. Robertson, A.; Luttmann, E.; Pande, V. S. J. Comput. Chem. 2008, 29, 694
173. Duan, Y.; Kollman, P. Science 1998, 282, 740
174. Takahashi, K. Z.; Narumi, T.; Suh, D.; Yasuoka, K. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4503
175. Fukuda, I.; Yonezawa, Y.; Nakamura, H. J. Chem. Phys. 2011, 134, 164107
176. Fukuda, I.; Kamiya, N.; Yonezawa, Y.; Nakamura, H. J. Chem. Phys. 2012, 137, 054314
177. Wu, X.; Brooks, B. J. Chem. Phys. 2005, 122, 044107
178. Wu, X.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 2009, 131, 024107
179. Wong-ekkabut, J.; Miettinen, M. S.; Dias, C.; Karttunen, M. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 555
180. Wong-ekkabut, J.; Karttunen, M. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2905
181. Nam, K.; Gao, J.; York, D. M. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 2
182. Sirk, T. W.; Moore, S.; Brown, E. F. J. Chem. Phys. 2013, 138, 064505
183. Roemer, F.; Lervik, A.; Bresme, F. J. Chem. Phys. 2012, 137, 074503
184. Zhang, M.; Lussetti, E.; de Souza, L.; Muller-Plathe, F. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 15060
185. Muscatello, J.; Bresme, F. J. Chem. Phys. 2011, 135, 234111
186. Barker, J. A.; Watts, R. O. Mol. Phys. 1973, 26, 789
187. Lee, F. S.; Warshel, A. J. Chem. Phys. 1992, 97, 3100
188. Alper, H.; Levy, R. M. J. Chem. Phys. 1993, 99, 9847
189. Tironi, I. G.; Sperb, R.; Smith, P. E.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 1995, 102, 5451
190. Lin, Y.; Baumketner, A.; Deng, S.; Xu, Z.; Jacobs, D.; Cai, W. J. Chem. Phys. 2009, 131, 154103
191. Onsager, L. J. Am. Chem. Soc. 1936, 58, 1486
192. Wang, L.; Hermans, J. J. Phys. Chem. 1995, 99, 12001
193. Ni, B.; Baumketner, A. J. Mol. Model. 2011, 17, 2883
194. Oostenbrink, C.; Soares, T. A.; van der Vegt, N. F. A.; van Gunsteren, W. F. Eur. Biophys. J. 2005, 34, 273
195. Berkowitz, M. L.; McCammon, J. A. Chem. Phys. Lett. 1982, 90, 215
196. Brooks, B. R.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1983, 79, 6312
197. Belch, A. C.; Berkowitz, M. L. Chem. Phys. Lett. 1985, 113, 278
198. King, G.; Warshel, A. J. Chem. Phys. 1989, 91, 3647
199. Juffer, A. H.; Berendsen, H. J. C. Mol. Phys. 1993, 79, 623
200. Beglov, D.; Roux, B. J. Chem. Phys. 1994, 100, 9050
201. Essex, J. W.; Jorgensen, W. L. J. Comput. Chem. 1995, 16, 951
202. Im, W.; Bernèche, S.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2924
203. Caillol, J. M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 1455
204. Caillol, J. M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 6528
205. Caillol, J. M.; Gilles, D. J. Stat. Phys. 2000, 100, 905
206. Hanassab, S.; Vandernoot, T. Mol. Simul. 2003, 29, 527
207. Hummer, G.; Pratt, L. R.; Garcia, A. E. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1206
208. Smith, P. E.; Pettitt, B. M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 4289
209. Hummer, G.; Pratt, L.; Garcia, A. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 7885
210. Hummer, G.; Pratt, L. R.; Garcia, A. E.; Neumann, M. Treatment of electrostatic interactions in computer simulations and calculation of thermodynamic properties such as free energies and pressures. 1999; Workshop on Treatment of Electrostatic Interactions in Computer Simulations of Condensed Media, Santa Fe, NM, Jun 23-25, 1999.
211. Weber, W.; Hunenberger, P.; McCammon, J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3668
212. Villarreal, M. A.; Montich, G. G. J. Biomol. Struct. Dyn. 2005, 23, 135
213. Monticelli, L.; Colombo, G. Theor. Chem. Acc. 2004, 112, 145
214. Monticelli, L.; Simões, C.; Belvisi, L.; Colombo, G. J. Phys.: Condens. Matter 2006, 18, S329
215. Reif, M. M.; Kraeutler, V.; Kastenholz, M. A.; Daura, X.; Hünenberger, P. H. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 3112
216. Babin, V.; Roland, C.; Darden, T. A.; Sagui, C. J. Chem. Phys. 2006, 125, 204909
217. Levy, R. M.; Gallicchio, E. Annu. Rev. Phys. Chem. 1998, 49, 531
218. Figueirido, F.; Buono, G. D.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5622
219. Hummer, G.; Pratt, L. R.; Garcia, A. E. J. Chem. Phys. 1997, 107, 9275
220. Sakane, S.; Ashbaugh, H. S.; Wood, R. H. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5673
221. Darden, T.; Pearlman, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1998, 109, 10921
222. Herce, D.; Darden, T.; Sagui, C. J. Chem. Phys. 2003, 119, 7621
223. Bayly, C.; Cieplak, P.; Cornell, W.; Kollman, P. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269
224. Hu, H.; Lu, Z.; Yang, W. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1004
225. Storer, J. W.; Giesen, D. J.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1995, 9, 87
226. Li, J.; Zhu, T.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1820
227. Li, J.; Williams, B.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 1999, 110, 724
228. Winget, P.; Thompson, J. D.; Xidos, J. D.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 10707
229. Marenich, A. V.; Jerome, S. V.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 527
230. Reed, A. E.; Curtiss, L. A.; Weinhold, F. Chem. Rev. 1988, 88, 899
231. Popelier, P. Atoms in Molecules: An Introduction; Prentice Hall: Harlow, U.K., 2000.
232. Popelier, P. L. A.; Joubert, L.; Kosov, D. S. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8254
233. Simmonett, A. C.; Gilbert, A. T. B.; Gill, P. M. W. Mol. Phys. 2005, 103, 2789
234. Sigfridsson, E.; Ryde, U. J. Comput. Chem. 1998, 19, 377
235. Lee, T.-S.; York, D. M.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1995, 102, 7549
236. Sagui, C.; Pomorski, P.; Darden, T. A.; Roland, C. J. Chem. Phys. 2004, 120, 4530
237. Kirchner, B.; Hutter, J. J. Chem. Phys. 2004, 121, 5133
238. Stengel, M.; Spaldin, N. Phys. Rev. B 2006, 73, 075121
239. Rotenberg, B.; Salanne, M.; Simon, C.; Vuilleumier, R. Phys. Rev. Lett. 2010, 104, 138301
240. Molina, J. J.; Lectez, S.; Tazi, S.; Salanne, M.; Dufreche, J.-F.; Roques, J.; Simoni, E.; Madden, P. A.; Turq, P. J. Chem. Phys. 2011, 134, 014511
241. Wang, B.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 1989
242. Coombes, D.; Price, S.; Willock, D.; Leslie, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 7352
243. Price, S. In Reviews in Computational Chemistry; Lipkowitz, K.; Boyd, D. B., Eds.; VCH Publishers: New York, 1999; Vol. 14; p 225.
244. Kosov, D. S.; Popelier, P. L. A. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 7339
245. Popelier, P. L. A.; Kosov, D. S. J. Chem. Phys. 2001, 114, 6539
246. Price, S. L.; Leslie, M.; Welch, G. W. A.; Habgood, M.; Price, L. S.; Karamertzanis, P. G.; Day, G. M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 8478
247. Claverie, P. Int. J. Quantum Chem. 1971, 5, 273
248. Sokalski, W.; Poirier, R. Chem. Phys. Lett. 1983, 98, 86
249. Wheatley, R. J. Chem. Phys. Lett. 1993, 208, 159
250. Stone, A.; Alderton, M. Mol. Phys. 1985, 56, 1047
251. Bader, R. Atoms in Molecules: A Quantum Theory; Clarendon Press: Oxford, 1990.
252. Stone, A. J. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1128
253. Cisneros, G. A.; Piquemal, J. P.; Darden, T. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 184101
254. Wannier, G. Phys. Rev. 1937, 52, 191
255. King-Smith, R.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1993, 47, 1651
256. Vanderbilt, D.; King-Smith, R. Phys. Rev. B 1993, 48, 1993
257. Marzari, N.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1997, 56, 12847
258. Kramer, C.; Gedeck, P.; Meuwly, M. J. Comput. Chem. 2012, 33, 1673
259. Kairys, V.; Jensen, J. H. Chem. Phys. Lett. 1999, 315, 140
260. Freitag, M. A.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Stevens, W. J. J. Chem. Phys. 2000, 112, 7300
261. Piquemal, J.-P.; Gresh, N.; Giessner-Prettre, C. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10353
262. Cisneros, G. A.; Tholander, S. N.-I.; Parisel, O.; Darden, T. A.; Elking, D.; Perera, L.; Piquemal, J.-P. Int. J. Quantum Chem. 2008, 108, 1905
263. Wang, B.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3330
264. Stone, A. J. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 7017
265. Yu, H.; Hansson, T.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2003, 118, 221
266. Lamoureux, G.; Alexander, D.; MacKerell, J.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 5185
267. Rick, S. W.; Stuart, S. J.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1994, 101, 6141
268. Ribeiro, M. C. C.; Almeida, L. C. J. J. Chem. Phys. 1999, 110, 11445
269. Caldwell, J.; Dang, L. X.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9144
270. Ren, P.; Ponder, J. W. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5933
271. Elking, D.; Darden, T. A.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1261
272. Ponder, J. W.; Wu, C.; Ren, P.; Pande, V. S.; Chodera, J. D.; Schnieders, M. J.; Haque, I.; Mobley, D. L.; Lambrecht, D. S.; DiStasio, R. A., Jr.; Head-Gordon, M.; Clark, G. N. I.; Johnson, M. E.; Head-Gordon, T. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 2549
273. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T. A.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. AMBER 12, University of California: San Francisco; 2012.
274. Day, P. N.; Jensen, J. H.; Gordon, M. S.; Webb, S. P.; Stevens, W. J.; Krauss, M.; Garmer, D.; Basch, H.; Cohen, D. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1968
275. Gagliardi, L.; Lindh, R.; Karlström, G. J. Chem. Phys. 2004, 121, 4494
276. Gresh, N.; Claverie, P.; Pullman, A. Int. J. Quantum Chem. 1979, 253
277. Nymand, T. M.; Linse, P. J. Chem. Phys. 2000, 112, 6386
278. Anisimov, V. M.; Lamoureux, G.; Vorobyov, I. V.; Huang, N.; Roux, B.; MacKerell, A. D. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 153
279. Wang, W.; Skeel, R. J. Chem. Phys. 2005, 123, 164107
280. Cerda, J. J.; Ballenegger, V.; Lenz, O.; Holm, C. J. Chem. Phys. 2008, 129, 234104
281. Jungwirth, P.; Tobias, D. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 6361
282. Baucom, J.; Transue, T.; Fuentes-Cabrera, M.; Krahn, J.; Darden, T.; Sagui, C. J. Chem. Phys. 2004, 121, 6998
283. Vrbka, L.; Mucha, M.; Minofar, B.; Jungwirth, P.; Brown, E.; Tobias, D. Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2004, 9, 67
284. Harder, E.; Eaves, J.; Tokmakoff, A.; Berne, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 11611
285. Herce, D.; Perera, L.; Darden, T.; Sagui, C. J. Chem. Phys. 2005, 122, 024513
286. Babin, V.; Baucom, J.; Darden, T. A.; Sagui, C. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 11571
287. Harder, E.; Anisimov, V. M.; Whitfield, T. W.; MacKerell, A. D., Jr.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 3509
288. Vladimirov, E.; Ivanova, A.; Roesch, N. J. Chem. Phys. 2008, 129, 194515
289. Harder, E.; MacKerell, A. D., Jr.; Roux, B. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 2760
290. Vladimirov, E.; Ivanova, A.; Roesch, N. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 4425
291. Cieplak, P.; Dupradeau, F.-Y.; Duan, Y.; Wang, J. J. Phys.: Condens. Matter 2009, 21, 333102
292. Yan, T.; Wang, Y.; Knox, C. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 6905
293. Baugh, L.; Le Trong, I.; Cerutti, D. S.; Guelich, S.; Stayton, P. S.; Stenkamp, R. E.; Lybrand, T. P. Biochemistry 2010, 49, 4568
294. Lamoureux, G.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3308
295. Yu, H.; Whitfield, T. W.; Harder, E.; Lamoureux, G.; Vorobyov, I.; Anisimov, V. M.; MacKerell, A. D., Jr.; Roux, B. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 774
296. McMurchie, L.; Davidson, E. J. Comput. Phys 1978, 26, 218
297. Ren, P.; Ponder, J. W. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1497
298. Ponder, J. W.; Case, D. A. Adv. Protein Chem. 2003, 66, 27
299. Ren, P.; Ponder, J. W. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 13427
300. Dinpajooh, M.; Keasler, S. J.; Truhlar, D. G.; Siepmann, J. I. Theor. Chem. Acc. 2011, 130, 83
301. Weis, J.; Levesque, D. In Advanced Computer Simulation Approaches for Soft Matter Sciences II; Holm, C.; Kremer, K., Eds.; Advances in Polymer Science; Springer Verlag: New York, 2005; Vol. 185; p 163.
302. Qian, W.; Krimm, S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 5608
303. Wheatley, R. Mol. Phys. 2011, 7, 761
304. Hayes, I.; Stone, A. Mol. Phys. 1984, 53, 83
305. Gavezzotti, A. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 4145
306. Eckhardt, C. J.; Gavezzotti, A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 3430
307. Politzer, P.; Ma, Y. Int. J. Quantum Chem. 2004, 100, 733
308. Volkov, A.; Li, X.; Koritsanszky, T.; Coppens, P. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4283
309. Volkov, A.; Coppens, P. J. Comput. Chem. 2004, 25, 921
310. Coppens, P.; Volkov, A. Acta Crystallogr., Sect. A 2004, 60, 357
311. Hansen, N.; Coppens, P. Acta Crystallogr., Sect. A 1978, 34, 909
312. Morokuma, K. J. Chem. Phys. 1971, 55, 1236
313. Ziegler, T.; Rauk, A. Theor. Chem. Acc. 1977, 46, 1
314. Volkov, A.; Koritsanszky, T.; Coppens, P. Chem. Phys. Lett. 2004, 391, 170
315. Sundholm, D. J. Chem. Phys. 2005, 122, 194107
316. Spackman, M. A. Chem. Phys. Lett. 2006, 418, 158
317. Tafipolsky, M.; Engels, B. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1791
318. Tabacchi, G.; Mundy, C. J.; Hutter, J.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2002, 117, 1416
319. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471
320. Gordon, R. G.; Kim, Y. S. J. Chem. Phys. 1972, 56, 3122
321. Tabacchi, G.; Hutter, J.; Mundy, C. J. J. Chem. Phys. 2005, 123, 074108
322. Paricaud, P.; Predota, M.; Chialvo, A. A.; Cummings, P. T. J. Chem. Phys. 2005, 122, 244511
323. Dyer, P. J.; Cummings, P. T. J. Chem. Phys. 2006, 125, 144519
324. Chialvo, A. A.; Horita, J. J. Chem. Phys. 2010, 133, 074504
325. Cisneros, G. A.; Piquemal, J. P.; Darden, T. A. J. Chem. Phys. 2005, 123, 044109
326. Piquemal, J. P.; Cisneros, G. A.; Reinhardt, P.; Gresh, N.; Darden, T. A. J. Chem. Phys. 2006, 124, 104101
327. Godbout, N.; Andzelm, J. DGauss Version 2.0, 2.1, 2.3, 4.0; Computational Chemistry List, Ltd.: Columbus, OH, 1998.
328. Bagus, P. S.; Hermann, K.; Bauschlicher, C. W., Jr. J. Chem. Phys. 1984, 80, 4378
329. Piquemal, J.-P.; Marquez, A.; Parisel, O.; Giessner-Prettre, C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1052
330. Cisneros, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2012, 12, 5072
331. Wheatley, R. J.; Price, S. L. Mol. Phys. 1990, 69, 507
332. Domene, C.; Fowler, P. W.; Wilson, M.; Madden, P.; Wheatley, R. J. Chem. Phys. Lett. 2001, 333, 403
333. Darden, T. A. Dual bases in crystallographic computing. In International Tables of Chrystallography; Shmueli, U., Ed.; Kluwer Academic Publishers: Dordrecht, The Netherlands, 2007; Vol. B.
334. Cisneros, G. A.; Elking, D. M.; Piquemal, J.-P.; Darden, T. A. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 12049
335. Elking, D. M.; Cisneros, G. A.; Piquemal, J.-P.; Darden, T. A.; Pedersen, L. G. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 190
336. Jensen, L.; Åstrand, P.-O.; Osted, A.; Kongsted, J.; Mikkelsen, K. V. J. Chem. Phys. 2002, 116, 4001
337. Masia, M.; Probst, M.; Rey, R. J. Chem. Phys. 2005, 123, 164505
338. Giese, T. J.; York, D. M. J. Chem. Phys. 2005, 123, 164108
339. Giese, T. J.; York, D. M. J. Chem. Phys. 2007, 127, 194101
340. Barker, J. A. Proc. R. Soc. A 1953, 219, 367
341. Buckingham, A. D.; Pople, J. A. Trans. Faraday Soc. 1955, 51, 1173
342. Buckingham, A. D.; Pople, J. A. Trans. Faraday Soc. 1955, 51, 1179
343. Vesely, F. J. J. Comput. Phys. 1977, 24, 361
344. Stillinger, F. H.; David, C. W. J. Chem. Phys. 1978, 69, 1473
345. Barnes, P.; Finney, J. L.; Nicholas, J. D.; Quinn, J. E. Nature 1979, 282, 459
346. Warshel, A. J. Phys. Chem. 1979, 83, 1640
347. Lybrand, T. P.; Kollman, P. A. J. Chem. Phys. 1985, 83, 2923
348. Vanbelle, D.; Froeyen, M.; Lippens, G.; Wodak, S. J. Mol. Phys. 1992, 77, 239
349. Kutteh, R.; Nicholas, J. Comput. Phys. Commun. 1995, 86, 227
350. Kutteh, R.; Nicholas, J. B. Comput. Phys. Commun. 1995, 86, 236
351. Guillot, B. J. Mol. Liq. 2002, 101, 219
352. Ahlström, P.; Wallqvist, A.; Engström, S.; Jonsson, B. Mol. Phys. 1989, 68, 563
353. Sprik, M.; Klein, M. J. Chem. Phys. 1988, 89, 7556
354. Cieplak, P.; Kollman, P.; Lybrand, T. J. Chem. Phys. 1990, 92, 6755
355. Wallqvist, A.; Ahlström, P.; Karlström, G. J. Phys. Chem. 1990, 94, 1649
356. Niesar, U.; Corongiu, G.; Clementi, E.; Kneller, G. R.; Bhattacharya, D. K. J. Phys. Chem. 1990, 94, 7949
357. Dang, L. X. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6970
358. Dang, L. X.; Chang, T. M. J. Chem. Phys. 1997, 106, 8149
359. Rappe, A. K.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem. 1991, 95, 3358
360. Mortier, W. J.; Ghosh, S. K.; Shankar, S. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 4315
361. Kusalik, P. G.; Svishchev, I. M. Science 1994, 265, 1219
362. Stern, H. A.; Rittner, F.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2237
363. Drude, P. Ann. Phys. 1900, 306, 566
364. Drude, P.; Mann, C. R.; Millikan, R. A. The Theory of Optics; Longmans, Green, and Co.: New York, 1902; pp 1, xxi, 546.
365. Bade, W. L. J. Chem. Phys. 1957, 27, 1280
366. Dick, B. G.; Overhauser, A. W. Phys. Rev. 1958, 112, 90
367. Yu, H. B.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2004, 121, 9549
368. Bernardo, D. N.; Ding, Y. B.; Kroghjespersen, K.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4180
369. Burnham, C.; Li, J.; Xantheas, S.; Leslie, M. J. Chem. Phys. 1999, 110, 4566
370. Burnham, C. J.; Xantheas, S. S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 1479
371. Burnham, C. J.; Xantheas, S. S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 1500
372. Burnham, C. J.; Xantheas, S. S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 5115
373. Xantheas, S. S.; Burnham, C. J.; Harrison, R. J. J. Chem. Phys. 2002, 116, 1493
374. Kong, Y. Multipole Electrostatic Methods for Protein Modeling with Reaction Field Treatment. Ph.D. Thesis, Washington University Medical School, 1997.
375. Thole, B. T. Chem. Phys. 1981, 59, 341
376. Donchev, A. G.; Ozrin, V. D.; Subbotin, M. V.; Tarasov, O. V.; Tarasov, V. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 7829
377. Donchev, A. G.; Galkin, N. G.; Illarionov, A. A.; Khoruzhii, O. V.; Olevanov, M. A.; Ozrin, V. D.; Pereyaslavets, L. B.; Tarasov, V. I. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1242
378. Defusco, A.; Schofield, D. P.; Jordan, K. D. Mol. Phys. 2007, 105, 2681
379. Kumar, R.; Wang, F. F.; Jenness, G. R.; Jordan, K. D. J. Chem. Phys. 2010, 132, 014309
380. Lefohn, A. E.; Ovchinnikov, M.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6628
381. Jeon, J.; Lefohn, A. E.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2003, 118, 7504
382. Rick, S. W.; Stuart, S. J. Rev. Comput. Ch. 2002, 18, 89
383. Applequist, J.; Carl, J. R.; Fung, K.-K. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 2952
384. Stout, J. M.; Dykstra, C. E. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5127
385. Stout, J. M.; Dykstra, C. E. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1576
386. Olson, M. L.; Sundberg, K. R. J. Chem. Phys. 1978, 69, 5400
387. Applequist, J. J. Phys. Chem. 1993, 97, 6016
388. Stern, H.; Kaminski, G.; Banks, J.; Zhou, R. H.; Berne, B.; Friesner, R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 4730
389. Karlström, G. Theor. Chim. Acta 1982, 60, 535
390. Stone, A. J. Chem. Phys. Lett. 1993, 211, 101
391. Mo, Y.; Gao, J.; Peyerimhoff, S. D. J. Chem. Phys. 2000, 112, 5530
392. Mo, Y.; Bao, P.; Gao, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 6760
393. Xie, W.; Orozco, M.; Truhlar, D. G.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 459
394. Isegawa, M.; Gao, J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 2011, 135, 084107
395. Khaliullin, R. Z.; Cobar, E. A.; Lochan, R. C.; Bell, A. T.; Head-Gordon, M. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 8753
396. Bagus, P. S.; Hermann, K.; Bauschlicher, C. W. J. Chem. Phys. 1984, 80, 1966
397. Stevens, W. J.; Fink, W. H. Chem. Phys. Lett. 1987, 139, 15
398. Wu, J. C.; Piquemal, J. P.; Chaudret, R.; Reinhardt, P.; Ren, P. Y. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2059
399. Zhao, Z.; Rogers, D. M.; Beck, T. L. J. Chem. Phys. 2010, 132, 014502
400. Clavaguera-Sarrio, C.; Brenner, V.; Hoyau, S.; Marsden, C. J.; Millie, P.; Dognon, J. P. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 3051
401. Hagberg, D.; Karlström, G.; Roos, B. O.; Gagliardi, L. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14250
402. Uchimaru, T.; Korchowiec, J.; Tsuzuki, S.; Matsumura, K.; Kawahara, S. Chem. Phys. Lett. 2000, 318, 203
403. Cohen, A. J.; Mori-Sánchez, P.; Yang, W. Science 2008, 321, 792
404. Mori-Sánchez, P.; Cohen, A. J.; Yang, W. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 146401
405. Jorgensen, W.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Klein, M. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
406. Abascal, J. L.; Vega, C. J. Chem. Phys. 2005, 123, 234505
407. Lee, A. J.; Rick, S. W. J. Chem. Phys. 2011, 134, 184507
408. Norberg, J.; Nilsson, L. Q. Rev. Biophys. 2003, 36, 257
409. McDowell, S. E.; Nadia, S.; Sponer, J.; Walter, N. G. Biopolymers 2007, 85, 169
410. Orozco, M.; Noy, A.; Perez, A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 185
411. Mackerell, A. D. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1584
412. Horn, H. W.; Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Madura, J. D.; Dick, T. J.; Hura, G. L.; Head-Gordon, T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9665
413. Mahoney, M.; Jorgensen, W. J. Chem. Phys. 2000, 112, 8910
414. Perera, L.; Berkowitz, M. L. J. Chem. Phys. 1991, 95, 1954
415. Perera, L.; Berkowitz, M. L. J. Chem. Phys. 1992, 96, 8288
416. Perera, L.; Berkowitz, M. L. J. Chem. Phys. 1993, 99, 4236
417. Perera, L.; Berkowitz, M. L. J. Chem. Phys. 1993, 99, 4222
418. Perera, L.; Essmann, U.; Berkowitz, M. L. J. Chem. Phys. 1995, 102, 450
419. Yeh, I. C.; Perera, L.; Berkowitz, M. L. Chem. Phys. Lett. 1997, 264, 31
420. Tobias, D. J.; Jungwirth, P.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2001, 114, 7036
421. Valiev, M.; D'Auria, R.; Tobias, D. J.; Garrettt, B. C. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 8823
422. D'auria, R.; Tobias, D. J.; Gerber, R. B.; Miller, Y.; Xantheas, S. S. Abstracts of Papers of the American Chemical Society; American Chemical Society: Washington, DC, 2006; Vol. 232.
423. Annapureddy, H. V. R.; Dang, L. X. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 7492
424. Markovich, G.; Giniger, R.; Levin, M.; Cheshnovsky, O. J. Chem. Phys. 1991, 95, 9416
425. Markovich, G.; Pollack, S.; Giniger, R.; Cheshnovsky, O. J. Chem. Phys. 1994, 101, 9344
426. Raugei, S.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 2002, 116, 196
427. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Chem. Phys. 1987, 91, 6269
428. Grossfield, A.; Ren, P. Y.; Ponder, J. W. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15671
429. Jiao, D.; King, C.; Grossfield, A.; Darden, T. A.; Ren, P. Y. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 18553
430. Piquemal, J. P.; Perera, L.; Cisneros, G. A.; Ren, P. Y.; Pedersen, L. G.; Darden, T. A. J. Chem. Phys. 2006, 126, 054511
431. Sponer, J.; Sabat, M.; Burda, J. V.; Doody, A. M.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Biomol. Struc. Dyn. 1998, 16, 139
432. Zhang, J.; Yang, W.; Piquemal, J. P.; Ren, P. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 1314
433. Clavaguera, C.; Sansot, E.; Calvo, F.; Dognon, J. P. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 12848
434. Marjolin, A.; Gourlaouen, C.; Clavaguera, C.; Ren, P.; Wu, J.; Gresh, N.; Dognon, J.-P.; Piquemal, J.-P. Theor. Chem. Acc. 2012, 131, 1
435. Jiao, D.; Golubkov, P. A.; Darden, T. A.; Ren, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 6290
436. Talhout, R.; Villa, A.; Mark, A. E.; Engberts, J. B. F. N. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10570
437. Mobley, D. L.; Graves, A. P.; Chodera, J. D.; McReynolds, A. C.; Shoichet, B. K.; Dill, K. A. J. Mol. Biol. 2007, 371, 1118
438. Oostenbrink, C.; Villa, A.; Mark, A. E.; Van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1656
439. Halgren, T. A.; Damm, W. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 236
440. Lopes, P. E. M.; Lamoureux, G.; Roux, B.; MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2873
441. Warshel, A.; Kato, M.; Pisliakov, A. V. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2034
442. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227
443. Gresh, N.; Pullman, A.; Claverie, P. Int. J. Quantum Chem. 1985, 28, 757
444. Gresh, N. J. Chim. Phys. Phys.- Chim. Biol. 1997, 94, 1365
445. Piquemal, J. P.; Williams-Hubbard, B.; Fey, N.; Deeth, R. J.; Gresh, N.; Giessner-Prettre, C. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1963
446. Guo, H.; Gresh, N.; Roques, B. P.; Salahub, D. R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 9746
447. Gresh, N.; Policar, C.; Giessner-Prettre, C. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 11A
448. Ledecq, M.; Lebon, F.; Durant, F.; Giessner-Prettre, C.; Marquez, A.; Gresh, N. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 10640
449. Roux, C.; Gresh, N.; Perera, L. E.; Piquemal, J. P.; Salmon, L. J. Comput. Chem. 2007, 28, 938
450. Roux, C.; Bhatt, F.; Foret, J.; de Courcy, B.; Gresh, N.; Piquemal, J. P.; Jeffery, C. J.; Salmon, L. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2011, 79, 203
451. de Courcy, B.; Pedersen, L. G.; Parisel, O.; Gresh, N.; Silvi, B.; Pilme, J.; Piquemal, J. P. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1048
452. Gresh, N.; Audiffren, N.; Piquemal, J. P.; de Ruyck, J.; Ledecq, M.; Wouters, J. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 4884
453. de Courcy, B.; Piquemal, J. P.; Garbay, C.; Gresh, N. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 3312
454. Engkvist, O.; Åstrand, P.-O.; Karlström, G. Chem. Rev. 2000, 100, 4087
455. Carignano, M. A.; Karlström, G.; Linse, P. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 1142
456. Brdarski, S.; Åstrand, P.-O.; Karlström, G. Theor. Chem. Acc. 2000, 105, 7
457. Stenhammar, J.; Linse, P.; Malmqvist, P. A.; Karlström, G. J. Chem. Phys. 2009, 130, 124521
458. Dang, L. X.; Rice, J. E.; Caldwell, J.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 2481
459. Wang, J.; Cieplak, P.; Cai, Q.; Hsieh, M. J.; Wang, J. M.; Duan, Y.; Luo, R. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 7999
460. Wang, J. M.; Cieplak, P.; Li, J.; Cai, Q.; Hsieh, M. J.; Luo, R.; Duan, Y. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 7088
461. Wang, J. M.; Cieplak, P.; Li, J.; Hou, T. J.; Luo, R.; Duan, Y. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 3091
462. Wang, J. M.; Cieplak, P.; Li, J.; Wang, J.; Cai, Q.; Hsieh, M. J.; Lei, H. X.; Luo, R.; Duan, Y. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 3100
463. Wang, Z. X.; Zhang, W.; Wu, C.; Lei, H. X.; Cieplak, P.; Duan, Y. J. Comput. Chem. 2006, 27, 994
464. Kaminski, G. A.; Stern, H. A.; Berne, B. J.; Friesner, R. A.; Cao, Y. X. X.; Murphy, R. B.; Zhou, R. H.; Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1515
465. Kaminski, G. A.; Stern, H. A.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 621
466. Kaminski, G. A.; Ponomarev, S. Y.; Liu, A. B. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2935
467. Ponomarev, S. Y.; Kaminski, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1415
468. Rasmussen, T. D.; Ren, P. Y.; Ponder, J. W.; Jensen, F. Int. J. Quantum Chem. 2007, 107, 1390
469. Ren, P.; Wu, C.; Ponder, J. W. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 3143
470. Shi, Y.; Wu, C.; Ponder, J. W.; Ren, P. J. Comput. Chem. 2011, 32, 967
471. Wu, J. C.; Chattre, G.; Ren, P. Theor. Chem. Acc. 2012, 131, 1138
472. Jiao, D.; Zhang, J. J.; Duke, R. E.; Li, G. H.; Schnieders, M. J.; Ren, P. Y. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1701
473. Yang, T.; Wu, J. C.; Yan, C.; Wang, Y.; Luo, R.; Gonzales, M. B.; Dalby, K. N.; Ren, P. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2011, 79, 1940
474. Shi, Y.; Zhu, C. Z.; Martin, S. F.; Ren, P. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 1716
475. Zhang, J.; Shi, Y.; Ren, P. Protein-Ligand Interactions; Wiley-VCH: Weinheim, Germany, 2012; p 99.
476. Clavaguera, C.; Pollet, R.; Soudan, J. M.; Brenner, V.; Dognon, J. P. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7614
477. De Miranda Tomasio, S.; Walsh, T. R. Mol. Phys. 2007, 105, 221
478. Jiang, H.; Jordan, K. D.; Taylor, C. E.; Sk J. Phys. Chem. B 2007, 111, 6486
479. Cui, J.; Liu, H.; Jordan, K. D. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 18872
480. Liang, T.; Walsh, T. R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 4410
481. Liang, T.; Walsh, T. R. Mol. Simul. 2007, 33, 337
482. Kaminsky, J.; Jensen, F. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1774
483. Bostick, D. L.; Brooks, C. L., III. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 9260
484. Bostick, D. L.; Brooks, C. L., III. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 13185
485. Jiang, J. L.; Wu, Y. B.; Wang, Z. X.; Wu, C. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1199
486. Ponder, J. W. TINKER: Software Tools for Molecular Design, Version 4.2; 2004.
487. Friedrichs, M. S.; Eastman, P.; Vaidyanathan, V.; Houston, M.; Legrand, S.; Beberg, A. L.; Ensign, D. L.; Bruns, C. M.; Pande, V. S. J. Comput. Chem. 2009, 30, 864
488. Whitfield, T. W.; Varma, S.; Harder, E.; Lamoureux, G.; Rempe, S. B.; Roux, B. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2068
489. Anisimov, V. M.; Vorobyov, I. V.; Roux, B.; MacKerell, A. D. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1927
490. Lopes, P. E. M.; Zhu, X.; Lau, A.; Roux, B.; MacKerell, A. D. Biophys. J. 2011, 100, 612
491. Baker, C. M.; Lopes, P. E. M.; Zhu, X.; Roux, B.; MacKerell, A. D. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1181
492. Jiang, W.; Hardy, D. J.; Phillips, J. C.; MacKerell, A. D.; Schulten, K.; Roux, B. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 87
493. Patel, S.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1
494. Patel, S.; Mackerell, A. D.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1504
495. Warren, G. L.; Patel, S. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 11679
496. Patel, S.; Davis, J. E.; Bauer, B. A. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 13890
497. Bauer, B. A.; Patel, S. J. Chem. Phys. 2009, 131, 084709
498. Bauer, B. A.; Lucas, T. R.; Meninger, D. J.; Patel, S. Chem. Phys. Lett. 2011, 508, 289
499. Gao, J.; Habibollazadeh, D.; Shao, L. J. Phys. Chem. 1995, 99, 16460
500. Xie, W. S.; Pu, J. Z.; MacKerell, A. D.; Gao, J. L. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1878
501. Xie, W.; Song, L.; Truhlar, D. G.; Gao, J. J. Chem. Phys. 2008, 128, 234108
502. Xie, W.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1890
503. Song, L.; Han, J.; Lin, Y. L.; Xie, W.; Gao, J. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 11656
504. Borodin, O.; Smith, G. D. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 6801
505. Borodin, O.; Douglas, R.; Smith, G. A.; Trouw, F.; Petrucci, S. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 6813
506. Borodin, O.; Smith, G. D.; Douglas, R. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 6824
507. Chen, B.; Xing, J. H.; Siepmann, J. I. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 2391
508. Chen, B.; Siepmann, J. I.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 1137
509. Rivera, J. L.; Starr, F. W.; Paricaud, P.; Cummings, P. T. J. Chem. Phys. 2006, 125, 094712
510. Tao, Z.; Cummings, P. T. Mol. Simul. 2007, 33, 1255
511. Borodin, O. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 11463
512. Maple, J. R.; Cao, Y. X.; Damm, W. G.; Halgren, T. A.; Kaminski, G. A.; Zhang, L. Y.; Friesner, R. A. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 694
513. Schnieders, M. J.; Baker, N. A.; Ren, P.; Ponder, J. W. J. Chem. Phys. 2007, 126, 124114
514. Schnieders, M. J.; Ponder, J. W. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2083
515. Constanciel, R.; Contreras, R. Theor. Chim. Acta. 1984, 65, 1
516. Truchon, J. F.; Nicholls, A.; Iftimie, R. I.; Roux, B.; Bayly, C. I. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1480
517. Truchon, J. F.; Nicholls, A.; Roux, B.; Iftimie, R. I.; Bayly, C. I. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1785
518. Hu, H.; Yang, W. Annu. Rev. Phys. Chem. 2008, 59, 573
519. Senn, H. M.; Thiel, W. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 1198
520. Alden, R. G.; Parson, W. W.; Chu, Z. T.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12284
521. Warshel, A.; Papazyan, A. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 211
522. Kritayakornupong, C.; Plankensteiner, K.; Rode, B. M. Chem. Phys. Lett. 2003, 371, 438
523. Schaefer, P.; Riccardi, D.; Cui, Q. J. Chem. Phys. 2005, 123, 014905
524. Benighaus, T.; Thiel, W. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 3114
525. Benighaus, T.; Thiel, W. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 238
526. Aleksandrov, A.; Field, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 10503
527. Gao, J.; Alhambra, C. J. Chem. Phys. 1997, 107, 1212
528. Gao, J. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6432
529. Walker, R. C.; Crowley, M. F.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1019
530. Zhang, P.; Truhlar, D. G.; Gao, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 7821
531. Dehez, F.; Martins-Costa, M.; Rinaldi, D.; Millot, C. J. Chem. Phys. 2005, 122, 234503
532. Laino, T.; Mohamed, F.; Laio, A.; Parrinello, M. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1370
533. Laino, T.; Mohamed, F.; Laio, A.; Parrinello, M. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1176
534. Das, D.; Eurenius, K. P.; Billings, E. M.; Sherwood, P.; Chatfield, D. C.; Hodoscek, M.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 2003, 117, 10534
535. Wang, B.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 359
536. Lin, H.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 3991
537. Wang, B.; Truhlar, D. G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 10556
538. Zhang, Y.; Lin, H.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1378
539. Biswas, P. K.; Gogonea, V. J. Chem. Phys. 2008, 129, 154108
540. Cisneros, G. A.; Piquemal, J.-P.; Darden, T. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13682
541. Fujimoto, K.; Yang, W. J. Chem. Phys. 2008, 129, 054102
542. Hu, X.; Jin, Y.; Zeng, X.; Hu, H.; Yang, W. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 7700
543. Wesolowski, T. A.; Warshel, A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8050
544. Wesolowski, T.; Muller, R. P.; Warshel, A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 15444
545. Dulak, M.; Kaminski, J. W.; Wesolowski, T. A. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 735
546. Wesołowski, T. A. Phys. Rev. A 2008, 77, 012504
547. Fradelos, G.; Wesolowski, T. A. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 213
548. Zhou, X.; Kaminski, J. W.; Wesolowski, T. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 10565
549. Ma, Q.; Izaguirre, J. A. Multiscale Model. Simul. 2004, 2, 1
550. Venturoli, M.; Sperotto, M.; Kranenburg, M.; Smit, B. Phys. Rep. 2006, 437, 1
551. Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems; Voth, G. A., Ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 2008.
552. Praprotnik, M.; Site, L. D.; Kremer, K. Annu. Rev. Phys. Chem. 2008, 59, 545
553. Murtola, T.; Bunker, A.; Vattulainen, I.; Deserno, M.; Karttunen, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 1869
554. Peter, C.; Kremer, K. Faraday Disc. 2010, 144, 9
555. Lyman, E.; Zuckerman, D. M. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 656
556. Liu, P.; Shi, Q.; Lyman, E.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2008, 129, 114103
557. Rzepiela, A. J.; Schäfer, L. V.; Goga, N.; Risselada, H. J.; De Vries, A. H.; Marrink, S. J. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1333
558. Poblete, S.; Praprotnik, M.; Kremer, K.; Delle Site, L. J. Chem. Phys. 2010, 132, 114101
559. Stansfeld, P. J.; Sansom, M. S. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1157
560. Riniker, S.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2012, 137, 044120
561. Henderson, R. L. Phys. Lett. 1974, 49A, 197
562. Chayes, J. T.; Chayes, L.; Lieb, E. H. Commun. Math. Phys. 1984, 93, 57
563. Chayes, J. T.; Chayes, L. J. Stat. Phys. 1984, 36, 471
564. Hohenberg, P.; Kohn, W. Phys. Rev. 1964, 136, B864
565. Lyubartsev, A. P.; Laaksonen, A. Phys. Rev. E 1995, 52, 3730
566. Reith, D.; Meyer, H.; Mu, F.; Plathe, F. M. Macromolecules 2001, 34, 2335
567. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2005, 123, 134105
568. Izvekov, S.; Swanson, J. M. J.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 4711
569. Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812
570. Ollila, O. H. S.; Louhivuori, M.; Marrink, S. J.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2011, 100, 1651
571. Baoukina, S.; Monticelli, L.; Risselada, H. J.; Marrink, S. J.; Tieleman, D. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 10803
572. Murtola, T.; Vuorela, T. A.; Hyvönen, M. T.; Marrink, S.-J.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. Soft Matter 2011, 7, 8135
573. Hoogerbrugge, P. J.; Koelman, J. M. V. A. Europhys. Lett. 1992, 19, 155
574. Español, P.; Warren, P. Europhys. Lett. 1995, 30, 191
575. Forrest, B. M.; Suter, U. W. J. Chem. Phys. 1995, 102, 7256
576. González-Melchor, M.; Mayoral, E.; Velázquez, M. E.; Alejandre, J. J. Chem. Phys. 2006, 125, 224107
577. Yesylevskyy, S. O.; Schäfer, L. V.; Sengupta, D.; Marrink, S. J. PLoS Comput. Biol. 2010, 6, e1000810
578. Dias, C. L.; Ala-Nissila, T.; Grant, M.; Karttunen, M. J. Chem. Phys. 2009, 131, 054505
579. Wu, Z.; Cui, Q.; Yethiraj, A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 10524
580. Nistor, R. A.; Polihronov, J. G.; Müser, M. H.; Mosey, N. J. J. Chem. Phys. 2006, 125, 094108
581. Mortier, W. J.; Van Genechten, K.; Gasteiger, J. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 829
582. Rappe, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A.; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024
583. van Duin, A. C. T.; Baas, J. M. A.; van de Graaf, B. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1994, 90, 2881
584. York, D.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1996, 104, 159
585. Yang, Z.-Z.; Wu, Y.; Zhao, D.-X. J. Chem. Phys. 2004, 120, 2541
586. Zhao, D.-X.; Yu, L.; Gong, L.-D.; Liu, C.; Yang, Z.-Z. J. Chem. Phys. 2011, 134, 194115
587. Lucas, T. R.; Bauer, B. A.; Davis, J. E.; Patel, S. J. Comput. Chem. 2012, 33, 141
588. Chelli, R.; Procacci, P.; Righini, R.; Califano, S. J. Chem. Phys. 1999, 111, 8569
589. Verstraelen, T.; Van Speybroeck, V.; Waroquier, M. J. Chem. Phys. 2009, 131, 044127
590. Mongan, J.; Case, D.; McCammon, J. J. Comput. Chem. 2004, 25, 2038
591. Mongan, J.; Case, D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 157
592. Khandogin, J.; Brooks, C. Biophys. J. 2005, 89, 141
593. Vorobjev, Y. N.; Vila, J. A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 11122
594. Williams, S. L.; Blachly, P. G.; McCammon, J. A. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2011, 79, 3381
595. Schnieders, M. J.; Fenn, T. D.; Pande, V. S.; Brunger, A. T. Acta Crystallogr., Sect. D 2009, 65, 952
596. Fenn, T. D.; Schnieders, M. J.; Brunger, A. T.; Pande, V. S. Biophys. J. 2010, 98, 2984
597. Schnieders, M. J.; Fenn, T. D.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1141
598. Fenn, T. D.; Schnieders, M. J. Acta Crystallogr., Sect. D 2011, 67, 957
599. Drew, H.; Dickerson, R. J. Mol. Biol. 1981, 151, 535
600. Shaw, D. E.; Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Bank, J. A.; Jumper, J. M.; Salmon, J. K.; Shan, Y.; Wriggers, W. Science 2010, 330, 341
601. Stone, J. E.; Phillips, J. C.; Freddolino, P. L.; Hardy, D. J.; Trabuco, L. G.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2007, 28, 2618
602. Raval, A.; Piana, S.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2012, 80, 2071
603. Huber, T.; Torda, A. E.; van Gunsteren, W. F. J. Comput.-Aided. Mol. Des. 1994, 8, 695
604. Darve, E.; Pohorille, A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 9169
605. Wang, F.; Landau, D. Phys. Rev. Lett. 2001, 115, 2050
606. Laio, A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12562
607. Iannuzzi, M.; Laio, A.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, 238302
608. Ensing, B.; Laio, A.; Parrinello, M.; Klein, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6676
609. Lelièvre, T.; Rousset, M.; Stoltz, G. J. Chem. Phys. 2007, 126, 134111
610. Babin, V.; Roland, C.; Sagui, C. J. Chem. Phys. 2008, 128, 134101
611. Hansmann, U. Chem. Phys. Lett. 1997, 281, 140
612. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141
613. Sugita, Y.; Kitao, A.; Okamoto, Y. J. Phys. Chem. 2000, 113, 6042
614. Raiteri, P.; Laio, A.; Gervasio, F. L.; Micheletti, C.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. 2006, 110, 3533
615. Babin, V.; Sagui, C. J. Chem. Phys. 2010, 132, 104108
616. Rosso, L.; Tuckerman, M. Mol. Simul. 2002, 28, 91
617. Abrams, J. B.; Rosso, L.; Tuckerman, M. E. J. Chem. Phys. 2006, 125, 074115