Including charge penetration effects in molecular modeling

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 11, 2010, Pages 3330-3342

  Wang, Bo ^a   Truhlar, Donald G ^a  

^a University of Minnesota   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 78149449288     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct1003862     Document Type: Article

References (74)

1. Combined Quantum Mechanical and Molecular Mechanical Methods; Gao, J.; Thompson, M. A., Eds.; ACS Symposium Series 712; American Chemical Society: Washington, DC, 1998.
2. Sherwood, P. In Modern Methods and Algorithms of Quantum Chemistry, Grotendorst, J., Ed.; John von Neumann Institute for Computing: Jülich, 2000; p 285.
3. Lin, H.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 2007, 117, 185
4. Senn, H. M.; Thiel, W. Angew. Chemie Int. Ed. 2009, 48, 1198
5. Bernstein, N.; Kermode, J. R.; Csányi, G. Rep. Prog. Phys. 2009, 72 026501
6. Bakowies, D.; Thiel, W. J. Phys. Chem. 1996, 100, 10580
7. Stone, A. J. Chem. Phys. Lett. 1981, 83, 233
8. Sokalski, W. A.; Poirier, R. A. Chem. Phys. Lett. 1983, 98, 86
9. Leverentz, H.; Gao, J.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc., in press.
10. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
11. Hancock, G. C.; Truhlar, D. G.; Dykstra, C. E. J. Chem. Phys. 1988, 88, 1786
12. Stone, A. J. In The Theory of Intermolecular Forces; Oxford University Press Inc.: New York, 1996; p 94.
13. Das, D.; Eurenius, K. P.; Billings, E. M.; Sherwood, P.; Chatfield, D. C.; Hodošček, M.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 2002, 117, 10534
14. Cisneros, G. A.; Tholander, S. N.-I.; Parisel, O.; Darden, T. A.; Elking, D.; Perera, L.; Piquemal, J. P. Int. J. Quantum Chem. 2008, 108, 1905
15. Bredow, T.; Geudtner, G.; Jug, K. J. Chem. Phys. 1996, 105, 6395
16. Day, P. N.; Jensen, J. H.; Gordon, M. S.; Webb, S. P.; Stevens, W. J.; Krauss, M.; Garmer, D.; Basch, H.; Cohen, D. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1968
17. Yudanov, I. V.; Nasluzov, V. A.; Neyman, K. M.; Rösch, N. Int. J. Quantum Chem. 1997, 65, 975
18. López, N.; Illas, F. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 1430
19. Pacchioni, G.; Ferrari, A. M. Catal. Today 1999, 50, 533
20. Freitag, M. A.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Stevens, W. J. J. Chem. Phys. 2000, 112, 7300
21. Soave, R.; Pacchioni, G. Chem. Phys. Lett. 2000, 320, 345
22. Gomes, J. R. B.; Illas, F.; Hernández, N. C.; Márquez, A.; Sanz, J. F. Phys. Rev. B 2002, 65, 125414
23. Gomes, J. R. B.; Illas, F.; Hernández, N. C.; Sanz, J. F.; Wander, A.; Harrison, N. M. J. Chem. Phys. 2002, 116, 1684
24. Gomes, J. R. B.; Lodziana, Z.; Illas, F. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 6411
25. Cinquini, F.; Valentin, C. D.; Finazzi, E.; Giordano, L.; Pacchioni, G. Theor. Chem. Acc. 2007, 117, 827
26. Valero, R.; Gomes, J. R. B.; Truhlar, D. G.; Illas, F. J. Chem. Phys. 2008, 129, 124710
27. Cembran, A.; Bao, P.; Wang, Y.; Song, L.; Truhlar, D. G.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2469
28. Köster, A. M.; Kölle, C.; Jug, K. J. Chem. Phys. 1993, 99, 1224
29. Kairys, V.; Jensen, J. H. Chem. Phys. Lett. 1999, 315, 140
30. Piquemal, J. P.; Gresh, N.; Giessner-Prettre, C. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10353
31. Hall, G. G.; Smith, C. M. Int. J. Quantum Chem. 1992, 42, 1237
32. Wheatley, R. J.; Mitchell, J. B. O. J. Comput. Chem. 1994, 15, 1187
33. Guillot, B.; Guissani, Y. J. Chem. Phys. 2001, 114, 6720
34. Amara, P.; Field, M. J. Theor. Chem. Acc. 2003, 109, 43
35. Piquemal, J. P.; Cisneros, G. A.; Reinhardt, P.; Gresh, N.; Darden, T. A. J. Chem. Phys. 2006, 124, 104101
36. Torheyden, M.; Jansen, G. Mol. Phys. 2006, 104, 2101
37. Spackman, M. A. Chem. Phys. Lett. 2006, 418, 158
38. Cisneros, G. A.; Piquemal, J. P.; Darden, T. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13682
39. Slipchenko, L. V.; Gordon, M. S. J. Comput. Chem. 2007, 28, 276
40. Elking, D. M.; Cisneros, G. A.; Piquemal, J. P.; Darden, T. A.; Pedersen, L. G. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 190
41. Kumar, R.; Wang, F.-F.; Jenness, G. R.; Jordan, K. D. J. Chem. Phys. 2010, 132 014309
42. Slater, J. C. Phys. Rev. 1930, 36, 57
43. Jeziorski, B.; Moszynski, R.; Szalewicz, K. Chem. Rev. 1994, 94, 1887
44. Clementi, E.; Raimondi, D. L. J. Chem. Phys. 1963, 38, 2686
45. Cusachs, L. C.; Trus, B. L.; Carroll, D. G.; Mcglynn, S. P. Int. J. Quantum Chem. Symp. 1967, 1, 423
46. Massey, H. S. W.; Burhop, E. H. S. In The International Series of Monographs on Physics-Electronic and Ionic Impact Phenomena; Marshall, W.; Wilkinson, D. H., Eds.; University Press: Oxford, 1969; p 376.
47. Archambault, F.; Chipot, C.; Soteras, I.; Luque, F. J.; Schulten, K.; Dehez, F. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 3022
48. Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007
49. Kendall, R. A.; Dunning, T. H., Jr.; Harrison, R. J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796
50. Weigend, F.; Ahlrichs, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3297
51. Breneman, C. M.; Wiberg, K. B. J. Comput. Chem. 1990, 11, 361
52. Bukowski, R.; Cencek, W.; Jankowski, P.; Jeziorski, B.; Jeziorska, M.; Kucharski, S. A.; Lotrich, V. F.; Misquitta, A. J.; Moszynski, R.; Patkowski, K.; Podeszwa, R.; Rybak, S.; Szalewicz, K.; Williams, H. L.; Wheatley, R. J.; Wormer, P. E. S.; Zuchowski, P. S.; SAPT2008: "An Ab Initio Program for Many-Body Symmetry-Adapted Perturbation Theory Calculations of Intermolecular Interaction Energies" version, 2008.
53. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J., J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, version D.01 and E.01, Gaussian, Inc: Wallingford, CT, 2004.
54. Ponder, J. W. TINKER, version 4.2; Washington University: St. Louis, MO, 2004.
55. Lin, H.; Zhang, Y.; Truhlar, D. G. QMMM, version 1.3.5, University of Minnesota: Minneapolis, 2007.
56. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. MN-GFM: Minnesota Gaussian Functional Module, version 4.1; University of Minnesota: Minneapolis, 2009.
57. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 415
58. Dahlke, E. E.; Orthmeyer, M. A.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 2372
59. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 2008, 120, 215
60. Lynch, B. J.; Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 1384
61. Curtiss, L. A.; McGrath, M. P.; Blaudeau, J. P.; Davis, N. E.; Binning, R. C.; Radom, L. J. Chem. Phys. 1995, 103, 6104
62. Stewart, R. F. J. Chem. Phys. 1969, 50, 2485
63. Szabo, A.; Ostlund, N. S. In Modern Quantum Chemistry-Introduction to Advanced Electronic Structure Theory; Dover Publications, Inc.: Mineola, NY, 1989; p 157.
64. Strand, T. G.; Bonham, R. A. J. Chem. Phys. 1964, 40, 1686
65. Reinhardt, P.; Piquemal, J. P. Int. J. Quantum Chem. 2009, 109, 3259
66. Gill, P. M. W. J. Phys. Chem. 1996, 100, 15421
67. Barandiarán, Z.; Seijo, L. J. Chem. Phys. 1988, 89, 5739
68. Nygren, M. A.; Pettersson, L. G. M.; Barandiarán, Z.; Seijo, L. J. Chem. Phys. 1994, 100, 2010
69. Rotenberg, B.; Salanne, M.; Simon, C.; Vuilleumier, R. Phys. Rev. Lett. 2010, 104, 138301
70. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 46
71. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1
72. Higashi, M.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 790
73. Higashi, M.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2925
74. Gordon, M. S.; Mullin, J. M.; Pruitt, S. R.; Roskop, L. B.; Slipchenko, L. V.; Boatz, J. A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 9646