Development of polarizable models for molecular mechanical calculations. 4. van der waals parametrization

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 24, 2012, Pages 7088-7101

  Wang, Junmei ^a   Cieplak, Piotr ^b   Li, Jie ^c   Cai, Qin ^d   Hsieh, Meng Juei ^d   Luo, Ray ^d   Duan, Yong ^c  

^a UNIVERSITY OF TEXAS SOUTHWESTERN MEDICAL CENTER   (United States)

^b BURNHAM INSTITUTE   (United States)

^c University of California Davis   (United States)

^d UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMBER; CALCULATIONS; DENSITY OF LIQUIDS; DIMERS; MOLECULAR DYNAMICS; OPTIMIZATION;

AB INITIO; AMBER FORCE-FIELD; FORCE FIELDS; HEATS OF VAPORIZATION; HYDRATION ENERGIES; INDUCED DIPOLES; INTERACTION ENERGIES; LIQUID DENSITY; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; MOLECULAR MECHANICALS; PARAMETER SET; PARAMETER SPACES; PARAMETRIZATIONS; POLARIZABLE MODEL; PURE LIQUIDS; ROOT-MEAN-SQUARE ERRORS; SCREENING FUNCTIONS; SOLVATION FREE ENERGIES; VAN DER WAALS;

VAN DER WAALS FORCES;

EID: 84862654593     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp3019759     Document Type: Article

References (65)

1. Kaminski, G. A.; Stern, H. A.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 621
2. Ponder, J. W.; Case, D. A. Adv. Protein Chem. 2003, 66, 27
3. Ren, P. Y.; Ponder, J. W. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1497
4. Cieplak, P.; Caldwell, J.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1048
5. Wang, Z.-X.; Zhang, W.; Wu, C.; Lei, H.; Cieplak, P.; Duan, Y. J. Comput. Chem. 2006, 27, 781
6. Wang, J. M.; Cieplak, P.; Li, J.; Hou, T. J.; Luo, R.; Duan, Y. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 3091
7. Wang, J. M.; Cieplak, P.; Li, J.; Wang, J.; Cai, Q.; Hsieh, M. J.; Lei, H. X.; Luo, R.; Duan, Y. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 3100
8. Wang, J.; Cieplak, P.; Cai, Q.; Hsieh, M.-J.; Wang, J.; Duan, Y.; Luo, R. J. Phys. Chem. B 2012, in press.
9. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D., J; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187
10. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; TiradoRives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225
11. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179
12. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049
13. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J. W.; Wang, J.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999
14. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157
15. Wang, J. M.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049
16. Oostenbrink, C.; Soares, T. A.; van der Vegt, N. F.; van Gunsteren, W. F. Eur. Biophys. J. 2005, 34, 273
17. Rappe, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A.; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024
18. Sun, H. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7338
19. Shi, S. H.; Yan, L.; Yang, Y.; Fisher-Shaulsky, J.; Thacher, T. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1059
20. Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 1996, 17, 520
21. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474
22. Tsuzuki, S.; Uchimaru, T.; Tanabe, K.; Kuwajima, S. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1830
23. Yin, D. X.; Mackerell, A. D. J. Comput. Chem. 1998, 19, 334
24. Chen, I. J.; Yin, D. X.; MacKerell, A. D. J. Comput. Chem. 2002, 23, 199
25. Feller, S. E.; MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7510
26. Wang, J.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1219
27. Wang, J. M.; Krudy, G.; Xie, X. Q.; Wu, C. D.; Holland, G. J. Chem. Inf. Model. 2006, 46, 2674
28. Hou, T. J.; Wang, J. M.; Chen, L. R.; Xu, X. J. Protein Eng. 1999, 12, 639
29. Simon, S.; Duran, M.; Dannenberg, J. J. J. Chem. Phys. 1996, 105, 11024
30. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553
31. Truhlar, D. G. Chem. Phys. Lett. 1998, 294, 45
32. Fast, P. L.; Sanchez, M. L.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 1999, 111, 2921
33. Sponer, J.; Jurecka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10142
34. Morgado, C. A.; Jurecka, P.; Svozil, D.; Hobza, P.; Sponer, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 3522
35. Morgado, C. A.; Jurecka, P.; Svozil, D.; Hobza, P.; Sponer, J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1524
36. Svozil, D.; Hobza, P.; Sponer, J. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 1191
37. Rezac, J.; Riley, K. E.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2427
38. Wang, J. M.; Hou, T. J. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2151
39. Jorgensen, W. L.; McDonald, N. A. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 1998, 424, 145
40. Rizzo, R. C.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4827
41. McDonald, N. A.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 8049
42. Price, M. L. P.; Ostrovsky, D.; Jorgensen, W. L. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1340
43. Lide, D. R. E. CRC Handbook of Chemistry and Physics, 86 th ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 2005; p 4.
44. Majer, V.; Svoboda, V. Enthalpies of Vaporization of Organic Compounds: A Critical Review and Data Compilation; Blackwell Scientific Publications: Oxford, U.K., 1985; p 300.
45. Wang, J. M.; Wang, W.; Huo, S. H.; Lee, M.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5055
46. Mobley, D. L.; Bayly, C. I.; Cooper, M. D.; Shirts, M. R.; Dill, K. A. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 350
47. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269
48. Cieplak, P.; Dupradeau, F. Y.; Duan, Y.; Wang, J. M. J. Phys.: Condens. Matter 2009, 21, 333102
49. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
50. Wang, J. M.; Wang, W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Mol. Graphics Modell. 2006, 25, 247
51. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., 3rd; Simmerling, C.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossvary, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, P. A. AMBER11; University of California: San Francisco, CA, 2008.
52. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952
53. Darden, T.; Perera, L.; Li, L.; Pedersen, L. Structure 1999, 7, R55
54. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577
55. Sagui, C.; Pedersen, L. G.; Darden, T. A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 73
56. Shirts, M. R.; Mobley, D. L.; Chodera, J. D.; Pande, V. S. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 13052
57. Uberuaga, B. P.; Anghel, M.; Voter, A. F. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6363
58. Izaguirre, J. A.; Catarello, D. P.; Wozniak, J. M.; Skeel, R. D. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2090
59. Larini, L.; Mannella, R.; Leporini, D. J. Chem. Phys. 2007, 126, 104101
60. Loncharich, R. J.; Brooks, B. R.; Pastor, R. W. Biopolymers 1992, 32, 523
61. Aqvist, J. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8021
62. Steinbrecher, T.; Mobley, D. L.; Case, D. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 214108
63. Wang, Z.-X.; Wu, C.; Lei, H.; Duan, Y. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1527
64. Oostenbrink, C.; Villa, A.; Mark, A. E.; Van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1656
65. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225