Multiscale simulation of soft matter systems

Faraday Discussions

Volumn 144, Issue , 2009, Pages 9-24

  Peter, Christine ^a   Kremer, Kurt ^a  

^a MAX PLANCK INSTITUTE FOR POLYMER RESEARCH   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 70350715068     PISSN: 13596640     EISSN: 13645498     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b919800h     Document Type: Article

References (82)

1. C. Peter K. Kremer Soft Matter 2009 10.1039/b912027k
2. L. Mahadevan Faraday Discuss. 2008 139 9 19
3. H. J. C. Berendsen, Simulating the Physical World, Cambridge University Press, Cambridge, UK, 2007
4. Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems, ed., G. A. Voth, Chapman and Hall/CRC Press, Taylor and Francis Group, 2008
5. B. Dunweg and A. J. C. Ladd, Advanced Computer Simulation Approaches for Soft Matter Sciences III, 2009, 221, pp. 89-166
6. P. J. Hoogerbrugge J. M. V. A. Koleman Europhys. Lett. 1992 19 155 160
7. R. D. Groot P. B. Warren J. Chem. Phys. 1997 107 4423 4435
8. W. Tschöp K. Kremer J. Batoulis T. Burger O. Hahn Acta Polym. 1998 49 61 74
9. W. Tschöp K. Kremer O. Hahn J. Batoulis T. Burger Acta Polym. 1998 49 75 79
10. G. S. Ayton W. G. Noid G. A. Voth Curr. Opin. Struct. Biol. 2007 17 192 198
11. P. L. Freddolino, A. Arkhipov, A. Y. Shih, Y. Yin, Z. Chen and K. Schulten, Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems, Chapman and Hall/CRC Press, Taylor and Francis Group, 2008
12. S. J. Marrink, M. Fuhrmans, H. J. Risselada and X. Periole, Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems, Chapman and Hall/CRC Press, Taylor and Francis Group, 2008
13. N. F. A. van der Vegt, C. Peter and K. Kremer, Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems, Chapman and Hall/CRC Press, Taylor and Francis Group, 2008
14. K. Kremer G. S. Grest J. Chem. Phys. 1990 92 5057 5086
15. M. Muller K. Katsov M. Schick Phys. Rep. 2006 434 113 176
16. B. J. Reynwar G. Illya V. A. Harmandaris M. M. Müller K. Kremer M. Deserno Nature 2007 447 461 464
17. T. C. B. Mc Leish Adv. Phys. 2002 51 1379
18. R. Everaers S. K. Sukumaran G. S. Grest C. Svaneborg A. Sivasubramanian K. Kremer Science 2004 303 823 826
19. K. Kremer, Simulations in Condensed Matter: From Materials to Chemical Biology, Springer, 2006, vol. 704
20. H. Fabritius, A. Ziegler, S. Hild, S. Nikolov, M. Petrov, C. Sachs, L. Lymperakis, M. Friak, J. Neugebauer and D. Raabe, Proceedings of Conference/Meeting: PLASTICITY, St Thomas, Virgin Islands, USA, 2009
21. L. P. Kadanoff, Critical Phenomena, ed., Green M. S., Academic Press, London, 1971
22. P. G. De Gennes, Scaling concepts in polymer physics, Cornell University Press, Ithaca NY, 1978
23. D. P. Landau and B.K., A guide to Monte Carlo simulations in statistical physics, Cambridge University Press, 2000
24. S. J. Marrink H. J. Risselada S. Yefimov D. P. Tieleman A. H. de Vries J. Phys. Chem. B 2007 111 7812 7824
25. L. Monticelli S. K. Kandasamy X. Periole R. G. Larson D. P. Tieleman S. J. Marrink J. Chem. Theory Comput. 2008 4 819 834
26. S. J. Marrink A. H. de Vries A. E. Mark J. Phys. Chem. B 2004 108 750 760
27. R. Baron D. Trzesniak A. H. de Vries A. Elsener S. J. Marrink W. F. van Gunsteren ChemPhysChem 2007 8 452 461
28. E. C. Allen G. C. Rutledge J. Chem. Phys. 2008 128 154115
29. E. C. Allen G. C. Rutledge J. Chem. Phys. 2009 130 034904
30. E. C. Allen G. C. Rutledge J. Chem. Phys. 2009 130 204903
31. V. Ruehle C. Junghans A. Lukyanov K. Kremer D. Andrienko J. Chem. Theory Comput. 2009
32. A. P. Lyubartsev A. Laaksonen Phys. Rev. E 1995 52 3730 3737
33. F. Müller-Plathe ChemPhysChem 2002 3 754 769
34. C. Peter L. Delle Site K. Kremer Soft Matter 2008 4 859 869
35. M. E. Johnson T. Head-Gordon A. A. Louis J. Chem. Phys. 2007 126 144509
36. S. Izvekov G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2005 109 2469 2473
37. W. Noid J. Chu G. Ayton G. Voth J. Phys. Chem. B 2007 111 4116 4127
38. C. F. Abrams K. Kremer Macromolecules 2003 36 260 267
39. V. A. Harmandaris N. P. Adhikari N. F. A. van der Vegt K. Kremer Macromolecules 2006 39 6708 6719
40. V. A. Harmandaris D. Reith N. F. A. van der Vegt K. Kremer Macromol. Chem. Phys. 2007 208 2109 2120
41. V. A. Harmandaris K. Kremer Macromolecules 2009 42 791 802
42. D. Fritz V. A. Harmandaris K. Kremer N. F. A. van der Vegt Macromolecules 2009 10.1021/ma901242h
43. A. Villa C. Peter N. F. A. van der Vegt Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 2077
44. A. Villa N. F. A. van der Vegt C. Peter Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 2068
45. G. Milano S. Goudeau F. Muller-Plathe J. Polym. Sci., Part B: Polym. Phys. 2005 43 871 885
46. D. Reith M. Putz F. Muller-Plathe J. Comput. Chem. 2003 24 1624 1636
47. R. L. Henderson Phys. Lett. 1974 49 197 198
48. M. Praprotnik L. Delle Site K. Kremer Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2006 73 066701
49. S. Jain S. Garde S. K. Kumar Ind. Eng. Chem. Res. 2006 45 5614 5618
50. H. Wang C. Junghans K. Kremer Eur. Phys. J. E 2009 28 221 229
51. L. Delle Site C. F. Abrams A. Alavi K. Kremer Phys. Rev. Lett. 2002 89 156103
52. L. Delle Site S. Leon K. Kremer J. Am. Chem. Soc. 2004 126 2944 2955
53. J. D. McCoy J. G. Curro Macromolecules 1998 31 9362 9368
54. B. Hess S. Leon N. van der Vegt K. Kremer Soft Matter 2006 2 409 414
55. G. Santangelo A. Di Matteo F. Muller-Plathe G. Milano J. Phys. Chem. B 2007 111 2765 2773
56. I. F. Thorpe J. Zhou G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2008 112 13079 13090
57. X. Chen P. Carbone G. Santangelo A. Di Matteo G. Milano F. Muller-Plathe Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 1977 88
58. D. Stueber T. Y. Yu B. Hess K. Kremer J. Schaefer submitted to J. Chem Phys. 2009
59. B. Hess C. Peter T. Ozal N. F. A. van der Vegt Macromolecules 2008 41 2283 2289
60. T. Ozal C. Peter B. Hess N. F. A. van der Vegt Macromolecules 2008 41 5055 5061
61. B. Hess N. F. A. Van der Vegt Macromolecules 2008 41 7281 7283
62. O. Hahn D. A. Mooney F. Muller-Plathe K. Kremer J. Chem. Phys. 1999 111 6061 6068
63. S. Leon N. F. A. van der Vegt L. Delle Site K. Kremer Macromolecules 2005 38 8078 8092
64. V. A. Harmandaris K. Kremer Soft Matter 2009 10.1039/b905361a
65. V. A. Harmandaris N. P. Adhikari N. F. A. van der Vegt K. Kremer B. A. Mann R. Voelkel H. Weiss C. C. Liew Macromolecules 2007 40 7026 7035
66. D. Fritz C. R. Herbers K. Kremer N. F. A. van der Vegt Soft Matter 2009 10.1039/b911713j
67. J. Q. Broughton F. F. Abraham N. Bernstein E. Kaxiras Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1999 60 2391 2403
68. J. Rottler S. Barsky M. O. Robbins Phys. Rev. Lett. 2002 89 148304
69. H. M. Senn and W. Thiel, Atomistic Approaches in Modern Biology. From Quantum Chemistry to Molecular Simulations, Springer, Berlin, 2007, vol. 268, pp. 173-290
70. M. Praprotnik L. Delle Site K. Kremer J. Chem. Phys. 2005 123 224106
71. M. Praprotnik L. Delle Site K. Kremer Annu. Rev. Phys. Chem. 2008 59 545 571
72. R. Delgado-Buscalioni K. Kremer M. Praprotnik J. Chem. Phys. 2008 128 114110
73. E. Lyman F. M. Ytreberg D. M. Zuckerman Phys. Rev. Lett. 2006 96 028105
74. D. M. Zuckerman, Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems, Chapman and Hall/CRC Press, Taylor and Francis Group, 2008
75. M. Christen W. F. van Gunsteren J. Chem. Phys. 2006 124 154106
76. P. L. Freddolino S. Park B. Roux S.K. Biophys. J. 2009 96 3772 3780
77. H. J. Limbach A. Arnold B. A. Mann C. Holm Comput. Phys. Commun. 2006 174 704 727
78. D. Van der Spoel E. Lindahl B. Hess G. Groenhof A. E. Mark H. J. C. Berendsen J. Comput. Chem. 2005 26 1701 1718
79. K. G. Wilson J. Kogut Phys. Rep. 1974 12 75
80. K.K. A. Baumgärtner B.K. Z. Phys. B: Condens. Matter 1981 40 331
81. M. Praprotnik L. Delle Site K. Kremer J. Chem. Phys. 2007 126 134902
82. M. Praprotnik S. Matysiak L. Delle Site K. Kremer C. Clementi J. Phys.: Condens. Matter 2007 19 292201