Multiscale modeling of emergent materials: Biological and soft matter

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 11, Issue 12, 2009, Pages 1869-1892

  Murtola, Teemu ^a   Bunker, Alex ^b,c   Vattulainen, Ilpo ^a,d,e   Deserno, Markus ^f   Karttunen, Mikko ^g  

^a HELSINKI INSTITUTE OF PHYSICS   (Finland)

^b UNIVERSITY OF HELSINKI   (Finland)

^c AALTO UNIVERSITY   (Finland)

^d UNIVERSITY OF SOUTHERN DENMARK   (Denmark)

^e TAMPERE UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Finland)

^f CARNEGIE MELLON UNIVERSITY   (United States)

^g UNIVERSITY OF WESTERN ONTARIO   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HIGH DENSITY LIPOPROTEIN;

ALGORITHM; BIOLOGICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATION; MONTE CARLO METHOD; REVIEW; THERMODYNAMICS;

ALGORITHMS; COMPUTER SIMULATION; LIPOPROTEINS, HDL; MODELS, BIOLOGICAL; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; MONTE CARLO METHOD; THERMODYNAMICS;

EID: 62349124337     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b818051b     Document Type: Review

References (232)

1. R. P. Feynman, R. B. Leighton and M. Sands, The Feynman Lectures on Physics, Addison-Wesley, Reading, MA, 3rd edn, 1963, vol. I
2. M. Chaplin Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006 7 861
3. A. R. Fresht Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2008 9 650
4. C. Branden and J. Tooze, Introduction to Protein Strcuture, Garland, New York, NY, 2nd edn, 1999
5. B. Mergell R. Everaers H. Schiessel Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2004 70 011915
6. J. Langowski H. Schiessel New Comp. Biochem. 2004 39 397
7. H. Schiessel J. Phys.: Condens. Matter 2003 15 R699
8. D. L. Nelson and M. M. Cox, Lehninger Principles of Biochemistry, W. H. Freeman, 5th edn, 2008
9. Soft Matter Physics, ed., M. Daoud, and, C. E. W, Springer-Verlag, Berlin, 1999
10. Physics of Biological Systems: From Molecules to Species, ed., H. Flyvjberg, J. Hertz, M. H. Jensen, O. G. Mouritsen, and, K. Sneppen, Springer-Verlag, Berlin, 1997
11. Soft and Fragile Matter: Nonequilibrium Dynamics, Metastability and Flow, ed., M. E. Cates, and, M. R. Evans, Institute of Physics Publishing, Bristol, 2000
12. B. Alberts, D. Bray, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts and J. D. Watson, Molecular Biology of the Cell, Garland Publishing, New York, 3rd edn, 1994
13. T. Schlick, Molecular Modeling and Simulation, Springer-Verlag, New York, 2002
14. H. W. Kroto Nobel lecture 1996
15. D. Frenkel and B. Smit, Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications, Academic Press, San Diego, 2nd edn, 2002
16. M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computer Simulation of Liquids, Clarendon Press, Oxford, 1987
17. A. R. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, Prentice Hall, Harlow, 2001
18. S. J. Marrink A. H. de Vries A. E. Mark J. Phys. Chem. B 2004 108 750
19. S. J. Marrink H. J. Risselada S. Yefimov D. P. Tieleman A. H. de Vries J. Phys. Chem. B 2007 111 7812
20. L. Monticelli S. K. Kandasamy X. Periole R. G. Larson D. P. Tieleman S.-J. Marrink J. Chem. Theory Comput. 2008 4 819
21. S. J. A. Van Ginsbergen J. G. Snijders E. J. Baerends J. Chem. Phys. 1995 103 9347
22. C. Y. Yam S. Yokojima G. Chen J. Chem. Phys. 2003 119 8794
23. P. S. Niemelä S. Ollila M. T. Hyvönen M. Karttunen I. Vattulainen PLoS Comput. Biol. 2007 3 0304
24. A. Arkhipov P. L. Freddolino K. Schulten Structure 2006 14 1767
25. N. Goldenfeld, Lectures on Phase Transitions and the Renormalization Group, Addison-Wesley, Reading, MA, 1992
26. Novel Methods in Soft Matter Simulations, ed., M. Karttunen, I. Vattulainen, and, A. Lukkarinen, Lecture Notes in Physics, Springer Verlag, Heidelberg, 2004
27. M. Müller K. Katsov M. Schick Phys. Rep. 2006 434 113
28. M. Venturoli M. M. Sperotto M. Kranenburg B. Smit Phys. Rep. 2006 437 1
29. Computational Modeling of Membrane Bilayers, ed., S. K. Feller, Elsevier, Amsterdam, 2008, vol. 60
30. Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems, ed., G. Voth, CRC Press, Boca Raton, FL, 2008
31. M. Praprotnik L. Delle Site K. Kremer Annu. Rev. Phys. Chem. 2008 59 545
32. A. Catte J. C. Patterson D. Bashtovyy M. K. Jones F. Gu L. Li A. Rampioni D. Sengupta T. Vuorela P. Niemelä M. Karttunen S. J. Marrink I. Vattulainen J. P. Segrest Biophys. J. 2008 94 2306
33. R. Zwanzig J. Chem. Phys. 1960 33 1338
34. H. Mori Prog. Theor. Phys. 1965 33 423
35. R. L. C. Akkermans W. J. Briels J. Chem. Phys. 2000 113 6409
36. M. Grmela H. C. Öttinger Phys. Rev. E 1997 56 6620
37. M. Grmela H. C. Öttinger Phys. Rev. E 1997 56 6633
38. H. C. Öttinger Phys. Rev. E 1998 57 1416
39. S. Majaniemi M. Grant Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 2007 75
40. J.-P. Hansen and I. R. McDonald, Theory of Simple Liquids, Academic Press, San Diego, CA, 2nd edn, 1990
41. P. G. Bolhuis A. A. Louis J.-P. Hansen E. Meijer J. Chem. Phys. 2001 114 4296
42. A. A. Louis P. Bolhuis J.-P. Hansen E. Meijer Phys. Rev. Lett. 2000 82 2522
43. L. Reatto D. Levesque J. J. Weis Phys. Rev. A 1986 33 3451
44. Y. Rosenfeld G. Kahl J. Phys.: Condens. Matter 1997 9 L89
45. P. Gonzalez-Mozuelos M. D. Carbajal-Tinoco J. Chem. Phys. 1998 24 11074
46. A. P. Lyubartsev S. Marcelja Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2002 65 041202
47. S. Chen G. D. Doolen Annu. Rev. Fluid Mech. 1998 30 329
48. A. Malevanets R. Kapral J. Phys. Chem. 1999 110 8605
49. A. Malevanets R. Kapral J. Chem. Phys. 2000 112 7260
50. A. Malevanets J. M. Yeomans Europhys. Lett. 2000 52 231
51. N. Kikuchi A. Gent J. M. Yeomans Eur. Phys. J. C 2002 E9 63
52. T. Ihle D. M. Kroll Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2001 63 020201
53. T. Ihle D. M. Kroll Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2003 67 066705
54. T. Ihle D. M. Kroll Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2003 67 066706
55. E. Tüzel M. Strauss T. Ihle D. M. Kroll Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2003 68 036701
56. A. Lamura G. Gompper Eur. Phys. J. E 2002 9 477
57. N. Kikuchi C. M. Pooley J. F. Ryder J. M. Yeomans J. Chem. Phys. 2003 119 6388
58. C. Campaña M. H. Müser Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 2006 74 1781
59. P. B. Canham J. Theor. Biol. 1970 26 61
60. E. A. Evans Biophys. J. 1973 14 923
61. W. Helfrich Z. Naturforsch., Teil C 1973 28 693
62. S. C. Brenner and R. L. Scott, The Mathematical Theory of Finite Element Methods, Springer, New York, 3rd edn, 2008
63. P. R. Onck T. Koeman T. van Dillen E. van der Giessen Phys. Rev. Lett. 2005 95
64. J. A. Åström S. P. Kumar I. Vattulainen M. Karttunen Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2008 77 051913
65. J. A. Åström P. B. S. Kumar M. Karttunen Soft Matter 2008
66. F. Ziebert I. S. Aranson Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2008 77
67. H. Gohlke M. F. Thorpe Biophys. J. 2006 91 2115
68. A. Arkhipov P. L. Freddolino K. Schulten Structure 2006 14 1767
69. Z. Zhang L. Lu W. G. Noid V. Krishna J. Pfaendtner G. A. Voth Biophys. J. 2008 95 5073
70. D. Gfeller P. D. L. Rios Phys. Rev. Lett. 2008 100 174104
71. R. L. Henderson Phys. Lett. 1974 49A 197
72. J. T. Chayes L. Chayes E. H. Lieb Commun. Math. Phys. 1984 93 57
73. J. T. Chayes L. Chayes J. Stat. Phys. 1984 36 471
74. P. Hohenberg W. Kohn Phys. Rev. B 1964 136 864
75. R. P. Feynman H. Kleinert Phys. Rev. A 1986 34 5080
76. G. Tóth J. Phys.: Condens. Matter 2007 19 335220
77. A. P. Lyubartsev A. Laaksonen Phys. Rev. E 1995 52 3730
78. R. Faller H. Schmitz O. Biermann F. MŸller-Plathe J. Comput. Chem. 1999 20 1009
79. S. Girard F. Müller-Plathe Mol. Simul. 2002 101 779
80. D. Reith H. Meyer F. Müller-Plathe Macromolecules 2001 34 2235
81. A. P. Lyubartsev A. Laaksonen Chem. Phys. Lett. 2000 325 15
82. T. Murtola E. Falck M. Karttunen I. Vattulainen J. Chem. Phys. 2007 126 075101
83. T. Murtola E. Falck M. Patra M. Karttunen I. Vattulainen J. Chem. Phys. 2004 121 9156
84. A. P. Lyubartsev M. Karttunen I. Vattulainen A. Laaksonen Soft Mater. 2003 121 137
85. E. Falck M. Patra M. Karttunen M. T. Hyvönen I. Vattulainen Biophys. J. 2004 87 1076
86. T. Murtola T. Róg E. Falck M. Karttunen I. Vattulainen Phys. Rev. Lett. 2006 97 238102
87. F. Ercolessi J. B. Adams Europhys. Lett. 1994 26 583
88. S. Izvekov M. Parrinello C. J. Burnham G. A. Voth J. Chem. Phys. 2004 120 10896
89. S. Izvekov G. A. Voth J. Chem. Phys. 2005 123 134105
90. S. Izvekov G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2005 109 2469
91. S. Izvekov G. A. Voth J. Chem. Theory Comput. 2006 2 637
92. P. Liu S. Izvekov G. Voth J. Phys. Chem. B 2007 111 11566
93. J. Zhou I. F. Thorpe S. Izvekov G. A. Voth Biophys. J. 2007 92 4289
94. Q. Shi S. Izvekov G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2006 110 1545
95. W. G. Noid J.-W. Chu G. S. Ayton V. Krishna S. Izvekov G. A. Voth A. Das H. C. Andersen J. Chem. Phys. 2008 128 244114
96. W. Noid J.-W. Chu G. Ayton G. Voth J. Phys. Chem. B 2007 111 4116
97. A. A. Louis J. Phys.: Condens. Matter 2002 14 9187
98. S. J. Marrink J. Risselada A. E. Mark Chem. Phys. Lipids 2005 135 223
99. S. J. Marrink A. E. Mark Biophys. J. 2004 87 3894
100. E. R. May D. I. Kopelevich A. Narang Biophys. J. 2008 94 878
101. S. Baoukina L. Monticelli M. Amrein D. P. Tieleman Biophys. J. 2007 93 3775
102. M. L. Teodoro J. Phillips N. George L. E. Kavraki J. Comput. Biol. 2003 10 617
103. P. Das M. Moll H. Stamati L. E. Kavraki C. Clementi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 9885
104. E. Plaku H. Stamati C. Clementi L. E. Kavraki Proteins: Struct., Funct., Genet. 2007 67 897
105. S. Mesenteand S. Fischer J. C. Smith Proteins: Struct., Funct., Genet. 2006 64 210
106. S. T. Roweis L. K. Saul Science 2000 290 2323
107. M. Belkin P. Niyogi Neural Comput. 2003 15 1373
108. R. R. Coifman S. Lafon Appl. Comput. Harmon. Anal. 2006 21 5
109. B. Nadler S. Lafon R. R. Coifman I. G. Kevrekidis Appl. Comput. Harmon. Anal. 2006 21 113
110. P. S. Shenkin D. Q. McDonald J. Comput. Chem. 1994 15 899
111. F. A. Hamprecht C. Peter X. Daura W. Thiel W. F. van Gunsteren J. Chem. Phys. 2001 114 2079
112. T. Kohonen, Self-Organizing Maps, Vol. 30 of Springer Series in Information Science, Springer, Berlin, 3rd edn, 2001
113. S. Haykin, Neural Networks - A Comprehensive Foundation, Prentice-Hall, New Jersey, 1999
114. T. Murtola M. Kupiainen E. Falck I. Vattulainen J. Chem. Phys. 2007 126 054707
115. J. Vesanto, J. Himberg, E. Alhoniemi and J. Parhankangas, in Proceedings of the Matlab DSP Conference 1999, Espoo, Finland, 1999, pp. 35-40
116. J. Schuchhardt G. Schneider J. Reichelt D. Schomburg P. Wrede Protein Eng., Des. Sel. 1996 9 833
117. M. T. Hyvönen Y. Hiltunen W. El-Deredy T. Ojala J. Vaara P. T. Kovanen M. Ala-Korpela J. Am. Chem. Soc. 2001 123 810
118. M. A. Andrade G. Casari C. Sander A. Valencia Biochemistry 1997 76 441
119. S. Mahony D. Hendrix T. J. Smith A. Golden Artif. Intell. Rev. 2005 24 397
120. S. Mahony D. Hendrix A. Golden T. J. Smith D. S. Rokhsar Bioinformatics 2005 21 1807
121. Z. R. Yang K. C. Chou J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003 43 1748
122. J. T. Ayers A. Clauset J. D. Schmitt L. P. Dwoskin P. A. Crooks Am. Assoc. Pharm. Sci. J. 2005 25 E678
123. J. Vesanto E. Alhoniemi IEEE Trans. Neural Netw. 2000 11 586
124. W. G. Hoover Phys. Rev. A 1985 31 1695
125. S. Nosé J. Chem. Phys. 1984 81 511
126. S. Nosé Mol. Phys. 1984 52 255
127. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. van Gunsteren A. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684
128. H. C. Andersen J. Chem. Phys. 1980 72 2384
129. R. D. Groot P. B. Warren J. Chem. Phys. 1997 107 4423
130. T. Soddemann B. Dünweg K. Kremer Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2003 68 046702
131. J. A. Backer C. P. Lowe H. C. J. Hoefsloot P. D. Ledema J. Chem. Phys. 2005 154503
132. J. G. E. M. Fraaije B. A. C. van Vlimmeren N. M. Maurits M. Postma O. A. Evers C. Hoffmann P. Altevogt G. Goldbeck-Wood J. Chem. Phys. 1997 106 4260
133. U. Aaltosalmi, PhD thesis, Department of Physics, University of Jyväskylä, 2005
134. G. Gonnella E. Orlandini J. M. Yeomans Phys. Rev. E 1998 58 480
135. M. Serrano Physica A 2006 362 204
136. P. J. Hoogerbrugge J. M. V. A. Koelman Europhys. Lett. 1992 19 155
137. P. Español P. Warren Europhys. Lett. 1995 30 191
138. P. Español Phys. Rev. E 1995 52 1734
139. R. D. Groot K. L. Rabone Biophys. J. 2001 81 725
140. C. M. Wijmans B. Smit R. D. Groot J. Chem. Phys. 2001 114 7644
141. J. Shillcock R. Lipowsky J. Phys.: Condens. Matter 2006 18 S1191
142. A. G. Schlijper P. J. Hoogerbrugge C. W. Manke J. Rheol. 1995 39 567
143. N. A. Spenley Europhys. Lett. 2000 49 534
144. G. Pan C. W. Manke Int. J. Mod. Phys. B 2003 17 231
145. P. Nikunen I. Vattulainen M. Karttunen Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2007 75 036713
146. K. Zhang C. W. Manke Comput. Phys. Commun. 2000 129 275
147. Y. Kong C. W. Manke W. G. Madden A. G. Schlijper Tribology Lett. 1997 3 133
148. A. G. Schlijper C. W. Manke W. G. Madden Y. Kong Int. J. Mod. Phys. C 1997 8 919
149. J. S. Sims N. Martys J. Res. Natl. Inst. Stand. Technol. 2004 109 267
150. R. D. Groot T. J. Madden J. Chem. Phys. 1998 108 8713
151. R. D. Groot T. J. Madden D. J. Tildesley J. Chem. Phys. 1999 110 9739
152. L. Rekvig M. Kranenburg J. Vreede B. Hafskjøld B. Smit Langmuir 2003 19 8195
153. R. D. Groot Langmuir 2000 16 7493
154. M. Laradji M. J. A. Hore J. Chem. Phys. 2004 121 0641
155. J. C. Shillcock and R. Lipowsky, in NIC Symposium 2001, Proceedings, ed., G. Rollnik, and, D. Wolf, John von Neumann Institute for Computing, Jülich, 2002, vol. 9 of NIC Series, pp. 407-417
156. J. C. Shillcock R. Lipowsky Nat. Mater. 2005 4 225
157. J. C. Shillcock R. Lipowsky J. Phys.: Condens. Matter 2006 18 S1191
158. S. Yamamoto S.-A. Hyodo J. Chem. Phys. 2003 118 7937
159. A. F. Jakobsen J. Chem. Phys. 2005 122 124901
160. A. Kolb B. Dünweg J. Chem. Phys. 1999 111 4453
161. C. Pastorino T. Kreer M. Müller K. Binder Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2007 76 026706
162. C. P. Lowe Europhys. Lett. 1999 47 145
163. S. D. Stoyanov R. D. Groot J. Chem. Phys. 2005 122 114112
164. M. P. Allen J. Phys. Chem. B 2006 110 3823
165. S. J. Marrink D. P. Tieleman A. E. Mark J. Phys. Chem. B 2000 104 12165
166. C. D. Bruce S. Senapati M. L. Berkowitz L. Perera M. D. E. Forbes J. Phys. Chem. B 2002 106 10902
167. A. R. Rakitin G. R. Pack J. Phys. Chem. B 2004 108 2712
168. M. Sammalkorpi M. Karttunen M. Haataja J. Phys. Chem. B 2007 111 11722
169. M. Sammalkorpi M. Karttunen M. Haataja J. Am. Chem. Soc. 2008 130 17977
170. S. J. Marrink A. E. Mark J. Am. Chem. Soc. 2003 125
171. J. Feng H. Liu Y. Hu J. Jiang Macromol. Theory Simul. 2008 17 163
172. F. Goujon P. Malfreyt D. J. Tildesley J. Chem. Phys. 2008 129 034902
173. C.-I. Huang L.-F. Yang C.-H. Lin H.-T. Yu Macromol. Theory Simul. 2008 17 198
174. J. Huang M. Luo Y. Wang J. Phys. Chem. 2008 112 6735
175. O. Liba D. Kauzlari Z. R. Abrams Y. Hanein A. Greiner J. G. Korvink Mol. Simul. 2008 34 737
176. J.-W. van de Meent A. Morozov E. Somfai E. Sultan W. van Saarloos Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2008 78 015701
177. H. Noguchi G. Gompper Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2008 78 016706
178. C. Soto-Figueroa M. del Rosario Rodriguez-Hidalgo J.-M. Martinez-Magada L. Vicente Macromolecules 2008 41 3297
179. A. Tiwari H. Reddy S. Mukhopadhyay J. Abraham Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2008 78 016305
180. Y. Xu J. Feng H. Liu Y. Hu Mol. Simul. 2008 34 559
181. A. Eriksson M. N. Jacobi J. Nyström K. Tunström Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2008 77
182. A. Eriksson M. N. Jacobi J. Nyström K. Tunström J. Chem. Phys. 2008 129
183. B. Dünweg W. Paul Int. J. Mod. Phys. C 1991 2 817
184. L.-J. Chen Z.-Y. Lu H.-J. Qian Z.-S. Li C.-C. Sun J. Chem. Phys. 2005 122 104907
185. W. K. den Otter J. H. R. Clarke Europhys. Lett. 2001 53 426
186. T. Shardlow SIAM J. Sci. Comput. 2003 24 1267
187. G. Besold I. Vattulainen M. Karttunen J. M. Polson Phys. Rev. E 2000 62 R7611
188. I. Pagonabarraga M. H. J. Hagen D. Frenkel Europhys. Lett. 1998 42 377
189. P. Nikunen M. Karttunen I. Vattulainen Comput. Phys. Commun. 2003 153 407
190. M. Serrano G. De Fabritiis P. Espanol P. V. Coveney Math. Comput. Simul. 2006 72 190
191. E. A. Koopman C. P. Lowe J. Chem. Phys. 2006 124
192. A. F. Jakobsen G. Besold O. G. Mouritsen J. Chem. Phys. 2006 124 094104
193. A. F. Jakobsen J. Chem. Phys. 2006 122 124901
194. M. Venturoli M. M. Sperotto M. Kranenburg B. Smit Phys. Rep. 2006 437 1
195. C. Junghans M. Praprotnik K. Kremer Soft Matter 2008 4 156
196. E. G. Flekkøy P. V. Coveney G. De Fabritiis Phys. Rev. E 2000 62 2140
197. E. G. Flekkøy P. V. Coveney Phys. Rev. Lett. 1999 83 1775
198. E. Lindahl O. Edholm Biophys. J. 2000 79 426
199. M. Deserno, in Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics XIX, ed., D. P. Landau, S. P. Lewis, and, H. B. Schüttler, Springer, Heidelberg, 2006
200. J.-M. Drouffe A. C. Maggs S. Leibler Science 1991 256 1353
201. H. Noguchi M. Takasu Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2001 64 041913
202. H. Noguchi M. Takasu J. Chem. Phys. 2001 115 9547
203. Z.-J. Wang D. Frenkel J. Chem. Phys. 2005 122 234711
204. G. Brannigan F. L. H. Brown J. Chem. Phys. 2004 120 1059
205. O. Farago J. Chem. Phys. 2003 119 596
206. G. Brannigan P. F. Philips F. L. H. Brown Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2005 72 011915
207. I. Cooke K. Kremer M. Deserno Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2005 72 011506
208. G. Brannigan F. L. H. Brown Biophys. J. 2006 90 1501
209. O. Farago J. Chem. Phys. 2008 128 184105
210. V. A. Harmandaris M. Deserno J. Chem. Phys. 2006 125 204905
211. H. J. Limbach A. Arnold B. A. Mann C. Holm Comput. Phys. Commun. 2006 174 704
212. A. Arkhipov Y. Yin K. Schulten Biophys. J. 2008 95 2806
213. O. Farago N. Grønbech-Jensen P. Pincus Phys. Rev. Lett. 2006 96 018102
214. O. Farago K. Ewert A. Ahmad H. M. Evans N. Gronbech-Jensen C. R. Safinya Biophys. J. 2008 95 836
215. B. J. Reynwar G. Illya V. A. Harmandaris M. M. Müller K. Kremer M. Deserno Nature 2007 447 461
216. P. D. Blood G. Voth Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 15068
217. G. S. Ayton P. D. Blood G. A. Voth Biophys. J. 2007 92 3595
218. R. D. Groot J. Chem. Phys. 2003 118 11265
219. R. D. Groot J. Chem. Phys. 2003 119
220. S. Izvekov J. M. J. Swanson G. A. Voth J. Phys. Chem. B 2008
221. M. Karttunen, J. Rottler, I. Vattulainen and C. Sagui, in Electrostatics in Biomolecular Simulations Where Are We Now and Where Are We Heading, ed., S. Feller, Elsevier, Amsterdam, 2008, vol. 60, pp. 49-89
222. J. Fan M. Sammalkorpi M. Haataja Phys. Rev. Lett. 2008 100
223. L. Kale and S. Kirshnan, in Parallel Programming using C++, ed., G. Wilson, and, P. Lu, MIT Press, Boston, 1996, pp. 175-213
224. J. E. E. Stone J. C. C. Phillips P. L. L. Freddolino D. J. J. Hardy L. G. G. Trabuco K. Schulten J. Comput. Chem. 2007 28 1618
225. J. A. van Meel A. Arnold D. Frenkel Portegies R. G. Belleman Mol. Simul. 2008 34 259
226. S. J. Plimpton J. Comput. Phys. 1995 117 1
227. D. Van Der Spoel E. Lindahl B. Hess G. Groenhof A. E. Mark H. J. Berendsen J. Comput. Chem. 2005 26 1701
228. L. Kalé R. Skeel M. Bhandarkar R. Brunner A. Gursoy N. Krawetz J. Phillips A. Shinozaki K. Varadarajan K. Schulten J. Comput. Phys. 1999 151 283
229. J. C. Phillips R. Braun W. Wang J. Gumbart E. Tajkhorshid E. Villa C. Chipot R. D. Skeel L. Kale K. Schulten J. Comput. Chem. 2005 26 1781
230. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33
231. A. P. Lyubartsev A. Laaksonen Comput. Phys. Commun. 2000 128 565
232. M. Doi J. Comput. Appl. Math. 2002 149 13