Efficient reconstruction of complex free energy landscapes by multiple walkers metadynamics

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 8, 2006, Pages 3533-3539

  Raiteri, Paolo ^a   Laio, Alessandro ^a   Gervasio, Francesco Luigi ^a   Micheletti, Cristian ^b   Parrinello, Michele ^a  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

^b INFM   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALGORITHMS; COMPUTER SIMULATION; LINEAR SYSTEMS; MATERIALS SCIENCE;

LANDSCAPES; METADYNAMICS;

FREE ENERGY;

EID: 33644769684     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp054359r     Document Type: Article

References (41)

1. W., E.; Vanden-Eijnden, E. Lecture Notes in Computational Science and Engineering; Attinger, S., Koumoutsakos, P., Eds.; Springer: New York, 2004.
2. Dellago, C.; Bolhuis, P.; Csajka, F. S.; Chandler, D. J. Chem. Phys. 1998, 108, 1964.
3. Merlitz, H.; Wenzel, W. Chem. Phys. Lett. 2002, 362, 271.
4. Faradjian, A. K.; Elber, R. J. Chem Phys. 2004, 120, 10880.
5. Grubmüller, H. Phys. Rev. E 1995, 52, 2893.
6. Cvijovic, D.; Klinowski, J. Science 1995, 267, 664.
7. Huber, T.; Torda, A.; van Gunsteren, W. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1994, 8, 695.
8. Nakajima, N.; Higo, J.; A. K.; Nakamura, H. Chem. Phys. Lett. 1997, 278, 297.
9. Heymann, B. A.; Grubmüller, H. Biophys. J. 2001, 61, 1295.
10. Mills, G.; Jònsson, H. Phys. Rev. Lett. 1994, 72, 1124.
11. Fletcher, R.; Powell, M. J. D. Comput. J. 1963, 6, 163.
12. Gullingsrud, J.; Braun, R.; Schulten, K. J. Comput. Phys. 1999, 151, 190.
13. Elber, R.; Karplus, M. Chem. Phys. Lett. 1987, 139, 75.
14. Carter, E.; Ciccotti, G.; Hynes, J.; Kapral, R. Chem. Phys. Lett. 1989, 156, 472.
15. Sprik, M.; Ciccotti, G. J. Chem. Phys. 1998, 109, 7737.
16. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187.
17. Kumar, S.; Rosenberg, J. M.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1339.
18. Roux, B. Comput. Phys. Comm. 1995, 91, 275.
19. Jarzynski, C. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 2690.
20. Darve, E.; Pohorille, A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 9169.
21. Laio, A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12562.
22. Iannuzzi, M.; Laio, A.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, 238302.
23. Stirling, A.; Iannuzzi, M.; Laio, A.; Parrinello, M. ChemPhysChem 2004, 5, 1292.
24. Churakov, S.; Iannuzzi, M.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 11567.
25. Ensing, B.; Laio, A.; Gervasio, F.; Parrinello, M.; Klein, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 492.
26. Ensing, B.; Klein, M. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6755.
27. Ceccarelli, M.; Danelon, C.; Laio, A.; Parrinello, M. Biophys J. 2004, 87, 58.
28. (a) Gervasio, F. L.; Laio, A.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2600.
29. (b) Branduardi, D.; Geervasio, F. L.; Cavalli, A.; Recanatini, M.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 9147.
30. Zipoli, F.; Bernasconi, M.; Martoňák, R. Eur. Phys. J. B 2004, 39, 41.
31. (a) Iannuzzi, M.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 025901.
32. (b) Donadio, D.; Raiteri, P.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 5421.
33. Donadio, D.; Bernasconi, M. Phys. Rev. B 2005, 71, 073307.
34. Martoňák, R.; Laio, A.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, 75503.
35. Raiteri, P.; Martoňák, R.; Parrinello, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 3769.
36. Martoňák, R.; Laio, A.; Bernasconi, M.; Ceriani, C.; Raiteri, P.; Zipoli, F.; Parrinello, M. Z. Kristallogr. 2005, 220, 489.
37. Micheletti, C.; Laio, A.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2004, 92, 170601.
38. Laio, A.; Rodriguez-Fortea, A.; Gervasio, F. L.; Ceccarelli, M.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B. 2005, 109, 6714.
39. Zwanzig, R. Phys. Rev. 1961, 124, 983.
40. Mori, H. Prog. Theor. Phys. 1965, 33, 423.
41. Carter, E. A.; Hynes, T. J. J. Chem. Phys. 1991, 94, 5961.