Self-consistent polarization of the boundary in the redistributed charge and dipole scheme for combined quantum-mechanical and molecular-mechanical calculations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 3, Issue 4, 2007, Pages 1378-1398

  Zhang, Yan ^a   Lin, Hai ^a   Truhlar, Donald G ^b  

^a UNIVERSITY OF COLORADO   (United States)

^b University of Minnesota   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 36049000840     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct7000107     Document Type: Article

References (202)

1. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227.
2. Bacalis, N. C.; Kunz, A. B. Phys. Rev. B: Condens. Matter 1985, 32, 4857.
3. Singh, U. C.; Kollmann, P. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 718.
4. Barandiaran, Z.; Seijo, L. J. Chem. Phys. 1988, 89, 5739.
5. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 700.
6. Ferenczy, G. G.; Rivail, J.-L.; Surjan, P. R.; Naray-Szabo, G. J. Comput. Chem. 1992, 13, 830.
7. Gao, J.; Xia, X. Science 1992, 258, 631.
8. Åqvist, J.; Warshel, A. Chem. Rev. 1993, 93, 2523.
9. Thery, V.; Rinaldi, D.; Rivail, J.-L.; Maigret, B.; Ferenczy, G. G. J. Comput. Chem. 1994, 15, 269.
10. Thompson, M. A.; Glendening, E. D.; Feller, D. J. Phys. Chem. 1994, 98, 10465.
11. Maseras, F.; Morokuma, K. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1170.
12. Stanton, R. V.; Hartsough, D. S.; Merz, K. M., Jr. J. Comput. Chem. 1995, 16, 113.
13. Thompson, M. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 4794.
14. Thompson, M. A.; Schenter, G. K. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6374.
15. Assfeld, X.; Rivail, J.-L. Chem. Phys. Lett. 1996, 263, 100.
16. Bakowies, D.; Thiel, W. J. Phys. Chem. 1996, 100, 10580.
17. Bakowies, D.; Thiel, W. J. Comput. Chem. 1996, 17, 87.
18. Barnes, J. A.; Williams, I. H. Biochem. Soc. Trans. 1996, 24, 263.
19. Day, P. N.; Jensen, J. H.; Gordon, M. S.; Webb, S. P.; Stevens, W. J.; Krauss, M.; Garmer, D.; Basch, H.; Cohen, D. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1968.
20. Eichler, U.; Kölmel, C. M.; Sauer, J. J. Comput. Chem. 1996, 18, 463.
21. Eurenius, K. P.; Chatfield, D. C.; Brooks, B. R.; Hodoscek, M. Int. J. Quantum Chem. 1996, 60, 1189.
22. Gao, J. Rev. Comput. Chem. 1996, 7, 119.
23. Kerdcharoen, T.; Liedl, K. R.; Rode, B. M. Chem. Phys. 1996, 211, 313.
24. Svensson, M.; Humbel, S.; Froese, R. D. J.; Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19357.
25. Bersuker, I. B.; Leong, M. K.; Boggs, J. E.; Pearlman, R. S. Int. J. Quantum Chem. 1997, 63, 1051.
26. Cummins, P. L.; Gready, J. E. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1496.
27. Field, M. J. Mol. Phys. 1997, 91, 835.
28. Gao, J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1061.
29. Gao, J.; Alhambra, C. J. Chem. Phys. 1997, 107, 1212.
30. Pascual, J.; Pettersson, L. G. M. Chem. Phys. Lett. 1997, 270, 351.
31. Sherwood, P.; De Vries, A. H.; Collins, S. J.; Greatbanks, S. P.; Burton, N. A.; Vincent, M. A.; Hillier, I. H. Faraday Discuss. 1997, 106, 79.
32. Bryce, R. A.; Vincent, M. A.; Malcolm, N. O. J.; Hillier, I. H.; Burton, N. A. J. Chem. Phys. 1998, 109, 3077.
33. Gao, J.; Amara, P.; Alhambra, C.; Field, M. J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 4714.
34. Kaminski, G. A.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 1787.
35. Mordasini, T.; Thiel, W. Chimia 1998, 52, 288.
36. Sinclair, P. E.; de Vries, A.; Sherwood, P.; Catlow, C. R. A.; van Santen, R. A. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1998, 94, 3401.
37. Stefanovich, E. V.; Truong, T. N. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3018.
38. Tongraar, A.; Liedl, K. R.; Rode, B. M. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 10340.
39. Woo, T. K.; Cavallo, L.; Ziegler, T. Theor. Chem. Acc. 1998, 100, 307.
40. Antes, I.; Thiel, W. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 9290.
41. Dapprich, S.; Komiromi, I.; Byun, K. S.; Morokuma, K.; Frisch, M. J. THEOCHEM 1999, 461-462, 1.
42. Eichinger, M.; Tavan, P.; Hutter, J.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1999, 110, 10452.
43. Hillier, I. H. THEOCHEM 1999, 463, 45.
44. Lyne, P. D.; Hodoscek, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 3462.
45. Monard, G.; Merz, K. M., Jr. Acc. Chem. Res. 1999, 32, 904.
46. Philipp, D. M.; Friesner, R. A. J. Comput. Chem. 1999, 20, 1468.
47. Pitarch, J.; Pascual-Ahuir, J. L.; Silla, E.; Tunon, I.; Ruiz-Lopez, M. F. J. Comput. Chem. 1999, 20, 1401.
48. Shoemaker, J. R.; Burggraf, L. W.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 3245.
49. Turner, A. J.; Moliner, V.; Williams, I. H. Phys. Chem. Chem. Phys. 1999, 1, 1323.
50. Zhang, Y.; Lee, T.-S.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1999, 110, 46.
51. Amara, P.; Field, M. J.; Alhambra, C.; Gao, J. Theor. Chem. Acc. 2000, 104, 336.
52. Cui, Q.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 2000, 112, 1133.
53. Cui, Q.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3721.
54. Derenzo, S. E.; Klintenberg, M. K.; Weber, M. J. J. Chem. Phys. 2000, 112, 2074.
55. Gogonea, V.; Westerhoff, L. M.; Merz, K. M., Jr. J. Chem. Phys. 2000, 113, 5604.
56. Hall, R. J.; Hindle, S. A.; Burton, N. A.; Hillier, I. H. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1433.
57. Hammes-Schiffer, S. Acc. Chem. Res. 2000, 34, 273.
58. Kairys, V.; Jensen, J. H. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6656.
59. Luque, F. J.; Reuter, N.; Cartier, A.; Ruiz-López, M. F. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 10923.
60. Murphy, R. B.; Philipp, D. M.; Friesner, R. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1442.
61. Murphy, R. B.; Philipp, D. M.; Friesner, R. A. Chem. Phys. Lett. 2000, 321, 113.
62. Reuter, N.; Dejaegere, A.; Maigret, B.; Karplus, M. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 1720.
63. Röthlisberger, U.; Carloni, P.; Doclo, K.; Parrinello, M. J. Bio. Inorg. Chem. 2000, 5, 236.
64. Sauer, J.; Sierka, M. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1470.
65. Sherwood, P. In Modern Methods and Algorithms of Quantum Chemistry; Grotendorst, J., Ed.; NIC-Directors: Princeton, 2000; Vol. 3, pp 285.
66. Sierka, M.; Sauer, J. J. Chem. Phys. 2000, 112, 6983.
67. Sushko, P. V.; Shluger, A. L.; Catlow, C. R. A. Surf. Sci. 2000, 450, 153.
68. Cui, Q.; Elstner, M.; Kaxiras, E.; Frauenheim, T.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 569.
69. Nasluzov, V. A.; Rivanenkov, V. V.; Gordienko, A. B.; Neyman, K. M.; Birkenheuer, U.; Rösch, N. J. Chem. Phys. 2001, 115, 8157.
70. Nicoll, R. M.; Hindle, S. A.; MacKenzie, G.; Hillier, I. H.; Burton, N. A. Theor. Chem. Acc. 2001, 106, 105.
71. Poteau, R.; Ortega, I.; Alary, F.; Solis, A. R.; Barthelat, J. C.; Daudey, J. P. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 198.
72. Vreven, T.; Mennucci, B.; da Silva, C. O.; Morokuma, K.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 2001, 115, 62.
73. Batista, E. R.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 8136.
74. Colombo, M. C.; Guidoni, L.; Laio, A.; Magistrato, A.; Maurer, P.; Piana, S.; Rohrig, U.; Spiegel, K.; Sulpizi, M.; VandeVondele, J.; Zumstein, M.; Röthlisberger, U. Chimia 2002, 56, 13.
75. Das, D.; Eurenius, K. P.; Billings, E. M.; Sherwood, P.; Chatfield, D. C.; Hodoscek, M.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 2002, 117, 10534.
76. DiLabio, G. A.; Hurley, M. M.; Christiansen, P. A. J. Chem. Phys. 2002, 116, 9578.
77. Ferré, N.; Assfeld, X.; Rivail, J.-L. J. Comput. Chem. 2002, 23, 610.
78. Gao, J.; Truhlar, D. G. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 467.
79. Gogonea, V. Internet Electron. J. Mol. Des. 2002, 1, 173.
80. Kerdcharoen, T.; Morokuma, K. Chem. Phys. Lett. 2002, 355, 257.
81. Laio, A.; VandeVondele, J.; Röthlisberger, U. J. Chem. Phys. 2002, 116, 6941.
82. Morokuma, K. Philos. Trans. R. Soc London, Ser. A 2002, 360, 1149.
83. Schöneboom, J. C.; Lin, H.; Reuter, N.; Thiel, W.; Cohen, S.; Ogliaro, F.; Shaik, S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 8142.
84. Titmuss, S. J.; Cummins, P. L.; Rendell, A. P.; Bliznyuk, A. A.; Gready, J. E. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1314.
85. Truhlar, D. G.; Gao, J.; Alhambra, C.; Garcia-Viloca, M.; Corchado, J.; Sanchez, M. L.; Villa, J. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 341.
86. Amara, P.; Field, M. J. Theor. Chem. Acc. 2003, 109, 43.
87. Devi-Kesavan, L. S.; Garcia-Viloca, M.; Gao, J. Theor. Chem. Acc. 2003, 109, 133.
88. Dinner, A. R.; Lopez, X.; Karplus, M. Theor. Chem. Acc. 2003, 109, 118.
89. Hu, H.; Elstner, M.; Hermans, J. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2003, 50, 451.
90. Kongsted, J.; Osted, A.; Mikkelsen, K. V.; Christiansen, O. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 2578.
91. Li, G.; Zhang, X.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 8643.
92. Loferer, M. J.; Loeffler, H. H.; Liedl, K. R. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1240.
93. Molina, P. A.; Sikorski, R. S.; Jensen, J. H. Theor. Chem. Acc. 2003, 109, 100.
94. Mordasini, T.; Curioni, A.; Andreoni, W. J. Biol. Chem. 2003, 278, 4381.
95. Sherwood, P.; de Vries, A. H.; Guest, M. F.; Schreckenbach, G.; Catlow, C. R. A.; French, S. A.; Sokol, A. A.; Bromley, S. T.; Thiel, W.; Turner, A. J.; Billeter, S.; Terstegen, F.; Thiel, S.; Kendrick, J.; Rogers, S. C.; Casci, J.; Watson, M.; King, F.; Karlsen, E.; Sjovoll, M.; Fahmi, A.; Schafer, A.; Lennartz, C. THEOCHEM 2003, 632, 1.
96. Sulpizi, M.; Laio, A.; VandeVondele, J.; Cattaneo, A.; Röthlisberger, U.; Carloni, P. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2003, 52, 212.
97. Swart, M. Int. J. Quantum Chem. 2003, 91, 177.
98. Tresadern, G.; Faulder, P. F.; Gleeson, M. P.; Tai, Z.; MacKenzie, G.; Burton, N. A.; Hillier, I. H. Theor. Chem. Acc. 2003, 109, 108.
99. Vreven, T.; Morokuma, K.; Farkas, O.; Schlegel, H. B.; Frisch, M. J. J. Comput. Chem. 2003, 24, 760.
100. Yang, W.; Drueckhammer, D. G. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5986.
101. Laio, A.; Gervasio, F. L.; VandeVondele, J.; Sulpizi, M.; Röthlisberger, U. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 7963.
102. Pu, J.; Gao, J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 632.
103. Pu, J.; Gao, J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 5454.
104. Riccardi, D.; Li, G. H.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6467.
105. Gregersen, B. A.; York, D. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 536.
106. König, P. H.; Hoffmann, M.; Frauenheim, T.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 9082.
107. Lin, H.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 3991.
108. Nam, K.; Gao, J.; York, D. M. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 2.
109. Pu, J.; Gao, J.; Truhlar, D. G. ChemPhysChem 2005, 6, 1853.
110. Wanko, M.; Hoffmann, M.; Strodel, P.; Koslowski, A.; Thiel, W.; Neese, F.; Frauenheim, T.; Elstner, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 3606.
111. Zhang, Y. J. Chem. Phys. 2005, 122, 024114.
112. Cisneros, G. A.; Piquemal, J.-P.; Darden, T. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13682.
113. Fornili, A.; Loos, P.-F.; Sironi, M.; Assfeld, X. Chem. Phys. Lett. 2006, 427, 236.
114. Illingworth, C. J. R.; Gooding, S. R.; Winn, P. J.; Jones, G. A.; Ferenczy, G. G.; Reynolds, C. A. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 6487.
115. Mallik, A.; Taylor, D. E.; Runge, K.; Dufty, J. W.; Cheng, H.-P. J. Comput.-Aided Mater. Des. 2006, 13, 45.
116. Riccardi, D.; Schaefer, P.; Yang, Y.; Yu, H.; Ghosh, N.; Prat-Resina, X.; König, P.; Li, G.; Xu, D.; Guo, H.; Elstner, M.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 6458.
117. (a) Vreven, T.; Frisch, M. J.; Kudin, K. N.; Schlegel, H. B.; Morokuma, K. Mol. Phys. 2006, 104, 701.
118. (b) Vreven, T.; Byun, K. S.; Komromi, I.; Dapprich, S.; Montgomery, J. A., Jr.; Morokuma, K.; Frisch, M. J. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 815.
119. (a) Raff, L. M. J. Chem. Phys. 1974, 60, 2220.
120. (b) Joseph, T.; Steckler, R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 1987, 87, 7036.
121. (c) Chakraborty, A.; Zhao, Y.; Lin, H.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 2006, 124, 44315.
122. Lin, H.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 2007, 117, 185.
123. Heyden, A.; Lin, H.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2231.
124. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
125. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; State, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
126. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
127. Jorgensen, W. L.; McDonald, N. A. THEOCHEM 1998, 424, 145.
128. McDonald, N. A.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 8049.
129. Rizzo, R. C.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4827.
130. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474.
131. Kahn, K.; Braice, T. C. J. Comput. Chem. 2002, 23, 977.
132. Frisch, M. J.; Tracks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian03; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
133. Neese, F. ORCA, Version 2.4 ed.; Max Planck Institute for Bioinorganic Chemistry: Muelheim/Ruhr, 2006.
134. Price, S. L.; Stone, A. J. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1992, 88, 1755.
135. Koch, U.; Popelier, P. L. A.; Stone, A. J. Chem. Phys. Lett. 1995, 238, 253.
136. Matta, C. F.; Bader, R. F. W. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2000, 40, 310.
137. Minikis, R. M.; Kairys, V.; Jensen, J. H. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 3829.
138. Dick, B. G., Jr.; Overhauser, A. W. Phys. Rev. 1958, 112, 90.
139. Stillinger, F. H.; David, C. W. J. Chem. Phys. 1978, 69, 1473.
140. Sprik, M.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1988, 89, 7556.
141. Dang, L. X.; Rice, J. E.; Caldwell, J.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 2481.
142. Dang, L. X. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2659.
143. Rick, S. W.; Stuart, S. J.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1994, 101, 6141.
144. Kowall, T.; Foglia, F.; Helm, L.; Merbach, A. E. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 3790.
145. Banks, J. L.; Kaminski, G. A.; Zhou, R.; Mainz, D. T.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Chem. Phys. 1999, 110, 741.
146. Stern, H. A.; Kaminski, G. A.; Banks, J. L.; Zhou, R.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 4730.
147. Martinez, J. M.; Hernandez-Cobos, J.; Saint-Martin, H.; Pappalardo, R. R.; Ortega-Blake, I.; Marcos, E. S. J. Chem. Phys. 2000, 112, 2339.
148. Rick, S. W.; Stuart, S. J. Rev. Comput. Chem. 2002, 18, 89.
149. Lamoureux, G.; MacKerell, A. D.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 5185.
150. Ponder, J. W.; Case, D. A. Adv. Protein Chem. 2003, 66, 27.
151. Kaminski, G. A.; Stern, H. A.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 621.
152. Patel, S.; Brooks, C. L., III. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1.
153. Patel, S.; Mackerell, A. D., Jr.; Brooks, C. L., III. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1504.
154. Mortier, W. J.; Van Genechten, K.; Gasteiger, J. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 829.
155. Mortier, W. J.; Ghosh, S. K.; Shankar, S. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 4315.
156. Rappé, A. K.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem. 1991, 95, 3358.
157. Bultinck, P.; Langenaeker, W.; Lahorte, P.; De Proft, F.; Geerings, P.; Waroquier, M.; Tollenaere, J. P. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 7887.
158. York, D. M.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1996, 104, 159.
159. Itskowitz, P.; Berkowitz, M. L. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 5687.
160. Yang, Z.-Z.; Wang, C.-S. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 6315.
161. Applequist, J.; Carl, J. R.; Fung, K.-K. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 2952.
162. Thole, B. T. Chem. Phys. 1981, 59, 341.
163. Stone, A. J. Mol. Phys. 1985, 56, 1065.
164. Winn, P. J.; Ferenczy, G. G.; Reynolds, C. A. J. Comput. Chem. 1999, 20, 704.
165. Rinaldi, D.; Rivail, J. L. Theor. Chim. Acta 1973, 32, 57.
166. Tapia, O.; Goscinski, O. Mol. Phys. 1975, 29, 1653.
167. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Continuum solvation models. In Solvents Effects and Chemical Reactivity; Tapia, O., Bertran, J., Eds.; Kluwer: Dordrecht, 1996; p 1.
168. Ferenczy, G. G.; Reynolds, C. A. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 11470.
169. French, S. A.; Sokol, A. A.; Bromley, S. T.; Catlow, C. R. A.; Rogers, S. C.; King, F.; Sherwood, P. Angew. Chem. 2001, 113, 4569.
170. Khaliullin, R. Z.; Bell, A. T.; Kazansky, V. B. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10454.
171. Herschend, B.; Baudin, M.; Hermansson, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 4939.
172. Bludsky, O.; Silhan, M.; Nachtigall, P.; Bucko, T.; Benco, L.; Hafner, J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 9631.
173. Monard, G.; Loos, M.; Thery, V.; Baka, K.; Rivail, J.-L. Int. J. Quantum Chem. 1996, 58, 153.
174. de Vries, A. H.; Sherwood, P.; Collins, S. J.; Rigby, A. M.; Rigutto, M.; Kramer, G. J. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 6133.
175. Klopman, G. J. Am. Chem. Soc. 1964, 86, 4550.
176. Ohno, K. Theor. Chim. Acta 1964, 2, 219.
177. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902.
178. Dewar, M. J. S.; Thiel, W. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 4899.
179. Allinger, N. L.; Yuh, Y. H.; Lii, J. H. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8551.
180. Lii, J. H.; Allinger, N. L. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8566.
181. Lii, J. H.; Allinger, N. L. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8576.
182. Ponder, J. W. TINKER, Version 4.2 ed.; Washington University: St. Louis, MO, 2004.
183. Lin, H.; Zhang, Y.; Truhlar, D. G. QMMM, Version 1.3 ed.; University of Minnesota: Minneapolis, 2007.
184. Roothaan, C. C. J. Rev. Mod. Phys. 1951, 23, 69.
185. Easton, R. E.; Giesen, D. J.; Welch, A.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 1996, 93, 281.
186. Ditchfield, R.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1971, 54, 724.
187. Clark, T.; Chandrasekhar, J.; Spitznagel, G. W.; Schleyer, P. v. R. J. Comput. Chem. 1983, 4, 294.
188. Frisch, M. J.; Pople, J. A.; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265.
189. Rassolov, V. A.; Ratner, M. A.; Pople, J. A.; Redfern, P. C.; Curtiss, L. A. J. Comput. Chem. 2001, 22, 976.
190. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B: Condens. Matter 1988, 37, 785.
191. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
192. Møller, C. M. S.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618.
193. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1984, 5, 129.
194. Besler, B. H.; Merz, K. M., Jr.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1990, 11, 431.
195. Siepmann, J. I. Adv. Chem. Phys. 1999, 105, 1.
196. Gogonea, V.; Merz, K. M., Jr. J. Chem. Phys. 2000, 112, 3227.
197. Gogonea, V.; Merz, K. M., Jr. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 2117.
198. Dewar, M. J. S.; Hashmall, J. A.; Venier, C. G. J. Am. Chem. Soc. 1968, 90, 1953.
199. Dewar, M. J. S.; Trinajstic, N. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1970, 646.
200. Tavernelli, I.; Vuilleumier, R.; Sprik, M. Phys. Rev. Lett. 2002, 88, 213002.
201. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
202. Jaque, P.; Marenich, A.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. C 2007, asap article: 10.1021/jp066765w; Web released on 28 Mar. 2007.