NusG-Spt5 proteins - Universal tools for transcription modification and communication

Chemical Reviews

Volumn 113, Issue 11, 2013, Pages 8604-8619

  Tomar, Sushil Kumar ^a   Artsimovitch, Irina ^a  

^a OHIO STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA-TEMPLATE; HIGH AFFINITY; INITIATION FACTORS; LAST UNIVERSAL COMMON ANCESTORS; PROCESSIVITY; REGULATORY INTERACTIONS; RNA SYNTHESIS; SUPPRESS SPURIOUS;

NUCLEIC ACIDS;

TRANSCRIPTION;

DNA; DNA DIRECTED RNA POLYMERASE; ELONGATION FACTOR; ESCHERICHIA COLI PROTEIN; NUSG PROTEIN, E COLI; RFAH PROTEIN, E COLI; RHO PROTEIN, E COLI; TRANSACTIVATOR PROTEIN; TRANSCRIPTION FACTOR;

CHEMISTRY; ESCHERICHIA COLI; GENETICS; METABOLISM; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; REVIEW; TRANSCRIPTION ELONGATION;

DNA; DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES; ESCHERICHIA COLI; ESCHERICHIA COLI PROTEINS; PEPTIDE ELONGATION FACTORS; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; TRANS-ACTIVATORS; TRANSCRIPTION ELONGATION, GENETIC; TRANSCRIPTION FACTORS;

EID: 84888984346     PISSN: 00092665     EISSN: 15206890     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr400064k     Document Type: Review

References (188)

1. Mooney, R. A.; Artsimovitch, I.; Landick, R. J. Bacteriol. 1998, 180, 3265
2. Steitz, T. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2009, 19, 683
3. Gleghorn, M. L.; Davydova, E. K.; Rothman-Denes, L. B.; Murakami, K. S. Mol. Cell 2008, 32, 707
4. Deshpande, A. P.; Patel, S. S. Biochim. Biophys. Acta 2012, 1819, 930
5. Werner, F.; Grohmann, D. Nat. Rev. Microbiol. 2011, 9, 85
6. Svetlov, V.; Nudler, E. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1829 (1) 20
7. Werner, F. J. Mol. Biol. 2012, 417, 13
8. Gruber, T. M.; Gross, C. A. Annu. Rev. Microbiol. 2003, 57, 441
9. Saecker, R. M.; Record, M. T., Jr.; Dehaseth, P. L. J. Mol. Biol. 2011, 412, 754
10. Treutlein, B.; Muschielok, A.; Andrecka, J.; Jawhari, A.; Buchen, C.; Kostrewa, D.; Hog, F.; Cramer, P.; Michaelis, J. Mol. Cell 2012, 46, 136
11. Zhang, Y.; Feng, Y.; Chatterjee, S.; Tuske, S.; Ho, M. X.; Arnold, E.; Ebright, R. H. Science 2012, 338, 1076
12. Revyakin, A.; Liu, C.; Ebright, R. H.; Strick, T. R. Science 2006, 314, 1139
13. Daube, S. S.; von Hippel, P. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 8390
14. Mooney, R. A.; Darst, S. A.; Landick, R. Mol. Cell 2005, 20, 335
15. Shimamoto, N.; Kamigochi, T.; Utiyama, H. J. Biol. Chem. 1986, 261, 11859
16. Feklistov, A.; Darst, S. A. Cell 2011, 147, 1257
17. Mooney, R. A.; Landick, R. Genes Dev. 2003, 17, 2839
18. Li, G. W.; Oh, E.; Weissman, J. S. Nature 2012, 484, 538
19. Nechaev, S.; Geiduschek, E. P. EMBO J. 2006, 25, 1700
20. Henkin, T. M.; Yanofsky, C. Bioessays 2002, 24, 700
21. Santangelo, T. J.; Reeve, J. N. J. Mol. Biol. 2006, 355, 196
22. Cardinale, C. J.; Washburn, R. S.; Tadigotla, V. R.; Brown, L. M.; Gottesman, M. E.; Nudler, E. Science 2008, 320, 935
23. Peters, J. M.; Mooney, R. A.; Grass, J. A.; Jessen, E. D.; Tran, F.; Landick, R. Genes Dev. 2012, 26, 2621
24. Selby, C. P.; Sancar, A. Science 1993, 260, 53
25. Brow, D. A. Mol. Cell 2011, 42, 717
26. Gaillard, H.; Aguilera, A. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1829, 141
27. Hartzog, G. A.; Fu, J. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1829 (1) 105
28. Hartzog, G. A.; Kaplan, C. D. Mol. Cell 2011, 43, 161
29. Sevostyanova, A.; Belogurov, G. A.; Mooney, R. A.; Landick, R.; Artsimovitch, I. Mol. Cell 2011, 43, 253
30. Grohmann, D.; Nagy, J.; Chakraborty, A.; Klose, D.; Fielden, D.; Ebright, R. H.; Michaelis, J.; Werner, F. Mol. Cell 2011, 43, 263
31. Burmann, B. M.; Knauer, S. H.; Sevostyanova, A.; Schweimer, K.; Mooney, R. A.; Landick, R.; Artsimovitch, I.; Rosch, P. Cell 2012, 150, 291
32. Burmann, B. M.; Schweimer, K.; Luo, X.; Wahl, M. C.; Stitt, B. L.; Gottesman, M. E.; Rosch, P. Science 2010, 328, 501
33. Lindstrom, D. L.; Squazzo, S. L.; Muster, N.; Burckin, T. A.; Wachter, K. C.; Emigh, C. A.; McCleery, J. A.; Yates, J. R., 3rd; Hartzog, G. A. Mol. Cell. Biol. 2003, 23, 1368
34. Belogurov, G. A.; Sevostyanova, A.; Svetlov, V.; Artsimovitch, I. Mol. Microbiol. 2010, 76, 286
35. Belogurov, G. A.; Vassylyeva, M. N.; Svetlov, V.; Klyuyev, S.; Grishin, N. V.; Vassylyev, D. G.; Artsimovitch, I. Mol. Cell 2007, 26, 117
36. Svetlov, V.; Nudler, E. EMBO J. 2011, 30, 1190
37. Mooney, R. A.; Davis, S. E.; Peters, J. M.; Rowland, J. L.; Ansari, A. Z.; Landick, R. Mol. Cell 2009, 33, 97
38. Belogurov, G. A.; Mooney, R. A.; Svetlov, V.; Landick, R.; Artsimovitch, I. EMBO J. 2009, 28, 112
39. Bailey, M. J.; Hughes, C.; Koronakis, V. Mol. Microbiol. 1997, 26, 845
40. Knauer, S. H.; Artsimovitch, I.; Rosch, P. Cell Cycle 2012, 11, 4289
41. Landick, R. Biochem. Soc. Trans. 2006, 34, 1062
42. Peters, J. M.; Vangeloff, A. D.; Landick, R. J. Mol. Biol. 2011, 412, 793
43. Vassylyev, D. G. Curr. Opin. Struct. Biol. 2009, 19, 691
44. Zhang, G.; Campbell, E. A.; Minakhin, L.; Richter, C.; Severinov, K.; Darst, S. A. Cell 1999, 98, 811
45. Gnatt, A. L.; Cramer, P.; Fu, J.; Bushnell, D. A.; Kornberg, R. D. Science 2001, 292, 1876
46. Tagami, S.; Sekine, S. I.; Yokoyama, S. Transcription 2011, 2, 162
47. Vassylyev, D. G.; Vassylyeva, M. N.; Perederina, A.; Tahirov, T. H.; Artsimovitch, I. Nature 2007, 448, 157
48. Landick, R. Cell 2001, 105, 567
49. Tagami, S.; Sekine, S.; Kumarevel, T.; Hino, N.; Murayama, Y.; Kamegamori, S.; Yamamoto, M.; Sakamoto, K.; Yokoyama, S. Nature 2010, 468, 978
50. Chakraborty, A.; Wang, D.; Ebright, Y. W.; Korlann, Y.; Kortkhonjia, E.; Kim, T.; Chowdhury, S.; Wigneshweraraj, S.; Irschik, H.; Jansen, R.; Nixon, B. T.; Knight, J.; Weiss, S.; Ebright, R. H. Science 2012, 337, 591
51. Artsimovitch, I.; Landick, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 7090
52. Steitz, T. A. Nature 1998, 391, 231
53. Abbondanzieri, E. A.; Greenleaf, W. J.; Shaevitz, J. W.; Landick, R.; Block, S. M. Nature 2005, 438, 460
54. Vassylyev, D. G.; Vassylyeva, M. N.; Zhang, J.; Palangat, M.; Artsimovitch, I.; Landick, R. Nature 2007, 448, 163
55. Richardson, J.; Greenblatt, J. In Escherichia coli and Salmonella: Cellular and Molecular Biology; Neidhardt, F.; Curtiss, R., III; Ingraham, J.; Lin, E.; Low, K.; Magasanik, B.; Reznikoff, W.; Riley, M.; Schaechter, M.; Umbarger, H., Eds.; ASM Press: Washington, DC, 1996; Vol. 1.
56. Neuman, K. C.; Abbondanzieri, E. A.; Landick, R.; Gelles, J.; Block, S. M. Cell 2003, 115, 437
57. Herbert, K. M.; La Porta, A.; Wong, B. J.; Mooney, R. A.; Neuman, K. C.; Landick, R.; Block, S. M. Cell 2006, 125, 1083
58. Toulokhonov, I.; Zhang, J.; Palangat, M.; Landick, R. Mol. Cell 2007, 27, 406
59. Nudler, E. Cell 2012, 149, 1438
60. Sydow, J. F.; Brueckner, F.; Cheung, A. C.; Damsma, G. E.; Dengl, S.; Lehmann, E.; Vassylyev, D.; Cramer, P. Mol. Cell 2009, 34, 710
61. Yuzenkova, Y.; Tadigotla, V. R.; Severinov, K.; Zenkin, N. EMBO J. 2011, 30, 3766
62. Bochkareva, A.; Yuzenkova, Y.; Tadigotla, V. R.; Zenkin, N. EMBO J. 2012, 31, 630
63. Kireeva, M. L.; Kashlev, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 8900
64. Artsimovitch, I.; Landick, R. Cell 2002, 109, 193
65. Sevostyanova, A.; Svetlov, V.; Vassylyev, D. G.; Artsimovitch, I. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 865
66. Arndt, K. M.; Chamberlin, M. J. J. Mol. Biol. 1990, 213, 79
67. von Hippel, P. H.; Yager, T. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1991, 88, 2307
68. Greive, S. J.; von Hippel, P. H. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005, 6, 221
69. Sidorenkov, I.; Komissarova, N.; Kashlev, M. Mol. Cell 1998, 2, 55
70. Richardson, J. Biochim. Biophys. Acta 2002, 1577, 251
71. Peters, J. M.; Mooney, R. A.; Kuan, P. F.; Rowland, J. L.; Keles, S.; Landick, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 15406
72. Richardson, J. P.; Grimley, C.; Lowery, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1975, 72, 1725
73. Krishna Leela, J.; Syeda, A. H.; Anupama, K.; Gowrishankar, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 258
74. Klumpp, S.; Hwa, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 18159
75. Epshtein, V.; Cardinale, C. J.; Ruckenstein, A. E.; Borukhov, S.; Nudler, E. Mol. Cell 2007, 28, 991
76. Epshtein, V.; Dutta, D.; Wade, J.; Nudler, E. Nature 2010, 463, 245
77. Santangelo, T. J.; Roberts, J. W. Mol. Cell 2004, 14, 117
78. Santangelo, T. J.; Artsimovitch, I. Nat. Rev. Microbiol. 2011, 9, 319
79. Grundy, F. J.; Winkler, W. C.; Henkin, T. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 11121
80. Weisberg, R. A.; Gottesman, M. E. J. Bacteriol. 1999, 181, 359
81. Rees, W.; Weitzel, S.; Yager, T.; Das, A.; von Hippel, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996, 93, 342
82. Torres, M.; Condon, C.; Balada, J. M.; Squires, C.; Squires, C. L. EMBO J. 2001, 20, 3811
83. Gusarov, I.; Nudler, E. Mol. Cell 1999, 3, 495
84. Yarnell, W. S.; Roberts, J. W. Science 1999, 284, 611
85. Gusarov, I.; Nudler, E. Cell 2001, 107, 437
86. Shankar, S.; Hatoum, A.; Roberts, J. W. Mol. Cell 2007, 27, 914
87. Li, J.; Mason, S. W.; Greenblatt, J. Genes Dev. 1993, 7, 161
88. Downing, W. L.; Sullivan, S. L.; Gottesman, M. E.; Dennis, P. P. J. Bacteriol. 1990, 172, 1621
89. Sullivan, S. L.; Ward, D. F.; Gottesman, M. E. J. Bacteriol. 1992, 174, 1339
90. Li, J.; Horwitz, R.; McCracken, S.; Greenblatt, J. J. Biol. Chem. 1992, 267, 6012
91. Mason, S. W.; Li, J.; Greenblatt, J. J. Biol. Chem. 1992, 267, 19418
92. Mooney, R. A.; Schweimer, K.; Rosch, P.; Gottesman, M.; Landick, R. J. Mol. Biol. 2009, 391, 341
93. Burova, E.; Hung, S. C.; Sagitov, V.; Stitt, B. L.; Gottesman, M. E. J. Bacteriol. 1995, 177, 1388
94. Zellars, M.; Squires, C. L. Mol. Microbiol. 1999, 32, 1296
95. Torres, M.; Balada, J. M.; Zellars, M.; Squires, C.; Squires, C. L. J. Bacteriol. 2004, 186, 1304
96. Hung, S. C.; Gottesman, M. E. J. Mol. Biol. 1995, 247, 428
97. Roberts, J. W. Nature 1969, 224, 1168
98. Friedman, D. I.; Court, D. L. Mol. Microbiol. 1995, 18, 191
99. Proshkin, S.; Rahmouni, A. R.; Mironov, A.; Nudler, E. Science 2010, 328, 504
100. Nodwell, J. R.; Greenblatt, J. Genes Dev. 1991, 5, 2141
101. Nodwell, J. R.; Greenblatt, J. Cell 1993, 72, 261
102. Mason, S. W.; Greenblatt, J. Genes Dev. 1991, 5, 1504
103. Condon, C.; Squires, C.; Squires, C. L. Microbiol. Rev. 1995, 59, 623
104. Squires, C. L.; Greenblatt, J.; Li, J.; Condon, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993, 90, 970
105. Albrechtsen, B.; Ross, B. M.; Squires, C.; Squires, C. L. Nucleic Acids Res. 1991, 19, 1845
106. Burns, C. M.; Richardson, L. V.; Richardson, J. P. J. Mol. Biol. 1998, 278, 307
107. Bar-Nahum, G.; Epshtein, V.; Ruckenstein, A. E.; Rafikov, R.; Mustaev, A.; Nudler, E. Cell 2005, 120, 183
108. Pasman, Z.; von Hippel, P. H. Biochemistry 2000, 39, 5573
109. Svetlov, V.; Belogurov, G. A.; Shabrova, E.; Vassylyev, D. G.; Artsimovitch, I. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 5694
110. Herbert, K. M.; Zhou, J.; Mooney, R. A.; Porta, A. L.; Landick, R.; Block, S. M. J. Mol. Biol. 2010, 399, 17
111. Sevostyanova, A.; Artsimovitch, I. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 7432
112. Yakhnin, A. V.; Babitzke, P. Mol. Microbiol. 2010, 76, 690
113. Sullivan, S. L.; Gottesman, M. E. Cell 1992, 68, 989
114. Burns, C. M.; Richardson, J. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995, 92, 4738
115. Nehrke, K. W.; Zalatan, F.; Platt, T. Gene Expression 1993, 3, 119
116. Nehrke, K. W.; Platt, T. J. Mol. Biol. 1994, 243, 830
117. Chalissery, J.; Muteeb, G.; Kalarickal, N. C.; Mohan, S.; Jisha, V.; Sen, R. J. Mol. Biol. 2011, 405, 49
118. Kalyani, B. S.; Muteeb, G.; Qayyum, M. Z.; Sen, R. J. Mol. Biol. 2011, 413, 548
119. Kyrpides, N. C.; Woese, C. R.; Ouzounis, C. A. Trends Biochem. Sci. 1996, 21, 425
120. Ramakrishnan, V. Cell 2002, 108, 557
121. Wilkinson, R. G.; Stocker, B. A. Nature 1968, 217, 955
122. Lindberg, A. A.; Hellerqvist, C. G. J. Gen. Microbiol. 1980, 116, 25
123. Beutin, L.; Achtman, M. J. Bacteriol. 1979, 139, 730
124. Bailey, M. J.; Koronakis, V.; Schmoll, T.; Hughes, C. Mol. Microbiol. 1992, 6, 1003
125. Beutin, L.; Manning, P. A.; Achtman, M.; Willetts, N. J. Bacteriol. 1981, 145, 840
126. Landraud, L.; Gibert, M.; Popoff, M. R.; Boquet, P.; Gauthier, M. Mol. Microbiol. 2003, 47, 1653
127. Clarke, B. R.; Pearce, R.; Roberts, I. S. J. Bacteriol. 1999, 181, 2279
128. Stevens, M. P.; Clarke, B. R.; Roberts, I. S. Mol. Microbiol. 1997, 24, 1001
129. Marolda, C. L.; Valvano, M. A. J. Bacteriol. 1998, 180, 3070
130. Wang, L.; Jensen, S.; Hallman, R.; Reeves, P. R. FEMS Microbiol Lett 1998, 165, 201
131. Nagy, G.; Dobrindt, U.; Kupfer, M.; Emody, L.; Karch, H.; Hacker, J. Infect. Immun. 2001, 69, 1924
132. Beloin, C.; Michaelis, K.; Lindner, K.; Landini, P.; Hacker, J.; Ghigo, J. M.; Dobrindt, U. J. Bacteriol. 2006, 188, 1316
133. Nagy, G.; Dobrindt, U.; Schneider, G.; Khan, A. S.; Hacker, J.; Emody, L. Infect. Immun. 2002, 70, 4406
134. Nagy, G.; Danino, V.; Dobrindt, U.; Pallen, M.; Chaudhuri, R.; Emody, L.; Hinton, J. C.; Hacker, J. Infect. Immun. 2006, 74, 5914
135. Bittner, M.; Saldias, S.; Altamirano, F.; Valvano, M. A.; Contreras, I. Microb Pathog 2004, 36, 19
136. Nieto, J. M.; Bailey, M. J.; Hughes, C.; Koronakis, V. Mol. Microbiol. 1996, 19, 705
137. Bailey, M. J.; Hughes, C.; Koronakis, V. Mol. Microbiol. 1996, 22, 729
138. Hobbs, M.; Reeves, P. R. Mol. Microbiol. 1994, 12, 855
139. Arco, Y.; Llamas, I.; Martinez-Checa, F.; Argandona, M.; Quesada, E.; del Moral, A. Microbiology 2005, 151, 2841
140. Carter, H. D.; Svetlov, V.; Artsimovitch, I. J. Bacteriol. 2004, 186, 2829
141. Bailey, M. J.; Hughes, C.; Koronakis, V. Mol. Gen. Genet. 2000, 262, 1052
142. Leeds, J. A.; Welch, R. A. J. Bacteriol. 1997, 179, 3519
143. Chaudhuri, J.; Khuong, C.; Alt, F. W. Nature 2004, 430, 992
144. Ponting, C. P. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 3643
145. Steiner, T.; Kaiser, J. T.; Marinkovic, S.; Huber, R.; Wahl, M. C. EMBO J. 2002, 21, 4641
146. Viktorovskaya, O. V.; Appling, F. D.; Schneider, D. A. J. Biol. Chem. 2011, 286, 18825
147. Martinez-Rucobo, F. W.; Sainsbury, S.; Cheung, A. C.; Cramer, P. EMBO J. 2011, 30, 1302
148. Wada, T.; Takagi, T.; Yamaguchi, Y.; Ferdous, A.; Imai, T.; Hirose, S.; Sugimoto, S.; Yano, K.; Hartzog, G. A.; Winston, F.; Buratowski, S.; Handa, H. Genes Dev. 1998, 12, 343
149. Zhou, H.; Liu, Q.; Gao, Y.; Teng, M.; Niu, L. Proteins 2009, 76, 787
150. Guo, M.; Xu, F.; Yamada, J.; Egelhofer, T.; Gao, Y.; Hartzog, G. A.; Teng, M.; Niu, L. Structure 2008, 16, 1649
151. Knowlton, J. R.; Bubunenko, M.; Andrykovitch, M.; Guo, W.; Routzahn, K. M.; Waugh, D. S.; Court, D. L.; Ji, X. Biochemistry 2003, 42, 2275
152. Reay, P.; Yamasaki, K.; Terada, T.; Kuramitsu, S.; Shirouzu, M.; Yokoyama, S. Proteins 2004, 56, 40
153. Liao, D.; Lurz, R.; Dobrinski, B.; Dennis, P. P. J. Bacteriol. 1996, 178, 4089
154. Mayer, A.; Schreieck, A.; Lidschreiber, M.; Leike, K.; Martin, D. E.; Cramer, P. Mol. Cell. Biol. 2012, 32, 1321
155. Burmann, B. M.; Scheckenhofer, U.; Schweimer, K.; Rosch, P. Biochem. J. 2011, 435, 783
156. Nickels, B. E. Methods 2009, 47, 53
157. Burova, E.; Hung, S. C.; Chen, J.; Court, D. L.; Zhou, J. G.; Mogilnitskiy, G.; Gottesman, M. E. Mol. Microbiol. 1999, 31, 1783
158. Norman, A.; Hansen, L. H.; She, Q.; Sorensen, S. J. Plasmid 2008, 60, 59
159. Hurst, M. R.; Glare, T. R.; Jackson, T. A. J. Bacteriol. 2004, 186, 5116
160. Hurst, M. R.; Beard, S. S.; Jackson, T. A.; Jones, S. M. FEMS Microbiol. Lett. 2007, 270, 42
161. Paitan, Y.; Orr, E.; Ron, E. Z.; Rosenberg, E. FEMS Microbiol. Lett. 1999, 170, 221
162. Chatzidaki-Livanis, M.; Weinacht, K. G.; Comstock, L. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 11976
163. Chatzidaki-Livanis, M.; Coyne, M. J.; Comstock, L. E. J. Bacteriol. 2009, 191, 7288
164. Ingham, C. J.; Dennis, J.; Furneaux, P. A. Mol. Microbiol. 1999, 31, 651
165. Xia, M.; Lunsford, R. D.; McDevitt, D.; Iordanescu, S. Plasmid 1999, 42, 144
166. Yakhnin, A. V.; Yakhnin, H.; Babitzke, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 16131
167. Liu, J.; Pei, H.; Mei, S.; Li, J.; Zhou, L.; Xiang, H. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008, 371, 573
168. Lawrence, J. G.; Roth, J. R. Genetics 1996, 143, 1843
169. Farewell, A.; Brazas, R.; Davie, E.; Mason, J.; Rothfield, L. I. J. Bacteriol. 1991, 173, 5188
170. Morgan, W. D.; Bear, D. G.; von Hippel, P. H. J. Biol. Chem. 1984, 259, 8664
171. Klein, B. J.; Bose, D.; Baker, K. J.; Yusoff, Z. M.; Zhang, X.; Murakami, K. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 546
172. Milon, P.; Rodnina, M. V. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2012, 47 (4) 334
173. Simic, R.; Lindstrom, D. L.; Tran, H. G.; Roinick, K. L.; Costa, P. J.; Johnson, A. D.; Hartzog, G. A.; Arndt, K. M. EMBO J. 2003, 22, 1846
174. Squazzo, S. L.; Costa, P. J.; Lindstrom, D. L.; Kumer, K. E.; Simic, R.; Jennings, J. L.; Link, A. J.; Arndt, K. M.; Hartzog, G. A. EMBO J. 2002, 21, 1764
175. Kireeva, M. L.; Hancock, B.; Cremona, G. H.; Walter, W.; Studitsky, V. M.; Kashlev, M. Mol. Cell 2005, 18, 97
176. Andrulis, E. D.; Werner, J.; Nazarian, A.; Erdjument-Bromage, H.; Tempst, P.; Lis, J. T. Nature 2002, 420, 837
177. French, S. L.; Santangelo, T. J.; Beyer, A. L.; Reeve, J. N. Mol. Biol. Evol. 2007, 24, 893
178. Dahan, O.; Gingold, H.; Pilpel, Y. Trends Genet. 2011, 27, 316
179. Nevo-Dinur, K.; Nussbaum-Shochat, A.; Ben-Yehuda, S.; Amster-Choder, O. Science 2011, 331, 1081
180. Gowrishankar, J.; Harinarayanan, R. Mol. Microbiol. 2004, 54, 598
181. Yanofsky, C. Nature 1981, 289, 751
182. Squires, C. L.; Zaporojets, D. Annu. Rev. Microbiol. 2000, 54, 775
183. Warner, J. R.; McIntosh, K. B. Mol. Cell 2009, 34, 3
184. Tuinstra, R. L.; Peterson, F. C.; Kutlesa, S.; Elgin, E. S.; Kron, M. A.; Volkman, B. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 5057
185. Copley, S. D. Bioessays 2012, 34, 578
186. Murzin, A. G. Science 2008, 320, 1725
187. Saitou, N.; Nei, M. Mol. Biol. Evol. 1987, 4, 406
188. Tamura, K.; Peterson, D.; Peterson, N.; Stecher, G.; Nei, M.; Kumar, S. Mol. Biol. Evol. 2011, 28, 2731