Learning the molecular mechanisms of the reprogramming factors: Let's start from microRNAs

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 1, 2013, Pages 10-17

  Yang, Chao Shun ^a   Rana, Tariq M ^a  

^a BURNHAM INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA BINDING PROTEIN; MICRORNA;

ANIMAL; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; NUCLEAR REPROGRAMMING; PHYSIOLOGY; REVIEW;

ANIMALS; DNA-BINDING PROTEINS; HUMANS; MICRORNAS; NUCLEAR REPROGRAMMING;

EID: 84874475792     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb25088h     Document Type: Review

References (136)

1. K. Takahashi S. Yamanaka Cell 2006 126 663 676
2. J. Yu M. A. Vodyanik K. Smuga-Otto J. Antosiewicz-Bourget J. L. Frane S. Tian J. Nie G. A. Jonsdottir V. Ruotti R. Stewart I. I. Slukvin J. A. Thomson Science 2007 318 1917 1920
3. M. Wernig A. Meissner R. Foreman T. Brambrink M. Ku K. Hochedlinger B. E. Bernstein R. Jaenisch Nature 2007 448 318 324
4. K. Takahashi K. Tanabe M. Ohnuki M. Narita T. Ichisaka K. Tomoda S. Yamanaka Cell 2007 131 861 872
5. A. Meissner M. Wernig R. Jaenisch Nat. Biotechnol. 2007 25 1177 1181
6. I. H. Park R. Zhao J. A. West A. Yabuuchi H. Huo T. A. Ince P. H. Lerou M. W. Lensch G. Q. Daley Nature 2008 451 141 146
7. S. Yamanaka Cell Stem Cell 2007 1 39 49
8. M. Stadtfeld K. Hochedlinger Genes Dev. 2010 24 2239 2263
9. K. Plath W. E. Lowry Nat. Rev. Genet. 2011 12 253 265
10. R. Ho C. Chronis K. Plath J. Cell. Physiol. 2011 226 868 878
11. K. Hochedlinger K. Plath Development 2009 136 509 523
12. L. Warren P. D. Manos T. Ahfeldt Y. H. Loh H. Li F. Lau W. Ebina P. K. Mandal Z. D. Smith A. Meissner G. Q. Daley A. S. Brack J. J. Collins C. Cowan T. M. Schlaeger D. J. Rossi Cell Stem Cell 2010 7 618 630
13. S. L. Lin D. C. Chang C. H. Lin S. Y. Ying D. Leu D. T. Wu Nucleic Acids Res. 2011 39 1054 1065
14. S. L. Lin D. C. Chang S. Chang-Lin C. H. Lin D. T. Wu D. T. Chen S. Y. Ying RNA 2008 14 2115 2124
15. F. Anokye-Danso C. M. Trivedi D. Juhr M. Gupta Z. Cui Y. Tian Y. Zhang W. Yang P. J. Gruber J. A. Epstein E. E. Morrisey Cell Stem Cell 2011 8 376 388
16. N. Miyoshi H. Ishii H. Nagano N. Haraguchi D. L. Dewi Y. Kano S. Nishikawa M. Tanemura K. Mimori F. Tanaka T. Saito J. Nishimura I. Takemasa T. Mizushima M. Ikeda H. Yamamoto M. Sekimoto Y. Doki M. Mori Cell Stem Cell 2011 8 633 638
17. M. Stadtfeld N. Maherali D. T. Breault K. Hochedlinger Cell Stem Cell 2008 2 230 240
18. T. Brambrink R. Foreman G. G. Welstead C. J. Lengner M. Wernig H. Suh R. Jaenisch Cell Stem Cell 2008 2 151 159
19. R. Sridharan J. Tchieu M. J. Mason R. Yachechko E. Kuoy S. Horvath Q. Zhou K. Plath Cell 2009 136 364 377
20. C. S. Yang C. G. Lopez T. M. Rana Stem Cells 2011 29 1528 1536
21. H. Hong K. Takahashi T. Ichisaka T. Aoi O. Kanagawa M. Nakagawa K. Okita S. Yamanaka Nature 2009 460 1132 1135
22. H. Li M. Collado A. Villasante K. Strati S. Ortega M. Canamero M. A. Blasco M. Serrano Nature 2009 460 1136 1139
23. R. M. Marion K. Strati H. Li M. Murga R. Blanco S. Ortega O. Fernandez-Capetillo M. Serrano M. A. Blasco Nature 2009 460 1149 1153
24. T. Kawamura J. Suzuki Y. V. Wang S. Menendez L. B. Morera A. Raya G. M. Wahl J. C. Izpisua Belmonte Nature 2009 460 1140 1144
25. A. Banito S. T. Rashid J. C. Acosta S. Li C. F. Pereira I. Geti S. Pinho J. C. Silva V. Azuara M. Walsh L. Vallier J. Gil Genes Dev. 2009 23 2134 2139
26. J. Utikal J. M. Polo M. Stadtfeld N. Maherali W. Kulalert R. M. Walsh A. Khalil J. G. Rheinwald K. Hochedlinger Nature 2009 460 1145 1148
27. J. K. Ichida J. Blanchard K. Lam E. Y. Son J. E. Chung D. Egli K. M. Loh A. C. Carter F. P. Di Giorgio K. Koszka D. Huangfu H. Akutsu D. R. Liu L. L. Rubin K. Eggan Cell Stem Cell 2009 5 491 503
28. N. Maherali K. Hochedlinger Curr. Biol. 2009 19 1718 1723
29. C. S. Yang Z. Li T. M. Rana RNA 2011 17 1451 1460
30. I. Lipchina Y. Elkabetz M. Hafner R. Sheridan A. Mihailovic T. Tuschl C. Sander L. Studer D. Betel Genes Dev. 2011 25 2173 2186
31. B. Liao X. Bao L. Liu S. Feng A. Zovoilis W. Liu Y. Xue J. Cai X. Guo B. Qin R. Zhang J. Wu L. Lai M. Teng L. Niu B. Zhang M. A. Esteban D. Pei J. Biol. Chem. 2011 286 17359 17364
32. C. Melton R. L. Judson R. Blelloch Nature 2010 463 621 626
33. S. L. Lin D. C. Chang S. Y. Ying D. Leu D. T. Wu Cancer Res. 2010 70 9473 9482
34. Z. Li C. S. Yang K. Nakashima T. M. Rana EMBO J. 2011 30 823 834
35. N. Pfaff J. Fiedler A. Holzmann A. Schambach T. Moritz T. Cantz T. Thum EMBO Rep. 2011 12 1153 1159
36. D. Subramanyam S. Lamouille R. L. Judson J. Y. Liu N. Bucay R. Derynck R. Blelloch Nat. Biotechnol. 2011 29 443 448
37. R. L. Judson J. E. Babiarz M. Venere R. Blelloch Nat. Biotechnol. 2009 27 459 461
38. H. Cao C. S. Yang T. M. Rana PLoS One 2008 3 e2820
39. T. M. Rana Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007 8 23 36
40. Z. Li T. M. Rana Acc. Chem. Res. 2012 45 1122 1131
41. V. Ambros Curr. Opin. Genet. Dev. 2011 21 511 517
42. G. Tiscornia J. C. Izpisua Belmonte Genes Dev. 2010 24 2732 2741
43. D. Subramanyam R. Blelloch Curr. Opin. Genet. Dev. 2011 21 498 503
44. M. Kim A. L. Kasinski F. J. Slack Lancet Oncol. 2011 12 319 321
45. A. L. Kasinski F. J. Slack Curr. Opin. Mol. Ther. 2010 12 147 157
46. M. Esteller Nat. Rev. Genet. 2011 12 861 874
47. T. A. Farazi J. I. Spitzer P. Morozov T. Tuschl J. Pathol. 2011 223 102 115
48. M. van Kouwenhove M. Kedde R. Agami Nat. Rev. Cancer 2011 11 644 656
49. J. Chen G. Wang C. Lu X. Guo W. Hong J. Kang J. Wang PLoS One 2012 7 e40849
50. J. H. Hanna K. Saha R. Jaenisch Cell 2010 143 508 525
51. S. H. Orkin K. Hochedlinger Cell 2011 145 835 850
52. M. I. Lai W. Y. Wendy-Yeo R. Ramasamy N. Nordin R. Rosli A. Veerakumarasivam S. Abdullah J. Assisted Reprod. Genet. 2011 28 291 301
53. J. W. Han Y. S. Yoon Antioxid. Redox Signaling 2012 17 205 223
54. F. Gonzalez S. Boue J. C. Izpisua Belmonte Nat. Rev. Genet. 2011 12 231 242
55. G. Tiscornia E. L. Vivas J. C. Izpisua Belmonte Nat. Med. (N. Y.) 2011 17 1570 1576
56. D. A. Robinton G. Q. Daley Nature 2012 481 295 305
57. M. Grskovic A. Javaherian B. Strulovici G. Q. Daley Nat. Rev. Drug Discov. 2011 10 915 929
58. I. Lipchina L. Studer D. Betel Cell Cycle 2012 11 1517 1523
59. S. K. Mallanna A. Rizzino Dev. Biol. 2010 344 16 25
60. C. H. Kuo J. H. Deng Q. Deng S. Y. Ying Biochem. Biophys. Res. Commun. 2012 417 11 16
61. Y. Wang R. Blelloch Results Probl. Cell Differ. 2011 53 459 472
62. E. M. Heinrich S. Dimmeler Circ. Res. 2012 110 1014 1022
63. M. A. Li L. He BioEssays 2012 34 670 680
64. N. Pfaff T. Moritz T. Thum T. Cantz J. Mol. Med. 2012 90 747 752
65. S. Yamanaka Nature 2009 460 49 52
66. J. Hanna K. Saha B. Pando J. van Zon C. J. Lengner M. P. Creyghton A. van Oudenaarden R. Jaenisch Nature 2009 462 595 601
67. B. D. MacArthur C. P. Please R. O. Oreffo PLoS One 2008 3 e3086
68. R. P. Koche Z. D. Smith M. Adli H. Gu M. Ku A. Gnirke B. E. Bernstein A. Meissner Cell Stem Cell 2011 8 96 105
69. R. Li J. Liang S. Ni T. Zhou X. Qing H. Li W. He J. Chen F. Li Q. Zhuang B. Qin J. Xu W. Li J. Yang Y. Gan D. Qin S. Feng H. Song D. Yang B. Zhang L. Zeng L. Lai M. A. Esteban D. Pei Cell Stem Cell 2010 7 51 63
70. P. Samavarchi-Tehrani A. Golipour L. David H. K. Sung T. A. Beyer A. Datti K. Woltjen A. Nagy J. L. Wrana Cell Stem Cell 2010 7 64 77
71. M. Wanzel S. Herold M. Eilers Trends Cell Biol. 2003 13 146 150
72. T. C. Chang D. Yu Y. S. Lee E. A. Wentzel D. E. Arking K. M. West C. V. Dang A. Thomas-Tikhonenko J. T. Mendell Nat. Genet. 2008 40 43 50
73. C. D. Lotterman O. A. Kent J. T. Mendell Cell Cycle 2008 7 2493 2499
74. P. Gao I. Tchernyshyov T. C. Chang Y. S. Lee K. Kita T. Ochi K. I. Zeller A. M. De Marzo J. E. Van Eyk J. T. Mendell C. V. Dang Nature 2009 458 762 765
75. T. C. Chang L. R. Zeitels H. W. Hwang R. R. Chivukula E. A. Wentzel M. Dews J. Jung P. Gao C. V. Dang M. A. Beer A. Thomas-Tikhonenko J. T. Mendell Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 3384 3389
76. C. H. Lin C. Lin H. Tanaka M. L. Fero R. N. Eisenman PLoS One 2009 4 e7839
77. C. H. Lin A. L. Jackson J. Guo P. S. Linsley R. N. Eisenman EMBO J. 2009 28 3157 3170
78. K. Smith S. Dalton Regener. Med. 2010 5 947 959
79. K. N. Smith A. M. Singh S. Dalton Cell Stem Cell 2010 7 343 354
80. J. L. Mott S. Kurita S. C. Cazanave S. F. Bronk N. W. Werneburg M. E. Fernandez-Zapico J. Cell. Biochem. 2010 110 1155 1164
81. G. Liu A. Friggeri Y. Yang J. Milosevic Q. Ding V. J. Thannickal N. Kaminski E. Abraham J. Exp. Med. 2010 207 1589 1597
82. T. Thum C. Gross J. Fiedler T. Fischer S. Kissler M. Bussen P. Galuppo S. Just W. Rottbauer S. Frantz M. Castoldi J. Soutschek V. Koteliansky A. Rosenwald M. A. Basson J. D. Licht J. T. Pena S. H. Rouhanifard M. U. Muckenthaler T. Tuschl G. R. Martin J. Bauersachs S. Engelhardt Nature 2008 456 980 984
83. J. Yang A. L. van Oosten T. W. Theunissen G. Guo J. C. Silva A. Smith Cell Stem Cell 2010 7 319 328
84. J. Wray T. Kalkan A. G. Smith Biochem. Soc. Trans. 2010 38 1027 1032
85. J. Nichols J. Silva M. Roode A. Smith Development 2009 136 3215 3222
86. Q. L. Ying J. Wray J. Nichols L. Batlle-Morera B. Doble J. Woodgett P. Cohen A. Smith Nature 2008 453 519 523
87. S. Y. Park J. H. Lee M. Ha J. W. Nam V. N. Kim Nat. Struct. Mol. Biol. 2009 16 23 29
88. H. H. Kim Y. Kuwano S. Srikantan E. K. Lee J. L. Martindale M. Gorospe Genes Dev. 2009 23 1743 1748
89. A. Rybak H. Fuchs L. Smirnova C. Brandt E. E. Pohl R. Nitsch F. G. Wulczyn Nat. Cell Biol. 2008 10 987 993
90. V. B. Sampson N. H. Rong J. Han Q. Yang V. Aris P. Soteropoulos N. J. Petrelli S. P. Dunn L. J. Krueger Cancer Res. 2007 67 9762 9770
91. S. M. Park S. Shell A. R. Radjabi R. Schickel C. Feig B. Boyerinas D. M. Dinulescu E. Lengyel M. E. Peter Cell Cycle 2007 6 2585 2590
92. L. He X. He L. P. Lim E. de Stanchina Z. Xuan Y. Liang W. Xue L. Zender J. Magnus D. Ridzon A. L. Jackson P. S. Linsley C. Chen S. W. Lowe M. A. Cleary G. J. Hannon Nature 2007 447 1130 1134
93. N. Raver-Shapira E. Marciano E. Meiri Y. Spector N. Rosenfeld N. Moskovits Z. Bentwich M. Oren Mol. Cell 2007 26 731 743
94. T. C. Chang E. A. Wentzel O. A. Kent K. Ramachandran M. Mullendore K. H. Lee G. Feldmann M. Yamakuchi M. Ferlito C. J. Lowenstein D. E. Arking M. A. Beer A. Maitra J. T. Mendell Mol. Cell 2007 26 745 752
95. Y. J. Choi C. P. Lin J. J. Ho X. He N. Okada P. Bu Y. Zhong S. Y. Kim M. J. Bennett C. Chen A. Ozturk G. G. Hicks G. J. Hannon L. He Nat. Cell Biol. 2011 13 1353 1360
96. A. K. Jain K. Allton M. Iacovino E. Mahen R. J. Milczarek T. P. Zwaka M. Kyba M. C. Barton PLoS Biol. 2012 10 e1001268
97. H. Siemens R. Jackstadt S. Hunten M. Kaller A. Menssen U. Gotz H. Hermeking Cell Cycle 2011 10 4256 4271
98. N. H. Kim H. S. Kim X. Y. Li I. Lee H. S. Choi S. E. Kang S. Y. Cha J. K. Ryu D. Yoon E. R. Fearon R. G. Rowe S. Lee C. A. Maher S. J. Weiss J. I. Yook J. Cell Biol. 2011 195 417 433
99. N. Xu T. Papagiannakopoulos G. Pan J. A. Thomson K. S. Kosik Cell 2009 137 647 658
100. T. Liu W. Cheng Y. Huang Q. Huang L. Jiang L. Guo Exp. Cell Res. 2012 318 424 434
101. L. Ma J. Teruya-Feldstein R. A. Weinberg Nature 2007 449 682 688
102. W. Kong H. Yang L. He J. J. Zhao D. Coppola W. S. Dalton J. Q. Cheng Mol. Cell. Biol. 2008 28 6773 6784
103. P. A. Gregory A. G. Bert E. L. Paterson S. C. Barry A. Tsykin G. Farshid M. A. Vadas Y. Khew-Goodall G. J. Goodall Nat. Cell Biol. 2008 10 593 601
104. E. D. Wiklund V. S. Catts S. V. Catts T. F. Ng N. J. Whitaker A. J. Brown L. H. Lutze-Mann Int. J. Cancer 2010 126 28 40
105. U. Burk J. Schubert U. Wellner O. Schmalhofer E. Vincan S. Spaderna T. Brabletz EMBO Rep. 2008 9 582 589
106. U. Wellner J. Schubert U. C. Burk O. Schmalhofer F. Zhu A. Sonntag B. Waldvogel C. Vannier D. Darling A. zur Hausen V. G. Brunton J. Morton O. Sansom J. Schuler M. P. Stemmler C. Herzberger U. Hopt T. Keck S. Brabletz T. Brabletz Nat. Cell Biol. 2009 11 1487 1495
107. J. Chen L. Wang L. V. Matyunina C. G. Hill J. F. McDonald Gynecol. Oncol. 2011 121 200 205
108. L. Ma F. Reinhardt E. Pan J. Soutschek B. Bhat E. G. Marcusson J. Teruya-Feldstein G. W. Bell R. A. Weinberg Nat. Biotechnol. 2010 28 341 347
109. H. R. Wang Y. Zhang B. Ozdamar A. A. Ogunjimi E. Alexandrova G. H. Thomsen J. L. Wrana Science 2003 302 1775 1779
110. X. Xiang X. Zhuang S. Ju S. Zhang H. Jiang J. Mu L. Zhang D. Miller W. Grizzle H. G. Zhang Oncogene 2011 30 3440 3453
111. P. A. Gregory C. P. Bracken A. G. Bert G. J. Goodall Cell Cycle 2008 7 3112 3118
112. E. D. Wiklund J. Kjems S. J. Clark Epigenomics 2010 2 823 840
113. S. M. Park A. B. Gaur E. Lengyel M. E. Peter Genes Dev. 2008 22 894 907
114. J. Chen J. Liu J. Yang Y. Chen S. Ni H. Song L. Zeng K. Ding D. Pei Cell Res. 2011 21 205 212
115. Y. Wang S. Baskerville A. Shenoy J. E. Babiarz L. Baehner R. Blelloch Nat. Genet. 2008 40 1478 1483
116. C. Kanellopoulou S. A. Muljo A. L. Kung S. Ganesan R. Drapkin T. Jenuwein D. M. Livingston K. Rajewsky Genes Dev. 2005 19 489 501
117. E. P. Murchison J. F. Partridge O. H. Tam S. Cheloufi G. J. Hannon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 12135 12140
118. H. B. Houbaviy M. F. Murray P. A. Sharp Dev. Cell 2003 5 351 358
119. M. R. Suh Y. Lee J. Y. Kim S. K. Kim S. H. Moon J. Y. Lee K. Y. Cha H. M. Chung H. S. Yoon S. Y. Moon V. N. Kim K. S. Kim Dev. Biol. 2004 270 488 498
120. P. Landgraf M. Rusu R. Sheridan A. Sewer N. Iovino A. Aravin S. Pfeffer A. Rice A. O. Kamphorst M. Landthaler C. Lin N. D. Socci L. Hermida V. Fulci S. Chiaretti R. Foa J. Schliwka U. Fuchs A. Novosel R. U. Muller B. Schermer U. Bissels J. Inman Q. Phan M. Chien D. B. Weir R. Choksi G. De Vita D. Frezzetti H. I. Trompeter V. Hornung G. Teng G. Hartmann M. Palkovits R. Di Lauro P. Wernet G. Macino C. E. Rogler J. W. Nagle J. Ju F. N. Papavasiliou T. Benzing P. Lichter W. Tam M. J. Brownstein A. Bosio A. Borkhardt J. J. Russo C. Sander M. Zavolan T. Tuschl Cell 2007 129 1401 1414
121. A. Marson S. S. Levine M. F. Cole G. M. Frampton T. Brambrink S. Johnstone M. G. Guenther W. K. Johnston M. Wernig J. Newman J. M. Calabrese L. M. Dennis T. L. Volkert S. Gupta J. Love N. Hannett P. A. Sharp D. P. Bartel R. Jaenisch R. A. Young Cell 2008 134 521 533
122. D. A. Card P. B. Hebbar L. Li K. W. Trotter Y. Komatsu Y. Mishina T. K. Archer Mol. Cell. Biol. 2008 28 6426 6438
123. A. Rosa F. M. Spagnoli A. H. Brivanlou Dev. Cell 2009 16 517 527
124. R. Benetti S. Gonzalo I. Jaco P. Munoz S. Gonzalez S. Schoeftner E. Murchison T. Andl T. Chen P. Klatt E. Li M. Serrano S. Millar G. Hannon M. A. Blasco Nat. Struct. Mol. Biol. 2008 15 268 279
125. L. Sinkkonen T. Hugenschmidt P. Berninger D. Gaidatzis F. Mohn C. G. Artus-Revel M. Zavolan P. Svoboda W. Filipowicz Nat. Struct. Mol. Biol. 2008 15 259 267
126. M. Kamata M. Liang S. Liu Y. Nagaoka I. S. Chen PLoS One 2010 5 e11834
127. T. Wang K. Chen X. Zeng J. Yang Y. Wu X. Shi B. Qin L. Zeng M. A. Esteban G. Pan D. Pei Cell Stem Cell 2011 9 575 587
128. P. Luningschror B. Stocker B. Kaltschmidt C. Kaltschmidt Stem Cells 2012 30 655 664
129. R. Ambasudhan M. Talantova R. Coleman X. Yuan S. Zhu S. A. Lipton S. Ding Cell Stem Cell 2011 9 113 118
130. A. S. Yoo A. X. Sun L. Li A. Shcheglovitov T. Portmann Y. Li C. Lee-Messer R. E. Dolmetsch R. W. Tsien G. R. Crabtree Nature 2011 476 228 231
131. C. Jopling S. Boue J. C. Izpisua Belmonte Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2011 12 79 89
132. S. M. Chambers L. Studer Cell 2011 145 827 830
133. H. Baigude Ahsanullah Z. Li Y. Zhou T. M. Rana Angew. Chem., Int. Ed. 2012 51 5880 5883
134. H. Zhou M. L. Arcila Z. Li E. J. Lee C. Henzler J. Liu T. M. Rana K. S. Kosik Nucleic Acids Res. 2012 40 5864 5875
135. S. Markoulaki J. Hanna C. Beard B. W. Carey A. W. Cheng C. J. Lengner J. A. Dausman D. Fu Q. Gao S. Wu J. P. Cassady R. Jaenisch Nat. Biotechnol. 2009 27 169 171
136. K. D. Wilson S. Venkatasubrahmanyam F. Jia N. Sun A. J. Butte J. C. Wu Stem Cells Dev. 2009 18 749 758