MiR-TRAP: A benchtop chemical biology strategy to identify microRNA targets

Angewandte Chemie - International Edition

Volumn 51, Issue 24, 2012, Pages 5880-5883

  Baigude, Huricha ^a   Ahsanullah, ^a   Li, Zhonghan ^a   Zhou, Ying ^a   Rana, Tariq M ^a  

^a BURNHAM INSTITUTE   (United States)

Author keywords

gene silencing; microRNA; mRNA; noncoding RNAs; psoralen

Indexed keywords

GENE SILENCING; MICRORNAS; MRNA; NON-CODING RNAS; PSORALEN;

GENETIC ENGINEERING; RNA;

PHYSIOLOGICAL MODELS;

ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDE; MICRORNA; PSORALEN; URIDINE;

ANIMAL; ARTICLE; CELL LINE; CHEMISTRY; ISOLATION AND PURIFICATION; METABOLISM; MOUSE; REAL TIME POLYMERASE CHAIN REACTION; ULTRAVIOLET RADIATION;

ANIMALS; CELL LINE; FICUSIN; MICE; MICRORNAS; OLIGONUCLEOTIDES, ANTISENSE; REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION; ULTRAVIOLET RAYS; URIDINE;

EID: 84861843879     PISSN: 14337851     EISSN: 15213773     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/anie.201201512     Document Type: Article

References (33)

1. T. Rana, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007, 8, 12-36
2. V. N. Kim, J. Han, M. C. Siomi, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2009, 10, 126-139
3. J. Krol, I. Loedige, W. Filipowicz, Nat. Rev. Genet. 2010, 11, 597-610
4. V. Ambros, Curr. Opin. Genet. Dev. 2011, 21, 511-517
5. Z. Li, C. S. Yang, K. Nakashima, T. M. Rana, EMBO J. 2011, 30, 823-834
6. C. S. Yang, Z. Li, T. M. Rana, RNA 2011, 17, 1451-1460.
7. A. Kozomara, S. Griffiths-Jones, Nucleic Acids Res. 2011, 39, D 152-157.
8. R. W. Carthew, E. J. Sontheimer, Cell 2009, 136, 642-655
9. Z. Li, T. Rana, Acc. Chem. Res. 2012, DOI:.
10. S. Bagga, J. Bracht, S. Hunter, K. Massirer, J. Holtz, R. Eachus, A. E. Pasquinelli, Cell 2005, 122, 553-563
11. M. R. Fabian, N. Sonenberg, W. Filipowicz, Annu. Rev. Biochem. 2010, 79, 351-379
12. H. Guo, N. T. Ingolia, J. S. Weissman, D. P. Bartel, Nature 2010, 466, 835-840.
13. D. P. Bartel, Cell 2009, 136, 215-233.
14. R. C. Friedman, K. K. Farh, C. B. Burge, D. P. Bartel, Genome Res. 2009, 19, 92-105.
15. D. Betel, M. Wilson, A. Gabow, D. S. Marks, C. Sander, Nucleic Acids Res. 2008, 36, D 149-153.
16. S. Griffiths-Jones, H. K. Saini, S. vanDongen, A. J. Enright, Nucleic Acids Res. 2008, 36, D 154-158.
17. S. Lall, D. Grun, A. Krek, K. Chen, Y. L. Wang, C. N. Dewey, Sood, T. Colombo, N. Bray, Macmenamin, H. L. Kao, K. C. Gunsalus, L. Pachter, F. Piano, N. Rajewsky, Curr. Biol. 2006, 16, 460-471.
18. M. Hammell, D. Long, L. Zhang, A. Lee, C. S. Carmack, M. Han, Y. Ding, V. Ambros, Nat. Methods 2008, 5, 813-819.
19. S. W. Chi, J. B. Zang, A. Mele, R. B. Darnell, Nature 2009, 460, 479-486.
20. M. Hafner, M. Landthaler, L. Burger, M. Khorshid, J. Hausser, Berninger, A. Rothballer, M. Ascano, Jr., A. C. Jungkamp, M. Munschauer, A. Ulrich, G. S. Wardle, S. Dewell, M. Zavolan, T. Tuschl, Cell 2010, 141, 129-141.
21. J. E. Hearst, S. T. Isaacs, D. Kanne, H. Rapoport, K. Straub, Q. Rev. Biophys. 1984, 17, 1-44
22. G. D. Cimino, H. B. Gamper, S. T. Isaacs, J. E. Hearst, Annu. Rev. Biochem. 1985, 54, 1151-1193
23. Z. Wang, T. M. Rana, Methods Mol. Biol. 1999, 118, 49-62.
24. Y. B. Shi, J. E. Hearst, Biochemistry 1987, 26, 3786-3792.
25. Y. L. Chiu, T. M. Rana, Mol. Cell 2002, 10, 549-561
26. Y. L. Chiu, T. M. Rana, RNA 2003, 9, 1034-1048.
27. R. Nathans, C. Y. Chu, A. K. Serquina, C. C. Lu, H. Cao, T. M. Rana, Mol. Cell 2009, 34, 696-709.
28. I. J. Macrae, K. Zhou, F. Li, A. Repic, A. N. Brooks, W. Z. Cande, D. Adams, J. A. Doudna, Science 2006, 311, 195-198.
29. C. Y. Chu, T. M. Rana, PLoS Biol. 2006, 4, e 210.
30. L. M. Iyer, M. Tahiliani, A. Rao, L. Aravind, Cell Cycle 2009, 8, 1698-1710
31. K. P. Koh, A. Yabuuchi, S. Rao, Y. Huang, K. Cunniff, J. Nardone, A. Laiho, M. Tahiliani, C. A. Sommer, G. Mostoslavsky, R. Lahesmaa, S. H. Orkin, S. J. Rodig, G. Q. Daley, A. Rao, Cell Stem Cell 2011, 8, 200-213
32. Y. H. Chen, M. D. Layne, S. W. Chung, K. Ejima, R. M. Baron, S. F. Yet, M. A. Perrella, J. Biol. Chem. 2003, 278, 39572-39577
33. C. Wasylyk, H. Zheng, C. Castell, L. Debussche, M. C. Multon, B. Wasylyk, Cancer Res. 2008, 68, 1275-1283.