Molecular dynamics and free energy studies on Aurora kinase A and its mutant bound with MLN8054: Insight into molecular mechanism of subtype selectivity

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 11, 2012, Pages 3049-3060

  Yang, Ying ^a   Shen, Yulin ^b   Li, Shuyan ^a   Jin, Nengzhi ^b   Liu, Huanxiang ^c   Yao, Xiaojun ^a,c  

^a LANZHOU UNIVERSITY   (China)

^b Gansu Computing Center   (China)

^c LANZHOU UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

4 [[9 CHLORO 7 (2,6 DIFLUOROPHENYL) 5H PYRIMIDO[5,4 D][2]BENZAZEPIN 2 YL]AMINO]BENZOIC ACID; AURORA KINASE; BENZAZEPINE DERIVATIVE; PROTEIN SERINE THREONINE KINASE;

ANIMAL; ARTICLE; CHEMISTRY; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN BINDING; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; XENOPUS LAEVIS;

ANIMALS; BENZAZEPINES; HUMANS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PROTEIN BINDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; PROTEIN-SERINE-THREONINE KINASES; XENOPUS LAEVIS;

EID: 84867384624     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb25217a     Document Type: Article

References (86)

1. G. Vader S. Lens Biochim. Biophys. Acta, Rev. Cancer 2008 1786 60 72
2. K. Schindler Cell Cycle 2011 10 19
3. R. D. Carvajal A. Tse G. K. Schwartz Clin. Cancer Res. 2006 12 6869 6875
4. A. A. Dar L. W. Goff S. Majid J. Berlin W. El-Rifai Mol. Cancer Ther. 2010 9 268 278
5. X. Tao H. S. Chon S. Fu J. J. Kavanagh W. Hu Recent Pat. Anti-Cancer Drug Discovery 2008 3 162 177
6. M. S. Coumar C. H. A. Cheung J. Y. Chang H. P. Hsieh Expert Opin. Ther. Pat. 2009 19 321 356
7. L. Garuti M. Roberti G. Bottegoni Curr. Med. Chem. 2009 16 1949 1963
8. J. R. Pollard M. Mortimore J. Med. Chem. 2009 52 2629 2651
9. J. Kitzen M. de Jonge J. Verweij Crit. Rev. Oncol. Hematol. 2010 73 99 110
10. C. H. A. Cheung M. S. Coumar H. P. Hsieh J. Y. Chang Expert Opin. Invest. Drugs 2009 18 379 398
11. R. Thaimattam R. Banerjee R. Miglani J. Iqbal Curr. Pharm. Des. 2007 13 2751 2765
12. J. Bain L. Plater M. Elliott N. Shpiro C. J. Hastie H. Mclauchlan I. Klevernic J. S. C. Arthur D. R. Alessi P. Cohen Biochem. J. 2007 408 297 315
13. G. Scapin Curr. Drug Targets 2006 7 1443 1454
14. A. Mortlock N. J. Keen F. H. Jung N. M. Heron K. M. Foote R. Wilkinson S. Green Curr. Top. Med. Chem. 2005 5 199 213
15. M. W. Karaman S. Herrgard D. K. Treiber P. Gallant C. E. Atteridge B. T. Campbell K. W. Chan P. Ciceri M. I. Davis P. T. Edeen Nat. Biotechnol. 2008 26 127 132
16. N. Matthews C. Visintin B. Hartzoulakis A. Jarvis D. L. Selwood Expert Rev. Anticancer Ther. 2006 6 109 120
17. A. Chakravarty V. Shinde J. Tabernero A. Cervantes R. B. Cohen E. C. Dees H. Burris J. R. Infante T. Macarulla E. Elez J. Andreu E. Rodriguez-Braun S. Rosello M. von Mehren N. J. Meropol C. J. Langer B. Oneil D. Bowman M. Zhang H. Danaee L. Faron-Yowe G. Gray H. Liu J. Pappas L. Silverman C. Simpson B. Stringer S. Tirrell O. P. Veiby K. Venkatakrishnan K. Galvin M. Manfredi J. A. Ecsedy Cancer Res. 2010 71 675 685
18. E. C. Dees J. R. Infante R. B. Cohen B. H. O'Neil S. Jones M. Mehren H. Danaee Y. Lee J. Ecsedy M. Manfredi K. Galvin B. Stringer H. Liu O. Eton H. Fingert H. Burris Cancer Chemother. Pharmacol. 2010 67 945 954
19. T. Macarulla A. Cervantes E. Elez E. Rodriguez-Braun J. Baselga S. Rosello G. Sala I. Blasco H. Danaee Y. Lee J. Ecsedy V. Shinde A. Chakravarty D. Bowman H. Liu O. Eton H. Fingert J. Tabernero Mol. Cancer Ther. 2010 9 2844 2852
20. M. G. Manfredi J. A. Ecsedy K. A. Meetze S. K. Balani O. Burenkova W. Chen K. M. Galvin K. M. Hoar J. J. Huck P. J. LeRoy Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 4106 4111
21. D. A. Sloane M. Z. Trikic M. L. H. Chu M. B. A. C. Lamers C. S. Mason I. Mueller W. J. Savory D. H. Williams P. A. Eyers ACS Chem. Biol. 2010 5 563 576
22. C. A. Dodson M. Kosmopoulou Mark W. Richards B. Atrash V. Bavetsias J. Blagg R. Bayliss Biochem. J. 2010 427 19 28
23. B. Zhao A. Smallwood J. Yang K. Koretke K. Nurse A. Calamari R. B. Kirkpatrick Z. Lai Protein Sci. 2008 17 1791 1797
24. N. M. Heron M. Anderson D. P. Blowers J. Breed J. M. Eden S. Green G. B. Hill T. Johnson F. H. Jung H. H. J. McMiken A. A. Mortlock A. D. Pannifer R. A. Pauptit J. Pink N. J. Roberts S. Rowsell Bioorg. Med. Chem. Lett. 2006 16 1320 1323
25. I. Aliagas-Martin D. Burdick L. Corson J. Dotson J. Drummond C. Fields O. W. Huang T. Hunsaker T. Kleinheinz E. Krueger J. Med. Chem. 2009 52 3300 3307
26. A. Vulpetti P. Crivori A. Cameron J. Bertrand M. G. Brasca R. D'Alessio P. Pevarello J. Chem. Inf. Model. 2005 45 1282 1290
27. J. Zhang Y. Xu J. Shen X. Luo J. Chen K. Chen W. Zhu H. Jiang J. Am. Chem. Soc. 2005 127 11709 11719
28. H. Ode S. Neya M. Hata W. Sugiura T. Hoshino J. Am. Chem. Soc. 2006 128 7887 7895
29. T. Tuccinardi P. L. Ferrarini C. Manera G. Ortore G. Saccomanni A. Martinelli J. Med. Chem. 2006 49 984 994
30. A. Weber M. Böhm C. T. Supuran A. Scozzafava C. A. Sotriffer G. Klebe J. Chem. Inf. Model. 2006 46 2737 2760
31. T. Hou R. Yu J. Med. Chem. 2007 50 1177 1188
32. L. Aixiao B. Florent M. Fran ois D. Michel W. Baoshan THEOCHEM 2008 849 62 75
33. P. Hu S. Wang Y. Zhang J. Am. Chem. Soc. 2008 130 16721 16728
34. M. Kaukonen P. r. Söderhjelm J. Heimdal U. Ryde J. Phys. Chem. B 2008 112 12537 12548
35. I. Stoica S. K. Sadiq P. V. Coveney J. Am. Chem. Soc. 2008 130 2639 2648
36. Z. Wang B. Ling R. Zhang Y. Liu J. Phys. Chem. B 2008 112 10033 10040
37. J. Zeng W. Li Y. Zhao G. Liu Y. Tang H. Jiang J. Phys. Chem. B 2008 112 2719 2726
38. S. Alcaro A. Artese F. Ceccherini-Silberstein F. Ortuso C. F. Perno T. Sing V. Svicher J. Chem. Inf. Model. 2009 49 1751 1761
39. M. Han J. Z. H. Zhang J. Chem. Inf. Model. 2009 50 136 145
40. M. Lapins J. E. S. Wikberg J. Chem. Inf. Model. 2009 49 1202 1210
41. J. Shen W. Li G. Liu Y. Tang H. Jiang J. Phys. Chem. B 2009 113 10436 10444
42. M. Srnec F. Aquilante U. Ryde L. r. RulíŠek J. Phys. Chem. B 2009 113 6074 6086
43. L. Aixiao M. Fran ois B. Florent D. Michel W. Baoshan Z. Xiang W. Ping Eur. J. Med. Chem. 2010 45 983 991
44. B. Lei M. D. M. Abdul Hameed A. Hamza M. Wehenkel J. L. Muzyka X. J. Yao K. B. Kim C. G. Zhan J. Phys. Chem. B 2010 114 12333 12339
45. N. M. Mascarenhas D. Bhattacharyya N. Ghoshal J. Mol. Graphics Modell. 2010 28 695 706
46. P. Wang J. Z. H. Zhang J. Phys. Chem. B 2010 114 12958 12964
47. S. Genheden I. Nilsson U. Ryde J. Chem. Inf. Model. 2011 51 947 958
48. K. K. Roy A. K. Saxena J. Chem. Inf. Model. 2011 51 1405 1422
49. I. Massova P. A. Kollman Perspect. Drug Discovery Des. 2000 18 113 135
50. D. A. Pearlman P. S. Charifson J. Med. Chem. 2001 44 3417 3423
51. T. Hou S. Guo X. Xu J. Phys. Chem. B 2002 106 5527 5535
52. D. A. Pearlman J. Med. Chem. 2005 48 7796 7807
53. G. Rastelli A. D. Rio G. Degliesposti M. Sgobba J. Comput. Chem. 2010 31 797 810
54. H. Gohlke C. Kiel D. A. Case J. Mol. Biol. 2003 330 891 913
55. H. Gohlke D. A. Case J. Comput. Chem. 2004 25 238 250
56. T. Hou W. McLaughlin B. Lu K. Chen W. Wang J. Proteome Res. 2006 5 32 43
57. V. Zoete O. Michielin Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007 67 1026 1047
58. F. Sessa M. Mapelli C. Ciferri C. Tarricone L. B. Areces T. R. Schneider P. T. Stukenberg A. Musacchio Mol. Cell 2005 18 379 391
59. Discovery Studio, version 2.5.5, Accelrys, Inc., San Diego, CA, 2010
60. Maestro, version 9.0, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2009
61. Prime, version 2.0, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2008
62. Impact, version 5.0, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2005
63. QSite, version 5.5, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2009
64. C. I. Bayly P. Cieplak W. Cornell P. A. Kollman J. Phys. Chem. 1993 97 10269 10280
65. D. A. Case T. E. Cheatham, 3rd T. Darden H. Gohlke R. Luo K. M. Merz, Jr. A. Onufriev C. Simmerling B. Wang R. J. Woods J. Comput. Chem. 2005 26 1668 1688
66. C. L. Mathew D. Yong Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004 55 620 634
67. J. Wang R. M. Wolf J. W. Caldwell P. A. Kollman D. A. Case J. Comput. Chem. 2004 25 1157 1174
68. W. Jorgensen J. Chandrasekhar J. Madura R. Impey M. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
69. U. Essmann L. Perera M. L. Berkowitz T. Darden J. Chem. Phys. 1995 103 8577 9593
70. J. Ryckaert G. Ciccotti H. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327 341
71. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. Vangunsteren A. Dinola H. JR J. Chem. Phys. 1984 81 3684 3690
72. P. A. Kollman I. Massova C. Reyes B. Kuhn S. Huo L. Chong M. Lee T. Lee Y. Duan W. Wang O. Donini P. Cieplak J. Srinivasan D. A. Case T. E. Cheatham Acc. Chem. Res. 2000 33 889 897
73. J. Wang T. Hou X. Xu Curr. Comput.-Aided Drug Des. 2006 2 287 306
74. W. Rocchia E. Alexov B. Honig J. Phys. Chem. B 2001 105 6507 6514
75. L. T. Chong Y. Duan L. Wang I. Massova P. A. Kollman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 14330 14335
76. A. Onufriev D. Bashford D. A. Case Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004 55 383 394
77. G. M. T. Cheetham R. M. A. Knegtel J. T. Coll S. B. Renwick L. Swenson P. Weber J. A. Lippke D. A. Austen J. Biol. Chem. 2002 277 42419 42422
78. S. T. Wlodek T. W. Clark L. R. Scott J. A. McCammon J. Am. Chem. Soc. 1997 119 9513 9522
79. J. Shao S. W. Tanner N. Thompson T. E. Cheatham III J. Chem. Theory Comput. 2007 3 2312 2334
80. K. Anderson J. Yang K. Koretke K. Nurse A. Calamari R. B. Kirkpatrick D. Patrick D. Silva P. J. Tummino R. A. Copeland Biochemistry 2007 46 10287 10295
81. Y. Cheng F. Zhang Q. Chen J. Gao W. Cui M. Ji C. H. Tung J. Chem. Inf. Model. 2011 51 2626 2635
82. Y. Liu N. S. Gray Nat. Chem. Biol. 2006 2 358 364
83. C. Pargellis L. Tong L. Churchill P. F. Cirillo T. Gilmore A. G. Graham P. M. Grob E. R. Hickey N. Moss S. Pav Nat. Struct. Biol. 2002 9 268 272
84. J. J. L. Liao J. Med. Chem. 2007 50 409 424
85. I. Westwood D. M. Cheary J. E. Baxter M. W. Richards R. L. M. van Montfort A. M. Fry R. Bayliss J. Mol. Biol. 2009 386 476 485
86. M. Tomita N. Mori Cancer Sci. 2010 101 1204 1211