Computational insights into the mechanism of ligand unbinding and selectivity of estrogen receptors

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 30, 2009, Pages 10436-10444

  Shen, Jie ^a   Li, Weihua ^a   Liu, Guixia ^a   Tang, Yun ^a   Jiang, Hualiang ^a,b  

^a EAST CHINA UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (China)

^b SHANGHAI INSTITUTE OF MATERIA MEDICA   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; BINDING SITES; MOLECULAR DYNAMICS;

BINDING POCKETS; ESTROGEN RECEPTOR; GAIN INSIGHT; HIGH SELECTIVITY; LIGAND BINDING; MOLECULAR BASIS; NUCLEAR RECEPTORS; POTENTIALS OF MEAN FORCES; RATIONAL DESIGN; RECEPTOR EXPRESSION; SELECTIVE LIGANDS; STEERED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS;

LIGANDS;

EID: 67651202362     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp903785h     Document Type: Article

References (55)

1. Couse, J. F.; Korach, K. S. Endocr. Rev. 1999, 20, 358.
2. Pettersson, K.; Gustafsson, J. A. Annu. Rev. Physiol. 2001, 63, 165.
3. Zhao, C.; Dahlman-Wright, K.; Gustafsson, J. A. Nucl. Recept. Signaling 2008, 6, e003.
4. Kushner, P. J.; Agard, D. A.; Greene, G. L.; Scanlan, T. S.; Shiau, A. K.; Uht, R. M.; Webb, P. J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 2000, 74, 311.
5. Kuiper, G. G.; Carlsson, B.; Grandien, K.; Enmark, E.; Haggblad, J.; Nilsson, S.; Gustafsson, J. A. Endocrinology 1997, 138, 863.
6. Korach, K. S.; Emmen, J. M.; Walker, V. R.; Hewitt, S. C.; Yates, M.; Hall, J. M.; Swope, D. L.; Harrell, J. C.; Couse, J. F. J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 2003, 86, 387.
7. Harris, H. A.; Albert, L. M.; Leathurby, Y.; Malamas, M. S.; Mewshaw, R. E.; Miller, C. P.; Kharode, Y. P.; Marzolf, J.; Komm, B. S.; Winneker, R. C.; Frail, D. E.; Henderson, R. A.; Zhu, Y.; Keith, J. C., Jr. Endocrinology 2003, 144, 4241.
8. Malamas, M. S.; Manas, E. S.; McDevitt, R. E.; Gunawan, I.; Xu, Z. B.; Collini, M. D.; Miller, C. P.; Dinh, T.; Henderson, R. A.; Keith, J. C., Jr.; Harris, H. A. J. Med. Chem. 2004, 47, 5021.
9. Hillisch, A.; Peters, O.; Kosemund, D.; Muller, G.; Walter, A.; Schneider, B.; Reddersen, G.; Elger, W.; Fritzemeier, K. H. Mol. Endocrinol. 2004, 18, 1599.
10. Cvoro, A.; Paruthiyil, S.; Jones, J. O.; Tzagarakis-Foster, C.; Clegg, N. J.; Tatomer, D.; Medina, R. T.; Tagliaferri, M.; Schaufele, F.; Scanlan, T. S.; Diamond, M. I.; Cohen, I.; Leitman, D. C. Endocrinology 2007, 148, 538.
11. Harris, H. A.; Bruner-Tran, K. L.; Zhang, X.; Osteen, K. G.; Lyttle, C. R. Hum. Reprod. 2005, 20, 936.
12. Bhat, R. A.; Stauffer, B.; Unwalla, R. J.; Xu, Z.; Harris, H. A.; Komm, B. S. J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 2004, 88, 17.
13. Tuccinardi, T.; Bertini, S.; Martinelli, A.; Minutolo, F.; Ortore, G.; Placanica, G.; Prota, G.; Rapposelli, S.; Carlson, K. E.; Katzenellenbogen, J. A.; Macchia, M. J. Med. Chem. 2006, 49, 5001.
14. Salum, L. B.; Polikarpov, I.; Andricopulo, A. D. J. Chem. Inf. Model. 2008, 48, 2243.
15. Sun, J.; Baudry, J.; Katzenellenbogen, J. A.; Katzenellenbogen, B. S. Mol. Endocrinol. 2003, 17, 247.
16. Manas, E. S.; Unwalla, R. J.; Xu, Z. B.; Malamas, M. S.; Miller, C. P.; Harris, H. A.; Hsiao, C.; Akopian, T.; Hum, W. T.; Malakian, K.; Wolfrom, S.; Bapat, A.; Bhat, R. A.; Stahl, M. L.; Somers, W. S.; Alvarez, J. C. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15106.
17. Manas, E. S.; Xu, Z. B.; Unwalla, R. J.; Somers, W. S. Structure 2004, 12, 2197.
18. Hsieh, R. W.; Rajan, S. S.; Sharma, S. K.; Guo, Y.; DeSombre, E. R.; Mrksich, M.; Greene, G. L. J. Biol. Chem. 2006, 281, 17909.
19. Nettles, K. W.; Sun, J.; Radek, J. T.; Sheng, S.; Rodriguez, A. L.; Katzenellenbogen, J. A.; Katzenellenbogen, B. S.; Greene, G. L. Mol. Cell 2004, 13, 317.
20. Zeng, J.; Li, W.; Zhao, Y.; Liu, G.; Tang, Y.; Jiang, H. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 2719.
21. Winn, P. J.; Ludemann, S. K.; Gauges, R.; Lounnas, V.; Wade, R. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5361.
22. Ferrari, S.; Costi, P. M.; Wade, R. C. Chem. Biol. 2003, 10, 1183.
23. Li, W.; Liu, H.; Luo, X.; Zhu, W.; Tang, Y.; Halpert, J. R.; Jiang, H. Drug Metab. Dispos. 2007, 35, 689.
24. Blondel, A.; Renaud, J. P.; Fischer, S.; Moras, D.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1999, 291, 101.
25. Kosztin, D.; Izrailev, S.; Schulten, K. Biophys. J. 1999, 76, 188.
26. Martinez, L.; Sonoda, M. T.; Webb, P.; Baxter, J. D.; Skaf, M. S.; Polikarpov, I. Biophys. J. 2005, 89, 2011.
27. Carlsson, P.; Burendahl, S.; Nilsson, L. Biophys. J. 2006, 91, 3151.
28. Martinez, L.; Webb, P.; Polikarpov, I.; Skaf, M. S. J. Med. Chem. 2006, 49, 23.
29. Genest, D.; Garnier, N.; Arrault, A.; Marot, C.; Morin-Allory, L.; Genest, M. Eur. Biophys. J. 2008, 37, 369.
30. Sonoda, M. T.; Martinez, L.; Webb, P.; Skaf, M. S.; Polikarpov, I. Mol. Endocrinol. 2008, 22, 1565.
31. Perakyla, M. Eur. Biophys. J. 2009, 38, 185.
32. Martinez, L.; Polikarpov, I.; Skaf, M. S. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 10741.
33. Moras, D.; Gronemeyer, H. Curr. Opin. Cell Biol. 1998, 10, 384.
34. Jarzynski, C. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 2690.
35. Sali, A.; Blundell, T. L. J. Mol. Biol. 1993, 234, 779.
36. Bas, D. C.; Rogers, D. M.; Jensen, J. H. Proteins 2008, 73, 765.
37. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999.
38. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157.
39. Wang, J.; Wang, W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Mol. Graph. Model. 2006, 25, 247.
40. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossváry, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, P. A. AMBER 10; University of California, San Francisco, 2008.
41. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
42. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
43. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577.
44. Park, S.; Khalili-Araghi, F.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3559.
45. Park, S.; Schulten, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 5946.
46. Deng, Y.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 2234.
47. Jensen, M. O.; Park, S.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 6731.
48. Amaro, R.; Tajkhorshid, E.; Luthey-Schulten, Z. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 7599.
49. Zhang, D.; Gullingsrud, J.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 3019.
50. Hwang, H.; Schatz, G. C.; Ratner, M. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 26448.
51. Vashisth, H.; Abrams, C. F. Biophys. J. 2008, 95, 4193.
52. Ytreberg, F. M.; Zuckerman, D. M. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1749.
53. Ekena, K.; Weis, K. E.; Katzenellenbogen, J. A.; Katzenellenbogen, B. S. J. Biol. Chem. 1996, 271, 20053.
54. Celik, L.; Lund, J. D.; Schiott, B. Biochemistry 2007, 46, 1743.
55. Nettles, K. W.; Bruning, J. B.; Gil, G.; Nowak, J.; Sharma, S. K.; Hahm, J. B.; Kulp, K.; Hochberg, R. B.; Zhou, H.; Katzenellenbogen, J. A.; Katzenellenbogen, B. S.; Kim, Y.; Joachmiak, A.; Greene, G. L. Nat. Chem. Biol. 2008, 4, 241.