Integrative analysis of human omics data using biomolecular networks

Molecular BioSystems

Volumn 12, Issue 10, 2016, Pages 2953-2964

  Robinson, Jonathan L ^a   Nielsen, Jens ^a,b  

^a CHALMERS UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Sweden)

^b ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL MODEL; BIOLOGY; GENE REGULATORY NETWORK; GENETIC DATABASE; GENOMICS; HUMAN; METABOLOMICS; PROCEDURES; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEOMICS;

COMPUTATIONAL BIOLOGY; DATABASES, GENETIC; GENE REGULATORY NETWORKS; GENOMICS; HUMANS; METABOLOMICS; MODELS, BIOLOGICAL; PROTEIN INTERACTION MAPS; PROTEOMICS;

EID: 84988644290     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c6mb00476h     Document Type: Review

References (140)

1. A. Alyass M. Turcotte D. Meyre BMC Med. Genomics 2015 8 33
2. S. H. Payne Trends Biochem. Sci. 2015 40 1 3
3. F. C. Fang A. Casadevall Infect. Immun. 2011 79 1401 1404
4. W. W. Zhang F. Li L. Nie Microbiology 2010 156 287 301
5. M. L. Mo B. Ø. Palsson Trends Biotechnol. 2009 27 37 44
6. R. Chen M. Snyder Wiley Interdiscip. Rev.: Syst. Biol. Med. 2013 5 73 82
7. L. Hood J. R. Heath M. E. Phelps B. Y. Lin Science 2004 306 640 643
8. Q. Tian N. D. Price L. Hood J. Intern. Med. 2012 271 111 121
9. C. Sheridan Nat. Biotechnol. 2015 33 887 889
10. B. Ø. Palsson K. Zengler Nat. Chem. Biol. 2010 6 787 789
11. E. R. Mardis Genome Med. 2010 2 84
12. B. Berger J. Peng M. Singh Nat. Rev. Genet. 2013 14 333 346
13. C. Meng O. A. Zeleznik G. G. Thallinger B. Kuster A. M. Gholami A. C. Culhane Brief. Bioinform. 2016 17 628 641
14. S. Pineda F. X. Real M. Kogevinas A. Carrato S. J. Chanock N. Malats K. Van Steen PLoS Genet. 2015 11 e1005689
15. A. Mardinoglu J. Nielsen J. Intern. Med. 2012 271 142 154
16. M. L. Mo N. Jamshidi B. Ø. Palsson Mol. BioSyst. 2007 3 598 603
17. E. J. O'Brien J. M. Monk B. Ø. Palsson Cell 2015 161 971 987
18. K. R. Patil J. Nielsen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 2685 2689
19. A. L. Barabasi Z. N. Oltvai Nat. Rev. Genet. 2004 5 U101 U115
20. X. W. Zhu M. Gerstein M. Snyder Genes Dev. 2007 21 1010 1024
21. A. Mardinoglu R. Agren C. Kampf A. Asplund I. Nookaew P. Jacobson A. J. Walley P. Froguel L. M. Carlsson M. Uhlen J. Nielsen Mol. Syst. Biol. 2013 9 649
22. K. Yugi H. Kubota Y. Toyoshima R. Noguchi K. Kawata Y. Komori S. Uda K. Kunida Y. Tomizawa Y. Funato H. Miki M. Matsumoto K. I. Nakayama K. Kashikura K. Endo K. Ikeda T. Soga S. Kuroda Cell Rep. 2014 8 1171 1183
23. M. Costanzo A. Baryshnikova J. Bellay Y. Kim E. D. Spear C. S. Sevier H. Ding J. L. Koh K. Toufighi S. Mostafavi J. Prinz R. P. St Onge B. VanderSluis T. Makhnevych F. J. Vizeacoumar S. Alizadeh S. Bahr R. L. Brost Y. Chen M. Cokol R. Deshpande Z. Li Z. Y. Lin W. Liang M. Marback J. Paw B. J. San Luis E. Shuteriqi A. H. Tong N. van Dyk I. M. Wallace J. A. Whitney M. T. Weirauch G. Zhong H. Zhu W. A. Houry M. Brudno S. Ragibizadeh B. Papp C. Pal F. P. Roth G. Giaever C. Nislow O. G. Troyanskaya H. Bussey G. D. Bader A. C. Gingras Q. D. Morris P. M. Kim C. A. Kaiser C. L. Myers B. J. Andrews C. Boone Science 2010 327 425 431
24. M. W. Covert C. H. Schilling I. Famili J. S. Edwards I. I. Goryanin E. Selkov B. Ø. Palsson Trends Biochem. Sci. 2001 26 179 186
25. J. Förster I. Famili P. Fu B. Ø. Palsson J. Nielsen Genome Res. 2003 13 244 253
26. A. Mardinoglu R. Agren C. Kampf A. Asplund M. Uhlen J. Nielsen Nat. Commun. 2014 5 3083
27. J. Monk J. Nogales B. Ø. Palsson Nat. Biotechnol. 2014 32 447 452
28. T. Rolland M. Tasan B. Charloteaux S. J. Pevzner Q. Zhong N. Sahni S. Yi I. Lemmens C. Fontanillo R. Mosca A. Kamburov S. D. Ghiassian X. P. Yang L. Ghamsari D. Balcha B. E. Begg P. Braun M. Brehme M. P. Broly A. R. Carvunis D. Convery-Zupan R. Corominas J. Coulombe-Huntington E. Dann M. Dreze A. Dricot C. Y. Fan E. Franzosa F. Gebreab B. J. Gutierrez M. F. Hardy M. Jin S. L. Kang R. Kiros G. N. Lin K. Luck A. MacWilliams J. R. Menche R. R. Murray A. Palagi M. M. Poulin X. Rambout J. Rasla P. Reichert V. Romero E. Ruyssinck J. M. Sahalie A. Scholz A. A. Shah A. Sharma Y. Shen K. Spirohn S. Tam A. O. Tejeda S. A. Trigg J. C. Twizere K. Vega J. Walsh M. E. Cusick Y. Xia A. L. Barabasi L. M. Iakoucheva P. Aloy J. De Las Rivas J. Tavernier M. A. Calderwood D. E. Hill T. Hao F. P. Roth M. Vidal Cell 2014 159 1212 1226
29. M. Vidal M. E. Cusick A. L. Barabasi Cell 2011 144 986 998
30. J. Snider M. Kotlyar P. Saraon Z. Yao I. Jurisica I. Stagljar Mol. Syst. Biol. 2015 11 848
31. M. Vidal S. Fields Nat. Methods 2014 11 1203 1206
32. R. K. Nibbe M. Koyuturk M. R. Chance PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000639
33. A. Bordbar B. Ø. Palsson J. Intern. Med. 2012 271 131 141
34. W. W. Soon M. Hariharan M. P. Snyder Mol. Syst. Biol. 2013 9 640
35. J. Shendure H. Ji Nat. Biotechnol. 2008 26 1135 1145
36. T. Nilsson M. Mann R. Aebersold J. R. Yates, 3rd A. Bairoch J. J. Bergeron Nat. Methods 2010 7 681 685
37. M. Uhlen P. Oksvold C. Algenas C. Hamsten L. Fagerberg D. Klevebring E. Lundberg J. Odeberg F. Ponten T. Kondo A. Sivertsson Mol. Cell. Proteomics 2012 11 M111.013458
38. B. D. Bennett J. Yuan E. H. Kimball J. D. Rabinowitz Nat. Protoc. 2008 3 1299 1311
39. J. Nielsen J. Intern. Med. 2012 271 108 110
40. A. L. Barabasi N. Gulbahce J. Loscalzo Nat. Rev. Genet. 2011 12 56 68
41. C. Genomes Project A. Auton L. D. Brooks R. M. Durbin E. P. Garrison H. M. Kang J. O. Korbel J. L. Marchini S. McCarthy G. A. McVean G. R. Abecasis Nature 2015 526 68 74
42. P. Legrain R. Aebersold A. Archakov A. Bairoch K. Bala L. Beretta J. Bergeron C. H. Borchers G. L. Corthals C. E. Costello E. W. Deutsch B. Domon W. Hancock F. C. He D. Hochstrasser G. Marko-Varga G. H. Salekdeh S. Sechi M. Snyder S. Srivastava M. Uhlen C. H. Wu T. Yamamoto Y. K. Paik G. S. Omenn Mol. Cell. Proteomics 2011 10 M111.009993
43. A. I. Su T. Wiltshire S. Batalov H. Lapp K. A. Ching D. Block J. Zhang R. Soden M. Hayakawa G. Kreiman M. P. Cooke J. R. Walker J. B. Hogenesch Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 6062 6067
44. C. V. Jongeneel M. Delorenzi C. Iseli D. Zhou C. D. Haudenschild I. Khrebtukova D. Kuznetsov B. J. Stevenson R. L. Strausberg A. J. Simpson T. J. Vasicek Genome Res. 2005 15 1007 1014
45. L. D. Hillier G. Lennon M. Becker M. F. Bonaldo B. Chiapelli S. Chissoe N. Dietrich T. DuBuque A. Favello W. Gish M. Hawkins M. Hultman T. Kucaba M. Lacy M. Le N. Le E. Mardis B. Moore M. Morris J. Parsons C. Prange L. Rifkin T. Rohlfing K. Schellenberg M. Bento Soares F. Tan J. Thierry-Meg E. Trevaskis K. Underwood P. Wohldman R. Waterston R. Wilson M. Marra Genome Res. 1996 6 807 828
46. M. Uhlen L. Fagerberg B. M. Hallstrom C. Lindskog P. Oksvold A. Mardinoglu A. Sivertsson C. Kampf E. Sjostedt A. Asplund I. Olsson K. Edlund E. Lundberg S. Navani C. A. Szigyarto J. Odeberg D. Djureinovic J. O. Takanen S. Hober T. Alm P. H. Edqvist H. Berling H. Tegel J. Mulder J. Rockberg P. Nilsson J. M. Schwenk M. Hamsten K. von Feilitzen M. Forsberg L. Persson F. Johansson M. Zwahlen G. von Heijne J. Nielsen F. Ponten Science 2015 347 1260419
47. G. T. Consortium Nat. Genet. 2013 45 580 585
48. A. R. R. Forrest H. Kawaji M. Rehli J. K. Baillie M. J. L. de Hoon V. Haberle T. Lassmann I. V. Kulakovskiy M. Lizio M. Itoh R. Andersson C. J. Mungall T. F. Meehan S. Schmeier N. Bertin M. Jorgensen E. Dimont E. Arner C. Schmidl U. Schaefer Y. A. Medvedeva C. Plessy M. Vitezic J. Severin C. A. Semple Y. Ishizu R. S. Young M. Francescatto I. Alam D. Albanese G. M. Altschuler T. Arakawa J. A. C. Archer P. Arner M. Babina S. Rennie P. J. Balwierz A. G. Beckhouse S. Pradhan-Bhatt J. A. Blake A. Blumenthal B. Bodega A. Bonetti J. Briggs F. Brombacher A. M. Burroughs A. Califano C. V. Cannistraci D. Carbajo Y. Chen M. Chierici Y. Ciani H. C. Clevers E. Dalla C. A. Davis M. Detmar A. D. Diehl T. Dohi F. Drablos A. S. B. Edge M. Edinger K. Ekwall M. Endoh H. Enomoto M. Fagiolini L. Fairbairn H. Fang M. C. Farach-Carson G. J. Faulkner A. V. Favorov M. E. Fisher M. C. Frith R. Fujita S. Fukuda C. Furlanello M. Furuno J. Furusawa T. B. Geijtenbeek A. P. Gibson T. Gingeras D. Goldowitz J. Gough S. Guhl R. Guler S. Gustincich T. J. Ha M. Hamaguchi M. Hara M. Harbers J. Harshbarger A. Hasegawa Y. Hasegawa T. Hashimoto M. Herlyn K. J. Hitchens S. J. H. Sui O. M. Hofmann I. Hoof F. Hori L. Huminiecki K. Iida T. Ikawa B. R. Jankovic H. Jia A. Joshi G. Jurman B. Kaczkowski C. Kai K. Kaida A. Kaiho K. Kajiyama M. Kanamori-Katayama A. Kasianov T. Kasukawa S. Katayama S. Kato S. Kawaguchi H. Kawamoto Y. I. Kawamura T. Kawashima J. S. Kempfle T. J. Kenna J. Kere L. M. Khachigian T. Kitamura S. P. Klinken A. J. Knox M. Kojima S. Kojima N. Kondo H. Koseki S. Koyasu S. Krampitz A. Kubosaki A. T. Kwon J. F. J. Laros W. Lee A. Lennartsson K. Li B. Lilje L. Lipovich A. Mackay-sim R. Manabe J. C. Mar B. Marchand A. Mathelier N. Mejhert A. Meynert Y. Mizuno D. A. D. Morais H. Morikawa M. Morimoto K. Moro E. Motakis H. Motohashi C. L. Mummery M. Murata S. Nagao-Sato Y. Nakachi F. Nakahara T. Nakamura Y. Nakamura K. Nakazato E. Van Nimwegen N. Ninomiya H. Nishiyori S. Noma T. Nozaki S. Ogishima N. Ohkura H. Ohmiya H. Ohno M. Ohshima M. Okada-Hatakeyama Y. Okazaki V. Orlando D. A. Ovchinnikov A. Pain R. Passier M. Patrikakis H. Persson S. Piazza J. G. D. Prendergast O. J. L. Rackham J. A. Ramilowski M. Rashid T. Ravasi P. Rizzu M. Roncador S. Roy M. B. Rye E. Saijyo A. Sajantila A. Saka S. Sakaguchi M. Sakai H. Sato H. Satoh S. Savvi A. Saxena C. Schneider E. A. Schultes G. G. Schulze-Tanzil A. Schwegmann T. Sengstag G. J. Sheng H. Shimoji Y. Shimoni J. W. Shin C. Simon D. Sugiyama T. Sugiyama M. Suzuki N. Suzuki R. K. Swoboda P. A. C. 't Hoen M. Tagami N. Takahashi J. Takai H. Tanaka H. Tatsukawa Z. Tatum M. Thompson H. Toyoda T. Toyoda E. Valen M. van de Wetering L. M. van den Berg R. Verardo D. Vijayan I. E. Vorontsov W. W. Wasserman S. Watanabe C. A. Wells L. N. Winteringham E. Wolvetang E. J. Wood Y. Yamaguchi M. Yamamoto M. Yoneda Y. Yonekura S. Yoshida S. E. Zabierowski P. G. Zhang X. B. Zhao S. Zucchelli K. M. Summers H. Suzuki C. O. Daub J. Kawai P. Heutink W. Hide T. C. Freeman B. Lenhard V. B. Bajic M. S. Taylor V. J. Makeev A. Sandelin D. A. Hume P. Carninci Y. Hayashizaki F. Consortium R. P. C. DGT Nature 2014 507 462 470
49. M. Uhlen B. M. Hallstrom C. Lindskog A. Mardinoglu F. Ponten J. Nielsen Mol. Syst. Biol. 2016 12 862
50. M. Kanamori-Katayama M. Itoh H. Kawaji T. Lassmann S. Katayama M. Kojima N. Bertin A. Kaiho N. Ninomiya C. O. Daub P. Carninci A. R. Forrest Y. Hayashizaki Genome Res. 2011 21 1150 1159
51. F. Ponten M. Gry L. Fagerberg E. Lundberg A. Asplund L. Berglund P. Oksvold E. Bjorling S. Hober C. Kampf S. Navani P. Nilsson J. Ottosson A. Persson H. Wernerus K. Wester M. Uhlen Mol. Syst. Biol. 2009 5 337
52. L. Fagerberg B. M. Hallstrom P. Oksvold C. Kampf D. Djureinovic J. Odeberg M. Habuka S. Tahmasebpoor A. Danielsson K. Edlund A. Asplund E. Sjostedt E. Lundberg C. A. Szigyarto M. Skogs J. O. Takanen H. Berling H. Tegel J. Mulder P. Nilsson J. M. Schwenk C. Lindskog F. Danielsson A. Mardinoglu A. Sivertsson K. von Feilitzen M. Forsberg M. Zwahlen I. Olsson S. Navani M. Huss J. Nielsen F. Ponten M. Uhlen Mol. Cell. Proteomics 2014 13 397 406
53. M. S. Kim S. M. Pinto D. Getnet R. S. Nirujogi S. S. Manda R. Chaerkady A. K. Madugundu D. S. Kelkar R. Isserlin S. Jain J. K. Thomas B. Muthusamy P. Leal-Rojas P. Kumar N. A. Sahasrabuddhe L. Balakrishnan J. Advani B. George S. Renuse L. D. Selvan A. H. Patil V. Nanjappa A. Radhakrishnan S. Prasad T. Subbannayya R. Raju M. Kumar S. K. Sreenivasamurthy A. Marimuthu G. J. Sathe S. Chavan K. K. Datta Y. Subbannayya A. Sahu S. D. Yelamanchi S. Jayaram P. Rajagopalan J. Sharma K. R. Murthy N. Syed R. Goel A. A. Khan S. Ahmad G. Dey K. Mudgal A. Chatterjee T. C. Huang J. Zhong X. Wu P. G. Shaw D. Freed M. S. Zahari K. K. Mukherjee S. Shankar A. Mahadevan H. Lam C. J. Mitchell S. K. Shankar P. Satishchandra J. T. Schroeder R. Sirdeshmukh A. Maitra S. D. Leach C. G. Drake M. K. Halushka T. S. Prasad R. H. Hruban C. L. Kerr G. D. Bader C. A. Iacobuzio-Donahue H. Gowda A. Pandey Nature 2014 509 575 581
54. M. Wilhelm J. Schlegl H. Hahne A. Moghaddas Gholami M. Lieberenz M. M. Savitski E. Ziegler L. Butzmann S. Gessulat H. Marx T. Mathieson S. Lemeer K. Schnatbaum U. Reimer H. Wenschuh M. Mollenhauer J. Slotta-Huspenina J. H. Boese M. Bantscheff A. Gerstmair F. Faerber B. Kuster Nature 2014 509 582 587
55. D. S. Wishart T. Jewison A. C. Guo M. Wilson C. Knox Y. F. Liu Y. Djoumbou R. Mandal F. Aziat E. Dong S. Bouatra I. Sinelnikov D. Arndt J. G. Xia P. Liu F. Yallou T. Bjorndahl R. Perez-Pineiro R. Eisner F. Allen V. Neveu R. Greiner A. Scalbert Nucleic Acids Res. 2013 41 D801 D807
56. S. Bijlsma L. Bobeldijk E. R. Verheij R. Ramaker S. Kochhar I. A. Macdonald B. van Ommen A. K. Smilde Anal. Chem. 2006 78 567 574
57. O. Quehenberger A. M. Armando A. H. Brown S. B. Milne D. S. Myers A. H. Merrill S. Bandyopadhyay K. N. Jones S. Kelly R. L. Shaner C. M. Sullards E. Wang R. C. Murphy R. M. Barkley T. J. Leiker C. R. H. Raetz Z. Q. Guan G. M. Laird D. A. Six D. W. Russell J. G. McDonald S. Subramaniam E. Fahy E. A. Dennis J. Lipid Res. 2010 51 3299 3305
58. E. Fahy S. Subramaniam R. C. Murphy M. Nishijima C. R. Raetz T. Shimizu F. Spener G. van Meer M. J. Wakelam E. A. Dennis J. Lipid Res. 2009 50 suppl S9 S14
59. D. Rajasundaram J. Selbig Curr. Opin. Plant Biol. 2016 30 57 61
60. L. Varemo J. Nielsen I. Nookaew Nucleic Acids Res. 2013 41 4378 4391
61. K. Dolinski O. G. Troyanskaya Mol. Biol. Cell 2015 26 2575 2578
62. R. S. Fehrmann J. M. Karjalainen M. Krajewska H. J. Westra D. Maloney A. Simeonov T. H. Pers J. N. Hirschhorn R. C. Jansen E. A. Schultes H. H. van Haagen E. G. de Vries G. J. te Meerman C. Wijmenga M. A. van Vugt L. Franke Nat. Genet. 2015 47 115 125
63. G. Ciriello M. L. Miller B. A. Aksoy Y. Senbabaoglu N. Schultz C. Sander Nat. Genet. 2013 45 U1127 U1247
64. J. Nielsen FEBS Lett. 2009 583 3905 3913
65. R. Saha A. Chowdhury C. D. Maranas Curr. Opin. Biotechnol. 2014 29 39 45
66. J. S. Edwards B. Ø. Palsson J. Biol. Chem. 1999 274 17410 17416
67. J. Y. Ryu H. U. Kim S. Y. Lee Integr. Biol. 2015 7 859 868
68. N. C. Duarte S. A. Becker N. Jamshidi I. Thiele M. L. Mo T. D. Vo R. Srivas B. Ø. Palsson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 1777 1782
69. H. Ma A. Sorokin A. Mazein A. Selkov E. Selkov O. Demin I. Goryanin Mol. Syst. Biol. 2007 3 135
70. I. Thiele N. Swainston R. M. T. Fleming A. Hoppe S. Sahoo M. K. Aurich H. Haraldsdottir M. L. Mo O. Rolfsson M. D. Stobbe S. G. Thorleifsson R. Agren C. Bolling S. Bordel A. K. Chavali P. Dobson W. B. Dunn L. Endler D. Hala M. Hucka D. Hull D. Jameson N. Jamshidi J. J. Jonsson N. Juty S. Keating I. Nookaew N. Le Novere N. Malys A. Mazein J. A. Papin N. D. Price E. Selkov M. I. Sigurdsson E. Simeonidis N. Sonnenschein K. Smallbone A. Sorokin J. H. G. M. van Beek D. Weichart I. Goryanin J. Nielsen H. V. Westerhoff D. B. Kell P. Mendes B. Ø. Palsson Nat. Biotechnol. 2013 31 419 425
71. D. Croft Methods Mol. Biol. 2013 1021 273 283
72. M. Kanehisa S. Goto Y. Sato M. Furumichi M. Tanabe Nucleic Acids Res. 2012 40 D109 D114
73. P. Romero J. Wagg M. L. Green D. Kaiser M. Krummenacker P. D. Karp Genome Biol. 2005 6 R2
74. R. Agren S. Bordel A. Mardinoglu N. Pornputtapong I. Nookaew J. Nielsen PLoS Comput. Biol. 2012 8 e1002518
75. C. Gille C. Bolling A. Hoppe S. Bulik S. Hoffmann K. Hubner A. Karlstadt R. Ganeshan M. Konig K. Rother M. Weidlich J. Behre H. G. Holzhutter Mol. Syst. Biol. 2010 6 411
76. S. Sahoo L. Franzson J. J. Jonsson I. Thiele Mol. BioSyst. 2012 8 2545 2558
77. S. Sahoo I. Thiele Hum. Mol. Genet. 2013 22 2705 2722
78. M. Garcia-Albornoz J. Nielsen Ind. Biotechnol. 2013 9 203 214
79. S. Y. Lee H. U. Kim Nat. Biotechnol. 2015 33 1061 1072
80. M. A. Oberhardt B. Ø. Palsson J. A. Papin Mol. Syst. Biol. 2009 5 320
81. N. D. Price J. A. Papin C. H. Schilling B. Ø. Palsson Trends Biotechnol. 2003 21 162 169
82. A. Varma B. Ø. Palsson Nat. Biotechnol. 1994 12 994 998
83. D. Petranovic J. Nielsen Trends Biotechnol. 2008 26 584 590
84. D. R. Hyduke N. E. Lewis B. Ø. Palsson Mol. BioSyst. 2013 9 167 174
85. S. A. Becker B. Ø. Palsson PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000082
86. T. Shlomi M. N. Cabili M. J. Herrgard B. Ø. Palsson E. Ruppin Nat. Biotechnol. 2008 26 1003 1010
87. L. Jerby T. Shlomi E. Ruppin Mol. Syst. Biol. 2010 6 401
88. M. Åkesson J. Forster J. Nielsen Metab. Eng. 2004 6 285 293
89. P. A. Jensen J. A. Papin Bioinformatics 2011 27 541 547
90. S. Chandrasekaran N. D. Price Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 17845 17850
91. A. S. Blazier J. A. Papin Front. Physiol. 2012 3 299
92. D. Machado M. Herrgard PLoS Comput. Biol. 2014 10 e1003580
93. O. Resendis-Antonio C. Gonzalez-Torres G. Jaime-Munoz C. E. Hernandez-Patino C. F. Salgado-Munoz Semin. Cancer Biol. 2015 30 79 87
94. M. K. Kim D. S. Lun Comput. Struct. Biotechnol. J. 2014 11 59 65
95. A. P. Oliveira K. R. Patil J. Nielsen BMC Syst. Biol. 2008 2 17
96. T. Cakir K. R. Patil Z. Onsan K. O. Ulgen B. Kirdar J. Nielsen Mol. Syst. Biol. 2006 2 50
97. C. Frezza L. Zheng O. Folger K. N. Rajagopalan E. D. MacKenzie L. Jerby M. Micaroni B. Chaneton J. Adam A. Hedley G. Kalna I. P. Tomlinson P. J. Pollard D. G. Watson R. J. Deberardinis T. Shlomi E. Ruppin E. Gottlieb Nature 2011 477 225 228
98. F. Gatto H. Miess A. Schulze J. Nielsen Sci. Rep. 2015 5 10738
99. F. Gatto I. Nookaew J. Nielsen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 E866 E875
100. J. Hu J. W. Locasale J. H. Bielas J. O'Sullivan K. Sheahan L. C. Cantley M. G. Vander Heiden D. Vitkup Nat. Biotechnol. 2013 31 522 529
101. A. Mardinoglu C. Kampf A. Asplund L. Fagerberg B. M. Hallstrom K. Edlund M. Bluher F. Ponten M. Uhlen J. Nielsen J. Proteome Res. 2014 13 5106 5119
102. H. Nam M. Campodonico A. Bordbar D. R. Hyduke S. Kim D. C. Zielinski B. Ø. Palsson PLoS Comput. Biol. 2014 10 e1003837
103. L. Varemo C. Scheele C. Broholm A. Mardinoglu C. Kampf A. Asplund I. Nookaew M. Uhlen B. K. Pedersen J. Nielsen Cell Rep. 2015 11 921 933
104. F. Gatto N. Volpi H. Nilsson I. Nookaew M. Maruzzo A. Roma M. E. Johansson U. Stierner S. Lundstam U. Basso J. Nielsen Cell Rep. 2016 15 1822 1836
105. O. Folger L. Jerby C. Frezza E. Gottlieb E. Ruppin T. Shlomi Mol. Syst. Biol. 2011 7 501
106. M. Scheer A. Grote A. Chang I. Schomburg C. Munaretto M. Rother C. Sohngen M. Stelzer J. Thiele D. Schomburg Nucleic Acids Res. 2011 39 D670 D676
107. R. Agren A. Mardinoglu A. Asplund C. Kampf M. Uhlen J. Nielsen Mol. Syst. Biol. 2014 10 721
108. P. Ghaffari A. Mardinoglu A. Asplund S. Shoaie C. Kampf M. Uhlen J. Nielsen Sci. Rep. 2015 5 8183
109. P. Ghaffari A. Mardinoglu J. Nielsen Front. Physiol. 2015 6 382
110. L. Varemo I. Nookaew J. Nielsen Front. Physiol. 2013 4 92
111. A. Mardinoglu J. Nielsen Curr. Opin. Biotechnol. 2015 34 91 97
112. A. Mardinoglu F. Gatto J. Nielsen Biotechnol. J. 2013 8 985 996
113. A. Bachi T. Bonaldi J. Proteomics 2008 71 357 367
114. H. A. Ebhardt A. Root C. Sander R. Aebersold Proteomics 2015 15 3193 3208
115. A. G. N. Wetie I. Sokolowska A. G. Woods U. Roy K. Deinhardt C. C. Darie Cell. Mol. Life Sci. 2014 71 205 228
116. Y. Liu A. Beyer R. Aebersold Cell 2016 165 535 550
117. S. Fields O. Song Nature 1989 340 245 246
118. B. Stynen H. Tournu J. Tavernier P. Van Dijck Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2012 76 331 382
119. I. Stagljar C. Korostensky N. Johnsson S. te Heesen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 5187 5192
120. N. Johnsson A. Varshavsky Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 10340 10344
121. P. Ulrichts I. Lemmens D. Lavens R. Beyaert J. Tavernier Methods Mol. Biol. 2009 517 133 144
122. W. H. Dunham M. Mullin A. C. Gingras Proteomics 2012 12 1576 1590
123. S. Kumar D. Alibhai A. Margineanu R. Laine G. Kennedy J. McGinty S. Warren D. Kelly Y. Alexandrov I. Munro C. Talbot D. W. Stuckey C. Kimberly B. Viellerobe F. Lacombe E. W. Lam H. Taylor M. J. Dallman G. Stamp E. J. Murray F. Stuhmeier A. Sardini M. Katan D. S. Elson M. A. Neil C. Dunsby P. M. French ChemPhysChem 2011 12 609 626
124. K. Venkatesan J. F. Rual A. Vazquez U. Stelzl I. Lemmens T. Hirozane-Kishikawa T. Hao M. Zenkner X. Xin K. I. Goh M. A. Yildirim N. Simonis K. Heinzmann F. Gebreab J. M. Sahalie S. Cevik C. Simon A. S. de Smet E. Dann A. Smolyar A. Vinayagam H. Yu D. Szeto H. Borick A. Dricot N. Klitgord R. R. Murray C. Lin M. Lalowski J. Timm K. Rau C. Boone P. Braun M. E. Cusick F. P. Roth D. E. Hill J. Tavernier E. E. Wanker A. L. Barabasi M. Vidal Nat. Methods 2009 6 83 90
125. U. Stelzl U. Worm M. Lalowski C. Haenig F. H. Brembeck H. Goehler M. Stroedicke M. Zenkner A. Schoenherr S. Koeppen J. Timm S. Mintzlaff C. Abraham N. Bock S. Kietzmann A. Goedde E. Toksoz A. Droege S. Krobitsch B. Korn W. Birchmeier H. Lehrach E. E. Wanker Cell 2005 122 957 968
126. J. F. Rual K. Venkatesan T. Hao T. Hirozane-Kishikawa A. Dricot N. Li G. F. Berriz F. D. Gibbons M. Dreze N. Ayivi-Guedehoussou N. Klitgord C. Simon M. Boxem S. Milstein J. Rosenberg D. S. Goldberg L. V. Zhang S. L. Wong G. Franklin S. Li J. S. Albala J. Lim C. Fraughton E. Llamosas S. Cevik C. Bex P. Lamesch R. S. Sikorski J. Vandenhaute H. Y. Zoghbi A. Smolyar S. Bosak R. Sequerra L. Doucette-Stamm M. E. Cusick D. E. Hill F. P. Roth M. Vidal Nature 2005 437 1173 1178
127. R. M. Ewing P. Chu F. Elisma H. Li P. Taylor S. Climie L. McBroom-Cerajewski M. D. Robinson L. O'Connor M. Li R. Taylor M. Dharsee Y. Ho A. Heilbut L. Moore S. Zhang O. Ornatsky Y. V. Bukhman M. Ethier Y. Sheng J. Vasilescu M. Abu-Farha J. P. Lambert H. S. Duewel I. I. Stewart B. Kuehl K. Hogue K. Colwill K. Gladwish B. Muskat R. Kinach S. L. Adams M. F. Moran G. B. Morin T. Topaloglou D. Figeys Mol. Syst. Biol. 2007 3 89
128. H. Y. Chuang E. Lee Y. T. Liu D. Lee T. Ideker Mol. Syst. Biol. 2007 3 140
129. C. S. Greene A. Krishnan A. K. Wong E. Ricciotti R. A. Zelaya D. S. Himmelstein R. Zhang B. M. Hartmann E. Zaslavsky S. C. Sealfon D. I. Chasman G. A. FitzGerald K. Dolinski T. Grosser O. G. Troyanskaya Nat. Genet. 2015 47 569 576
130. O. A. Balbin J. R. Prensner A. Sahu A. Yocum S. Shankar R. Malik D. Fermin S. M. Dhanasekaran B. Chandler D. Thomas D. G. Beer X. Cao A. I. Nesvizhskii A. M. Chinnaiyan Nat. Commun. 2013 4 2617
131. R. Barshir O. Shwartz I. Y. Smoly E. Yeger-Lotem PLoS Comput. Biol. 2014 10 e1003632
132. M. H. Schaefer T. J. Lopes N. Mah J. E. Shoemaker Y. Matsuoka J. F. Fontaine C. Louis-Jeune A. J. Eisfeld G. Neumann C. Perez-Iratxeta Y. Kawaoka H. Kitano M. A. Andrade-Navarro PLoS Comput. Biol. 2013 9 e1002860
133. A. L. Tarca S. Draghici P. Khatri S. S. Hassan P. Mittal J. S. Kim C. J. Kim J. P. Kusanovic R. Romero Bioinformatics 2009 25 75 82
134. L. J. Jensen M. Kuhn M. Stark S. Chaffron C. Creevey J. Muller T. Doerks P. Julien A. Roth M. Simonovic P. Bork C. von Mering Nucleic Acids Res. 2009 37 D412 D416
135. H. Ge A. J. M. Walhout M. Vidal Trends Genet. 2003 19 551 560
136. J. Loscalzo A. L. Barabasi Wiley Interdiscip. Rev.: Syst. Biol. Med. 2011 3 619 627
137. K. I. Goh M. E. Cusick D. Valle B. Childs M. Vidal A. L. Barabasi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 8685 8690
138. S. H. Hu Z. Xie A. Onishi X. P. Yu L. Z. Jiang J. Lin H. S. Rho C. Woodard H. Wang J. S. Jeong S. Y. Long X. F. He H. Wade S. Blackshaw J. Qian H. Zhu Cell 2009 139 610 622
139. K. Yugi H. Kubota A. Hatano S. Kuroda Trends Biotechnol. 2016 34 276 290
140. C. Zhang Q. Hua Front. Physiol. 2016 6 413