Analysis of omics data with genome-scale models of metabolism

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 2, 2013, Pages 167-174

  Hyduke, Daniel R ^a   Lewis, Nathan E ^a,b   Palsson, Bernhard Ø ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA SAN DIEGO   (United States)

^b HARVARD MEDICAL SCHOOL   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANIMAL; BIOLOGICAL MODEL; GENETIC DATABASE; GENOMICS; HUMAN; METABOLISM; REVIEW;

ANIMALS; DATABASES, GENETIC; GENOMICS; HUMANS; METABOLISM; MODELS, BIOLOGICAL;

EID: 84872093417     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb25453k     Document Type: Review

References (62)

1. W. Zhang F. Li L. Nie Microbiology 2010 156 287 301
2. B. Palsson K. Zengler Nat. Chem. Biol. 2010 6 787 789
3. N. Christian P. May S. Kempa T. Handorf O. Ebenhoh Mol. Biosyst. 2009 5 1889 1903
4. L. Shi et al. Nat. Biotechnol. 2006 24 1151 1161
5. R. Clarke et al. Nat. Rev. Cancer 2008 8 37 49
6. R. Bonneau Nat. Chem. Biol. 2008 4 658 664
7. R. De Smet K. Marchal Nat. Rev. Microbiol. 2010 8 717 729
8. B. Palsson Nat. Biotechnol. 2004 22 1218 1219
9. J. L. Reed I. Famili I. Thiele B. O. Palsson Nat. Rev. Genet. 2006 7 130 141
10. D. R. Hyduke B. O. Palsson Nat. Rev. Genet. 2010 11 297 307
11. M. Kanehisa S. Goto Nucleic Acids Res. 2000 28 27 30
12. I. M. Keseler et al. Nucleic Acids Res. 2011 39 D583 D590
13. A. M. Feist B. O. Palsson Nat. Biotechnol. 2008 26 659 667
14. M. W. Covert E. M. Knight J. L. Reed M. J. Herrgard B. O. Palsson Nature 2004 429 92 96
15. N. C. Duarte et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 1777 1782
16. A. L. Barabasi N. Gulbahce J. Loscalzo Nat. Rev. Genet. 2011 12 56 68
17. P. Kharchenko G. M. Church D. Vitkup Mol. Syst. Biol. 2005 1 2005.0016
18. K. R. Patil J. Nielsen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 2685 2689
19. A. Kummel S. Panke M. Heinemann Mol. Syst. Biol. 2006 2 2006.0034
20. C. Gille et al. Mol. Syst. Biol. 2010 6 411
21. L. Jerby T. Shlomi E. Ruppin Mol. Syst. Biol. 2010 6 401
22. O. Folger et al. Mol. Syst. Biol. 2011 7 501
23. C. Frezza et al. Nature 2011 477 225 228
24. A. Bordbar N. E. Lewis J. Schellenberger B. O. Palsson N. Jamshidi Mol. Syst. Biol. 2010 6 422
25. N. E. Lewis et al. Nat. Biotechnol. 2010 28 1279 1285
26. C. Huthmacher A. Hoppe S. Bulik H. G. Holzhutter BMC Syst. Biol. 2010 4 120
27. J. A. Lerman et al. Nat. Commun. 2012 3 929
28. L. Lobel N. Sigal I. Borovok E. Ruppin A. A. Herskovits PLoS Genet. 2012 8 e1002887
29. J. L. Reed et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 17480 17484
30. M. A. Oberhardt B. O. Palsson J. A. Papin Mol. Syst. Biol. 2009 5 320
31. I. Thiele et al. BMC Syst. Biol. 2011 5 8
32. A. H. Tong et al. Science 2001 294 2364 2368
33. E. S. Snitkin et al. Genome Biol. 2008 9 R140
34. R. Kelley T. Ideker Nat. Biotechnol. 2005 23 561 566
35. B. Szappanos et al. Nat. Genet. 2011 43 656 662
36. A. G. Smart L. A. Amaral J. M. Ottino Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 13223 13228
37. S. J. Park R. P. Gunsalus J. Bacteriol. 1995 177 6255 6262
38. B. K. Cho et al. Nat. Biotechnol. 2009 27 1043 1049
39. J. Paulsson O. G. Berg M. Ehrenberg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 7148 7153
40. J. Stewart-Ornstein J. S. Weissman H. El-Samad Mol. Cell 2012 45 483 493
41. J. R. Karr et al. Cell 2012 150 389 401
42. M. Akesson J. Forster J. Nielsen Metab. Eng. 2004 6 285 293
43. S. A. Becker B. O. Palsson PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000082
44. T. Shlomi M. N. Cabili M. J. Herrgard B. O. Palsson E. Ruppin Nat. Biotechnol. 2008 26 1003 1010
45. C. Colijn et al. PLoS Comput. Biol. 2009 5 e1000489
46. P. A. Jensen J. A. Papin Bioinformatics 2011 27 541 547
47. S. Chandrasekaran N. D. Price Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 17845 17850
48. R. J. van Berlo et al. IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinf. 2011 8 206 216
49. R. L. Chang L. Xie L. Xie P. E. Bourne B. O. Palsson PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000938
50. A. Bordbar et al. BMC Syst. Biol. 2011 5 180
51. S. Y. Ahn et al. J. Biol. Chem. 2011 286 31522 31531
52. A. Bordbar et al. Mol. Syst. Biol. 2012 8 558
53. H. I. Boshoff et al. J. Biol. Chem. 2004 279 40174 40184
54. O. Sorokina et al. BMC Syst. Biol. 2011 5 36
55. I. P. Tomlinson et al. Nat. Genet. 2002 30 406 410
56. Y. Yang et al. Cancer Genet. Cytogenet. 2010 196 45 55
57. S. A. Kauffman, Reinventing the sacred: a new view of science, reason and religion, Basic Books, New York, 2008
58. F. Tang et al. Nat. Methods 2009 6 377 382
59. Y. Kang et al. Genome Res. 2011 21 925 935
60. J. D. Orth et al. Mol. Syst. Biol. 2011 7 535
61. B. Palsson FEBS Lett. 2009 583 3900 3904
62. J. M. Otero J. Nielsen Biotechnol. Bioeng. 2010 105 439 460