Uncovering the structures of modular polyketide synthases

Natural Product Reports

Volumn 32, Issue 3, 2015, Pages 436-453

  Weissman, Kira J ^a,b  

^a UNIVERSITÉ DE LORRAINE   (France)

^b Biopôle de l Université de Lorraine   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANIMALIA;

POLYKETIDE; POLYKETIDE SYNTHASE;

ANIMAL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; METABOLISM; PROCEDURES; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

ANIMALS; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; MOLECULAR STRUCTURE; POLYKETIDE SYNTHASES; POLYKETIDES;

EID: 84924454843     PISSN: 02650568     EISSN: 14604752     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4np00098f     Document Type: Review

References (100)

1. G. T. Carter Nat. Prod. Rep. 2011 28 1783 1789
2. C. Hertweck Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 4688 4716
3. J. Staunton K. J. Weissman Nat. Prod. Rep. 2001 18 380 416
4. J. Piel Nat. Prod. Rep. 2010 27 996 1047
5. J. Cortés S. F. Haydock G. A. Roberts D. J. Bevitt P. F. Leadlay Nature 1990 348 176 178
6. Y.-Q. Cheng G.-L. Tang B. Shen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 3149 3154
7. L. Gu T. W. Geders B. Wang W. H. Gerwick K. Håkansson J. L. Smith D. H. Sherman Science 2007 318 970 974
8. P. Pöplau S. Frank B. I. Morinaka J. Piel Angew. Chem., Int. Ed. 2013 52 13215 13218
9. T. Bretschneider J. B. Heim D. Heine R. Winkler B. Busch B. Kusebauch T. Stehle G. Zocher C. Hertweck Nature 2013 502 124 128
10. C. T. Calderone Nat. Prod. Rep. 2008 25 845 853
11. A. C. Jones E. A. Monroe E. B. Eisman L. Gerwick D. H. Sherman W. H. Gerwick Nat. Prod. Rep. 2010 27 1048 1065
12. H. Jenke-Kodama A. Sandmann R. Müller E. Dittmann Mol. Biol. Evol. 2005 22 2027 2039
13. T. Nguyen K. Ishida H. Jenke-Kodama E. Dittmann C. Gurgui T. Hochmuth S. Taudien M. Platzer C. Hertweck J. Piel Nat. Biotechnol. 2008 26 225 233
14. K. J. Weissman P. F. Leadlay Nat. Rev. Microbiol. 2005 3 925 936
15. S. Poust A. Hagen L. Katz J. D. Keasling Curr. Opin. Biotechnol. 2014 30 32 39
16. M. Till P. R. Race Biotechnol. Lett. 2014 36 877 888
17. W. Xu K. Qiao Y. Tang Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2013 48 98 122
18. S. Dutta J. R. Whicher D. A. Hansen W. A. Hale J. A. Chemler G. R. Congdon A. R. H. Narayan K. Håkansson D. H. Sherman J. L. Smith G. Skiniotis Nature 2014 510 512 517
19. J. R. Whicher S. Dutta D. A. Hansen W. A. Hale J. A. Chemler A. M. Dosey A. R. H. Narayan K. Håkansson D. H. Sherman J. L. Smith G. Skiniotis Nature 2014 510 560 564
20. A. L. Edwards T. Matsui T. M. Weiss C. Khosla J. Mol. Biol. 2014 426 2229 2245
21. J. Davison J. Dorival H. Rabeharindranto H. Mazon B. Chagot A. Gruez K. J. Weissman Chem. Sci. 2014 5 3081 3095
22. J. Staunton P. Caffrey J. F. Aparicio G. A. Roberts S. S. Bethell P. F. Leadlay Nat. Struct. Biol. 1996 3 188 192
23. T. Maier M. Leibundgut N. Ban Science 2008 321 1315 1322
24. J. Zheng D. C. Gay B. Demeler M. A. White A. T. Keatinge-Clay Nat. Chem. Biol. 2012 8 615 621
25. J. Zheng C. D. Fage B. Demeler D. W. Hoffman A. T. Keatinge-Clay ACS Chem. Biol. 2013 8 1263 1270
26. E. F. Garman Science 2014 343 1102 1108
27. X. Li P. Mooney S. Zheng C. R. Booth M. B. Braunfeld S. Gubbens D. A. Agard Y. Cheng Nat. Methods 2013 10 584 590
28. C. E. Blanchet D. I. Svergun Annu. Rev. Phys. Chem. 2013 64 37 54
29. J. L. S. Milne M. J. Borgnia A. Bartesaghi E. E. Tran L. A. Early D. M. Schauder J. Lengyel J. Pierson A. Patwardhan S. Subramaniam FEBS J. 2013 280 28 45
30. H. D. T. Mertens D. I. Svergun J. Struct. Biol. 2010 172 128 141
31. G. David J. Pérez J. Appl. Crystallogr. 2009 42 892 900
32. D. A. Jacques J. Trewhella Protein Sci. 2010 19 642 657
33. S. Smith S. C. Tsai Nat. Prod. Rep. 2007 24 1041 1072
34. T. Maier S. Jenni N. Ban Science 2006 311 1258 1262
35. E. J. Brignole S. Smith F. J. Asturias Nat. Struct. Mol. Biol. 2009 16 190 197
36. A. T. Keatinge-Clay Nat. Prod. Rep. 2012 29 1050 1073
37. A. T. Keatinge-Clay R. M. Stroud Structure 2006 14 737 748
38. Y. Tang C.-Y. Kim I. I. Mathews D. E. Cane C. Khosla Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 11124 11129
39. Y. Tang A. Y. Chen C.-Y. Kim D. E. Cane C. Khosla Chem. Biol. 2007 14 931 943
40. V. Y. Alekseyev C. W. Liu D. E. Cane J. D. Puglisi C. Khosla Protein Sci. 2007 16 2093 2107
41. B. Chakravarty Z. Gu S. S. Chirala S. J. Wakil F. Quiocho Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 15567 15572
42. S. C. Tsai L. J. Miercke J. Krucinski R. Gokhale J. C. Chen P. G. Foster D. E. Cane C. Khosla R. M. Stroud Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 14808 14813
43. A. Keatinge-Clay J. Mol. Biol. 2008 384 941 953
44. K. J. Weissman ChemBioChem 2008 9 2929 2931
45. F. T. Wong X. Jin I. I. Mathews D. E. Cane C. Khosla Biochemistry 2011 50 6539 6548
46. D. C. Gay G. Gay A. J. Axelrod M. Jenner C. Kohlhass A. Kampa N. J. Oldham J. Piel A. T. Keatinge-Clay Structure 2014 22 444 451
47. A. S. Haines X. Dong Z. Song R. Farmer C. Williams J. Hothersall E. Płoskoń P. Wattana-amorn E. R. Stephens E. Yamada R. Gurney Y. Takebayashi J. Masschelein R. J. Cox R. Lavigne C. L. Willis T. J. Simpson J. Crosby P. J. Winn C. M. Thomas M. P. Crump Nat. Chem. Biol. 2013 9 685 692
48. R. W. Broadhurst D. Nietlispach M. P. Wheatcroft P. F. Leadlay K. J. Weissman Chem. Biol. 2003 10 723 731
49. T. J. Buchholz T. W. Geders F. E. Bartley III K. A. Reynolds J. L. Smith D. H. Sherman ACS Chem. Biol. 2009 4 41 52
50. R. H. Lambalot A. M. Gehring R. S. Flugel P. Zuber M. LaCelle M. A. Marahiel R. Reid C. Khosla C. T. Walsh Chem. Biol. 1996 3 923 936
51. A. Y. Chen N. A. Schnarr C. Y. Kim D. E. Cane C. Khosla J. Am. Chem. Soc. 2006 128 3067 3074
52. L. K. Charkoudian C. W. Liu S. Capone S. Kapur D. E. Cane A. Togni D. Seebach C. Khosla Protein Sci. 2011 20 1244 1255
53. S. Kapur B. Lowry S. Yuzawa S. Kenthirapalan A. Y. Chen D. E. Cane C. Khosla Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 4110 4115
54. S. Kapur A. Y. Chen D. E. Cane C. Khosla Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 22066 22071
55. J. R. Whicher S. S. Smaga D. A. Hansen W. C. Brown W. H. Gerwick D. H. Sherman J. L. Smith Chem. Biol. 2013 20 1340 1351
56. C. Sánchez L. Du D. J. Edwards M. D. Toney B. Shen Chem. Biol. 2001 8 725 738
57. R. S. Gokhale D. Hunziker D. E. Cane C. Khosla Chem. Biol. 1999 6 117 125
58. I. M. Nooren J. M. Thornton J. Mol. Biol. 2003 325 991 1018
59. S. E. A. Ozbabacan H. B. Engin A. Gursoy O. Keskin Protein Eng., Des. Sel. 2011 24 635 648
60. W. Huang J. Jia P. Edwards K. Dehesh G. Schneider Y. Lindqvist EMBO J. 1998 17 1183 1191
61. J. A. Chemler T. J. Buchholz T. W. Geders D. L. Akey C. M. Rath G. E. Chlipala J. L. Smith D. H. Sherman J. Am. Chem. Soc. 2012 134 7359 7366
62. A. T. Keatinge-Clay D. A. Maltby K. F. Medzihradszky C. Khosla R. M. Stroud Nat. Struct. Mol. Biol. 2004 11 888 893
63. J. L. Ferrer J. M. Jez M. E. Bowman R. A. Dixon J. P. Noel Nat. Struct. Biol. 1999 6 775 784
64. I. Thomas C. J. Martin C. J. Wilkinson J. Staunton P. F. Leadlay Chem. Biol. 2002 9 781 787
65. D. A. Hansen C. M. Rath E. B. Eisman A. R. Narayan J. D. Kittendorf J. D. Mortison Y. J. Yoon D. H. Sherman J. Am. Chem. Soc. 2013 135 11232 11238
66. J. Grünewald M. A. Marahiel Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2006 70 121 146
67. J. Grünewald S. A. Sieber M. A. Marahiel Biochemistry 2004 43 2915 2925
68. S. A. Sieber J. Tao C. T. Walsh M. A. Marahiel Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 493 498
69. F. Kopp C. Mahlert J. Grünewald M. A. Marahiel J. Am. Chem. Soc. 2006 128 16478 16479
70. B. J. Dunn D. E. Cane C. Khosla Biochemistry 2013 52 1839 1841
71. H. Hong P. F. Leadlay J. Staunton FEBS J. 2009 276 7057 7069
72. S. A. Bonnett C. M. Rath A.-R. Shareef J. R. Joels J. A. Chemler K. Håkansson K. Reynolds D. H. Sherman Chem. Biol. 2011 18 1075 1081
73. P. Caffrey ChemBioChem 2003 4 654 657
74. A. T. Keatinge-Clay Chem. Biol. 2007 14 898 908
75. S. A. Bonnett J. R. Whicher K. Papireddy G. Florova J. L. Smith K. A. Reynoldds Chem. Biol. 2013 20 772 783
76. A. M. Hill and J. Staunton, in Comprehensive Natural Products II: Chemistry and Biology, Elsevier, 2010
77. K. J. Weissman R. Müller ChemBioChem 2008 9 826 848
78. C. Anselmi M. Grininger P. Gipson J. D. Faraldo-Gómez J. Am. Chem. Soc. 2010 132 12357 12364
79. L. Tran R. W. Broadhurst M. Tosin A. Cavalli K. J. Weissman Chem. Biol. 2010 17 705 716
80. R. Aggarwal P. Caffrey P. F. Leadlay C. Smith J. Staunton J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1995 1519 1520
81. J. Cortés K. E. Wiesmann G. A. Roberts M. J. Brown J. Staunton P. F. Leadlay Science 1995 268 1487 1489
82. C. M. Kao G. L. Luo L. Katz D. E. Cane C. Khosla J. Am. Chem. Soc. 1996 118 9184 9185
83. C. M. Kao G. Luo L. Katz D. E. Cane C. Khosla J. Am. Chem. Soc. 1995 117 9105 9106
84. N. Pulsawat S. Kitani T. Nihira Gene 2007 393 31 42
85. M. L. Heathcote J. Staunton P. F. Leadlay Chem. Biol. 2001 8 207 220
86. A. S. Rahman J. Hothersall J. Crosby T. J. Simpson C. M. Thomas J. Biol. Chem. 2005 280 6399 6408
87. M. Czjzek H.-P. Fierobe V. Receveur-Bréchot Methods Enzymol. 2012 510 183 210
88. U. Trujillo E. Vázquez-Rosa D. Oyola-Robles L. J. Stagg D. A. Vassallo I. E. Vega S. T. Arold A. Baerga-Ortiz PLoS One 2013 8 e57859
89. P. E. Wright H. J. Dyson Curr. Opin. Struct. Biol. 2009 19 31 38
90. L. Gu E. B. Eisman S. Dutta T. M. Franzmann S. Walter W. H. Gerwick G. Skiniotis D. H. Sherman Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 2795 2798
91. M. Thattai Y. Burak B. I. Shraiman PLoS Comput. Biol. 2007 3 1827 1835
92. D. Akey J. R. Razelun J. Tehranisa D. H. Sherman W. H. Gerwick J. L. Smith Structure 2010 18 94 105
93. G. Yang C. Cecconi W. A. Baase I. R. Vetter W. A. Breyer J. A. Haack B. W. Matthews F. W. Dahlquist C. Bustamante Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 139 144
94. C. D. Richter D. Nietlispach R. W. Broadhurst K. J. Weissman Nat. Chem. Biol. 2008 4 75 81
95. A. Tanovic S. A. Samel L.-O. Essen M. A. Marahiel Science 2008 321 659 663
96. J. He C. Hertweck ChemBioChem 2005 6 908 912
97. P. Meiser K. J. Weissman H. B. Bode D. Krug J. S. Dickschat A. Sandmann R. Müller Chem. Biol. 2008 15 771 781
98. C. Olano B. Wilkinson S. J. Moss A. F. Braña C. Méndez P. F. Leadlay J. A. Salas Chem. Commun. 2003 2780 2782
99. C. Nguyen R. W. Haushalter D. J. Lee P. R. Markwick J. Bruegger G. Caldara-Festin K. Finzel D. R. Jackson F. Ishikawa B. O'Dowd J. A. McCammon S. J. Opella S. C. Tsai M. D. Burkart Nature 2014 505 427 431
100. T. P. Stinear A. Mve-Obiang P. L. Small W. Frigui M. J. Pryor R. Brosch G. A. Jenkin P. D. Johnson J. K. Davies R. E. Lee S. Adusumilli T. Garnier S. F. Haydock P. F. Leadlay S. T. Cole Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 1345 1349