An update on recent methods applied for deciphering the diversity of the noncoding RNA genome structure and function

Methods

Volumn 63, Issue 1, 2013, Pages 3-17

  Spicuglia, Salvatore ^a,b   Maqbool, Muhammad Ahmad ^b,c,d,e   Puthier, Denis ^a,b   Andrau, Jean Christophe ^b,c,d,e  

^a Aix Marseille university   (France)

^b AIX MARSEILLE UNIVERSITY   (France)

^c CENTRE D IMMUNOLOGIE DE MARSEILLE LUMINY   (France)

^d CNRS UMR6102   (France)

^e INSERM   (France)

Author keywords

CLIP seq; GRO seq; Noncoding RNA; RNA PET; RNA seq; Transcriptome

Indexed keywords

COMPLEMENTARY DNA; LONG UNTRANSLATED RNA; SMALL UNTRANSLATED RNA; TRANSCRIPTOME;

ARTICLE; CELL FRACTIONATION; CHROMATIN STRUCTURE; DNA HYBRIDIZATION; DNA MICROARRAY; GENE EXPRESSION; GENETIC ASSOCIATION; GENETIC PROCEDURES; GENETIC VARIABILITY; HIGH THROUGHPUT SEQUENCING; HUMAN; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DNA INTERACTION; RNA ANALYSIS; RNA ISOLATION; RNA SEQUENCE; RNA STRUCTURE; RNA TRANSCRIPTION; STEADY STATE; UNSTABLE DNA SEQUENCE;

CLIP-SEQ; GRO-SEQ; NONCODING RNA; RNA-PET; RNA-SEQ; TRANSCRIPTOME;

ANIMALS; BASE SEQUENCE; GENE EXPRESSION PROFILING; GENETIC VARIATION; GENOME; HIGH-THROUGHPUT NUCLEOTIDE SEQUENCING; RNA, LONG NONCODING; RNA, UNTRANSLATED; SEQUENCE ANALYSIS, RNA; TRANSCRIPTOME;

EID: 84883542262     PISSN: 10462023     EISSN: 10959130     Source Type: Journal    
DOI: 10.1016/j.ymeth.2013.04.003     Document Type: Article

References (135)

1. Kim V.N., Han J., Siomi M.C. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2009, 10:126-139.
2. Koch F., Jourquin F., Ferrier P., Andrau J.C. Trends Biochem. Sci. 2008, 33:265-273.
3. Tisseur M., Kwapisz M., Morillon A. Biochimie 2011, 93:1889-1896.
4. Birney E., Stamatoyannopoulos J.A., Dutta A., Guigo R., Gingeras T.R., Margulies E.H., Weng Z., Snyder M., Dermitzakis E.T., Thurman R.E., Kuehn M.S., Taylor C.M., et al. Nature 2007, 447:799-816.
5. Djebali S., Davis C.A., Merkel A., Dobin A., Lassmann T., Mortazavi A., Tanzer A., Lagarde J., Lin W., Schlesinger F., Xue C., Marinov G.K., et al. Nature 2012, 489:101-108.
6. Clark M.B., Amaral P.P., Schlesinger F.J., Dinger M.E., Taft R.J., Rinn J.L., Ponting C.P., Stadler P.F., Morris K.V., Morillon A., Rozowsky J.S., Gerstein M.B., et al. PLoS Biol. 2011, 9:e1000625. (discussion e1001102).
7. Van Bakel H., Nislow C., Blencowe B.J., Hughes T.R. PLoS Biol. 2010, 8:e1000371.
8. Guttman M., Rinn J.L. Nature 2012, 482:339-346.
9. Derrien T., Johnson R., Bussotti G., Tanzer A., Djebali S., Tilgner H., Guernec G., Martin D., Merkel A., Knowles D.G., Lagarde J., Veeravalli L., et al. Genome Res. 2012, 22:1775-1789.
10. Magistri M., Faghihi M.A., St Laurent G., Wahlestedt C. Trends Genet. 2012, 28:389-396.
11. Guil S., Esteller M. Nat. Struct. Mol. Biol. 2012, 19:1068-1075.
12. Hu W., Alvarez-Dominguez J.R., Lodish H.F. EMBO Rep. 2012, 13:971-983.
13. Esteller M. Nat. Rev. Genet. 2011, 12:861-874.
14. Cabili M.N., Trapnell C., Goff L., Koziol M., Tazon-Vega B., Regev A., Rinn J.L. Genes Dev. 2011, 25:1915-1927.
15. Katayama S., Tomaru Y., Kasukawa T., Waki K., Nakanishi M., Nakamura M., Nishida H., Yap C.C., Suzuki M., Kawai J., Suzuki H., Carninci P., et al. Science 2005, 309:1564-1566.
16. Ponting C.P., Oliver P.L., Reik W. Cell 2009, 136:629-641.
17. Zhou V.W., Goren A., Bernstein B.E. Nat. Rev. Genet. 2011, 12:7-18.
18. Guttman M., Amit I., Garber M., French C., Lin M.F., Feldser D., Huarte M., Zuk O., Carey B.W., Cassady J.P., Cabili M.N., Jaenisch R., et al. Nature 2009, 458:223-227.
19. Khalil A.M., Guttman M., Huarte M., Garber M., Raj A., Rivea Morales D., Thomas K., Presser A., Bernstein B.E., Van Oudenaarden A., Regev A., Lander E.S., et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2009, 106:11667-11672.
20. Guttman M., Garber M., Levin J.Z., Donaghey J., Robinson J., Adiconis X., Fan L., Koziol M.J., Gnirke A., Nusbaum C., Rinn J.L., Lander E.S., et al. Nat. Biotechnol. 2010, 28:503-510.
21. Spicuglia S., Vanhille L. Nucleus 2012, 3:126-131.
22. Mortazavi A., Williams B.A., McCue K., Schaeffer L., Wold B. Nat. Methods 2008, 5:621-628.
23. Pepke S., Wold B., Mortazavi A. Nat. Methods 2009, 6:S22-S32.
24. Wang Z., Gerstein M., Snyder M. Nat. Rev. Genet. 2009, 10:57-63.
25. Hansen K.D., Brenner S.E., Dudoit S. Nucleic Acids Res. 2010, 38:e131.
26. Levin J.Z., Yassour M., Adiconis X., Nusbaum C., Thompson D.A., Friedman N., Gnirke A., Regev A. Nat. Methods 2010, 7:709-715.
27. Li H., Homer N. Brief. Bioinform. 2010, 11:473-483.
28. Trapnell C., Pachter L., Salzberg S.L. Bioinformatics 2009, 25:1105-1111.
29. Wang K., Singh D., Zeng Z., Coleman S.J., Huang Y., Savich G.L., He X., Mieczkowski P., Grimm S.A., Perou C.M., MacLeod J.N., Chiang D.Y., et al. Nucleic Acids Res. 2010, 38:e178.
30. Wu T.D., Nacu S. Bioinformatics 2010, 26:873-881.
31. Au K.F., Jiang H., Lin L., Xing Y., Wong W.H. Nucleic Acids Res. 2010, 38:4570-4578.
32. Huang S., Zhang J., Li R., Zhang W., He Z., Lam T.W., Peng Z., Yiu S.M. Front. Genet. 2011, 2:46.
33. Grant G.R., Farkas M.H., Pizarro A.D., Lahens N.F., Schug J., Brunk B.P., Stoeckert C.J., Hogenesch J.B., Pierce E.A. Bioinformatics 2011, 27:2518-2528.
34. Trapnell C., Roberts A., Goff L., Pertea G., Kim D., Kelley D.R., Pimentel H., Salzberg S.L., Rinn J.L., Pachter L. Nat. Protoc. 2012, 7:562-578.
35. Li H., Handsaker B., Wysoker A., Fennell T., Ruan J., Homer N., Marth G., Abecasis G., Durbin R. Bioinformatics 2009, 25:2078-2079.
36. Dobin A., Davis C.A., Schlesinger F., Drenkow J., Zaleski C., Jha S., Batut P., Chaisson M., Gingeras T.R. Bioinformatics 2013, 29:15-21.
37. Shendure J., Church G.M. Genome Biol. 2002, 3. (RESEARCH0044).
38. Thiagarajan R.D., Cloonan N., Gardiner B.B., Mercer T.R., Kolle G., Nourbakhsh E., Wani S., Tang D., Krishnan K., Georgas K.M., Rumballe B.A., Chiu H.S., et al. BMC Genomics 2011, 12:441.
39. Ulitsky I., Shkumatava A., Jan C.H., Subtelny A.O., Koppstein D., Bell G.W., Sive H., Bartel D.P. Genome Res. 2012, 22:2054-2066.
40. Harrow J., Frankish A., Gonzalez J.M., Tapanari E., Diekhans M., Kokocinski F., Aken B.L., Barrell D., Zadissa A., Searle S., Barnes I., Bignell A., et al. Genome Res. 2012, 22:1760-1774.
41. Carninci P., Sandelin A., Lenhard B., Katayama S., Shimokawa K., Ponjavic J., Semple C.A., Taylor M.S., Engstrom P.G., Frith M.C., Forrest A.R., Alkema W.B., et al. Nat. Genet. 2006, 38:626-635.
42. Kodzius R., Kojima M., Nishiyori H., Nakamura M., Fukuda S., Tagami M., Sasaki D., Imamura K., Kai C., Harbers M., Hayashizaki Y., Carninci P. Nat. Methods 2006, 3:211-222.
43. Takahashi H., Kato S., Murata M., Carninci P. Methods Mol. Biol. 2012, 786:181-200.
44. Matsumura H., Urasaki N., Yoshida K., Kruger D.H., Kahl G., Terauchi R. Methods Mol. Biol. 2012, 883:1-17.
45. Derti A., Garrett-Engele P., Macisaac K.D., Stevens R.C., Sriram S., Chen R., Rohl C.A., Johnson J.M., Babak T. Genome Res. 2012, 22:1173-1183.
46. Jan C.H., Friedman R.C., Ruby J.G., Bartel D.P. Nature 2011, 469:97-101.
47. Ruan X., Ruan Y. Methods Mol. Biol. 2012, 809:535-562.
48. Fullwood M.J., Wei C.L., Liu E.T., Ruan Y. Genome Res. 2009, 19:521-532.
49. Mercer T.R., Gerhardt D.J., Dinger M.E., Crawford J., Trapnell C., Jeddeloh J.A., Mattick J.S., Rinn J.L. Nat. Biotechnol. 2012, 30:99-104.
50. Howald C., Tanzer A., Chrast J., Kokocinski F., Derrien T., Walters N., Gonzalez J.M., Frankish A., Aken B.L., Hourlier T., Vogel J.H., White S., et al. Genome Res. 2012, 22:1698-1710.
51. Dinger M.E., Pang K.C., Mercer T.R., Mattick J.S. PLoS Comput. Biol. 2008, 4:e1000176.
52. Hashimoto Y., Kondo T., Kageyama Y. Dev. Growth Differ. 2008, 50(Suppl. 1):S269-S276.
53. Lin M.F., Jungreis I., Kellis M. Bioinformatics 2011, 27:i275-i282.
54. Kong L., Zhang Y., Ye Z.Q., Liu X.Q., Zhao S.Q., Wei L., Gao G. Nucleic Acids Res. 2007, 35:W345-W349.
55. Wang L., Park H.J., Dasari S., Wang S., Kocher J.P., Li W. Nucleic Acids Res. 2013, 41:e74.
56. Ingolia N.T., Lareau L.F., Weissman J.S. Cell 2011, 147:789-802.
57. Banfai B., Jia H., Khatun J., Wood E., Risk B., Gundling W.E., Kundaje A., Gunawardena H.P., Yu Y., Xie L., Krajewski K., Strahl B.D., et al. Genome Res. 2012, 22:1646-1657.
58. Bhatt D.M., Pandya-Jones A., Tong A.J., Barozzi I., Lissner M.M., Natoli G., Black D.L., Smale S.T. Cell 2012, 150:279-290.
59. Tilgner H., Knowles D.G., Johnson R., Davis C.A., Chakrabortty S., Djebali S., Curado J., Snyder M., Gingeras T.R., Guigo R. Genome Res. 2012, 22:1616-1625.
60. Nam J.W., Bartel D. Genome Res. 2012, 22:2529-2540.
61. Brosnan C.A., Voinnet O. Curr. Opin. Cell Biol. 2009, 21:416-425.
62. Natoli G., Andrau J.C. Annu. Rev. Genet. 2012, 46:1-19.
63. Pritchard C.C., Cheng H.H., Tewari M. Nat. Rev. Genet. 2012, 13:358-369.
64. Seila A.C., Core L.J., Lis J.T., Sharp P.A. Cell Cycle 2009, 8:2557-2564.
65. De Santa F., Barozzi I., Mietton F., Ghisletti S., Polletti S., Tusi B.K., Muller H., Ragoussis J., Wei C.L., Natoli G. PLoS Biol. 2010, 8:e1000384.
66. Kim T.K., Hemberg M., Gray J.M., Costa A.M., Bear D.M., Wu J., Harmin D.A., Laptewicz M., Barbara-Haley K., Kuersten S., Markenscoff-Papadimitriou E., Kuhl D., et al. Nature 2010, 465:182-187.
67. Koch F., Fenouil R., Gut M., Cauchy P., Albert T.K., Zacarias-Cabeza J., Spicuglia S., de la Chapelle A.L., Heidemann M., Hintermair C., Eick D., Gut I., et al. Nat. Struct. Mol. Biol. 2011, 18:956-963.
68. Wang D., Garcia-Bassets I., Benner C., Li W., Su X., Zhou Y., Qiu J., Liu W., Kaikkonen M.U., Ohgi K.A., Glass C.K., Rosenfeld M.G., et al. Nature 2011, 474:390-394.
69. Melo C.A., Drost J., Wijchers P.J., Van de Werken H., de Wit E., Oude Vrielink J.A., Elkon R., Melo S.A., Leveille N., Kalluri R., de Laat W., Agami R. Mol. Cell 2013, 49:524-535.
70. Pekowska A., Benoukraf T., Zacarias-Cabeza J., Belhocine M., Koch F., Holota H., Imbert J., Andrau J.C., Ferrier P., Spicuglia S. EMBO J. 2011, 30:4198-4210.
71. Seila A.C., Calabrese J.M., Levine S.S., Yeo G.W., Rahl P.B., Flynn R.A., Young R.A., Sharp P.A. Science 2008, 322:1849-1851.
72. Core L.J., Waterfall J.J., Lis J.T. Science 2008, 322:1845-1848.
73. Fenouil R., Cauchy P., Koch F., Descostes N., Cabeza J.Z., Innocenti C., Ferrier P., Spicuglia S., Gut M., Gut I., Andrau J.C. Genome Res. 2012, 22:2399-2408.
74. Taft R.J., Simons C., Nahkuri S., Oey H., Korbie D.J., Mercer T.R., Holst J., Ritchie W., Wong J.J., Rasko J.E., Rokhsar D.S., Degnan B.M., et al. Nat. Struct. Mol. Biol. 2010, 17:1030-1034.
75. Valen E., Preker P., Andersen P.R., Zhao X., Chen Y., Ender C., Dueck A., Meister G., Sandelin A., Jensen T.H. Nat. Struct. Mol. Biol. 2011, 18:1075-1082.
76. Fiedler U., Timmers H.T. Nucleic Acids Res. 2001, 29:2706-2714.
77. Pal M., Ponticelli A.S., Luse D.S. Mol. Cell 2005, 19:101-110.
78. Kwak H., Fuda N.J., Core L.J., Lis J.T. Science 2013, 339:950-953.
79. Wyers F., Rougemaille M., Badis G., Rousselle J.C., Dufour M.E., Boulay J., Regnault B., Devaux F., Namane A., Seraphin B., Libri D., Jacquier A. Cell 2005, 121:725-737.
80. Chopra V.S., Hendrix D.A., Core L.J., Tsui C., Lis J.T., Levine M. Mol. Cell 2011, 42:837-844.
81. Core L.J., Waterfall J.J., Gilchrist D.A., Fargo D.C., Kwak H., Adelman K., Lis J.T. Cell Rep. 2012, 2:1025-1035.
82. Hah N., Danko C.G., Core L., Waterfall J.J., Siepel A., Lis J.T., Kraus W.L. Cell 2011, 145:622-634.
83. Schwanhausser B., Busse D., Li N., Dittmar G., Schuchhardt J., Wolf J., Chen W., Selbach M. Nature 2011, 473:337-342.
84. Rabani M., Levin J.Z., Fan L., Adiconis X., Raychowdhury R., Garber M., Gnirke A., Nusbaum C., Hacohen N., Friedman N., Amit I., Regev A. Nat. Biotechnol. 2011, 29:436-442.
85. Windhager L., Bonfert T., Burger K., Ruzsics Z., Krebs S., Kaufmann S., Malterer G., L'Hernault A., Schilhabel M., Schreiber S., Rosenstiel P., Zimmer R., et al. Genome Res. 2012, 22:2031-2042.
86. Clark M.B., Johnston R.L., Inostroza-Ponta M., Fox A.H., Fortini E., Moscato P., Dinger M.E., Mattick J.S. Genome Res. 2012, 22:885-898.
87. Wei W., Pelechano V., Jarvelin A.I., Steinmetz L.M. Trends Genet. 2011, 27:267-276.
88. Gudipati R.K., Xu Z., Lebreton A., Seraphin B., Steinmetz L.M., Jacquier A., Libri D. Mol. Cell 2012, 48:409-421.
89. Chekanova J.A., Gregory B.D., Reverdatto S.V., Chen H., Kumar R., Hooker T., Yazaki J., Li P., Skiba N., Peng Q., Alonso J., Brukhin V., et al. Cell 2007, 131:1340-1353.
90. Preker P., Nielsen J., Kammler S., Lykke-Andersen S., Christensen M.S., Mapendano C.K., Schierup M.H., Jensen T.H. Science 2008, 322:1851-1854.
91. Preker P., Almvig K., Christensen M.S., Valen E., Mapendano C.K., Sandelin A., Jensen T.H. Nucleic Acids Res. 2011, 39:7179-7193.
92. Van Bakel H., Hughes T.R. Brief. Funct. Genomic Proteomic 2009, 8:424-436.
93. Schneider C., Kudla G., Wlotzka W., Tuck A., Tollervey D. Mol. Cell 2012, 48:422-433.
94. Kurihara Y., Matsui A., Hanada K., Kawashima M., Ishida J., Morosawa T., Tanaka M., Kaminuma E., Mochizuki Y., Matsushima A., Toyoda T., Shinozaki K., et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2009, 106:2453-2458.
95. Tani H., Torimura M., Akimitsu N. PLoS One 2013, 8:e55684.
96. Marquardt S., Hazelbaker D.Z., Buratowski S. Transcription 2011, 2:145-154.
97. Maquat L.E., Tarn W.Y., Isken O. Cell 2010, 142:368-374.
98. Galipon J., Miki A., Oda A., Inada T., Ohta K. Genes Cells 2013, http://dx.doi.org/10.1111/gtc.12042 [Epub ahead of print].
99. Milek M., Wyler E., Landthaler M. Semin. Cell Dev. Biol. 2012, 23:206-212.
100. Licatalosi D.D., Mele A., Fak J.J., Ule J., Kayikci M., Chi S.W., Clark T.A., Schweitzer A.C., Blume J.E., Wang X., Darnell J.C., Darnell R.B. Nature 2008, 456:464-469.
101. Ule J., Jensen K.B., Ruggiu M., Mele A., Ule A., Darnell R.B. Science 2003, 302:1212-1215.
102. Ameyar-Zazoua M., Rachez C., Souidi M., Robin P., Fritsch L., Young R., Morozova N., Fenouil R., Descostes N., Andrau J.C., Mathieu J., Hamiche A., et al. Nat. Struct. Mol. Biol. 2012, 19:998-1004.
103. Leung A.K., Young A.G., Bhutkar A., Zheng G.X., Bosson A.D., Nielsen C.B., Sharp P.A. Nat. Struct. Mol. Biol. 2011, 18:237-244.
104. Zhao J., Ohsumi T.K., Kung J.T., Ogawa Y., Grau D.J., Sarma K., Song J.J., Kingston R.E., Borowsky M., Lee J.T. Mol. Cell 2010, 40:939-953.
105. Guil S., Soler M., Portela A., Carrere J., Fonalleras E., Gomez A., Villanueva A., Esteller M. Nat. Struct. Mol. Biol. 2012, 19:664-670.
106. Hafner M., Landthaler M., Burger L., Khorshid M., Hausser J., Berninger P., Rothballer A., Ascano M., Jungkamp A.C., Munschauer M., Ulrich A., Wardle G.S., et al. Cell 2010, 141:129-141.
107. Hafner M., Lianoglou S., Tuschl T., Betel D. Methods 2012, 58:94-105.
108. Sievers C., Schlumpf T., Sawarkar R., Comoglio F., Paro R. Nucleic Acids Res. 2012, 40:e160.
109. Churchman L.S., Weissman J.S. Nature 2011, 469:368-373.
110. Churchman L.S., Weissman J.S. Curr. Protoc. Mol. Biol. 2012, 14:11-17. (Chapter 4, Unit 4).
111. Chan C.S., Rastelli L., Pirrotta V. EMBO J. 1994, 13:2553-2564.
112. Chu C., Qu K., Zhong F.L., Artandi S.E., Chang H.Y. Mol. Cell 2011, 44:667-678.
113. Simon M.D., Wang C.I., Kharchenko P.V., West J.A., Chapman B.A., Alekseyenko A.A., Borowsky M.L., Kuroda M.I., Kingston R.E. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2011, 108:20497-20502.
114. Kretz M., Siprashvili Z., Chu C., Webster D.E., Zehnder A., Qu K., Lee C.S., Flockhart R.J., Groff A.F., Chow J., Johnston D., Kim G.E., et al. Nature 2012, 493:231-235.
115. Underwood J.G., Uzilov A.V., Katzman S., Onodera C.S., Mainzer J.E., Mathews D.H., Lowe T.M., Salama S.R., Haussler D. Nat. Methods 2010, 7:995-1001.
116. Wan Y., Qu K., Ouyang Z., Kertesz M., Li J., Tibshirani R., Makino D.L., Nutter R.C., Segal E., Chang H.Y. Mol. Cell 2012, 48:169-181.
117. Kertesz M., Wan Y., Mazor E., Rinn J.L., Nutter R.C., Chang H.Y., Segal E. Nature 2010, 467:103-107.
118. Kelley D.R., Rinn J.L. Genome Biol. 2012, 13:R107.
119. Carrieri C., Cimatti L., Biagioli M., Beugnet A., Zucchelli S., Fedele S., Pesce E., Ferrer I., Collavin L., Santoro C., Forrest A.R., Carninci P., et al. Nature 2012, 491:454-457.
120. Mercer T.R., Dinger M.E., Sunkin S.M., Mehler M.F., Mattick J.S. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105:716-721.
121. Gupta R.A., Shah N., Wang K.C., Kim J., Horlings H.M., Wong D.J., Tsai M.C., Hung T., Argani P., Rinn J.L., Wang Y., Brzoska P., et al. Nature 2010, 464:1071-1076.
122. Hung T., Wang Y., Lin M.F., Koegel A.K., Kotake Y., Grant G.D., Horlings H.M., Shah N., Umbricht C., Wang P., Kong B., Langerod A., et al. Nat. Genet. 2011, 43:621-629.
123. Huarte M., Guttman M., Feldser D., Garber M., Koziol M.J., Kenzelmann-Broz D., Khalil A.M., Zuk O., Amit I., Rabani M., Attardi L.D., Regev A., et al. Cell 2010, 142:409-419.
124. Guttman M., Donaghey J., Carey B.W., Garber M., Grenier J.K., Munson G., Young G., Lucas A.B., Ach R., Bruhn L., Yang X., Amit I., et al. Nature 2011, 477:295-300.
125. Sun L., Goff L.A., Trapnell C., Alexander R., Lo K.A., Hacisuleyman E., Sauvageau M., Tazon-Vega B., Kelley D.R., Hendrickson D.G., Yuan B., Kellis M., et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2013, 110:3387-3392.
126. Hansen T.B., Jensen T.I., Clausen B.H., Bramsen J.B., Finsen B., Damgaard C.K., Kjems J. Nature 2013, 495:384-388.
127. Memczak S., Jens M., Elefsinioti A., Torti F., Krueger J., Rybak A., Maier L., Mackowiak S.D., Gregersen L.H., Munschauer M., Loewer A., Ziebold U., et al. Nature 2013, 495:333-338.
128. Salzman J., Gawad C., Wang P.L., Lacayo N., Brown P.O. PLoS One 2012, 7:e30733.
129. Au K.F., Underwood J.G., Lee L., Wong W.H. PLoS One 2012, 7:e46679.
130. Mason C.E., Elemento O. Genome Biol. 2012, 13:314.
131. Zhang Y., Li J., Kong L., Gao G., Liu Q.R., Wei L. Nucleic Acids Res. 2007, 35:D156-D161.
132. Amaral P.P., Clark M.B., Gascoigne D.K., Dinger M.E., Mattick J.S. Nucleic Acids Res. 2011, 39:D146-D151.
133. Kin T., Yamada K., Terai G., Okida H., Yoshinari Y., Ono Y., Kojima A., Kimura Y., Komori T., Asai K. Nucleic Acids Res. 2007, 35:D145-D148.
134. Volders P.J., Helsens K., Wang X., Menten B., Martens L., Gevaert K., Vandesompele J., Mestdagh P. Nucleic Acids Res. 2012, 41:D246-D251.
135. Bu D., Yu K., Sun S., Xie C., Skogerbo G., Miao R., Xiao H., Liao Q., Luo H., Zhao G., Zhao H., Liu Z., et al. Nucleic Acids Res. 2012, 40:D210-D215.