Protein folding, misfolding, and disease

Metal Ions in Life Sciences

Volumn 1, Issue , 2006, Pages 9-60

  Lee, Jennifer C ^a   Kim, Judy E ^a   Pletneva, Ekaterina V ^a   Faraone Mennella, Jasmin ^a   Gray, Harry B ^a   Winkler, Jay R ^a  

^a CALIFORNIA INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

Cytochrome c folding landscapes; Denatured state; Electron transfer kinetics; FET and ET kinetics of amyloidogenic peptides; Partially folded polypeptide structures; Photochemical electron transfer triggers; Protein folding dynamics; Protein folding, misfolding and disease

Indexed keywords

EID: 84882787862     PISSN: None     EISSN: None     Source Type: Book    
DOI: 10.1002/0470028114.ch2     Document Type: Chapter

References (260)

1. K. A. Dill and H. S. Chan, Nature Struct. Biol., 4, 10-19 (1997).
2. C. M. Dobson, Phil. Trans. R. Soc. B, 356, 133-145 (2001).
3. J. Frydman, Annu. Rev. Biochem., 70, 613-647 (2001).
4. F. Chiti, P. Webster, N. Taddei, A. Clark, M. Stefani, G. Ramponi, C. M. Dobson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96, 3590-3594 (1999).
5. J. D. Bryngelson, J. N. Onuchic, P. G. Wolynes, Proteins: Struct. Func. Gen., 21, 167-195 (1995).
6. L. Nielsen, R. Khurana, A. Coats, S. Frokjaer, J. Brange, S. Vyas, V. N. Uversky, A. L. Fink, Biochemistry, 40, 6036-6046 (2001).
7. M. D. Kirkitadze, M. M. Condron, D. B. Teplow, J. Mol. Biol., 312, 1103-1119 (2001).
8. S. W. Englander, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 29, 213-238 (2000).
9. L. X.-Q. Chen, J. W. Petrich, G. R. Fleming, A. Perico, Chem. Phys. Lett., 139, 55-61 (1987).
10. R. Gilmanshin, S. Williams, R. H. Callender, W. H. Woodruff, R. B. Dyer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 94, 3709-3713 (1997).
11. R. H. Callender, R. B. Dyer, R. Gilmanshin, W. H. Woodruff, Annu. Rev. Phys. Chem., 49, 173-202 (1998).
12. C. M. Phillips, Y. Mizutani, R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 92, 7292-7296 (1995).
13. K. Kuwajima, H. Yamaya, S. Miwa, S. Sugai, T. Nagamura, FEBS Lett., 221, 115-118 (1987).
14. B. E. Jones, J. M. Beechem, C. R. Matthews, Biochemistry, 34, 1867-1877 (1995).
15. B. Nölting, R. Golbik, A. R. Fersht, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 94, 826-830 (1997).
16. R. Golbik, G. Fischer, A. R. Fersht, Protein Sci., 8, 1505-1514 (1999).
17. F. X. Schmid, L. M. Mayr, M. Mücke, E. R. Schönbrunner, Adv. Protein Chem., 44, 25-66 (1993).
18. A. M. Gutin, V. I. Abkevich, E. I. Shaknovich, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 92, 1282-1286 (1995).
19. O. B. Ptitsyn, Adv. Protein Chem., 47, 83-229 (1995).
20. O. B. Ptitsyn, Curr. Opin. Struct. Biol., 5, 74-78 (1995).
21. O. B. Ptitsyn, R. H. Pain, G. V. Semisotnov, E. Zerovnik, O. I. Razgulyaev, FEBS Lett., 262, 20-24 (1990).
22. C. M. Jones, E. R. Henry, Y. Hu, C.-K. Chan, S. D. Luck, A. Bhuyan, H. Roder, J. Hofrichter, W. A. Eaton, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90, 11860-11864 (1993).
23. W. A. Eaton, P. A. Thompson, C. K. Chan, S. J. Hagen, J. Hofrichter, Structure, 4, 1133-1139 (1996).
24. H. Roder and M. C. R. Shastry, Curr. Opin. Struct. Biol., 9, 620-626 (1999).
25. H. Roder, K. Maki, H. Cheng, M. C. R. Shastry, Methods, 34, 15-27 (2004).
26. J. N. Onuchic, P. G. Wolynes, Z. Luthey-Schulten, N. D. Socci, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 92, 3626-3630 (1995).
27. M. Karplus and D. L. Weaver, Protein Sci., 3, 650-668 (1994).
28. R. Zwanzig, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 92, 9801-9804 (1995).
29. J. N. Onuchic, H. Nymeyer, A. E. Garcia, J. Chahine, N. D. Socci, Adv. Protein Chem., 53, 87-152 (2000).
30. G. Elöve, A. K. Bhuyan, H. Roder, Biochemistry, 33, 6925-6935 (1994).
31. T. R. Sosnick, L. Mayne, R. Hiller, S. W. Englander, Nature Struct. Biol., 1, 149-156 (1994).
32. R. L. Baldwin, BioEssays, 16, 207-210 (1994).
33. A. R. Fersht, Curr. Opin. Struct. Biol., 5, 79-84 (1995).
34. S. W. Englander and L. Mayne, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 21, 243-265 (1992).
35. T. Pascher, J. P. Chesick, J. R. Winkler, H. B. Gray, Science, 271, 1558-1560 (1996).
36. G. A. Mines, T. Pascher, S. C. Lee, J. R. Winkler, H. B. Gray, Chem. Biol., 3, 491-497 (1996).
37. P. Wittung-Stafshede, H. B. Gray, J. R. Winkler, J. Am. Chem. Soc., 119, 9562-9563 (1997).
38. P. Wittung-Stafshede, B. G. Malmström, J. R. Winkler, H. B. Gray, J. Phys. Chem. A, 102, 5599-5601 (1998).
39. J. R. Telford, P. Wittung-Stafshede, H. B. Gray, J. R. Winkler, Acc. Chem. Res., 31, 755-763 (1998).
40. J. R. Telford, F. A. Tezcan, H. B. Gray, J. R. Winkler, Biochemistry, 38, 1944-1949 (1999).
41. P. Wittung-Stafshede, J. C. Lee, J. R. Winkler, H. B. Gray, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96, 6587-6590 (1999).
42. J. C. Lee, H. B. Gray, J. R. Winkler, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 98, 7760-7764 (2001).
43. J. C. Lee, I.-J. Chang, H. B. Gray, J. R. Winkler, J. Mol. Biol., 320, 159-164 (2002).
44. I.-J. Chang, J. C. Lee, J. R. Winkler, H. B. Gray, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, (2003).
45. J. E. Kim, M. A. Pribisko, H. B. Gray, J. R. Winkler, Inorg. Chem., 43, 7953-7960 (2004).
46. J. Faraone-Mennella, H. B. Gray, J. R. Winkler, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 102, 6315-6319 (2005).
47. J. G. Lyubovitsky, H. B. Gray, J. R. Winkler, J. Am. Chem. Soc., 124, 14840-14841 (2002).
48. J. G. Lyubovitsky, H. B. Gray, J. R. Winkler, J. Am. Chem. Soc., 124, 5481-5485 (2002).
49. J. G. Lyubovitsky, H. B. Gray, J. R. Winkler, Isr. J. Chem., 263-269 (2004).
50. E. V. Pletneva, H. B. Gray, J. R. Winkler, J. Mol. Biol., 345, 855-867 (2005).
51. J. C. Lee, K. C. Engman, F. A. Tezcan, H. B. Gray, J. R. Winkler, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99, 14778-14782 (2002).
52. F. A. Tezcan, W. M. Findley, B. R. Crane, S. A. Ross, J. G. Lyubovitsky, H. B. Gray, J. R. Winkler, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99, 8626-8630 (2002).
53. A. K. Churg and A. Warshel, Biochemistry, 25, 1675-1681 (1986).
54. J. Bixler, G. Bakker, G. McLendon, J. Am. Chem. Soc., 114, 6938-6939 (1992).
55. Y. Orii, Biochemistry, 32, 11910-11914 (1993).
56. H. B. Gray and J. R. Winkler, Annu. Rev. Biochem., 65, 537-561 (1996).
57. J. des Cloizeaux and G. Janninik, Polymers in Solution. Their Modelling and Structure, Oxford University Press, Oxford, 1990.
58. T. Förster, Ann. Phys. (Leipzig), 2, 55-75 (1948).
59. P. Wu and L. Brand, Anal. Biochem., 218, 1-13 (1994).
60. J. R. Lakowicz, in Energy Transfer, Principles of Fluorescence Spectroscopy, Plenum Press, New York, 1999, pp. 303-336.
61. A. Navon, V. Ittah, P. Landsman, H. A. Scheraga, E. Haas, Biochemistry, 40, 105-118 (2001).
62. C. Tanford, K. Kawahara, S. Lapanje, J. Biol. Chem., 241, 1921-1923 (1966).
63. P. Calmettes, D. Durand, M. Desmadril, P. Minrad, V. Receveur, J. C. Smith, Biophys. Chem., 53, 105-114 (1994).
64. J. R. Lakowicz, I. Grycynski, G. Laczko, W. Wiczk, M. L. Johnson, Protein Science, 3, 628-637 (1994).
65. S. V. Kuznetsov, J. Hilario, T. A. Keiderling, A. Ansari, Biochemistry, 42, 4321-4332 (2003).
66. K. A. Dill and D. Shortle, Annu. Rev. Biochem., 60, 795-825 (1991).
67. A. V. Finkelstein, Biopolymers, 28, 1681-1694 (1989).
68. A. E. Garcia and G. Hummer, Proteins, 38, 261-272 (2000).
69. J. Dunbar, H. P. Yennawar, S. Banerjee, J. Luo, G. K. Farber, Protein Sci., 6, 1727-1733 (1997).
70. F. Vanzi, B. Madan, K. Sharp, J. Am. Chem. Soc., 120, 10748-10753 (1998).
71. G. A. Papoian, J. Ulander, M. P. Eastwood, Z. Luthey-Schulten, P. G. Wolynes, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101, 3352-3357 (2004).
72. G. A. Papoian, J. Ulander, P. G. Wolynes, J. Am. Chem. Soc., 125, 9170-9178 (2003).
73. M. S. Cheung, A. E. Garcia, J. N. Onuchic, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99, 685-690 (2002).
74. F. B. Sheinerman and C. L. Brooks, III, J. Mol. Biol., 278, 439-456 (1998).
75. A. M. Fernandez-Escamilla, M. S. Cheung, M. C. Vega, M. Wilmanns, J. N. Onuchic, L. Serrano, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101, 2834-2839 (2004).
76. J. M. Sorenson, G. Hura, A. K. Soper, A. Pertsemlidis, T. Head-Gordon, J. Phys. Chem. B, 103, 5413-5426 (1999).
77. H. Anni, J. M. Vanderkooi, L. C. Mayne, Biochemistry, 34, 5744-5753 (1995).
78. L. Banci, I. Bertini, J. G. Huber, G. A. Spyroulias, P. Turano, J. Biol. Inorg. Chem., 4, 21-31 (1999).
79. B. P. Sudha, N. Dixit, V. T. Moy, J. M. Vanderkooi, Biochemistry, 23, 2103-2107 (1984).
80. H. Elias, M. H. Chou, J. R. Winkler, J. Am. Chem. Soc., 110, 429-434 (1989).
81. J. V. Caspar, B. P. Sullivan, E. M. Kober, T. J. Meyer, Chem. Phys. Lett., 91, 91-95 (1982).
82. J. V. Caspar and T. J. Meyer, J. Am. Chem. Soc., 105, 5583-5590 (1983).
83. D. W. Low, H. B. Gray, J. O. Duus, J. Am. Chem. Soc., 119, 1-5 (1997).
84. G. W. Bushnell, G. V. Louis, G. D. Brayer, J. Mol. Biol., 214, 585-595 (1990).
85. D. Shortle and M. S. Ackerman, Science, 293, 487-489 (2001).
86. J. Klein-Seetharaman, M. Oikawa, S. B. Grimshaw, J. Wirmer, E. Duchardt, T. Ueda, T. Imoto, L. J. Smith, C. M. Dobson, H. Schwalbe, Science, 295, 1719-1722 (2002).
87. B. S. Russell, R. Melenkivitiz, K. Bren, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 97, 8312-8317 (2000).
88. N. B. From and B. E. Bowler, Biochemistry, 37, 1623-1631 (1998).
89. A. K. Soper, E. W. Castner, A. Luzar, Biophys. Chem., 105, 649-666 (2003).
90. C. N. Pace, D. V. Laurents, J. A. Thomson, Biochemistry, 29, 2564-2572 (1990).
91. O. D. Monera, C. M. Kay, R. S. Hodges, Protein Sci., 3, 1984-1991 (1994).
92. S. Wherland and H. B. Gray, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 73, 2950-2954 (1976).
93. S. M. Tremain and N. M. Kostic, Inorg. Chem., 41, 3291-3301 (2002).
94. M. C. R. Shastry, J. M. Sauder, H. Roder, Acc. Chem. Res., 31, 717-725 (1998).
95. Y. Liu and D. W. Bolen, Biochemistry, 34, 12884-12891 (1995).
96. Y. Nozaki and C. Tanford, J. Biol. Chem., 238, 4074-4081 (1963).
97. Y. Nozaki and C. Tanford, J. Biol. Chem., 245, 1648-1652 (1970).
98. J. S. Smith and J. M. Scholtz, Biochemistry, 35, 7292-7297 (1996).
99. R. Gupta, S. Yadav, F. Ahmad, Biochemistry, 35, 11925-11930 (1996).
100. P. J. Flory, Statistical Mechanics of Chain Molecules, Interscience Publishers, New York, 1969.
101. A. D. Istratov and O. F. Vyvenko, Rev. Sci. Instrum., 70, 1233-1257 (1999).
102. G. V. Louie and G. D. Brayer, J. Mol. Biol., 214, 527-555 (1990).
103. S. Godbole, B. Hammack, B. E. Bowler, J. Mol. Biol., 296, 217-228 (2000).
104. B. N. Hammack, C. R. Smith, B. E. Bowler, J. Mol. Biol., 311, 1091-1104 (2001).
105. B. N. Hammack, S. Godbole, B. E. Bowler, J. Mol. Biol., 311, 1091-1104 (1998).
106. S. Karplus, G. H. Snyder, B. D. Sykes, Biochemistry, 12, 1323-1329 (1973).
107. D. Amir and E. Haas, Biochemistry, 27, 8889-8893 (1988).
108. T. R. Sosnick and J. Trewhella, Biochemistry, 31, 8329-8335 (1992).
109. E. Haas, C. A. McWherter, H. A. Scheraga, Biopolymers, 27, 1-21 (1988).
110. D. Neri, M. Billeter, G. Wider, K. Wüthrich, Science, 257, 1559-1563 (1992).
111. T. M. Logan, Y. Theriault, S. W. Fesik, J. Mol. Biol., 236, 637-648 (1994).
112. Q. Yi, M. L. Scalley-Kim, E. J. Alm, D. Baker, J. Mol. Biol., 299, 1341-1351 (2000).
113. D. A. Dolgikh, R. I. Gilmanshin, E. V. Brazhnikov, FEBS Letters, 136, 311-315 (1981).
114. G. Saab-Rincon, P. J. Gualfetti, C. R. Matthews, Biochemistry, 35, 1988-1994 (1996).
115. Y. Goto, L. J. Calciano, A. L. Fink, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87, 573-577 (1990).
116. S. H. Qureshi, B. Moza, S. Yadav, F. Ahmad, Biochemistry, 42, 1684-1695 (2003).
117. M. E. Dumont, A. F. Corin, G. A. Campbell, Biochemistry, 33, 7368-7378 (1994).
118. D. L. Huffman and M. M. Rosenblatt, J. Am. Chem. Soc., 120, 6183-6184 (1998).
119. M. M. Rosenblatt, J. Wang, K. S. Suslick, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 100, 13140-13145 (1998).
120. K. Deweerd, V. Grigoryants, Y. Sun, J. S. Fetrow, C. P. Scholes, Biochemistry, 40, 15846-15855 (2001).
121. W. Colón, L. P. Wakem, F. Sherman, H. Roder, Biochemistry, 36, 12535-12541 (1997).
122. M. Ohgushi and A. Wada, FEBS Lett., 164, 21-24 (1983).
123. R. Santucci, C. Bongiovanni, G. Mei, T. Ferri, F. Polizio, A. Desideri, Biochemistry, 39, 12632-12638 (2000).
124. A. J. Saunders, D.-S. P. R., D. L. Allen, G. J. Peilak, D. Erie, Biopolymers, 53, 293-307 (1999).
125. V. E. Bychkova, A. E. Dujsekina, S. I. Klenin, E. I. Tiktopulo, V. N. Uversky, O. B. Ptitsyn, Biochemistry, 35, 6058-6063 (1996).
126. T. Konno, J. Iwashita, K. Nagayama, Protein Sci., 9, 564-569 (2000).
127. J. L. Marmorino and G. J. Pielak, Biochemistry, 34, 3140-3143 (1995).
128. S. Akiyama, S. Takahashi, T. Kimura, K. Ishimori, I. Morishima, Y. Nishikawa, T. Fujisawa, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99, 1329-1334 (2002).
129. S. W. Englander, T. R. Sosnick, L. Mayne, M. Shtilerman, P. X. Qi, Y. Bai, Acc. Chem. Res., 31, 737-744 (1998).
130. L. Pollack, M. W. Tate, N. C. Darnton, J. B. Knight, S. M. Gruner, W. A. Eaton, R. H. Austin, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96, 10115-10117 (1999).
131. S. E. Rankin, A. Watts, H. Roder, T. J. T. Pinheiro, Protein Sci., 8, 381-393 (1999).
132. G. J. A. Vidugiris and C. A. Royer, Biophys. J., 75, 463-470 (1998).
133. K. Yamasaki, Y. Taniguchi, N. Takeda, K. Nakano, T. Yamasaki, S. Kanaya, M. Oobatake, Biochemistry, 37, 18001-18009 (1998).
134. J. N. Onuchic, Z. Luthey-Schulten, P. G. Wolynes, Annu. Rev. Phys. Chem., 48, 545-600 (1997).
135. C. Levinthal, J. Chim. Phys., 65, 44 (1968).
136. S. J. Hagen, J. Hofrichter, W. A. Eaton, J. Phys. Chem. B, 101, 2352-2365 (1997).
137. F. Krieger, B. Fierz, O. Bieri, M. Drewello, T. Kiefhaber, J. Mol. Biol., 332, 265-274 (2003).
138. F. Krieger, A. Moglich, T. Kiefhaber, J. Am. Chem. Soc., 127, 3346-3352 (2005).
139. L. J. Lapidus, W. A. Eaton, J. Hofrichter, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 97, 7220-7225 (2000).
140. W. A. Eaton, V. Muñoz, P. A. Thompson, E. R. Henry, J. Hofrichter, Acc. Chem. Res., 31, 745-753 (1998).
141. L. J. Lapidus, W. A. Eaton, J. Hofrichter, Phys. Rev. Lett., 87, 258101 (1-4) (2001).
142. M. Buscaglia, B. Schuler, L. J. Lapidus, W. A. Eaton, J. Hofrichter, J. Mol. Biol., 332, 9-12 (2003).
143. O. Bieri, J. Wirz, B. Hellrung, M. Schutkowski, M. Drewello, T. Kiefhaber, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96, 9597-9601 (1999).
144. A. Szabo, K. Schulten, Z. Schulten, J. Chem. Phys., 72, 4350-4357 (1980).
145. C. J. Camacho and D. Thirumalai, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 72, 1277-1281 (1995).
146. D. Thirumalai, J. Phys. Chem. B, 103, 608-610 (1999).
147. D. Thirumalai and S. A. Woodson, Acc. Chem. Res., 29, 433-439 (1996).
148. I.-C. Yeh and H. Gerhard, J. Am. Chem. Soc., 124, 6563-6568 (2002).
149. Z. Wang and D. E. Markarov, J. Chem. Phys., 117, 4591-4593 (2002).
150. R. A. Marcus and N. Sutin, Biochim. Biophys. Acta, 811, 265-322 (1985).
151. G. McLendon and J. R. Miller, J. Am. Chem. Soc., 107, 7811-7816 (1985).
152. G. McLendon and R. Hake, Chem. Rev., 92, 481-490 (1992).
153. J. M. Nocek, J. S. Zhou, S. DeForest, S. Priyadarshy, D. N. Beratan, J. N. Onuchic, B. M. Hoffman, Chem. Rev., 96, 2459-2489 (1996).
154. H. B. Gray and J. R. Winkler, in Electron Transfer in Metalloproteins (V. Balzani, ed.), Vol. 3 of Electron Transfer in Chemistry, Wiley, 2001, pp. 3-23.
155. T. J. Meade, H. B. Gray, J. R. Winkler, J. Am. Chem. Soc., 111, 4353-4356 (1989).
156. M. J. Therien, M. A. Selman, H. B. Gray, I.-J. Chang, J. R. Winkler, J. Am. Chem. Soc., 112, 2420-2422 (1990).
157. J. R. Winkler and H. B. Gray, Chem. Rev., 92, 369-379 (1992).
158. M. M. Pierce and B. T. Nall, Prot. Sci., 6, 618-627 (1997).
159. W. R. Scheidt, M. E. Kastner, K. Hatano, Inorg. Chem., 17, 706-710 (1978).
160. J. A. Cowan and H. B. Gray, Inorg. Chem., 28, 2074-2078 (1989).
161. F. A. Tezcan, Reactions of Heme Proteins in Solutions and Crystals, Ph.D. Thesis, California Institute of Technology, Pasadena, CA, 2001.
162. J. M. Sauder and H. Roder, Fold. Des., 3, 293-301 (1998).
163. Y. Zhou and M. Karplus, J. Mol. Biol., 293, 917-951 (1999).
164. D. Thirumalai, D. K. Klimov, S. A. Woodson, Theor. Chem. Acc., 96, 14-22 (1997).
165. L. A. Mirny, V. Abkevich, E. I. Shakhnovich, Fold. Des., 1, 103-116 (1996).
166. Y. Bai, T. R. Sosnick, L. Mayne, S. W. Englander, Science, 269, 192-197 (1995).
167. S.-R. Yeh, S. Han, D. L. Rousseau, Acc. Chem. Res., 31, 727-736 (1998).
168. C. K. Chan, Y. Hu, S. Takahashi, D. L. Rousseau, W. A. Eaton, J. Hofrichter, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 94, 1779-1784 (1997).
169. S. J. Hagen and W. A. Eaton, J. Mol. Biol., 301, 1019-1027 (2000).
170. S.-R. Yeh, S. Takahashi, B. Fan, D. L. Rousseau, Nature Struct. Biol., 4, 51-56 (1997).
171. L. Banci, I. Bertini, G. Liu, J. Lu, T. Reddig, W. Tang, Y. Wu, Y. Yao, D. Zhu, J. Biol. Inorg. Chem., 3, 628-637 (2001).
172. D. Debe, A. M. J. Carlson, W. A. Goddard, III, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96, 2596-2601 (1999).
173. S. J. Hagen, J. Hofrichter, A. Szabo, W. A. Eaton, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93, 11615-11617 (1996).
174. S. Akiyama, S. Takahashi, K. Ishimori, I. Morishima, Nature Struct. Biol., 7, 514-520 (2000).
175. F. A. Tezcan, J. R. Winkler, H. B. Gray, J. Am. Chem. Soc., 121, 11918-11919 (1999).
176. T. Takano and R. E. Dickerson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77, 6371-6375 (1980).
177. R. Swanson, B. L. Trus, N. Mandel, G. Mandel, O. B. Kallai, R. E. Dickerson, J. Biol. Chem., 252, 759-775 (1977).
178. H. Roder, G. A. Elöve, S. W. Englander, Nature, 335, 700-704 (1998).
179. G. R. Moore, R. J. P. Williams, J. C. W. Chien, L. C. Dickinson, J. Inorg. Biochem., 12, 1-15 (1980).
180. K. W. Plaxco, S. Larson, I. Ruczinski, D. S. Riddle, E. C. Thayer, B. Buchwitz, A. R. Davidson, D. Baker, J. Mol. Biol., 298, 303-312 (2000).
181. Y. Zhou and M. Karplus, Nature, 401, 400-403 (1999).
182. P. G. Wolynes, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93, 14249-14255 (1996).
183. D. N. Ivankov, S. O. Garbuzynskiy, E. Alm, K. W. Plaxco, D. Baker, A. V. Finkelstein, Protein Sci., 12, 2057-2062 (2003).
184. B. B. Kragelund, P. Osmark, T. B. Neergaard, J. Schiødt, K. Kristiansen, J. Knudsen, F. M. Poulsen, Nature Struct. Biol., 6, 594-601 (1999).
185. K. Teilum, B. B. Kragelund, J. Knudsen, F. M. Poulsen, J. Mol. Biol., 301, 1307-1314 (2000).
186. J. K. Thomsen, B. B. Kragelund, K. Teilum, J. Knudsen, F. M. Poulsen, J. Mol. Biol., 318, 805-814 (2002).
187. N. Ferguson, A. P. Capaldi, R. James, C. Kleanthous, S. E. Radford, J. Mol. Biol., 286, 1597-1608 (1999).
188. P. D. Barker, J. L. Butler, P. de Oliveira, H. A. O. Hill, N. I. Hunt, Inorg. Chim. Acta, 252, 71-77 (1996).
189. T. E. Meyer and M. D. Kamen, Adv. Protein Chem., 35, 105-212 (1982).
190. G. R. Moore, G. J. McClune, N. J. Clayden, R. J. P. Williams, B. M. Alsaadi, J. Angstrom, R. P. Ambler, J. V. van Beeumen, P. Temps, R. G. Bartsch, T. E. Meyer, M. D. Kamen, Eur. J. Biochem., 123, 73-80 (1982).
191. G. R. Moore and G. W. Pettigrew, Cytochrome c: Evolutionary, Structural, Physicochemical Aspects, Springer-Verlag, New York, 1990.
192. R. P. Ambler, R. G. Bartsch, M. Daniel, M. D. Kamen, L. McLellan, T. E. Meyer, J. V. van Beeumen, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 78, 6854-6857 (1981).
193. K. Hamada, P. H. Bethge, F. S. Mathews, J. Mol. Biol., 247, 947-962 (1995).
194. N. Shibata, S. Iba, S. Misaki, T. E. Meyer, R. G. Bartsch, M. A. Cusanovich, Y. Morimoto, Y. Higuchi, N. Yasuoka, J. Mol. Biol., 284, 751-760 (1998).
195. H. D. Klerk, R. G. Bartsch, M. D. Kamen, Biochim. Biophys. Acta, 97, 275-280 (1965).
196. T. C. Strekas and T. G. Spiro, Biochim. Biophys. Acta, 351, 237-245 (1974).
197. S. Fujii, T. Yoshimura, H. Kamada, K. Yamaguchi, S. Suzuki, S. Shidara, S. Takakuwa, BBA Protein Struct. Molec. Enzyme, 1251, 161-169 (1995).
198. K. Clark, L. B. Dugad, R. G. Bartsch, M. A. Cusanovich, G. N. L. Mar, J. Am. Chem. Soc., 118, 4654-4664 (1996).
199. J. T. Jackson, G. N. L. Mar, R. G. Bartsch, J. Biol. Chem., 258, 1799-1805 (1983).
200. R. Barakat and T. C. Strekas, Biochim. Biophys. Acta, 679, 393-399 (1982).
201. D. Thirumalai and D. K. Klimov, Curr. Opin. Struct. Biol., 9, 197-207 (1999).
202. J.-E. Shea, J. N. Onuchic, C. L. Brooks, III, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96, 12512-12517 (1999).
203. J.-E. Shea, J. N. Onuchic, C. L. Brooks, III, J. Chem. Phys., 113, 7663-7671 (2000).
204. P. Garcia, M. Bruix, M. Rico, S. Ciofi-Baffoni, L. Banci, M. C. R. Shastry, H. Roder, T. D. Woodyear, C. M. Johnson, A. R. Fersht, P. D. Barker, J. Mol. Biol., 346, 331-344 (2005).
205. R. A. Scott and A. G. Mauk, Cytochrome c -A Multidisciplinary Approach, University Science Books, Sausalito, 1996.
206. J. W. A. Allen, P. D. Barker, S. J. Ferguson, J. Biol. Chem., 278, 52075-52083 (2003).
207. M. A. McGuirl, J. C. Lee, J. G. Lyubovitsky, C. Thanyakoop, J. H. Richards, H. B. Gray, J. R. Winkler, Biochim. Biophys. Acta, 1619, 23-28 (2003).
208. F. Lederer, A. Glatigny, P. H. Bethge, H. D. Bellamy, F. S. Mathews, J. Mol. Biol., 148, 427-448 (1981).
209. I. Bertini, J. Faraone-Mennella, H. B. Gray, C. Luchinat, G. Parigi, J. R. Winkler, J. Biol. Inorg. Chem., 9, 224-230 (2004).
210. F. Arnesano, L. Banci, I. Bertini, J. Faraone-Mennella, A. Rosato, P. D. Barker, A. R. Fersht, Biochemistry, 38, 8657-8670 (1999).
211. R. B. Dyer, S. J. Maness, E. S. Peterson, S. Franzen, R. M. Fesinmeyer, N. Andersen, Biochemistry, 43, 11560-11566 (2004).
212. V. Ittah and E. Haas, Biochemistry, 34, 4493-4506 (1995).
213. A. Arcovito, S. Gianni, M. Brunori, C. Travaglini-Allocatelli, A. Bellelli, J. Mol. Biol., 276, 41073-41078 (2001).
214. K. E. Laidig and V. Daggett, Fold. Des., 1, 335-346 (1996).
215. J. Parkinson, An Essay on the Shaking Palsy, Sherwood, Neely & Jones, London, 1817.
216. S. B. Dunnett and A. Bjorklund, Nature, 399, A32-A39 (1999).
217. M. Baba, S. Nakajo, P. H. Tu, T. Tomita, K. Nakaya, V. M. Y. Lee, J. Q. Trojanowski, T. Iwatsubo, Am. J. Path., 152, 879-884 (1998).
218. M. G. Spillantini, M. L. Schmidt, V. M. Y. Lee, J. Q. Trojanowski, R. Jakes, M. Goedert, Nature, 388, 839-840 (1997).
219. D. F. Clayton and J. M. George, Trends Neurosci., 21, 249-254 (1998).
220. M. H. Polymeropoulos, C. Lavedan, E. Leroy, S. Ide, A. Dehejia, A. Dutra, B. Pike, H. Root, J. Rubenstein, R. Boyer, E. Stenroos, S. Chandrasekharappa, A. Athanassiadou, T. Papapetropoulos, W. Johnson, A. Lazzarini, R. Duvoisin, G. DiIorio, L. Golbe, R. Nussbaum, Science, 276, 2045-2047 (1997).
221. R. Kruger, W. Kuhn, T. Muller, D. Woitalla, M. Graeber, S. Kosel, H. Przuntek, J. T. Epplen, L. Schols, O. Riess, Nat. Genet., 18, 106-108 (1998).
222. M. F. Beal, Nat. Rev. Neurosci., 2, 325-332 (2001).
223. T. M. Dawson, Cell, 101, 115-118 (2000).
224. K. A. Conway, J. D. Harper, P. T. Lansbury, Nat. Med., 4, 1318-1320 (1998).
225. L. Narhi, S. J. Wood, S. Steavenson, Y. Jiang, G. M. Wu, D. Anafi, S. A. Kaufman, F. Martin, K. Sitney, P. Denis, J.-C. Louis, J. Wypych, A. L. Biere, M. Citron, J. Biol. Chem., 274, 9843-9846 (1999).
226. K. A. Conway, S.-J. Lee, J.-C. Rochet, T. T. Ding, R. E. Williamson, J. P. T. Lansbury, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 91, 571-576 (2000).
227. E. Jo, N. Fuller, R. P. Rand, P. S. George-Hyslop, P. E. Fraser, J. Mol. Biol., 315, 799-807 (2002).
228. P. J. McLean, H. Kawamata, S. Ribich, B. T. Hyman, J. Biol. Chem., 275, 8812-8816 (2000).
229. R. J. Perrin, W. S. Woods, D. F. Clayton, J. M. George, J. Biol. Chem., 275, 34393-34398 (2000).
230. P. H. Jensen, M. S. Nielsen, J. R., C. G. Dotti, M. Goedert, J. Biol. Chem., 273, 26292-26294 (1998).
231. T. T. Ding, S.-J. Lee, J.-C. Rochet, P. T. Lansbury, Biochemistry, 41, 10209-10217 (2002).
232. E. Jo, J. McLaurin, C. M. Yip, P. S. George-Hyslop, P. E. Fraser, J. Biol. Chem., 275, 34328-34334 (2000).
233. M. J. Volles and P. T. Lansbury, Biochemistry, 41, 4595-4602 (2002).
234. L. S. Forno, J. Neuropathol. Exp. Neurol., 55, 259-272 (1996).
235. M. M. Tompkins, Brain Res., 775, 24-29 (1997).
236. M. M. Tompkins, E. J. Basgall, E. Zamrini, W. D. Hill, Am. J. Path., 150, 119-131 (1997).
237. L. S. Forno and J. W. Langston, Neurodegeneration, 2, 19-24 (1993).
238. J. M. George, H. Jin, W. S. Woods, D. F. Clayton, Neuron, 15, 361-372 (1995).
239. G. S. Withers, J. M. George, G. A. Banker, D. F. Clayton, Dev. Brain Res., 99, 87-94 (1997).
240. A. Iwai, E. Masliah, M. Yoshimoto, N. F. Ge, L. Flanagan, H. A. R. Desilva, A. Kittel, T. Saitoh, Neuron, 14, 467-475 (1995).
241. L. Maroteaux, J. T. Campanelli, R. H. Scheller, J. Neurosci., 8, 2804-2815 (1988).
242. L. J. Hsu, M. Mallory, Y. Xia, I. Veinbergs, M. Hashimoto, M. Yoshimoto, L. J. Thal, T. Saitoh, E. Masliah, J. Neurochem., 71, 338-344 (1998).
243. A. Rekas, C. G. Adda, J. A. Aquilina, K. J. Barnham, M. Sunde, D. Galatis, N. A. Williamson, C. L. Masters, R. F. Anders, C. V. Robinson, R. Cappai, J. A. Carver, J. Mol. Biol., 340, 1167-1183 (2004).
244. W. S. Davidson, A. Jonas, D. F. Clayton, J. M. Georges, J. Biol. Chem., 273, 9443-9449 (1998).
245. P. H. Weinreb, W. G. Zhen, A. W. Poon, K. A. Conway, P. T. Lansbury, Biochemistry, 35, 13709-13715 (1996).
246. V. N. Uversky, J. Li, A. L. Fink, J. Biol. Chem., 276, 10737-10744 (2001).
247. D. Eliezer, E. Kutluay, R. Bussell Jr, G. Browne, J. Mol. Biol., 307, 1061-1073 (2001).
248. R. Bussell and D. Eliezer, J. Mol. Biol., 329, 763-778 (2003).
249. S. Chandra, X. Chen, J. Rizo, R. Jahn, T. C. Sudhof, J. Biol. Chem., 278, 15313-15318 (2003).
250. M. Ramakrishnan and D. Marsh, Biochemistry, 42, 12919-12926 (2003).
251. C. C. Jao, A. Der-Sarkissian, J. Chen, R. Langen, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101, 8331-8336 (2004).
252. M. Zhu, J. Li, A. L. Fink, J. Biol. Chem., 278, 40186-40197 (2003).
253. T. M. Dawson and V. L. Dawson, Science, 302, 819-822 (2003).
254. O. von Bohlen und Halbach, A. Schober, K. Krieglstein, Prog. Neurobiol., 73, 151-177 (2004).
255. J. C. Lee, P. A. Hummel, R. Langen, H. B. Gray, J. R. Winkler, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101, 16466-16471 (2004).
256. P. G. Wu and L. Brand, Anal. Biochem., 218, 1-13 (1994).
257. K. A. Conway, J. D. Harper, P. T. Lansbury, Biochemistry, 39, 2552-2563 (2000).
258. R. A. Crowther, R. Jakes, M. G. Spillantini, M. Goedert, FEBS Lett., 436, 309-312 (1998).
259. T. D. Kim, S. R. Paik, C.-H. Yang, Biochemistry, 41, 13782-13790 (2003).
260. R. Bussell and D. Eliezer, J. Biol. Chem., 276, 45996-46003 (2001).