Kinetics of Folding of Proteins and RNA

Accounts of Chemical Research

Volumn 29, Issue 9, 1996, Pages 433-439

  Thirumalai, D ^a,b,c,d   Woodson, S A ^a,e,f  

^a University of Maryland   (United States)

^b INDIAN INSTITUTE OF TECHNOLOGY KANPUR   (India)

^c UNIVERSITY OF MINNESOTA   (United States)

^d UNIVERSITY OF MARYLAND   (United States)

^e YALE UNIVERSITY   (United States)

^f UNIVERSITY OF COLORADO   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001103473     PISSN: 00014842     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ar9500933     Document Type: Article

References (85)

1. Protein Folding; Creighton, T. E., Ed.; Freeman: New York, 1992.
2. Gesteland, R. F.; Atkins, J. F. The RNA World; Cold Spring Harbor Press: New York, 1993.
3. Pyle, A. M.; Green, J. B. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 303.
4. Anfinsen, C. A. Science 1973, 181, 223.
5. Anfinsen, C. A.; Scheraga, H. A. Adv. Protein Chem. 1975, 29, 205.
6. Levinthal, C. In Mossbauer Spectroscopy in Biological Systems; Debrunner, P., Tsibris, J. C. M., Monck, E., Eds.; University of Illinois Press: Urbana, 1968.
7. Karplus, M.; Shakhnovich, E. I. In Protein Folding; Creighton, J. E., Ed.; W. H. Freeman: New York, 1992; p 127.
8. (a) Dill, K. A.; Bromberg, S.; Yue, K.; Fiebig, K. M.; Yee, D. P.; Thomas, P. D.; Chan, H. S. Protein Sci. 1995, 4, 561.
9. (b) Chan, H. S.; Dill, K. A. J. Chem. Phys. 1994, 100, 9238.
10. (a) Bryngelson, J. D.; Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 7524.
11. (b) Bryngelson, J. D.; Onuchic, J. N.; Socci, N. D.; Wolynes, P. G. Proteins: Struct., Funct. Genet. 1995, 21, 167.
12. (c) Leopold, P.; Montal, M.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 89, 8721.
13. Wolynes, P. G.; Onuchic, J. N.; Thirumalai, D. Science 1995, 267, 1169.
14. Zwanzig, R. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2801.
15. Cech, T. R.; Zang, A.; Grabowski, P. J. Cell 1981, 27, 487.
16. Guerrier-Takada, C.; Altman, S. Science 1984, 223, 285.
17. Kim, S. H.; Quigley, G. J.; Suddath, F. L.; McPherson, F. L.; Sneden, D.; Kim, J. J.; Weinzierl, J.; Rich, A. Science 1973, 179, 285.
18. Moran, D.; Camarmond, M. B.; Fischer, J.; Weiss, R.; Thierry, J. C.; Ebel, J. P.; Giegé, R. Nature 1980, 288, 669.
19. Woo, N. H.; Roe, B. A.; Rich, A. Nature 1980, 286, 346.
20. (a) Jaeger, J. A.; Santa Lucia, J. Jr.; Tinoco, I. Jr. Annu. Rev. Biochem. 1993, 62, 255.
21. (b) Moore, P. B. Curr. Opin. Struct. Biol. 1993, 3, 340.
22. (a) Pley, H.; Flaherty, U. M.; McKay, D. B. Nature 1994, 372, 68.
23. (b) Scott, W. G.; Finck, J. T.; Klug, A. Cell 1995, 81, 991.
24. Thirumalai, D.; Guo, Z. Biopolymers 1995, 35, 137.
25. Guo, Z.; Thirumalai, D. Biopolymers 1995, 36, 83.
26. Todd, M.; Lorimer, G.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 4030.
27. (a) Honeycutt, J. D.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. 1990, 87, 3526.
28. (b) Go, N. Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1983, 12, 183.
29. Bryngelson, J. D.; Wolynes, P. G. J. Phys. Chem. 1989, 93, 6092.
30. Abkevich, V. I.; Gutin, A. M.; Shakhnovich, E. I. Biochemistry 1994, 33, 10026.
31. Camacho, C. J.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 6369.
32. Socci, N.; Onuchic, J. N.; Wolynes, P. G. Preprint, October, 1995.
33. Onuchic, J. N.; Wolynes, P. G.; Luthey-Schulten, Z.; Socci, N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 3626.
34. Thirumalai, D. J. Phys. I 1995, 5, 1457.
35. Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 10869.
36. (a) Emerick, V. L.; Woodson, S. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 9675.
37. (b) Emerick, V. L.; Pan, J.; Woodson, S. A. Biochemistry 1996, in press.
38. Roder, H.; Elove, G. A.; Englander, S. W. Nature 1988, 335, 700.
39. Udgaonkar, J. B.; Baldwin, R. Nature 1988, 335, 694.
40. Schindler, T.; Herrlev, M.; Marahiel, M. A.; Schmid, F. X. Nature Struct. Biol. 1995, 2, 663.
41. Radford, S.; Dobson, C. M.; Evan, P. A. Nature 1992, 358, 302.
42. Minankar, A.; Robinson, C. V.; Radford, S. E.; Aplin, R. T.; Dobson, C. M. Nature 1993, 262, 896.
43. Radford, S. E.; Dobson, C. M. Philos. Trans. R. Soc. London, B 1995, 348, 17.
44. Otzen, D. E.; Itzhaki, L. S.; Elmasry, N. F.; Jackson, S. E.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 10422.
45. Fersht, A. R.; Matouschek, A.; Serrano, L. J. Mol. Biol. 1992, 224, 771.
46. Kuszewski, J.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. Protein Sci. 1994, 3, 1945.
47. Sosnick, T. R.; Mayne, L.; Hiller, R.; Englander, S. W. Nature Struct. Biol. 1994, 1, 149.
48. Privalov, P. L.; Filominov, V. V. J. Mol. Biol. 1978, 122, 447.
49. Jaeger, L.; Westhoff, E.; Michel, F. J. Mol. Biol. 1993, 234, 331.
50. Crothers, D. M.; Cole, P. E.; Hilben, C. W.; Schulman, R. G. J. Mol. Biol. 1974, 87, 63.
51. Riesner, M. T.; Lohman, T. M.; de Hasseth, P. J. Mol. Biol. 1976, 107, 145.
52. Porschke, D.; Eigen, M. J. Mol. Biol. 1971, 62, 361.
53. Craig, M. E.; Crothers, D. M.; Doty, P. J. Mol. Biol. 1971, 62, 383.
54. Kearns, D. R.; Patel, D. J.; Schulman, R. G.; Yamane, T. J. Mol. Biol. 1971, 61, 265.
55. Bevilacqua, P. C.; Kierzek, R.; Johnson, K. A.; Turner, D. H. Science 1992, 258, 1355.
56. Emerick, V. L.; Woodson, S. A. Biochemistry 1993, 32, 14062.
57. Woodson, S. A.; Emerick, V. L. Mol. Cell. Biol. 1993, 13, 1137.
58. Woodson, S. A.; Cech, T. R. Biochemistry 1991, 30, 2042.
59. Freier, S. M.; Kierzek, R.; Jaeger, J. A.; Sugimoto, N.; Caruthers, M. H.; Neilson, T.; Turner, D. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 9373.
60. LeCuyer, K. A.; Crothers, D. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 3373.
61. Panyutin, J. G.; Hsieh, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 2021.
62. (a) Banerjee, A. R.; Turner, D. H. Biochemistry 1995, 34, 6504.
63. (b) Zarrinkar, P. P.; Williamson, J. R. Science 1994, 265, 918.
64. Herschlag, D. J. Biol. Chem. 1995, 270, 2071.
65. Todd, M.; Vitanen, P. V.; Lorimer, G. Science 1994, 265, 659.
66. Thirumalai, D. In Statistical Mechanics, Protein Structure, and Protein Substrate Interactions; Doniach, S., Ed.; Plenum Press: New York, 1994; p 115.
67. Brehm, S. F.; Cech, T. R. Biochemistry 1983, 22, 2390.
68. Bass, B. L.; Cech, T. R. Nature 1984, 308, 820.
69. Zhang, F.; Ramsay, E. S.; Woodson, S. A. RNA 1995, 1, 284.
70. Dreyfuss, G.; Maturis, M. J.; Pinol-Roman, S.; Bond, C. G. Annu. Rev. Biol. Chem. 1993, 62, 289.
71. Tsuchihashi, Z.; Khosla, M.; Herschlag, D. Science 1993, 262, 99.
72. Coetzee, T.; Herschlag, D.; Belfort, M. Genes Dev. 1994, 8, 1575.
73. Steitz, J. A.; Tycowski, K. Science 1995, 270, 1626.
74. Record, M. T.; Lohman, T. M.; de Hasseth, P. J. Mol. Biol. 1976, 107, 145.
75. Grosshans, C. A.; Cech, T. R. Biochemistry 1989, 28, 6888.
76. Pyle, A. M. Science 1993, 261, 709.
77. Celander, D. W.; Cech, T. R. Science 1991, 251, 401.
78. Lynch, D. C.; Schimmel, P. R. Biochemistry 1974, 13, 1841.
79. Stein, A.; Crothers, D. M. Biochemistry 1976, 15, 160.
80. Bannerjee, A.; Jaeger, J. A.; Turner, D. H. Biochemistry 1993, 32, 153.
81. Gluick, T. C.; Draper, D. E. J. Mol. Biol. 1994, 241, 246.
82. Jones, C. M.; Henry, E. R.; Hu, Y.; Chan, C. K.; Luck, S. D.; Bhuyan, A.; Roder, H.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 11860.
83. Higgs, P. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1995, 91, 2531.
84. Higgs, P. J. Phys. I 1993, 3, 43.
85. Michel, F.; Westhoff, E. J. Mol. Biol. 1990, 216, 585.