Rewiring the dynamic interactome

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 8, 2012, Pages 2054-2066

  Davis, Melissa J ^a,b,c   Shin, Chang Jin ^a,b   Jing, Ning ^a   Ragan, Mark A ^a,b  

^a UNIVERSITY OF QUEENSLAND   (Australia)

^b Australian Government Australian Research Council   (Australia)

^c Queensland Facility for Advanced Bioinformatics   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EUKARYOTA;

PROTEIN; TRANSCRIPTOME;

ARTICLE; BIOLOGY; CHEMISTRY; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; METHODOLOGY; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE;

COMPUTATIONAL BIOLOGY; HUMANS; PROTEIN INTERACTION MAPPING; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; PROTEINS; TRANSCRIPTOME;

EID: 84863657451     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb25050k     Document Type: Article

References (105)

1. G. W. Beadle E. L. Tatum Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1941 27 499 506
2. P. Carninci T. Kasukawa S. Katayama J. Gough M. C. Frith N. Maeda R. Oyama T. Ravasi B. Lenhard C. Wells R. Kodzius K. Shimokawa V. B. Bajic S. E. Brenner S. Batalov A. R. Forrest M. Zavolan M. J. Davis L. G. Wilming V. Aidinis J. E. Allen A. Ambesi-Impiombato R. Apweiler R. N. Aturaliya T. L. Bailey M. Bansal L. Baxter K. W. Beisel T. Bersano H. Bono A. M. Chalk K. P. Chiu V. Choudhary A. Christoffels D. R. Clutterbuck M. L. Crowe E. Dalla B. P. Dalrymple B. de Bono G. Della Gatta D. di Bernardo T. Down P. Engstrom M. Fagiolini G. Faulkner C. F. Fletcher T. Fukushima M. Furuno S. Futaki M. Gariboldi P. Georgii-Hemming T. R. Gingeras T. Gojobori R. E. Green S. Gustincich M. Harbers Y. Hayashi T. K. Hensch N. Hirokawa D. Hill L. Huminiecki M. Iacono K. Ikeo A. Iwama T. Ishikawa M. Jakt A. Kanapin M. Katoh Y. Kawasawa J. Kelso H. Kitamura H. Kitano G. Kollias S. P. Krishnan A. Kruger S. K. Kummerfeld I. V. Kurochkin L. F. Lareau D. Lazarevic L. Lipovich J. Liu S. Liuni S. McWilliam M. Madan Babu M. Madera L. Marchionni H. Matsuda S. Matsuzawa H. Miki F. Mignone S. Miyake K. Morris S. Mottagui-Tabar N. Mulder N. Nakano H. Nakauchi P. Ng R. Nilsson S. Nishiguchi S. Nishikawa F. Nori O. Ohara Y. Okazaki V. Orlando K. C. Pang W. J. Pavan G. Pavesi G. Pesole N. Petrovsky S. Piazza J. Reed J. F. Reid B. Z. Ring M. Ringwald B. Rost Y. Ruan S. L. Salzberg A. Sandelin C. Schneider C. Schonbach K. Sekiguchi C. A. Semple S. Seno L. Sessa Y. Sheng Y. Shibata H. Shimada K. Shimada D. Silva B. Sinclair S. Sperling E. Stupka K. Sugiura R. Sultana Y. Takenaka K. Taki K. Tammoja S. L. Tan S. Tang M. S. Taylor J. Tegner S. A. Teichmann H. R. Ueda E. van Nimwegen R. Verardo C. L. Wei K. Yagi H. Yamanishi E. Zabarovsky S. Zhu A. Zimmer W. Hide C. Bult S. M. Grimmond R. D. Teasdale E. T. Liu V. Brusic J. Quackenbush C. Wahlestedt J. S. Mattick D. A. Hume C. Kai D. Sasaki Y. Tomaru S. Fukuda M. Kanamori-Katayama M. Suzuki J. Aoki T. Arakawa J. Iida K. Imamura M. Itoh T. Kato H. Kawaji N. Kawagashira T. Kawashima M. Kojima S. Kondo H. Konno K. Nakano N. Ninomiya T. Nishio M. Okada C. Plessy K. Shibata T. Shiraki S. Suzuki M. Tagami K. Waki A. Watahiki Y. Okamura-Oho H. Suzuki J. Kawai Y. Hayashizaki Science 2005 309 1559 1563
3. Y. Hayashizaki P. Carninci PLoS Genet. 2006 2 e63
4. T. Imanishi T. Itoh Y. Suzuki C. O'Donovan S. Fukuchi K. O. Koyanagi R. A. Barrero T. Tamura Y. Yamaguchi-Kabata M. Tanino K. Yura S. Miyazaki K. Ikeo K. Homma A. Kasprzyk T. Nishikawa M. Hirakawa J. Thierry-Mieg D. Thierry-Mieg J. Ashurst L. Jia M. Nakao M. A. Thomas N. Mulder Y. Karavidopoulou L. Jin S. Kim T. Yasuda B. Lenhard E. Eveno Y. Suzuki C. Yamasaki J. Takeda C. Gough P. Hilton Y. Fujii H. Sakai S. Tanaka C. Amid M. Bellgard F. Bonaldo Mde H. Bono S. K. Bromberg A. J. Brookes E. Bruford P. Carninci C. Chelala C. Couillault S. J. de Souza M. A. Debily M. D. Devignes I. Dubchak T. Endo A. Estreicher E. Eyras K. Fukami-Kobayashi G. R. Gopinath E. Graudens Y. Hahn M. Han Z. G. Han K. Hanada H. Hanaoka E. Harada K. Hashimoto U. Hinz M. Hirai T. Hishiki I. Hopkinson S. Imbeaud H. Inoko A. Kanapin Y. Kaneko T. Kasukawa J. Kelso P. Kersey R. Kikuno K. Kimura B. Korn V. Kuryshev I. Makalowska T. Makino S. Mano R. Mariage-Samson J. Mashima H. Matsuda H. W. Mewes S. Minoshima K. Nagai H. Nagasaki N. Nagata R. Nigam O. Ogasawara O. Ohara M. Ohtsubo N. Okada T. Okido S. Oota M. Ota T. Ota T. Otsuki D. Piatier-Tonneau A. Poustka S. X. Ren N. Saitou K. Sakai S. Sakamoto R. Sakate I. Schupp F. Servant S. Sherry R. Shiba N. Shimizu M. Shimoyama A. J. Simpson B. Soares C. Steward M. Suwa M. Suzuki A. Takahashi G. Tamiya H. Tanaka T. Taylor J. D. Terwilliger P. Unneberg V. Veeramachaneni S. Watanabe L. Wilming N. Yasuda H. S. Yoo M. Stodolsky W. Makalowski M. Go K. Nakai T. Takagi M. Kanehisa Y. Sakaki J. Quackenbush Y. Okazaki Y. Hayashizaki W. Hide R. Chakraborty K. Nishikawa H. Sugawara Y. Tateno Z. Chen M. Oishi P. Tonellato R. Apweiler K. Okubo L. Wagner S. Wiemann R. L. Strausberg T. Isogai C. Auffray N. Nomura T. Gojobori S. Sugano PLoS Biol. 2004 2 e162
5. A. J. Matlin F. Clark C. W. Smith Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005 6 386 398
6. B. Modrek C. Lee Nat. Genet. 2002 30 13 19
7. B. R. Graveley Trends Genet. 2001 17 100 107
8. Y. Hasegawa and Y. Hayashizaki, in Introduction to Systems Biology, ed., S. Choi, Humana Press, Totowa, 2007, pp. 85-105
9. S. Kerrien Y. Alam-Faruque B. Aranda I. Bancarz A. Bridge C. Derow E. Dimmer M. Feuermann A. Friedrichsen R. Huntley C. Kohler J. Khadake C. Leroy A. Liban C. Lieftink L. Montecchi-Palazzi S. Orchard J. Risse K. Robbe B. Roechert D. Thorneycroft Y. Zhang R. Apweiler H. Hermjakob Nucleic Acids Res. 2007 35 D561 D565
10. L. Salwinski C. S. Miller A. J. Smith F. K. Pettit J. U. Bowie D. Eisenberg Nucleic Acids Res. 2004 32 D449 D451
11. A. Chatr-aryamontri A. Ceol L. M. Palazzi G. Nardelli M. V. Schneider L. Castagnoli G. Cesareni Nucleic Acids Res. 2007 35 D572 D574
12. D. Szklarczyk A. Franceschini M. Kuhn M. Simonovic A. Roth P. Minguez T. Doerks M. Stark J. Muller P. Bork L. J. Jensen C. von Mering Nucleic Acids Res. 2011 39 D561 D568
13. C. Prieto J. De Las Rivas Nucleic Acids Res. 2006 34 W298 W302
14. A. Kamburov K. Pentchev H. Galicka C. Wierling H. Lehrach R. Herwig Nucleic Acids Res. 2011 39 D712 D717
15. R. M. Kaake T. Milenkovic N. Przulj P. Kaiser L. Huang J. Proteome Res. 9 2016 2029
16. A. J. Lusis J. N. Weiss Circulation 2010 121 157 170
17. B. Lehne T. Schlitt Hum. Genomics 2009 3 291 297
18. A. Chatr-aryamontri S. Kerrien J. Khadake S. Orchard A. Ceol L. Licata L. Castagnoli S. Costa C. Derow R. Huntley B. Aranda C. Leroy D. Thorneycroft R. Apweiler G. Cesareni H. Hermjakob GenomeBiology 2008 9 Suppl 2 S5
19. S. Mathivanan B. Periaswamy T. K. Gandhi K. Kandasamy S. Suresh R. Mohmood Y. L. Ramachandra A. Pandey BMC Bioinformatics 2006 7 Suppl 5 S19
20. E. V. Kriventseva I. Koch R. Apweiler M. Vingron P. Bork M. S. Gelfand S. Sunyaev Trends Genet. 2003 19 124 128
21. M. Lorenz B. Hewing J. Hui A. Zepp G. Baumann A. Bindereif V. Stangl K. Stangl FASEB J. 2007 21 1556 1564
22. M. J. Davis K. A. Hanson F. Clark J. L. Fink F. Zhang T. Kasukawa C. Kai J. Kawai P. Carninci Y. Hayashizaki R. D. Teasdale PLoS Genet. 2006 2 e46
23. T. Pawson P. Nash Science 2003 300 445 452
24. P. Aloy R. B. Russell FEBS Lett. 2005 579 1854 1858
25. T. Pawson P. Nash Genes Dev. 2000 14 1027 1047
26. A. Stein A. Panjkovich P. Aloy Nucleic Acids Res. 2009 37 D300 D304
27. R. D. Finn M. Marshall A. Bateman Bioinformatics 2005 21 410 412
28. M. Deng S. Mehta F. Sun T. Chen Genome Res. 2002 12 1540 1548
29. R. Riley C. Lee C. Sabatti D. Eisenberg GenomeBiology 2005 6 R89
30. A. Resch Y. Xing B. Modrek M. Gorlick R. Riley C. Lee J. Proteome Res. 2004 3 76 83
31. K. Yura M. Shionyu K. Hagino A. Hijikata Y. Hirashima T. Nakahara T. Eguchi K. Shinoda A. Yamaguchi K. Takahashi T. Itoh T. Imanishi T. Gojobori M. Go Gene 2006 380 63 71
32. P. R. Romero S. Zaidi Y. Y. Fang V. N. Uversky P. Radivojac C. J. Oldfield M. S. Cortese M. Sickmeier T. LeGall Z. Obradovic A. K. Dunker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 8390 8395
33. A. Valletti A. Anselmo M. Mangiulli I. Boria F. Mignone G. Merla V. D'Angelo A. Tullo E. Sbisa A. D'Erchia G. Pesole Mol. Cancer 2010 9 230
34. J. Kawai A. Shinagawa K. Shibata M. Yoshino M. Itoh Y. Ishii T. Arakawa A. Hara Y. Fukunishi H. Konno J. Adachi S. Fukuda K. Aizawa M. Izawa K. Nishi H. Kiyosawa S. Kondo I. Yamanaka T. Saito Y. Okazaki T. Gojobori H. Bono T. Kasukawa R. Saito K. Kadota H. Matsuda M. Ashburner S. Batalov T. Casavant W. Fleischmann T. Gaasterland C. Gissi B. King H. Kochiwa P. Kuehl S. Lewis Y. Matsuo I. Nikaido G. Pesole J. Quackenbush L. M. Schriml F. Staubli R. Suzuki M. Tomita L. Wagner T. Washio K. Sakai T. Okido M. Furuno H. Aono R. Baldarelli G. Barsh J. Blake D. Boffelli N. Bojunga P. Carninci M. F. de Bonaldo M. J. Brownstein C. Bult C. Fletcher M. Fujita M. Gariboldi S. Gustincich D. Hill M. Hofmann D. A. Hume M. Kamiya N. H. Lee P. Lyons L. Marchionni J. Mashima J. Mazzarelli P. Mombaerts P. Nordone B. Ring M. Ringwald I. Rodriguez N. Sakamoto H. Sasaki K. Sato C. Schonbach T. Seya Y. Shibata K. F. Storch H. Suzuki K. Toyo-oka K. H. Wang C. Weitz C. Whittaker L. Wilming A. Wynshaw-Boris K. Yoshida Y. Hasegawa H. Kawaji S. Kohtsuki Y. Hayashizaki Nature 2001 409 685 690
35. R. D. Finn J. Mistry J. Tate P. Coggill A. Heger J. E. Pollington O. L. Gavin P. Gunasekaran G. Ceric K. Forslund L. Holm E. L. Sonnhammer S. R. Eddy A. Bateman Nucleic Acids Res. 2010 38 D211 D222
36. W. R. Pearson Methods Mol. Biol. 2000 132 185 219
37. L. Lum M. S. Reid C. P. Blobel J. Biol. Chem. 1998 273 26236 26247
38. C. Ham B. Levkau E. W. Raines B. Herren Exp. Cell Res. 2002 279 239 247
39. M. Higy T. Junne M. Spiess Biochemistry 2004 43 12716 12722
40. I. Kleino R. M. Ortiz M. Yritys A.-P. J. Huovila K. Saksela J. Cell. Biochem. 2009 108 877 885
41. D. R. Dries G. Yu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 14737 14738
42. P. D. Sbarba E. Rovida Biol. Chem. 2002 383 69 83
43. B. Herzog C. Pellet-Many G. Britton B. Hartzoulakis I. C. Zachary Mol. Biol. Cell 2011 22 2766 2776
44. C. Pellet-Many P. Frankel H. Jia I. Zachary Biochem. J. 2008 411 211 226
45. H. Fujisawa T. Kitsukawa Curr. Opin. Neurobiol. 1998 8 587 592
46. M. Rossignol M. L. Gagnon M. Klagsbrun Genomics 2000 70 211 222
47. S. Soker H. Q. Miao M. Nomi S. Takashima M. Klagsbrun J. Cell. Biochem. 2002 85 357 368
48. C. Prahst M. Heroult A. A. Lanahan N. Uziel O. Kessler N. Shraga-Heled M. Simons G. Neufeld H. G. Augustin J. Biol. Chem. 2008 283 25110 25114
49. B. A. Appleton P. Wu J. Maloney J. Yin W. C. Liang S. Stawicki K. Mortara K. K. Bowman J. M. Elliott W. Desmarais J. F. Bazan A. Bagri M. Tessier-Lavigne A. W. Koch Y. Wu R. J. Watts C. Wiesmann EMBO J. 2007 26 4902 4912
50. M. L. Gagnon D. R. Bielenberg Z. Gechtman H. Q. Miao S. Takashima S. Soker M. Klagsbrun Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 2573 2578
51. S. Biethahn F. Alves S. Wilde W. Hiddemann Exp. Hematol. 1999 27 885 894
52. N. Zakharova E. S. Lymar E. Yang S. Malik J. J. Zhang R. G. Roeder J. E. Darnell J. Biol. Chem. 2003 278 43067 43073
53. M. D. Godeny J. Sayyah D. VonDerLinden M. Johns D. A. Ostrov J. Caldwell-Busby P. P. Sayeski Cell. Signalling 2007 19 600 609
54. T. M. Saxton M. Henkemeyer S. Gasca R. Shen D. J. Rossi F. Shalaby G.-S. Feng T. Pawson EMBO J. 1997 16 2352 2364
55. E. J. Lowenstein R. J. Daly A. G. Batzer W. Li B. Margolis R. Lammers A. Ullrich E. Y. Skolnik D. Bar-Sagi J. Schlessinger Cell 1992 70 431 442
56. I. Fath F. Schweighoffer I. Rey M.-C. Multon J. Boiziau M. Duchesne B. Tocqué Science 1994 264 971 974
57. X. Li M.-C. Multon Y. Henin F. Schweighoffer C. Venot J. Josef C. Zhou J. LaVecchio P. Stuckert M. Raab A. Mhashilkar B. Tocqué W. A. Marasco The Journal of Biological Chemistry 2000 275 30925 30933
58. F. Ramos-Morales A. Domínguez R. M. Rios S. I. Barroso C. Infante F. Schweighoffer B. Tocqué J. Pintor-Toro M. Tortolero Biochem. Biophys. Res. Commun. 1997 237 735 740
59. S. Cantor D. Bell S. Ganesan E. Kass R. Drapkin S. Grossman D. Wahrer D. Sgroi W. Lane D. Haber Cell 2001 105 149 160
60. F. Durocher D. Shattuck-Eidens M. McClure F. Labrie M. Skolnick D. Goldgar J. Simard Hum. Mol. Genet. 1996 5 835
61. S. Thakur H. B. Zhang Y. Peng H. Le B. Carroll T. Ward J. Yao L. M. Farid F. J. Couch R. B. Wilson B. L. Weber Mol. Cell. Biol. 1997 17 444 452
62. E. Witt A. Ashworth Science 2002 297 534
63. G. W. Yeo E. Van Nostrand D. Holste T. Poggio C. B. Burge Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 2850 2855
64. J. L. Ponthier C. Schluepen W. Chen R. A. Lersch S. L. Gee V. C. Hou A. J. Lo S. A. Short J. A. Chasis J. C. Winkelmann J. G. Conboy J. Biol. Chem. 2006 281 12468 12474
65. A. P. Baraniak J. R. Chen M. A. Garcia-Blanco Mol. Cell. Biol. 2006 26 1209 1222
66. A. Damianov D. L. Black RNA 16 405 416
67. B. J. Blencowe Cell 2006 126 37 47
68. E. T. Wang R. Sandberg S. Luo I. Khrebtukova L. Zhang C. Mayr S. F. Kingsmore G. P. Schroth C. B. Burge Nature 2008 456 470 476
69. G. Koscielny V. Le Texier C. Gopalakrishnan V. Kumanduri J. J. Riethoven F. Nardone E. Stanley C. Fallsehr O. Hofmann M. Kull E. Harrington S. Boue E. Eyras M. Plass F. Lopez W. Ritchie V. Moucadel T. Ara H. Pospisil A. Herrmann G. R. J. R. Guigo P. Bork M. K. Doeberitz J. Vilo W. Hide R. Apweiler T. A. Thanaraj D. Gautheret Genomics 2009 93 213 220
70. F. Denoeud P. Kapranov C. Ucla A. Frankish R. Castelo J. Drenkow J. Largarde T. Alioto C. Manzano J. Chrast S. Dike C. Wyss C. Henrichsen N. Holroyd M. Dickson R. Taylor Z. Hance S. Foissac R. Myers J. Rogers T. Hubbard J. Harrow R. Guigo T. Gingeras S. Antonarakis A. Reymond Genome Res. 2007 17 746 759
71. M. C. Frith A. R. Forrest E. Nourbakhsh K. C. Pang C. Kai J. Kawai P. Carninci Y. Hayashizaki T. L. Bailey S. M. Grimmond PLoS Genet. 2006 2 e52
72. A. Kouranov L. Xie J. de la Cruz L. Chen J. Westbrook P. Bourne H. Berman Nucleic Acids Res. 2006 34 302 305
73. S. Li A. E. Koromilas Journal of Biological Chemistry 2001 276 13881 13890
74. Y. Stasiv M. Regulski B. Kuzin T. Tully G. Enikolopov J. Biol. Chem. 2001 276 42241 42251
75. S. Stamm S. Ben-Ari I. Rafalska Y. Tang Z. Zhang D. Toiber T. A. Thanaraj H. Soreq Gene 2005 344 1 20
76. I. Cascino G. Fiucci G. Papoff G. Ruberti Immunology 1995 154 2706 2713
77. S. M. Dehm D. J. Tindall Endocrine Related Cancer 2011
78. R. Hu T. A. Dunn S. Wei S. Isharwal R. W. Veltri E. Humphries M. Han A. W. Partin R. L. Vessella W. B. Isaacs G. S. Bova J. Luo Cancer Res. 2009 69 16 22
79. C. J. Shin S. Wong M. J. Davis M. A. Ragan BMC Syst. Biol. 2009 3 28
80. N. M. Kopelman D. Lancet I. Yanai Nat. Genet. 2005 37 588 589
81. Z. Su J. Wang J. Yu X. Huang X. Gu Genome Res. 2006 16 182 189
82. C. Shou N. Bhardwaj H. Y. K. Lam K.-K. Yan P. M. Kim M. Snyder M. B. Gerstein PLoS Comput. Biol. 2011 7 e1001050
83. S.-J. Noh K. Lee H. Paik C.-G. Hur DNA Res. 2006 13 229 243
84. Q. Xu B. Modrek C. Lee Nucleic Acids Res. 2002 30 3754 3766
85. Y. Xing C. J. Lee PLoS Genet. 2005 1 e34
86. K. Shimokawa Y. Okamura-Oho T. Kurita M. C. Frith J. Kawai P. Carninci Y. Hayashizaki BMC Bioinformatics 2007 8 161
87. B. Ambati M. Nozaki N. Singh A. Takeda P. Jani T. Suthar R. Albuquerque E. Richter E. Sakurai M. Newcomb M. Kleinman R. Caldwell Q. Lin Y. Ogura A. Orecchia D. Samuelson D. Agnew J. St Leger W. Green P. Mahasreshti D. Curiel D. Kwan H. Marsh S. Ikeda L. Leiper J. Collinson S. Bogdanovich T. Khurana M. Shibuya M. Baldwin N. Ferrara H. Gerber S. De Falco J. Witta J. Baffi B. Raisler J. Ambati Nature 2006 443
88. T. Kasukawa S. Katayama H. Kawaji H. Suzuki D. A. Hume Y. Hayashizaki Genomics 2004 84 913 921
89. J. Takeda Y. Suzuki M. Nakao R. A. Barrero K. O. Koyanagi L. Jin C. Motono H. Hata T. Isogai K. Nagai T. Otsuki V. Kuryshev M. Shionyu K. Yura M. Go J. Thierry-Mieg D. Thierry-Mieg S. Wiemann N. Nomura S. Sugano T. Gojobori T. Imanishi Nucleic Acids Res. 2006 34 3917 3928
90. S. Gustincich A. Sandelin C. Plessy S. Katayama R. Simone D. Lazarevic Y. Hayashizaki P. Carninci J. Physiol. 2006 575 321 332
91. Q. Pan O. Shai L. J. Lee B. J. Frey B. J. Blencowe Nat. Genet. 2008 40 1413 1415
92. A. Kumar Eukaryotic Cell 2009 8 1321 1329
93. J. Takeda Y. Suzuki M. Nakao T. Kuroda S. Sugano T. Gojobori T. Imanishi Nucleic Acids Res. 2007 35 D104 D109
94. W. H. Press and W. H. Press, Numerical recipes in C: the art of scientific computing, Cambridge University Press, Cambridge, 2nd edn, 1992
95. C. Alfarano C. E. Andrade K. Anthony N. Bahroos M. Bajec K. Bantoft D. Betel B. Bobechko K. Boutilier E. Burgess K. Buzadzija R. Cavero C. D'Abreo I. Donaldson D. Dorairajoo M. J. Dumontier M. R. Dumontier V. Earles R. Farrall H. Feldman E. Garderman Y. Gong R. Gonzaga V. Grytsan E. Gryz V. Gu E. Haldorsen A. Halupa R. Haw A. Hrvojic L. Hurrell R. Isserlin F. Jack F. Juma A. Khan T. Kon S. Konopinsky V. Le E. Lee S. Ling M. Magidin J. Moniakis J. Montojo S. Moore B. Muskat I. Ng J. P. Paraiso B. Parker G. Pintilie R. Pirone J. J. Salama S. Sgro T. Shan Y. Shu J. Siew D. Skinner K. Snyder R. Stasiuk D. Strumpf B. Tuekam S. Tao Z. Wang M. White R. Willis C. Wolting S. Wong A. Wrong C. Xin R. Yao B. Yates S. Zhang K. Zheng T. Pawson B. F. Ouellette C. W. Hogue Nucleic Acids Res. 2005 33 D418 D424
96. T. S. Keshava Prasad R. Goel K. Kandasamy S. Keerthikumar S. Kumar S. Mathivanan D. Telikicherla R. Raju B. Shafreen A. Venugopal L. Balakrishnan A. Marimuthu S. Banerjee D. S. Somanathan A. Sebastian S. Rani S. Ray C. J. Harrys Kishore S. Kanth M. Ahmed M. K. Kashyap R. Mohmood Y. L. Ramachandra V. Krishna B. A. Rahiman S. Mohan P. Ranganathan S. Ramabadran R. Chaerkady A. Pandey Nucleic Acids Res. 2009 37 D767 D772
97. P. Pagel S. Kovac M. Oesterheld B. Brauner I. Dunger-Kaltenbach G. Frishman C. Montrone P. Mark V. Stumpflen H. W. Mewes A. Ruepp D. Frishman Bioinformatics 2005 21 832 834
98. G. D. Bader C. W. Hogue Nat. Biotechnol. 2002 20 991 997
99. B. Zhang B. H. Park T. Karpinets N. F. Samatova Bioinformatics 2008 24 979 986
100. S. Fields FEBS J. 2005 272 5391 5399
101. C. von Mering R. Krause B. Snel M. Cornell S. G. Oliver S. Fields P. Bork Nature 2002 417 399 403
102. E. Sprinzak S. Sattath H. Margalit J. Mol. Biol. 2003 327 919 923
103. S. R. Eddy Bioinformatics 1998 14 755 763
104. S. Dutta K. Burkhardt J. Young G. J. Swaminathan T. Matsuura K. Henrick H. Nakamura H. M. Berman Mol. Biotechnol. 2009 42 1 13
105. P. Aloy R. B. Russell Bioinformatics 2003 19 161 162