Order and disorder in large multi-site docking proteins of the Gab family - Implications for signalling complex formation and inhibitor design strategies

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 1, 2012, Pages 33-46

  Simister, Philip C ^a   Feller, Stephan M ^a  

^a UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MULTIPROTEIN COMPLEX; SIGNAL TRANSDUCING ADAPTOR PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMAL; BINDING SITE; CHEMISTRY; DRUG ANTAGONISM; DRUG DESIGN; HUMAN; METABOLISM; MOLECULAR GENETICS; PROTEIN FOLDING; REVIEW; SIGNAL TRANSDUCTION;

ADAPTOR PROTEINS, SIGNAL TRANSDUCING; AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; BINDING SITES; DRUG DESIGN; HUMANS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; MULTIPROTEIN COMPLEXES; PROTEIN FOLDING; SIGNAL TRANSDUCTION;

EID: 82655179901     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1mb05272a     Document Type: Review

References (128)

1. F. U. Wohrle R. J. Daly T. Brummer Cell Commun. Signaling 2009 7 22
2. K. Mardilovich S. L. Pankratz L. M. Shaw Cell Commun. Signaling 2009 7 14
3. N. Gotoh Cancer Sci. 2008 99 1319 1325
4. P. Di Stefano M. P. C. Leal G. Tornillo B. Bisaro D. Repetto A. Pincini E. Santopietro N. Sharma E. Turco S. Cabodi P. Defilippi Am. J. Cancer Res. 2011 1 663 673
5. N. Tikhmyanova J. L. Little E. A. Golemis Cell. Mol. Life Sci. 2010 67 1025 1048
6. M. Harkiolaki T. Tsirka M. Lewitzky P. C. Simister D. Joshi L. E. Bird E. Y. Jones N. O'Reilly S. M. Feller Structure 2009 17 809 822
7. N. Bisson D. A. James G. Ivosev S. A. Tate R. Bonner L. Taylor T. Pawson Nat. Biotechnol. 2011 29 653 658
8. U. Schaeper N. H. Gehring K. P. Fuchs M. Sachs B. Kempkes W. Birchmeier J. Cell Biol. 2000 149 1419 1432
9. C. Bourgin R. P. Bourette S. Arnaud Y. Liu L. R. Rohrschneider G. Mouchiroud Mol. Cell. Biol. 2002 22 3744 3756
10. S. H. Ong Y. R. Hadari N. Gotoh G. R. Guy J. Schlessinger I. Lax Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 6074 6079
11. H. Gu B. G. Neel Trends Cell Biol. 2003 13 122 130
12. Y. Liu L. R. Rohrschneider FEBS Lett. 2002 515 1 7
13. T. Brummer M. Larance M. T. Herrera Abreu R. J. Lyons P. Timpson C. H. Emmerich E. D. Fleuren G. M. Lehrbach D. Schramek M. Guilhaus D. E. James R. J. Daly EMBO J. 2008 27 2305 2316
14. M. Sachs H. Brohmann D. Zechner T. Muller J. Hulsken I. Walther U. Schaeper C. Birchmeier W. Birchmeier J. Cell Biol. 2000 150 1375 1384
15. M. Itoh Y. Yoshida K. Nishida M. Narimatsu M. Hibi T. Hirano Mol. Cell. Biol. 2000 20 3695 3704
16. M. Seiffert J. M. Custodio I. Wolf M. Harkey Y. Liu J. N. Blattman P. D. Greenberg L. R. Rohrschneider Mol. Cell. Biol. 2003 23 2415 2424
17. H. Gu K. Saito L. D. Klaman J. Shen T. Fleming Y. Wang J. C. Pratt G. Lin B. Lim J. P. Kinet B. G. Neel Nature 2001 412 186 190
18. K. Nishida L. Wang E. Morii S. J. Park M. Narimatsu S. Itoh S. Yamasaki M. Fujishima K. Ishihara M. Hibi Y. Kitamura T. Hirano Blood 2002 99 1866 1869
19. T. Wada T. Nakashima A. J. Oliveira-dos-Santos J. Gasser H. Hara G. Schett J. M. Penninger Nat. Med. 2005 11 394 399
20. Y. Zhang E. Diaz-Flores G. Li Z. Wang Z. Kang E. Haviernikova S. Rowe C. K. Qu W. Tse K. M. Shannon K. D. Bunting Blood 2007 110 116 124
21. E. A. Bard-Chapeau J. Yuan N. Droin S. Long E. E. Zhang T. V. Nguyen G. S. Feng Mol. Cell. Biol. 2006 26 4664 4674
22. E. A. Bard-Chapeau A. L. Hevener S. Long E. E. Zhang J. M. Olefsky G. S. Feng Nat. Med. 2005 11 567 571
23. Y. Lu Y. Xiong Y. Q. Huo J. Y. Han X. A. Yang R. L. Zhang D. S. Zhu S. Klein-Hessling J. Li X. Y. Zhang X. F. Han Y. L. Li B. Sheng Y. L. He M. Shibuya G. S. Feng J. C. Luo Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 2957 2962
24. W. Shioyama Y. Nakaoka K. Higuchi T. Minami Y. Taniyama K. Nishida H. Kidoya T. Sonobe H. Naito Y. Arita T. Hashimoto T. Kuroda Y. Fujio M. Shirai N. Takakura R. Morishita K. Yamauchi-Takihara T. Kodama T. Hirano N. Mochizuki I. Komuro Circ. Res. 2011 108 664 675
25. J. J. Zhao W. Y. Wang C. H. Ha J. Y. Kim C. Wong E. M. Redmond A. Hamik M. K. Jain G. S. Feng Z. G. Jin Arterioscler., Thromb., Vasc. Biol. 2011 31 1016 U1147
26. U. Schaeper R. Vogel J. Chmielowiec J. Huelsken M. Rosario W. Birchmeier Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 15376 15381
27. R. D. Finn J. Mistry J. Tate P. Coggill A. Heger J. E. Pollington O. L. Gavin P. Gunasekaran G. Ceric K. Forslund L. Holm E. L. Sonnhammer S. R. Eddy A. Bateman Nucleic Acids Res. 2010 38 D211 222
28. I. Letunic T. Doerks P. Bork Nucleic Acids Res. 2009 37 D229 232
29. P. C. Simister F. Schaper N. O'Reilly S. McGowan S. M. Feller PLoS Biol. 2011 9 e1000591
30. C. M. Gould F. Diella A. Via P. Puntervoll C. Gemund S. Chabanis-Davidson S. Michael A. Sayadi J. C. Bryne C. Chica M. Seiler N. E. Davey N. Haslam R. J. Weatheritt A. Budd T. Hughes J. Pas L. Rychlewski G. Trave R. Aasland M. Helmer-Citterich R. Linding T. J. Gibson Nucleic Acids Res. 2009 38 D167 180
31. S. Ren V. N. Uversky Z. Chen A. K. Dunker Z. Obradovic BMC Genomics 2008 9 Suppl 2 S26
32. K. Bryson L. J. McGuffin R. L. Marsden J. J. Ward J. S. Sodhi D. T. Jones Nucleic Acids Res. 2005 33 W36 38
33. F. Orosz J. Ovadi Bioinformatics 2011 27 1449 1454
34. V. N. Uversky J. Biomed. Biotechnol. 2010 2010 568068
35. P. Romero Z. Obradovic X. Li E. C. Garner C. J. Brown A. K. Dunker Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001 42 38 48
36. Z. R. Yang R. Thomson P. McNeil R. M. Esnouf Bioinformatics 2005 21 3369 3376
37. T. Ishida K. Kinoshita Bioinformatics 2008 24 1344 1348
38. B. Xue R. L. Dunbrack R. W. Williams A. K. Dunker V. N. Uversky Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2010 1804 996 1010
39. A. Schlessinger M. Punta G. Yachdav L. Kajan B. Rost PLoS One 2009 4 e4433
40. B. Titz T. Low E. Komisopoulou S. S. Chen L. Rubbi T. G. Graeber Oncogene 2010 29 5895 5910
41. Z. Dosztanyi V. Csizmok P. Tompa I. Simon Bioinformatics 2005 21 3433 3434
42. S. Vucetic C. J. Brown A. K. Dunker Z. Obradovic Proteins: Struct., Funct., Genet. 2003 52 573 584
43. J. Bellay S. Han M. Michaut T. Kim M. Costanzo B. J. Andrews C. Boone G. D. Bader C. L. Myers P. M. Kim GenomeBiology 2011 12 R14
44. R. Eulenfeld F. Schaper J. Cell Sci. 2009 122 55 64
45. P. Tompa M. Fuxreiter C. J. Oldfield I. Simon A. K. Dunker V. N. Uversky BioEssays 2009 31 328 335
46. T. Sjoblom S. Jones L. D. Wood D. W. Parsons J. Lin T. D. Barber D. Mandelker R. J. Leary J. Ptak N. Silliman S. Szabo P. Buckhaults C. Farrell P. Meeh S. D. Markowitz J. Willis D. Dawson J. K. Willson A. F. Gazdar J. Hartigan L. Wu C. Liu G. Parmigiani B. H. Park K. E. Bachman N. Papadopoulos B. Vogelstein K. W. Kinzler V. E. Velculescu Science 2006 314 268 274
47. C. B. McDonald K. L. Seldeen B. J. Deegan V. Bhat A. Farooq J. Mol. Recognit. 2011 24 585 596
48. B. Meszaros I. Simon Z. Dosztanyi PLoS Comput. Biol. 2009 5 e1000376
49. M. S. Cortese V. N. Uversky A. K. Dunker Prog. Biophys. Mol. Biol. 2008 98 85 106
50. A. Rath A. R. Davidson C. M. Deber Biopolymers 2005 80 179 185
51. P. K. Vlasov A. V. Vlasova V. G. Tumanyan N. G. Esipova Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005 61 763 768
52. M. L. Wang H. Yao W. B. Xu Comput. Biol. Chem. 2005 29 95 100
53. M. J. Suskiewicz J. L. Sussman I. Silman Y. Shaul Protein Sci. 2011 20 1285 1297
54. M. Harkiolaki R. J. Gilbert E. Y. Jones S. M. Feller Structure 2006 14 1741 1753
55. C. A. Galea A. Nourse Y. Wang S. G. Sivakolundu W. T. Heller R. W. Kriwacki J. Mol. Biol. 2008 376 827 838
56. E. R. Lacy I. Filippov W. S. Lewis S. Otieno L. Xiao S. Weiss L. Hengst R. W. Kriwacki Nat. Struct. Mol. Biol. 2004 11 358 364
57. A. Akhmanova M. O. Steinmetz Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2008 9 309 322
58. G. Lansbergen Y. Komarova M. Modesti C. Wyman C. C. Hoogenraad H. V. Goodson R. P. Lemaitre D. N. Drechsel E. van Munster T. W. Gadella, Jr. F. Grosveld N. Galjart G. G. Borisy A. Akhmanova J. Cell Biol. 2004 166 1003 1014
59. O. Hecht H. Ridley R. Boetzel A. Lewin N. Cull D. A. Chalton J. H. Lakey G. R. Moore FEBS Lett. 2008 582 2673 2677
60. M. Hatakeyama Microbes Infect. 2003 5 143 150
61. C. M. Botham A. M. Wandler K. Guillemin PLoS Pathog. 2008 4 e1000064
62. B. Hoy M. Lower C. Weydig G. Carra N. Tegtmeyer T. Geppert P. Schroder N. Sewald S. Backert G. Schneider S. Wessler EMBO Rep. 2010 11 798 804
63. T. Kwok D. Zabler S. Urman M. Rohde R. Hartig S. Wessler R. Misselwitz J. Berger N. Sewald W. Konig S. Backert Nature 2007 449 862 866
64. L. F. Jimenez-Soto S. Kutter X. Sewald C. Ertl E. Weiss U. Kapp M. Rohde T. Pirch K. Jung S. F. Retta L. Terradot W. Fischer R. Haas PLoS Pathog. 2009 5 e1000684
65. M. Selbach S. Moese C. R. Hauck T. F. Meyer S. Backert J. Biol. Chem. 2002 277 6775 6778
66. M. Poppe S. M. Feller G. Romer S. Wessler Oncogene 2007 26 3462 3472
67. H. Mimuro T. Suzuki J. Tanaka M. Asahi R. Haas C. Sasakawa Mol. Cell 2002 10 745 755
68. N. Tegtmeyer S. Wessler S. Backert FEBS J. 2011 278 1190 1202
69. T. Raabe J. Riesgo-Escovar X. Liu B. S. Bausenwein P. Deak P. Maroy E. Hafen Cell 1996 85 911 920
70. S. M. Feller H. Wecklein M. Lewitzky E. Kibler T. Raabe Mech. Dev. 2002 116 129 139
71. L. Buti E. Spooner A. G. Van der Veen R. Rappuoli A. Covacci H. L. Ploegh Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 9238 9243
72. F. Bagnoli L. Buti L. Tompkins A. Covacci M. R. Amieva Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 16339 16344
73. C. Pelz S. Steininger C. Weiss F. Coscia R. Vogelmann J. Biol. Chem. 2011 286 8999 9008
74. S. Steininger C. Pelz R. Vogelmann Gut Microbes 2011 2 167 172
75. S. Ren H. Higashi H. Lu T. Azuma M. Hatakeyama J. Biol. Chem. 2006 281 32344 32352
76. R. Herbst X. Zhang J. Qin M. A. Simon EMBO J. 1999 18 6950 6961
77. D. Nesic M. C. Miller Z. T. Quinkert M. Stein B. T. Chait C. E. Stebbins Nat. Struct. Mol. Biol. 2010 17 130 132
78. M. Schwab BioEssays 1998 20 473 479
79. R. J. Daly H. Gu J. Parmar S. Malaney R. J. Lyons R. Kairouz D. R. Head S. M. Henshall B. G. Neel R. L. Sutherland Oncogene 2002 21 5175 5181
80. M. Bentires-Alj S. G. Gil R. Chan Z. C. Wang Y. Wang N. Imanaka L. N. Harris A. Richardson B. G. Neel H. Gu Nat. Med. 2006 12 114 121
81. S. H. Lee E. G. Jeong S. W. Nam J. Y. Lee N. J. Yoo Pathology 2007 39 326 329
82. B. Horst S. K. Gruvberger-Saal B. D. Hopkins L. Bordone Y. Yang K. A. Chernoff I. Uzoma V. Schwipper J. Liebau N. J. Nowak G. Brunner D. Owens D. L. Rimm R. Parsons J. T. Celebi Am. J. Pathol. 2009 174 1524 1533
83. X. L. Xu X. Wang Z. L. Chen M. Jin W. Yang G. F. Zhao J. W. Li Int. J. Biol. Sci. 2011 7 496 504
84. M. Sattler M. G. Mohi Y. B. Pride L. R. Quinnan N. A. Malouf K. Podar F. Gesbert H. Iwasaki S. Li R. A. Van Etten H. Gu J. D. Griffin B. G. Neel Cancer Cell 2002 1 479 492
85. M. G. Mohi I. R. Williams C. R. Dearolf G. Chan J. L. Kutok S. Cohen K. Morgan C. Boulton H. Shigematsu H. Keilhack K. Akashi D. G. Gilliland B. G. Neel Cancer Cell 2005 7 179 191
86. A. Zatkova C. Schoch F. Speleman B. Poppe C. Mannhalter C. Fonatsch K. Wimmer Genes, Chromosomes Cancer 2006 45 798 807
87. K. Mood C. Saucier Y. S. Bong H. S. Lee M. Park I. O. Daar Mol. Biol. Cell 2006 17 3717 3728
88. J. P. Eder G. F. Vande Woude S. A. Boerner P. M. LoRusso Clin. Cancer Res. 2009 15 2207 2214
89. A. E. Moran D. H. Hunt S. H. Javid M. Redston A. M. Carothers M. M. Bertagnolli J. Biol. Chem. 2004 279 43261 43272
90. G. S. Kapoor Y. Zhan G. R. Johnson D. M. O'Rourke Mol. Cell. Biol. 2004 24 823 836
91. L. Y. Bourguignon P. A. Singleton H. Zhu F. Diedrich J. Biol. Chem. 2003 278 29420 29434
92. C. Haynes C. J. Oldfield F. Ji N. Klitgord M. E. Cusick P. Radivojac V. N. Uversky M. Vidal L. M. Iakoucheva PLoS Comput. Biol. 2006 2 e100
93. R. R. Vallabhajosyula D. Chakravarti S. Lutfeali A. Ray A. Raval PLoS One 2009 4 e5344
94. M. Vidal M. E. Cusick A. L. Barabasi Cell 2011 144 986 998
95. J. D. Han N. Bertin T. Hao D. S. Goldberg G. F. Berriz L. V. Zhang D. Dupuy A. J. Walhout M. E. Cusick F. P. Roth M. Vidal Nature 2004 430 88 93
96. S. Agarwal C. M. Deane M. A. Porter N. S. Jones PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000817
97. D. Xu S. Wang W. M. Yu G. Chan T. Araki K. D. Bunting B. G. Neel C. K. Qu Blood 2010 116 3611 3621
98. B. T. Hennessy A. M. Gonzalez-Angulo K. Stemke-Hale M. Z. Gilcrease S. Krishnamurthy J. S. Lee J. Fridlyand A. Sahin R. Agarwal C. Joy W. Liu D. Stivers K. Baggerly M. Carey A. Lluch C. Monteagudo X. He V. Weigman C. Fan J. Palazzo G. N. Hortobagyi L. K. Nolden N. J. Wang V. Valero J. W. Gray C. M. Perou G. B. Mills Cancer Res. 2009 69 4116 4124
99. J. R. Adams N. F. Schachter J. C. Liu E. Zacksenhaus S. E. Egan Oncotarget 2011 2 435 447
100. K. L. Everett T. D. Bunney Y. Yoon F. Rodrigues-Lima R. Harris P. C. Driscoll K. Abe H. Fuchs M. H. de Angelis P. Yu W. Cho M. Katan J. Biol. Chem. 2009 284 23083 23093
101. M. R. Arkin A. Whitty Curr. Opin. Chem. Biol. 2009 13 284 290
102. J. Gsponer M. M. Babu Prog. Biophys. Mol. Biol. 2009 99 94 103
103. T. Sato N. Gotoh Expert Opin. Ther. Targets 2009 13 689 700
104. P. Tompa FEBS Lett. 2005 579 3346 3354
105. A. K. Dunker I. Silman V. N. Uversky J. L. Sussman Curr. Opin. Struct. Biol. 2008 18 756 764
106. E. Hazy P. Tompa ChemPhysChem 2009 10 1415 1419
107. P. Tompa, Structure and function of intrinsically disordered proteins, CRC Press/Taylor and Francis, Boca Raton, 2009
108. A. Peyroche B. Antonny S. Robineau J. Acker J. Cherfils C. L. Jackson Mol. Cell 1999 3 275 285
109. E. Mossessova R. A. Corpina J. Goldberg Mol. Cell 2003 12 1403 1411
110. J. C. Amor D. H. Harrison R. A. Kahn D. Ringe Nature 1994 372 704 708
111. J. Menetrey E. Macia S. Pasqualato M. Franco J. Cherfils Nat. Struct. Biol. 2000 7 466 469
112. V. Biou K. Aizel P. Roblin A. Thureau E. Jacquet S. Hansson B. Guibert E. Guittet C. van Heijenoort M. Zeghouf J. Perez J. Cherfils J. Mol. Biol. 2010 402 696 707
113. J. A. Marsh C. Neale F. E. Jack W. Y. Choy A. Y. Lee K. A. Crowhurst J. D. Forman-Kay J. Mol. Biol. 2007 367 1494 1510
114. J. A. Marsh J. D. Forman-Kay Biophys. J. 2010 98 2383 2390
115. P. Chene ChemMedChem 2006 1 400 411
116. E. Solomaha F. L. Szeto M. A. Yousef H. C. Palfrey J. Biol. Chem. 2005 280 23147 23156
117. M. Harkiolaki M. Lewitzky R. J. Gilbert E. Y. Jones R. P. Bourette G. Mouchiroud H. Sondermann I. Moarefi S. M. Feller EMBO J. 2003 22 2571 2582
118. D. M. Berry P. Nash S. K. Liu T. Pawson C. J. McGlade Curr. Biol. 2002 12 1336 1341
119. C. Reynes H. Host A. C. Camproux G. Laconde F. Leroux A. Mazars B. Deprez R. Fahraeus B. O. Villoutreix O. Sperandio PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000695
120. J. T. Nguyen C. W. Turck F. E. Cohen R. N. Zuckermann W. A. Lim Science 1998 282 2088 2092
121. S. Hashimoto M. Hirose A. Hashimoto M. Morishige A. Yamada H. Hosaka K. Akagi E. Ogawa C. Oneyama T. Agatsuma M. Okada H. Kobayashi H. Wada H. Nakano T. Ikegami A. Nakagawa H. Sabe Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 7036 7041
122. C. Oneyama H. Nakano S. V. Sharma Oncogene 2002 21 2037 2050
123. N. T. Ross W. P. Katt A. D. Hamilton Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 2010 368 989 1008
124. P. Vanhee F. Stricher L. Baeten E. Verschueren T. Lenaerts L. Serrano F. Rousseau J. Schymkowitz Structure 2009 17 1128 1136
125. C. A. Galea Y. Wang S. G. Sivakolundu R. W. Kriwacki Biochemistry 2008 47 7598 7609
126. A. S. Pinheiro J. A. Marsh J. D. Forman-Kay W. Peti J. Am. Chem. Soc. 2011 133 73 80
127. Q. Cai H. Sun Y. Peng J. Lu Z. Nikolovska-Coleska D. McEachern L. Liu S. Qiu C. Y. Yang R. Miller H. Yi T. Zhang D. Sun S. Kang M. Guo L. Leopold D. Yang S. Wang J. Med. Chem. 2011 54 2714 2726
128. A. M. Waterhouse J. B. Procter D. M. Martin M. Clamp G. J. Barton Bioinformatics 2009 25 1189 1191