Characterizing the structural behavior of selected Aβ-42 monomers with different solubilities

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 17, 2011, Pages 4900-4910

  Velez Vega, Camilo ^a   Escobedo, Fernando A ^a  

^a Cornell University   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MOLECULAR DYNAMICS; MONOMERS; OLIGOMERIZATION; PEPTIDES; RIGIDITY;

CONFORMATIONAL BEHAVIOR; EXPLICIT SOLVENTS; LIGAND BINDING; N-TERMINALS; POINT MUTATIONS; REPLICA-EXCHANGE MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; SPECIFIC INTERACTION; STRUCTURAL BEHAVIORS; STRUCTURAL CHANGE; STRUCTURAL FEATURE; WILD TYPES;

OLIGOMERS;

EID: 79955486832     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp1086575     Document Type: Article

References (84)

1. Haass, C.; Selkoe, D. J. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007, 8, 101-112
2. Shankar, G. M.; Li, S.; Mehta, T. H.; Garcia-Munoz, A.; Shepardson, N. E.; Smith, I.; Brett, F. M.; Farrell, M. A.; Rowan, M. J.; Lemere, C. A.; Regan, C. M.; Walsh, D. M.; Sabatini, B. L.; Selkoe, D. J. Nat. Med. 2008, 14, 837-842
3. Bernstein, S. L.; Dupuis, N. F.; Lazo, N. D.; Wyttenbach, T.; Condron, M. M.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Shea, J.; Ruotolo, B. T.; Robinson, C. V.; Bowers, M. T. Nature Chem. 2009, 1, 326-331
4. Bitan, G. Proc. Natl. Acad. Sci. 2002, 100, 330-335
5. Kayed, R.; Head, E.; Thompson, J. L.; McIntire, T. M.; Milton, S. C.; Cotman, C. W.; Glabe, C. G. Science 2003, 300, 486-489
6. Walsh, D. M.; Tseng, B. P.; Rydel, R. E.; Podlisny, M. B.; Selkoe, D. J. Biochemistry 2000, 39, 10831-10839
7. Ward, R. V.; Jennings, K. H.; Jepras, R.; Neville, W.; Owen, D. E.; Hawkins, J.; Christie, G.; Davis, J. B.; George, A.; Karran, E. H.; Howlett, D. R. Biochem. J. 2000, 348, 137-144
8. Ono, K.; Condron, M. M.; Teplow, D. B. J. Biol. Chem. 2010, 285, 23186-23197
9. Zhang, S. J. Struct. Biol. 2000, 130, 130-141
10. Hou, L.; Shao, H.; Zhang, Y.; Li, H.; Menon, N. K.; Neuhaus, E. B.; Brewer, J. M.; Byeon, I. L.; Ray, D. G.; Vitek, M. P.; Iwashita, T.; Makula, R. A.; Przybyla, A. B.; Zagorski, M. G. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1992-2005
11. Melquiond, A.; Dong, X.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. Curr. Alzheimer Res. 2008, 5, 244-250
12. Wood, S. J.; Wetzel, R.; Martin, J. D.; Hurle, M. R. Biochemistry 1995, 34, 724-730
13. Kirkitadze, M. D.; Condron, M. M.; Teplow, D. B. J. Mol. Biol. 2001, 312, 1103-1119
14. Lazo, N. D.; Grant, M. A.; Condron, M. C.; Rigby, A. C.; Teplow, D. B. Protein Sci. 2005, 14, 1581-1596
15. Tomaselli, S.; Esposito, V.; Vangone, P.; van Nuland, N. A. J.; Bonvin, A. M. J. J.; Guerrini, R.; Tancredi, T.; Temussi, P. A.; Picone, D. ChemBioChem 2006, 7, 257-267
16. Lim, K. H.; Henderson, G. L.; Jha, A.; Louhivuori, M. ChemBioChem 2007, 8, 1251-1254
17. Szabo, Z.; Klement, K.; Jost, K.; Zarandi, M.; Soos, K.; Penke, B. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1999, 265, 297-300
18. Sticht, H.; Bayer, P.; Willbold, D.; Dames, S.; Hilbich, C.; Beyreuther, K.; Frank, R. W.; Rösch, P. Eur. J. Biochem. 1995, 233, 293-298
19. Crescenzi, O.; Tomaselli, S.; Guerrini, R.; Salvadori, S.; DUrsi, A. M.; Temussi, P. A.; Picone, D. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 5642-5648
20. Chen, W.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. J. Chem. Phys. 2006, 125, 084911-8
21. Khandogin, J.; Brooks, C. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 16880-16885
22. Chebaro, Y.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 7668-7675
23. Cecchini, M.; Curcio, R.; Pappalardo, M.; Melki, R.; Caflisch, A. J. Mol. Biol. 2006, 357, 1306-1321
24. Jang, S.; Shin, S. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 3479-3484
25. Anand, P.; Nandel, F. S.; Hansmann, U. H. E. J. Chem. Phys. 2008, 129, 195102
26. Cecchini, M.; Rao, F.; Seeber, M.; Caflisch, A. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10748
27. Krone, M. G.; Baumketner, A.; Bernstein, S. L.; Wyttenbach, T.; Lazo, N. D.; Teplow, D. B.; Bowers, M. T.; Shea, J. J. Mol. Biol. 2008, 381, 221-228
28. Baumketner, A.; Krone, M. G.; Shea, J. Proc. Natl. Acad. Sci. 2008, 105, 6027-6032
29. Wei, G.; Shea, J. Biophys. J. 2006, 91, 1638-1647
30. Baumketner, A.; Bernstein, S. L.; Wyttenbach, T.; Lazo, N. D.; Teplow, D. B.; Bowers, M. T.; Shea, J. Protein Sci. 2006, 15, 1239-1247
31. Baumketner, A.; Shea, J. J. Mol. Biol. 2007, 366, 275-285
32. Daidone, I.; Simona, F.; Roccatano, D.; Broglia, R. A.; Tiana, G.; Colombo, G.; Di Nola, A. Proteins 2004, 57, 198-204
33. Nguyen, P. H.; Li, M. S.; Stock, G.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. 2007, 104, 111-116
34. Huet, A.; Derreumaux, P. Biophys. J. 2006, 91, 3829-3840
35. Han, W.; Wu, Y. Proteins 2007, 66, 575-587
36. Kassler, K.; Horn, A. H. C.; Sticht, H. J. Mol. Model. 2009, 16, 1011-1020
37. Kittner, M.; Knecht, V. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 15288-15295
38. Wu, C.; Murray, M. M.; Bernstein, S. L.; Condron, M. M.; Bitan, G.; Shea, J.; Bowers, M. T. J. Mol. Biol. 2009, 387, 492-501
39. Yang, M.; Teplow, D. J. Mol. Biol. 2008, 384, 450-464
40. Mitternacht, S.; Staneva, I.; Härd, T.; Irbäck, A. Proteins 2010, 78, 2600-2608
41. Kim, S.; Takeda, T.; Klimov, D. K. Biophys. J. 2010, 99, 1949-1958
42. Vitalis, A.; Caflisch, A. J. Mol. Biol. 2010, 403, 148-165
43. Urbanc, B.; Betnel, M.; Cruz, L.; Bitan, G.; Teplow, D. B. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 4266-4280
44. Baumketner, A.; Bernstein, S. L.; Wyttenbach, T.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Bowers, M. T.; Shea, J. Protein Sci. 2006, 15, 420-428
45. Sgourakis, N. G.; Merced-Serrano, M.; Boutsidis, C.; Drineas, P.; Du, Z.; Wang, C.; Garcia, A. E. J. Mol. Biol. 2011, 405, 570-583
46. Sgourakis, N. G.; Yan, Y.; McCallum, S. A.; Wang, C.; Garcia, A. E. J. Mol. Biol. 2007, 368, 1448-1457
47. Luttmann, E.; Fels, G. Chem. Phys. 2006, 323, 138-147
48. Flöck, D.; Colacino, S.; Colombo, G.; Di Nola, A. Proteins 2006, 62, 183-192
49. Triguero, L.; Singh, R.; Prabhakar, R. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 2159-2167
50. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474-6487
51. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
52. Petkova, A. T. Proc. Natl. Acad. Sci. 2002, 99, 16742-16747
53. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141-151
54. Brenner, P.; Sweet, C. R.; VonHandorf, D.; Izaguirre, J. A. J. Chem. Phys. 2007, 126, 074103
55. Wurth, C.; Guimard, N. K.; Hecht, M. H. J. Mol. Biol. 2002, 319, 1279-1290
56. Kim, W.; Hecht, M. H. Proc. Natl. Acad. Sci. 2006, 103, 15824-15829
57. Fisher, A. C.; Kim, W.; Delisa, M. P. Protein Sci. 2006, 15, 449-458
58. Murakami, K.; Irie, K.; Morimoto, A.; Ohigashi, H.; Shindo, M.; Nagao, M.; Shimizu, T.; Shirasawa, T. J. Biol. Chem. 2003, 278, 46179-46187
59. Pérez, A.; Morelli, L.; Cresto, J. C.; Castan̄o, E. M. Neurochem. Res. 2000, 25, 247-255
60. Davis, J.; Van Nostrand, W. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 2996-3000
61. Fraser, P. E.; Nguyen, J. T.; Inouye, H.; Surewicz, W. K.; Selkoe, D. J.; Podlisny, M. B.; Kirschner, D. A. Biochemistry 1992, 31, 10716-10723
62. Waal, R. M. W. D.; Schipper, J. J.; Nostrand, W. E. V. J. Neurochem. 1997, 68, 1135-1141
63. Irie, K.; Murakami, K.; Masuda, Y.; Morimoto, A.; Ohigashi, H.; Ohashi, R.; Takegoshi, K.; Nagao, M.; Shimizu, T.; Shirasawa, T. J. Biosci. Bioeng. 2005, 99, 437-447
64. Massi, F.; Straub, J. E. Biophys. J. 2001, 81, 697-709
65. Cruz, L.; Urbanc, B.; Borreguero, J. M.; Lazo, N. D.; Teplow, D. B.; Stanley, H. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 18258-18263
66. Spoel, D. V. D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718
67. Velez-Vega, C.; Fenwick, M. K.; Escobedo, F. A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1785-1795
68. Nosé, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511
69. Hoover, W. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697
70. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
71. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577-2637
72. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
73. Riek, R.; Guntert, P.; Dobeli, H.; Wipf, B.; Wuthrich, K. Eur. J. Biochem. 2001, 268, 5930-5936
74. Dobson, C. M. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 329-332
75. Luhrs, T. Proc. Natl. Acad. Sci. 2005, 102, 17342-17347
76. Orner, B. P.; Liu, L.; Murphy, R. M.; Kiessling, L. L. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 11882-11889
77. Lee, M.; Bard, F.; Johnson-Wood, K.; Lee, C.; Hu, K.; Griffith, S. G.; Black, R. S.; Schenk, D.; Seubert, P. Ann. Neurol. 2005, 58, 430-435
78. de Groot, N. S.; Aviles, F. X.; Vendrell, J.; Ventura, S. FEBS J. 2006, 273, 658-668
79. Yan, Y.; Wang, C. J. Mol. Biol. 2006, 364, 853-862
80. Yan, Y.; Liu, J.; Mccallum, S.; Yang, D.; Wang, C. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2007, 362, 410-414
81. Szabo, P.; Relkin, N.; Weksler, M. Autoimmun. Rev. 2008, 7, 415-420
82. Lin, E. I.; Shell, M. S. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 11899-11908
83. Tartaglia, G. G.; Cavalli, A.; Pellarin, R.; Caflisch, A. Protein Sci. 2004, 13, 1939-1941
84. Chiti, F.; Stefani, M.; Taddei, N.; Ramponi, G.; Dobson, C. M. Nature 2003, 424, 805-808