Can peptide folding simulations provide predictive information for aggregation propensity?

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 36, 2010, Pages 11899-11908

  Lin, Edmund I ^a   Shell, M Scott ^a  

^a University of California   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS; REGRESSION ANALYSIS;

AGGREGATION PROPENSITY; AGGREGATION RATE; AMYLOID FIBRIL; CONFORMATIONAL ENSEMBLE; DRIVING FORCES; FIBRIL FORMATION; HYDROPHOBIC INTERACTIONS; LOGISTIC REGRESSION MODELS; MOLECULAR PICTURES; MOLECULAR PROPERTIES; PEPTIDE AGGREGATION; PEPTIDE FOLDING; PREDICTIVE INFORMATION; REPLICA EXCHANGE MOLECULAR DYNAMICS;

PEPTIDES;

EID: 77956508413     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp104114n     Document Type: Article

References (85)

1. Chen, P. Colloids Surf., A 2005, 261, 3-24
2. Dobson, C. M. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 329-332
3. Dobson, C. M. Nature 2003, 426, 884-890
4. Thirumalai, D.; Klimov, D. K.; Dima, R. I. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 1-14
5. Chiti, F.; Dobson, C. M. Annu. Rev. Biochem. 2006, 75, 333-366
6. Eisenberg, D.; Nelson, R.; Sawaya, M. R.; Balbirnie, M.; Sambashivan, S.; Ivanova, M. I.; Madsen, A. O.; Riekel, C. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 568-575
7. Fernandez-Busquets, X.; de Groot, N. S.; Fernandez, D.; Ventura, S. Curr. Med. Chem. 2008, 15, 1336-1349
8. Wang, W. Int. J. Pharm. 2005, 289, 1-30
9. Weiss, W. F.; Young, T. M.; Roberts, C. J. J. Pharm. Sci. 2009, 98, 1246-1277
10. Mihara, H.; Takahashi, Y. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997, 7, 501-508
11. Zhang, S. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 1171-1178
12. Rajagopal, K.; Schneider, J. P. Curr. Opin. Struct. Biol 2004, 14, 480-486
13. Fairman, R.; Akerfeldt, K. S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 453-463
14. Chockalingam, K.; Blenner, M.; Banta, S. Protein Eng. Des. Sel. 2007, 20, 155-161
15. Colombo, G.; Soto, P.; Gazit, E. Trends Biotechnol. 2007, 25, 211-218
16. Tycko, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 96-103
17. Tycko, R. Q. Rev. Biophys. 2006, 39, 1-55
18. Chiti, F.; Stefani, M.; Taddei, N.; Ramponi, G.; Dobson, C. M. Nature 2003, 424, 805-808
19. Tartaglia, G. G.; Cavalli, A.; Pellarin, R.; Caflisch, A. Protein Sci. 2004, 13, 1939
20. Fernandez-Escamilla, A. M.; Rousseau, F.; Schymkowitz, J.; Serrano, L. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1302-1306
21. Caflisch, A. Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 437-444
22. DuBay, K. F.; Pawar, A. P.; Chiti, F.; Zurdo, J.; Dobson, C. M.; Vendruscolo, M. J. Mol. Biol. 2004, 341, 1317-1326
23. Pawar, A. P.; DuBay, K. F.; Zurdo, J.; Chiti, F.; Vendruscolo, M.; Dobson, C. M. J. Mol. Biol. 2005, 350, 379-392
24. Tartaglia, G. G.; Pawar, A. P.; Campioni, S.; Dobson, C. M.; Chiti, F.; Vendruscolo, M. J. Mol. Biol. 2008, 380, 425-436
25. Tartaglia, G. G.; Cavalli, A.; Pellarin, R.; Caflisch, A. Protein Sci. 2005, 14, 2723-2734
26. Thompson, M. J.; Sievers, S. A.; Karanicolas, J.; Ivanova, M. I.; Baker, D.; Eisenberg, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 4074-4078
27. Conchillo-Sole, O.; de Groot, N.; Aviles, F.; Vendrell, J.; Daura, X.; Ventura, S. BMC Bioinf. 2007, 8, 65
28. Trovato, A.; Seno, F.; Tosatto, S. C. E. Protein Eng., Des. Sel. 2007, 20, 521-523
29. Ma, B.; Nussinov, R. Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 445-452
30. Khare, S. D.; Wilcox, K. C.; Gong, P.; Dokholyan, N. V. Proteins 2005, 61, 617-632
31. Cecchini, M.; Curcio, R.; Pappalardo, M.; Melki, R.; Caflisch, A. J. Mol. Biol. 2006, 357, 1306-1321
32. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141-151
33. Zanuy, D.; Ma, B.; Nussinov, R. Biophys. J. 2003, 84, 1884-1894
34. Gsponer, J.; Haberthur, U.; Caflisch, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 5154-5159
35. Cecchini, M.; Rao, F.; Seeber, M.; Caflisch, A. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10748
36. Guo, J.-t.; Wetzel, R.; Xu, Y. Proteins 2004, 57, 357-364
37. Tsai, H. H.; Reches, M.; Tsai, C. J.; Gunasekaran, K.; Gazit, E.; Nussinov, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 8174-8179
38. Baumketner, A.; Shea, J. E. Biophys. J. 2005, 89, 1493-1503
39. López de la Paz, M.; de Mori, G. M. S.; Serrano, L.; Colombo, G. J. Mol. Biol. 2005, 349, 583-596
40. Röhrig, U. F.; Laio, A.; Tantalo, N.; Parrinello, M.; Petronzio, R. Biophys. J. 2006, 91, 3217-3229
41. Fogolari, F.; Corazza, A.; Viglino, P.; Zuccato, P.; Pieri, L.; Faccioli, P.; Bellotti, V.; Esposito, G. Biophys. J. 2007, 92, 1673
42. Priya, A.; Fateh, S. N.; Ulrich, H. E. H. J. Chem. Phys. 2008, 129, 195102
43. Wolf, M. G.; Jongejan, J. A.; Laman, J. D.; de Leeuw, S. W. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 13493-13498
44. Li, D.-W.; Mohanty, S.; Irback, A.; Huo, S. PLoS Comput. Biol. 2008, 4 e1000238
45. Bellesia, G.; Shea, J.-E. Biophys. J. 2009, 96, 875-886
46. Takeda, T.; Klimov, D. K. Biophys. J. 2009, 96, 442-452
47. Giugliarelli, G.; Micheletti, C.; Banavar, J. R.; Maritan, A. J. Chem. Phys. 2000, 113, 5072
48. Smith, A. V.; Hall, C. K. J. Mol. Biol. 2001, 312, 187-202
49. Dima, R. I.; Thirumalai, D. Protein Sci. 2002, 11, 1036
50. Peng, S.; Ding, F.; Urbanc, B.; Buldyrev, S. V.; Cruz, L.; Stanley, H. E.; Dokholyan, N. V. Phys. Rev. E 2004, 69, 41908
51. Friedel, M.; Shea, J. E. J. Chem. Phys. 2004, 120, 5809
52. Wei, G.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. Biophys. J. 2004, 87, 3648-3656
53. Nguyen, H. D.; Hall, C. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 16180-16185
54. Cheung, J. K.; Truskett, T. M. Biophys. J. 2005, 89, 2372-2384
55. Shen, V. K.; Cheung, J. K.; Errington, J. R.; Truskett, T. M. Biophys. J. 2006, 90, 1949-1960
56. Cellmer, T.; Bratko, D.; Prausnitz, J. M.; Blanch, H. W. Trends Biotechnol. 2007, 25, 254-261
57. Bellesia, G.; Shea, J. E. J. Chem. Phys. 2007, 126, 245104
58. Jianing, Z.; Muthukumar, M. J. Chem. Phys. 2009, 130, 035102
59. Shell, M. S.; Ritterson, R.; Dill, K. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6878-6886
60. Shell, M. S.; Ozkan, S. B.; Voelz, V. A.; Wu, G. H. A.; Dill, K. Biophys. J. 2009, 96, 917-924
61. Lin, E.; Shell, M. S. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2062-2073
62. Voelz, V. A.; Shell, M. S.; Dill, K. A. PLoS Comput. Biol. 2009, 5 e1000281
63. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham Iii, T. E.; Debolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1-41
64. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M., Jr.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668-1688
65. Kollman, P. A.; Dixon, R.; Cornell, W.; Fox, T.; Chipot, C.; Pohorille, A. Comput. Simul. Biomolec. Syst. 1997, 3, 83-96
66. Onufriev, A.; Bashford, D.; Case, D. A. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3261-3429
67. Ozkan, S. B.; Wu, G. H. A.; Chodera, J. D.; Dill, K. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 11987-11992
68. Geney, R.; Layten, M.; Gomperts, R.; Hornak, V.; Simmerling, C. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 115-127
69. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577-2637
70. Shrake, A.; Rupley, J. A. J. Mol. Biol. 1973, 79, 351-364
71. Ho, B. K.; Dill, K. A. PLoS Comput. Biol. 2006, 2 e27
72. Kallberg, Y.; Gustafsson, M.; Persson, B.; Thyberg, J.; Johansson, J. J. Biol. Chem. 2001, 276, 12945-12950
73. Ono, S.; Nakajima, N.; Higo, J.; Nakamura, H. J. Comput. Chem. 2000, 21, 748-762
74. García, A. E.; Sanbonmatsu, K. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2782-2787
75. Gnanakaran, S.; Garcia, A. E. Biophys. J. 2003, 84, 1548-1562
76. Mu, Y.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5064-5073
77. Wood, S. J.; Wetzel, R.; Martin, J. D.; Hurle, M. R. Biochemistry 1995, 34, 724-730
78. Tjernberg, L. O.; Callaway, D. J. E.; Tjernberg, A.; Hahne, S.; Lilliehöök, C.; Terenius, L.; Thyberg, J.; Nordstedt, C. J. Biol. Chem. 1999, 274, 12619-12625
79. Petkova, A. T.; Ishii, Y.; Balbach, J. J.; Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Delaglio, F.; Tycko, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16742-16747
80. Williams, A. D.; Portelius, E.; Kheterpal, I.; Guo, J.-t.; Cook, K. D.; Xu, Y.; Wetzel, R. J. Mol. Biol. 2004, 335, 833-842
81. von Bergen, M.; Friedhoff, P.; Biernat, J.; Heberle, J.; Mandelkow, E. M.; Mandelkow, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5129-5134
82. Nelson, R.; Sawaya, M. R.; Balbirnie, M.; Madsen, A. O.; Riekel, C.; Grothe, R.; Eisenberg, D. Nature 2005, 435, 773-778
83. Godawat, R.; Jamadagni, S. N.; Garde, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 15119-15124
84. Lopez de la Paz, M.; Goldie, K.; Zurdo, J.; Lacroix, E.; Dobson, C. M.; Hoenger, A.; Serrano, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16052-16057
85. Pawar, A. P.; Dubay, K. F.; Zurdo, J.; Chiti, F.; Vendruscolo, M.; Dobson, C. M. J. Mol. Biol. 2005, 350, 379-392