Computational study on the structural diversity of amyloid beta peptide (Aβ10-35) oligomers

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 11, 2008, Pages 3479-3484

  Jang, Soonmin ^b   Shin, Seokmin ^a  

^a Seoul National University   (South Korea)

^b Sejong University   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINES; GLYCOPROTEINS; MOLECULAR DYNAMICS; OLIGOMERIZATION; QUANTUM CHEMISTRY;

ALZHEIMER AMYLOID; AMYLOID BETA PEPTIDE; COMPUTATIONAL STUDIES; REPLICA EXCHANGE MOLECULAR DYNAMICS (REX-MD); STRUCTURAL DIVERSITY;

DYNAMICS;

AMYLOID BETA PROTEIN;

ALZHEIMER DISEASE; ARTICLE; BINDING SITE; BIOLOGY; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; DIMERIZATION; METHODOLOGY; PATHOLOGY; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; TEMPERATURE;

ALZHEIMER DISEASE; AMYLOID BETA-PROTEIN; BINDING SITES; COMPUTATIONAL BIOLOGY; COMPUTER SIMULATION; DIMERIZATION; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; TEMPERATURE;

EID: 45949099262     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp076450w     Document Type: Article

References (69)

1. Kelly, J. W. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 101.
2. Thirumalai, D.; Klimov, D. K.; Dima, R. I. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 146.
3. Dobson, C. M. Nature (London, U.K.) 2003, 426, 884.
4. Bucciantini, M.; Calloni, G.; Chiti, F.; Formigli, L.; Nosi, D.; Dobson, C. M.; Stefani, M. J. Biol. Chem. 2004. 279, 31374.
5. Kelly, J. W. FASEB J. 1997, 11, 873.
6. Zheng, J.; Ma, B. Y.; Nussinov, R. Phys. Biol. 2006, 3, 1.
7. Klein, W. L.; Krafft, G. A.; Finch, C. E. Trends Neurosci. 2001, 24, 219.
8. Kayed, R.; Head, E.; Thompson, J. L.; McIntire, T. M.; Milton, S. C.; Cotman, C. W.; Glabe, C. G. Science (Washington, DC, U.S.) 2003, 300, 486.
9. Walsh, D. M.; Klyubin, I.; Fadeeva, J, V.; Cullen, W. K.; Anwyl, R.; Wolfe, M. S.; Rowan, M. J.; Selkoe, D. J. Nature (London, U.K.) 2002, 416, 535.
10. Bitan, G.; Vollers, S. S.; Teplow, D. B. J. Biol. Chem. 2003, 278, 34882.
11. Petkova, A. T.; Leapman, R. D.; Guo, Z. H.; Yau, W. M.; Mattson, M. P.; Tycko, R. Science (Washington, DC, U.S.) 2005, 307, 262.
12. Sgourakis, N. G.; Yan, Y. L.; McCallum, S. A.; Wang, C. Y.; Garcia, A. E. J. Mol. Biol. 2007, 368, 1448.
13. Armen, R. S.; DeMarco, M. L.; Alonso, D. O. V.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 11622.
14. Dedmon, M. M.; Lindorff-Larsen, K.; Christodoulou, J.; Vendruscolo, M.; Dobson, C. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 476.
15. Massi, F.; Straub, J. E. J. Comput. Chem. 2003, 24, 143.
16. Bernstein, S. L.; Wyttenbach, T.; Baumketnert, A.; Shea, J. E.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2075.
17. Borreguero, J. M.; Urbanc, B.; Lazo, N. D.; Buldyrev, S. V.; Teplow, D. B.; Stanley, H. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6015.
18. Massi, F.; Klimov, D.; Thirumalai, D.; Straub, J. E. Protein Sci. 2002, 11, 1639.
19. Han, W.; Wu, Y.-D. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 15408.
20. Barducci, A.; Chelli, R.; Procacci, P.; Schettino, V.; Gervasio, F. L.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2705.
21. Haspel, N.; Zanuy, D.; Ma, B. Y.; Wolfson, H.; Nussinov, R. J. Mol. Biol. 2005, 345, 1213.
22. Huet, A.; Derreumaux, P. Biophys. J. 2006, 91, 3829.
23. Wei, G. H.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. Biophys. J. 2004, 87, 3648.
24. Santini, S.; Wei, G. H.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. Structure 2004, 12, 1245.
25. Santini, S.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11509.
26. Klimov, D. K.; Thirumalai, D. Structure 2003, 11, 295.
27. Tarus, B.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. J. Mol. Biol. 2005, 345, 1141.
28. Melquiond, A.; Boucher, G.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. J. Chem. Phys. 2005, 122, 174904.
29. Paci, E.; Gsponer, J.; Salvatella, X.; Vendruscolo, M. J. Mol. Biol. 2004, 340, 555.
30. Wu, C.; Lei, H. X.; Duan, Y. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 13530.
31. Ma, B. Y.; Nussinov, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 14126.
32. Li, L. P.; Darden, T. A.; Bartolotti, L.; Kominos, D.; Pedersen, L. G. Biophys. J. 1999, 76, 2871.
33. Zanuy, D.; Gunasekaran, K.; Ma, B. Y.; Tsai, H. H.; Tsai, C. J.; Nussinov, R. Amyloid 2004, 11, 143.
34. Meinke, J. H.; Hansmann, U. H. E. J. Chem. Phys. 2007, 126.
35. Nguyen, H. D.; Hall, C. K. J. Biol. Chem. 2005, 280, 9074.
36. Hwang, W.; Zhang, S. G.; Kamm, R. D.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 12916.
37. Cecchini, M.; Rao, F.; Seeber, M.; Caflisch, A. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10748.
38. Nguyen, H. D.; Hall, C. K. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1890.
39. Baumketner, A.; Shea, J. E. Biophys. J. 2005, 89, 1493.
40. Urbane, B.; Cruz, L.; Ding, F.; Sammond, D.; Khare, S.; Buldyrev, S. V.; Stanley, H. E,; Dokholyan, N. V. Biophys. J. 2004, 87, 2310.
41. Favrin, G.; Irback, A.; Mohanty, S. Biophys. J. 2004, 87, 3657.
42. Gnanakaran, S.; Nussinov, R.; Garcia, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2158.
43. Tsai, H. H.; Reches, M.; Tsai, C. J.; Gunasekaran, K.; Gazit, E.; Nussinov, R. Proc Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 8174.
44. Lee, J. P.; Stimson, E. R.; Ghilardi, J. R.; Mantyh, P. W.; Lu, Y. A.; Felix, A. M.; Llanos, W.; Behbin, A.; Cummings, M.; Vancriekinge, M.; Timms, W.; Maggio, J. E. Biochemistry 1995, 34, 5191.
45. Esler, W. P.; Stimson, E. R.; Ghilardi, J. R.; Lu, Y., A.; Felix, A. M.; Vinters, H. V.; Mantyh, P. W.; Lee, J. P.; Maggio, J, E. Biochemistry 1996, 35, 13914.
46. Young, J. K.; Anklin, C.; Hicks, R. P. Biopolymers 1994, 34, 1449.
47. Lau, T. L.; Barnham, K. J.; Curtain, C. C.; Masters, C. L.; Separovic, F. Aust. J. Chem. 2003, 56, 349.
48. Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Balbach, J. J.; Tycko, R. Biochemistry 2002, 41, 15436.
49. Balbach, J. J.; Petkova, A. T.; Oyler, N. A.; Antzutkin, O. N.; Gordon, D. J.; Meredith, S. C.; Tycko, R. Biophys. J. 2002, 83, 1205.
50. Benzinger, T. L. S.; Gregory, D. M.; Burkoth, T. S.; Miller-Auer, H.; Lynn, D. G.; Botto, R. E.; Meredith, S. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 13407.
51. Thompson, L. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 383.
52. Zhang, S.; Iwata, K,; Lachenmann, M. J.; Peng, J. W.; Li, S.; Stimson, E. R.; Lu, Y.; Felix, A. M.; Maggio, J. E.; Lee, J. P. J. Struct. Biol. 2000, 130, 130.
53. Jang, S.; Shin, S. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 1955.
54. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141.
55. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E. I.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER8; University of California, San Francisco: San Francisco, 2004.
56. Case, D. Abstr. Pap. Am. Chem. Soc 2003, 225, 779.
57. Kubitzki, M. B.; de Groot, B. L. Biophys. J. 2007, 92, 4262.
58. Zhang, W.; Wu, C.; Duan, Y. J. Chem. Phys. 2005, 123, 154105.
59. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577.
60. Yang, S. C.; Levine, H.; Onuchic, J. N. J. Mol. Biol. 2005, 352, 202.
61. Goldsbury, C.; Frey, P.; Olivieri, V.; Aebi, U.; Muller, S. A. J. Mol. Biol. 2005, 352, 282.
62. Nguyen, P. H.; Li, M. S.; Stock, G.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 111.
63. Yoda, T.; Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 2004, 386, 460.
64. Walsh, D. M.; Hartley, D. M.; Kusumoto, Y.; Fezoui, Y.; Condron, M. M.; Lomakin, A.; Benedek, G. B.; Selkoe, D. J.; Teplow, D. B. J. Biol. Chem. 1999, 274, 25945.
65. Kazmirski, S. L.; Li, A. J.; Daggett, V. J. Mol. Biol. 1999, 290, 283.
66. Nymeyer, H.; Garcia, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13934.
67. Tarus, B.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 16159.
68. Han, W.; Wu, Y. D. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007, 66, 575.
69. Jahn, T. R.; Parker, M. J.; Homans, S. W.; Radford, S. E. Nat. Struct. Mol. Biol. 2006, 13, 195.