Understanding the specificity of a docking interaction between JNK1 and the scaffolding protein JIP1

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 6, 2011, Pages 1491-1502

  Yan, Chunli ^a   Kaoud, Tamer ^b   Lee, Sunbae ^b   Dalby, Kevin N ^b,c   Ren, Pengyu ^a  

^a The University of Texas at Austin   (United States)

^b The University of Texas at Austin   (United States)

^c UNIVERSITY OF TEXAS AT AUSTIN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVATION ANALYSIS; AMINO ACIDS; COMPLEXATION; DYNAMICS; FREE ENERGY; MOLECULAR DYNAMICS; PEPTIDES;

ACTIVATION LOOPS; ACTIVE SITE; ALANINE-SCANNING MUTAGENESIS; ALLOSTERIC MECHANISMS; APO-STATE; BINDING AFFINITIES; BINDING FREE ENERGY; CONFORMATIONAL CHANGE; DISEASE STATE; DOMAIN MOTIONS; DYNAMIC DOMAINS; ELECTROSTATIC INTERACTIONS; ENERGY DECOMPOSITION; ESSENTIAL DYNAMICS; IN-VITRO; INTER-DOMAIN; INTERACTION INTERFACE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; N-AND C-TERMINAL DOMAINS; OPEN CONFORMATION; POISSON-BOLTZMANN; SCAFFOLDING PROTEINS; SURFACE AREA; TWISTING MOTION; UP-REGULATION;

BINDING ENERGY;

EID: 79951525030     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp1073522     Document Type: Article

References (83)

1. Kyriakis, J. M.; Avruch, J. Physiol. Rev. 2001, 81, 807-869
2. Pearson, G.; Robinson, F.; Gibson, T. B.; Xu, B. E.; Karandikar, M.; Berman, K.; Cobb, M. H. Endocr. Rev. 2001, 22, 153-183
3. Derijard, B.; Hibi, M.; Wu, I. H.; Barrett, T.; Su, B.; Deng, T. L.; Karin, M.; Davis, R. J. Cell 1994, 76, 1025-1037
4. Kallunki, T.; Su, B.; Tsigelny, I.; Sluss, H. K.; Derijard, B.; Moore, G.; Davis, R.; Karin, M. Genes Dev. 1994, 8, 2996-3007
5. Kyriakis, J. M.; Avruch, J. J. Biol. Chem. 1990, 265, 17355-17363
6. Gupta, S.; Barrett, T.; Whitmarsh, A. J.; Cavanagh, J.; Sluss, H. K.; Derijard, B.; Davis, R. J. EMBO J. 1996, 15, 2760-2770
7. Dreskin, S. C.; Thomas, G. W.; Dale, S. N.; Heasley, L. E. J. Immunol. 2001, 166, 5646-5653
8. Martin, J. H.; Mohit, A. A.; Miller, C. A. Mol. Brain Res. 1996, 35, 47-57
9. Gupta, S.; Campbell, D.; Derijard, B.; Davis, R. J. Science 1995, 267, 389-393
10. Kraus, S.; Benard, O.; Naor, Z.; Seger, R. J. Biol. Chem. 2003, 278, 32618-32630
11. Weston, C. R.; Davis, R. J. Curr. Opin. Genet. Dev. 2002, 12, 14-21
12. Bogoyevitch, M. A. Trends Mol. Med. 2005, 11, 232-239
13. Manning, A. M.; Davis, R. J. Nat. Rev. Drug Discovery 2003, 2, 554-565
14. Manning, G.; Whyte, D. B.; Martinez, R.; Hunter, T.; Sudarsanam, S. Science 2002, 298, 1912-1934
15. Whitmarsh, A. J.; Cavanagh, L.; Tournier, C.; Yasuda, L.; Davis, R. J. Science 1998, 281, 1671-1674
16. Kim, I. J.; Lee, K. W.; Park, B. Y.; Lee, J. K.; Park, J.; Choi, I. Y.; Eom, S. J.; Chang, T. S.; Kim, M. J.; Yeom, Y. I.; Chang, S. K.; Lee, Y. D.; Choi, E. J.; Han, P. L. J. Neurochem. 1999, 72, 1335-1343
17. Sharrocks, A. D.; Yang, S. H.; Galanis, A. Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 448-453
18. Smith, J. K.; Poteet-Smith, C. E.; Lannigan, D. A.; Freed, T. A.; Zoltoski, A. J.; Sturgill, T. W. J. Biol. Chem. 2000, 275, 31588-31593
19. Tanoue, T.; Maeda, R.; Adachi, M.; Nishida, E. EMBO J. 2001, 20, 466-479
20. Barr, R. K.; Kendrick, T. S.; Bogoyevitch, M. A. J. Biol. Chem. 2002, 277, 10987-10997
21. Bonny, C.; Oberson, A.; Negri, S.; Sauser, C.; Schorderet, D. F. Diabetes 2001, 50, 77-82
22. Milano, G.; Morel, S.; Bonny, C.; Samaja, M.; von Segesser, L. K.; Nicod, P.; Vassalli, G. Am. J. Physiol. Heart Circ. Physiol. 2007, 292, H1828-H1835
23. Bhattacharyya, R. P.; Remenyi, A.; Good, M. C.; Bashor, C. J.; Falick, A. M.; Lim, W. A. Science 2006, 311, 822-826
24. Ge, B. X.; Gram, H.; Di Padova, F.; Huang, B.; New, L.; Ulevitch, R. J.; Luo, Y.; Han, J. H. Science 2002, 295, 1291-1294
25. Kang, Y. J.; Seit-Nebi, A.; Davis, R. J.; Han, J. H. J. Biol. Chem. 2006, 281, 26225-26234
26. Remenyi, A.; Good, M. C.; Bhattacharyya, R. P.; Lim, W. A. Mol. Cell 2005, 20, 951-962
27. Zhou, T.; Sun, L.; Humphreys, J.; Goldsmith, E. J. Structure 2006, 14, 1011-1019
28. Liu, S.; Sun, J. P.; Zhou, B.; Zhang, Z. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 5326-5331
29. Chang, C. I.; Xu, B. E.; Akella, R.; Cobb, M. H.; Goldsmith, E. J. Mol. Cell 2002, 9, 1241-1249
30. Heo, J. S.; Kim, S. K.; Seo, C. I.; Kim, Y. K.; Sung, B. J.; Lee, H. S.; Lee, J. I.; Park, S. Y.; Kim, J. H.; Hwang, K. Y.; Hyun, Y. L.; Jeon, Y. H.; Ro, S.; Cho, J. M.; Lee, T. G.; Yang, C. H. EMBO J. 2004, 23, 2185-2195
31. Brotherton, D. H.; Dhanaraj, V.; Wick, S.; Brizuela, L.; Domaille, P. J.; Volyanik, E.; Xu, X.; Parisini, E.; Smith, B. O.; Archer, S. J.; Serrano, M.; Brenner, S. L.; Blundell, T. L.; Laue, E. D. Nature 1998, 395, 244-250
32. Russo, A. A.; Tong, L.; Lee, J. O.; Jeffrey, P. D.; Pavletich, N. P. Nature 1998, 395, 237-243
33. Simmerling, C.; Strockbine, B.; Roitberg, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11258-11259
34. Snow, C. D.; Nguyen, N.; Pande, V. S.; Gruebele, M. Nature 2002, 420, 102-106
35. Daidone, I.; Roccatano, D.; Hayward, S. J. Mol. Biol. 2004, 339, 515-525
36. Hayward, S. J. Mol. Biol. 2004, 339, 1001-1021
37. Hayward, S.; Kitao, A. Biophys. J. 2006, 91, 1823-1831
38. Hyeon, C.; Jennings, P. A.; Adams, J. A.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 3023-3028
39. Liu, M. S.; Todd, B. D.; Sadus, R. J. Aust. J. Chem. 2010, 63, 405-412
40. Roccatano, D.; Mark, A. E.; Hayward, S. J. Mol. Biol. 2001, 310, 1039-1053
41. Bauer, F.; Schweimer, K.; Meiselbach, H.; Hoffmann, S.; Rosch, P.; Sticht, H. Protein Sci. 2005, 14, 2487-2498
42. Gohlke, H.; Kiel, C.; Case, D. A. J. Mol. Biol. 2003, 330, 891-913
43. Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S. H.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.; Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Cheatham, T. E. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889-897
44. Kuhn, B.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3909-3916
45. Massova, I.; Kollman, P. A. Perspect. Drug Discovery Des. 2000, 18, 113-135
46. Masukawa, K. M.; Kollman, P. A.; Kuntz, I. D. J. Med. Chem. 2003, 46, 5628-5637
47. Zhou, Z. G.; Madrid, M.; Evanseck, J. D.; Madura, J. D. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17253-17260
48. Srinivasan, J.; Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9401-9409
49. Lafont, V.; Schaefer, M.; Stote, R. H.; Altschuh, D.; Dejaegere, A. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007, 67, 418-434
50. Moreira, I. S.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 10962-10969
51. Moreira, I. S.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J. Comput. Chem. 2007, 28, 644-654
52. Sanchez, R.; Sali, A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1997, Suppl. 1, 50-58
53. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668-1688
54. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33
55. DeLano, W. L. The PyMOL Molecular Graphics System; DeLano Scientific: San Carlos, CA, 2002.
56. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
57. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G. M.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J. M.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012
58. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
59. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
60. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
61. Onufriev, A.; Bashford, D.; Case, D. A. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004, 55, 383-394
62. Jiao, D.; Zhang, J. J.; Duke, R. E.; Li, G. H.; Schnieders, M. J.; Ren, P. Y. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1701-1711
63. Kitao, A.; Go, N. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 164-169
64. Nolde, S. B.; Arseniev, A. S.; Orekhov, V. Y.; Billeter, M. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2002, 46, 250-258
65. Tai, K.; Shen, T. Y.; Borjesson, U.; Philippopoulos, M.; McCammon, J. A. Biophys. J. 2001, 81, 715-724
66. Tai, K.; Shen, T. Y.; Henchman, R. H.; Bourne, Y.; Marchot, P.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6153-6161
67. Mongan, J. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2004, 18, 433-436
68. Hayward, S.; Lee, R. A. J. Mol. Graph. Model. 2002, 21, 181-183
69. Xie, X. L.; Gu, Y.; Fox, T.; Coll, J. T.; Fleming, M. A.; Markland, W.; Caron, P. R.; Wilson, K. P.; Su, M. S. S. Structure 1998, 6, 983-991
70. Shaw, D.; Wang, S. M.; Villasenor, A. G.; Tsing, S.; Walter, D.; Browner, M. F.; Barnett, J.; Kuglstatter, A. J. Mol. Biol. 2008, 383, 885-893
71. Lee, T.; Hoofnagle, A. N.; Kabuyama, Y.; Stroud, J.; Min, X. S.; Goldsmith, E. J.; Chen, L.; Resing, K. A.; Ahn, N. G. Mol. Cell 2004, 14, 43-55
72. Zhang, F. M.; Strand, A.; Robbins, D.; Cobb, M. H.; Goldsmith, E. J. Nature 1994, 367, 704-711
73. Canagarajah, B. J.; Khokhlatchev, A.; Cobb, M. H.; Goldsmith, E. J. Cell 1997, 90, 859-869
74. Mendieta, J.; Gago, F. J. Mol. Graph. Model. 2004, 23, 189-198
75. Chamberlain, S. D.; Redman, A. M.; Wilson, J. W.; Deanda, F.; Shotwell, J. B.; Gerding, R.; Lei, H. S.; Yang, B.; Stevens, K. L.; Hassell, A. M.; Shewchuk, L. M.; Leesnitzer, M. A.; Smith, J. L.; Sabbatini, P.; Atkins, C.; Groy, A.; Rowand, J. L.; Kumar, R.; Mook, R. A.; Moorthy, G.; Patnaik, S. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2009, 19, 360-364
76. Yan, C. L.; Xiu, Z. L.; Li, X. H.; Li, S. M.; Hao, C.; Teng, H. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008, 73, 134-149
77. Zhu, X. L.; Hao, G.-F.; Zhan, C. G.; Yang, G. F. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 1936-1943
78. Zou, H. J.; Luo, C.; Zheng, S. X.; Luo, X. M.; Zhu, W. L.; Chen, K. X.; Shen, J. H.; Jiang, H. L. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 9104-9113
79. Holland, P. M.; Cooper, J. A. Curr. Biol. 1999, 9, R329-R331
80. Yang, S. H.; Whitmarsh, A. J.; Davis, R. J.; Sharrocks, A. D. EMBO J. 1998, 17, 1740-1749
81. Fogolari, F.; Brigo, A.; Molinari, H. Biophys. J. 2003, 85, 159-166
82. Tanoue, T.; Nishida, E. Pharmacol. Ther. 2002, 93, 193-202
83. Wang, Z. L.; Harkins, P. C.; Ulevitch, R. J.; Han, J. H.; Cobb, M. H.; Goldsmith, E. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 2327-2332