Unraveling the importance of protein-protein interaction: Application of a computational alanine-scanning mutagenesis to the study of the IgG1 streptococcal protein G (C2 Fragment) complex

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 22, 2006, Pages 10962-10969

  Moreira, Irina S ^a   Fernandes, Pedro A ^a   Ramos, Maria J ^a  

^a UNIVERSITY OF PORTO   (Portugal)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; DRUG DOSAGE; FREE ENERGY; MUTAGENESIS;

CONTINUUM SOLVENT; DRUG DESIGN; INTERFACIAL RESIDUES; MOLECULAR MECHANICS;

PROTEINS;

EID: 33745467541     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp054760d     Document Type: Article

References (44)

1. Arkin, M. R.; Wells, A. J. Drug Discovery 2004, 3, 301.
2. DeLano, W. L.; Ultsch, M. H.; de Vos, A. M.; Wells, J. A. Science 2000, 287, 1279.
3. Sharma, S. K.; Ramsey, T. M.; Bair, K. W. Curr. Med. Chem. Anti-Cancer Agents 2002, 2, 311.
4. Michelle, R. A.; Randal, M.; DeLano, W. L.; Hyde, J.; Luong, T. N.; Oslob, J. D.; Raphael, D. R.; Taylor, L.; Wang, J.; McDowell, R. S.; Wells, J. A.; Braisted, A. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 1603.
5. Pons, J.; Rajpal, A.; Kirsch, J. Protein Sci. 1999, 8, 958.
6. Keskin, O.; Ma, B.; Nussinov, R. J. Mol. Biol. 2005, 345, 1281.
7. Bogan, A.; Thorn, K. S. J. Mol. Biol. 1998, 280, 1.
8. Ma, B.; Shatsky, M.; Wolfson, H. J.; Nussinov, R. Proteins 2002, 54, 63.
9. Gao, Y.; Wang, R.; Lia, L. J. Mol. Model. 2004, 10, 44.
10. Jayaram, B.; Mcconnel, K.; Dixit, S. B.; Das, A.; Beveridge D. L. J. Comput. Chem. 2001, 23, 1.
11. Moreira, I. S.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. Submitted for publication.
12. Boyle, N. D. P. Bacterial Immunoglobulin Binding Proteins; Academic Press: San Diego, CA, 1990.
13. Goward, C. R.; Scawen, M. D.; Murphy, J. P. Trends Biochem. Sci. 1993, 18, 136.
14. Sauer-Eriksson, A. E.; Kleywegt, G. J.; Uhlen, M.; Jones, T. A. Structure 1995, 3, 265.
15. Stiles, W. E. Chem. Rev. 1997, 97, 1233.
16. Jones, S.; Thornton, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 13.
17. Crick, F. H. C. Nature 1952, 170, 882.
18. Crick, F. H. C. Acta Ctystallogr. 1953, 6, 689.
19. Tsui, V.; Case, D. A. Biopolymers 2001, 56, 275.
20. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, H. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8; University of California: San Francisco, CA, 2004.
21. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
22. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. J. Comput. Phys. 1997, 23, 327.
23. Pastor, I. W. R.; Brooks, B. R.; Szabo, A. J. Mol. Phys. 1998, 65, 1409.
24. Loncharich, R. J.; Brooks, B. R.; Pastor, R. W. Biopolymers 1992, 32, 523.
25. Izaguirre, J. A.; Catarello, D. P.; Wozniak J. M.; Skeel, R. D. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2090.
26. Huo, S.; Massova, I.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2002, 23, 15.
27. Rocchia, W.; Sridharan, S.; Nicholls, A.; Alexov, E.; Chiabrera, A.; Honig, B. J. Comput. Chem. 2002, 23, 128.
28. Rocchia, W.; Alexov, E.; Honig, B. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6507.
29. Moreira, I. S.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2005, 729, 11.
30. Connolly, M. L. J. Appl. Crystallogr. 1983, 16, 548.
31. Sloan, D. J.; Hellinga, H. W. Protein Sci. 1999, 8, 1643.
32. Kollman, P. A., Massova, L; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.; Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Cheatham, T. E., III. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889.
33. Wang, W.; Donini, O.; Reyes, C. M.; Kollman, P. A. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001, 30, 211.
34. Massova, I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8133.
35. Wang, J.; Morin, P.; Wang, W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5221.
36. Wang, W.; Kollman, P. A. J. Mol. Biol. 2000, 303, 567.
37. Reyes, C. M.; Kollman, P. A. J. Mol. Biol. 2002, 295, 1.
38. Cohlke, H.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 238.
39. Xia, B.; Tsui, V.; Case, D. A.; Dyson, J.; Wright, P. E. J. Biomol. NMR 2002, 22, 317.
40. Ma, B.; Elkayam, T.; Wolfson, H.; Nussinov, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 5772.
41. Kuntz, I. D.; Chen, K.; Sharp, K. A.; Kollman, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9997.
42. Sheinerman, F. B.; Norel, R.; Honig, B. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 10, 153.
43. Kumar, S., Nussinov, R. Chembiochem 2002, 3, 604.
44. Clackson, T.; Wells, J. A. Science 1995, 267, 383.