Molecular insight into the interaction between IFABP and PA by using MM-PBSA and alanine scanning methods

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 30, 2007, Pages 9104-9113

  Zou, Hanjun ^a   Luo, Cheng ^a   Zheng, Suxin ^a   Luo, Xiaomin ^a   Zhu, Weiliang ^a   Chen, Kaixian ^a   Shen, Jianhua ^a   Jiang, Hualiang ^a,b  

^a SHANGHAI INSTITUTE OF MATERIA MEDICA   (China)

^b EAST CHINA UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FATTY ACIDS; FREE ENERGY; MUTAGENESIS;

ELECTROSTATIC COMPENSATION; GLUTAMINE; INTESTINAL FATTY ACID BINDING PROTEIN (IFABP); PALMITIC ACID;

MOLECULAR INTERACTIONS;

EID: 34548227363     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0713763     Document Type: Article

References (48)

1. Veerkamp, J. H.; Peeters, R. A.; Maatman, R. G. Biochim. Biophys. Acta 1991, 1081, 1-24.
2. Banaszak, L.; Winter, N.; Xu, Z.; Bernlohr, D. A.; Cowan, S.; Jones, T. A. Adv. Protein Chem. 1994, 45, 89-151.
3. Storch, J.; Thumser, A. E. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1486, 28-44.
4. Sacchettini, J. C.; Gordon, J. I.; Banaszak, L. J. J. Mol. Biol. 1989, 208, 327-339.
5. Sacchettini, J. C.; Gordon, J. I.; Banaszak, L. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 7736-7740.
6. Sacchettini, J. C.; Scapin, G.; Gopaul, D.; Gordon, J. I. J. Biol. Chem. 1992, 267, 23534-23545.
7. Eads, J.; Sacchettini, J. C.; Kromminga, A.; Gordon, J. I. J. Biol. Chem. 1993, 268, 26375-26385.
8. Hodsdon, M. E.; Cistola, D. P. Biochemistry 1997, 36, 1450-1460.
9. Hodsdon, M. E.; Ponder, J. W.; Cistola, D. P. J. Mol. Biol. 1996, 264, 585-602.
10. Bakowies, D.; van Gunsteren, W. F. J. Mol. Biol. 2002, 315, 713-736.
11. Likic, V. A.; Juranic, N.; Macura, S.; Prendergast, F. G. Protein Sci. 2000, 9, 497-504.
12. Woolf, T. B.; Grossfield, A.; Tychko, M. Biophys. J. 2000, 78, 608-625.
13. Rich, M. R.; Evans, J. S. Biochemistry 1996, 35, 1506-1515.
14. Woolf, T. B. Biophys. J. 1998, 74, 681-693.
15. Woolf, T. B.; Tychko, M. Biophys. J. 1998, 74, 694-707.
16. Friedman, R.; Nachliel, E.; Gutman, M. Biochemistry 2005, 44, 4275-4283.
17. Gohlke, H.; Klebe, G. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 2644-2676.
18. Marco, E.; Negri, A.; Luque, F. J.; Gago, F. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 6214-6224.
19. Archontis, G.; Watson, K. A.; Xie, Q.; Andreou, G.; Chrysina, E. D.; Zographos, S. E.; Oikonomakos, N. G.; Karplus, M. Proteins 2005, 61, 984-998.
20. Dolenc, J.; Oostenbrink, C.; Koller, J.; van Gunsteren, W. F. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 725-733.
21. Srinivasan, J.; Miller, J.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 16, 671-682.
22. Reyes, C. M.; Kollman, P. A. J. Mol. Biol. 2000, 297, 1145-1158.
23. Wang, W.; Kollman, P. A. J. Mol. Biol. 2000, 303, 567-582.
24. Massova, I.; Kollman, P. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8133-8143.
25. Huo, S.; Massova, I.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2002, 23, 15-27.
26. Woo, H. J.; Roux, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6825-6830.
27. Richieri, G. V.; Low, P. J.; Ogata, R. T.; Kleinfeld, A. M. J. Biol. Chem. 1997, 272, 16737-16740.
28. Richieri, G. V.; Low, P. J.; Ogata, R. T.; Kleinfeld, A. M. J. Biol. Chem. 1998, 273, 7397-7405.
29. Velkov, T.; Chuang, S.; Wielens, J.; Sakellaris, H.; Charman, W. N.; Porter, C. J.; Scanlon, M. J. J. Biol. Chem. 2005, 280, 17769-17776.
30. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E.; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmerling, C.; Darden, T.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Gohlke H.; Radmer, R.; Duan, Y.; Pitera J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P.; Kollman, P. A. University of California: San Francisco, 2002.
31. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280.
32. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madurs, J.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
33. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
34. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.: Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
35. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
36. Honig, B.; Nicholls, A. Science 1995, 268, 1144-1149.
37. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978-1988.
38. Sanner, M. F.; Olson, A. J.; Spehner, J. C. Biopolymers 1996, 38, 305-320.
39. Wang, J. M.; Morin, P.; Wang, W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5221-5230.
40. Massova, I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8133-8143.
41. Swanson, J. M. J.; Henchman, R. H.; McCammon, J. A. Biophys. J. 2004, 86, 67-74.
42. Kuhn, B.; Gerber, P.; Schulz-Gasch, T.; Stahl, M. J. Med. Chem. 2005, 48, 4040-4048.
43. Moreira, I. S.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 10962-10969.
44. Chong, L. T.; Duan, Y.; Wang, L.; Massova, I.; Kollman, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 14330-14335.
45. Pearlman, D. A. J. Med. Chem. 2005, 48, 7796-7807.
46. Luo, C.; Xu, L.; Zheng, S.; Luo, X.; Shen, J.; Jiang, H.; Liu, X.; Zhou, M. Proteins 2005, 59, 742-756.
47. Richieri, G. V.; Ogata, R. T.; Kleinfeld, A. M. J. Biol. Chem. 1995, 270, 15076-15084.
48. Jakoby, M. G.; Miller, K. R.; Toner, J. J.; Bauman, A.; Cheng, L.; Li, E.; Cistola, D. P. Biochemistry 1993, 32, 872-878.