Amide vibrations and their conformational dependences in β-peptide

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 48, 2010, Pages 16011-16019

  Zhao, Juan ^a   Wang, Jianping ^a  

^a INSTITUTE OF CHEMISTRY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COUPLINGS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; PEPTIDES;

AMIDE MODES; ANHARMONIC FREQUENCIES; ANHARMONICITIES; DIHEDRAL ANGLES; DIPEPTIDE; EIGENVECTORS; HARMONIC FREQUENCY; INTERMODE COUPLINGS; LOCAL MODES; MODE FREQUENCIES; MORSE POTENTIALS; NORMAL-MODE FREQUENCIES; STRUCTURAL BASIS; VIBRATIONAL FREQUENCIES;

AMIDES;

EID: 78650131595     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp108324p     Document Type: Article

References (71)

1. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181
2. Jackson, M.; Haris, P. I.; Chapman, D. Biochim. Biophys. Acta 1989, 998, 75
3. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3379
4. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123
5. Mukamel, S.; Abramavicius, D. Chem. Rev. 2004, 104, 2073
6. Wang, J.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2004, 297, 195
7. Huang, R.; Kubelka, J.; Barber-Armstrong, W.; Silva, R.; Decatur, S. M.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2346
8. Bour, P.; Keiderling, T. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 23687
9. DeFlores, L. P.; Ganim, Z.; Ackley, S. F.; Chung, H. S.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 18973
10. Sengupta, N.; Maekawa, H.; Zhuang, W.; Toniolo, C.; Mukamel, S.; Tobias, D. J.; Ge, H.-H. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 12037
11. Maekawa, H.; De Poli, M.; Toniolo, C.; Ge, H.-H. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 2042
12. Bagchi, S.; Falvo, C.; Mukamel, S.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 11260
13. Maekawa, H.; Ge, H.-H. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 1434
14. Wang, J. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 4790
15. Lin, Y. S.; Shorb, J. M.; Mukherjee, P.; Zanni, M. T.; Skinner, J. L. J. Phys. Chem. B 2008, 113, 592
16. Wang, J.; Zhuang, W.; Mukamel, S.; Hochstrasser, R. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 5930
17. Wang, J.; Chen, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 7545
18. Zhuang, W.; Abramavicius, D.; Hayashi, T.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3362
19. Kolano, C.; Helbing, J.; Kozinski, M.; Sander, W.; Hamm, P. Nature 2006, 444, 469
20. Hahn, S.; Kim, S.; Lee, C.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2005, 123 084905/1
21. Gademann, K.; Ernst, M.; Hoyer, D.; Seebach, D. Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 1223
22. Porter, E. A.; Wang, X.; Lee, H.; Weisblum, B.; Gellman, S. H. Nature 2000, 404, 565
23. Cheng, R. P.; Gellman, S. H.; DeGrado, W. F. Chem. Rev. 2001, 101, 3219
24. Appella, D. H.; Barchi, J. J.; Durell, S. R.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2309
25. Wang, X.; Espinosa, J. F.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4821
26. Lee, H.; Syud, F.; Wang, X.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 7721
27. Chakrabartty, A.; Baldwin, R. L. Adv. Protein Chem. 1995, 46, 141
28. Chung, Y.; Christianson, L. A.; Stanger, H. E.; Powell, D. R.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10555
29. Chung, Y.; Huck, B. R.; Christianson, L. A.; Stanger, H. E.; Krauthauser, S.; Powell, D. R.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3995
30. Daura, X.; Gademann, K.; Schafer, H.; Jaun, B.; Seebach, D.; van Gunsteren, W. F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2393
31. Langenhan, J. M.; Gellman, S. H. Org. Lett. 2004, 6, 937
32. Appella, D. H.; Christianson, L. A.; Karle, I. L.; Powell, D. R.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 13071
33. Raguse, T. L.; Lai, J. R.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5592
34. Guarracino, D. A.; Chiang, H. R.; Banks, T. N.; Lear, J. D.; Hodsdon, M. E.; Schepartz, A. Org. Lett. 2006, 8, 807
35. Vaz, E.; Brunsveld, L. Org. Lett. 2006, 8, 4199
36. Lee, M.; Raguse, T. L.; Schinnerl, M.; Pomerantz, W. C.; Wang, X.; Wipf, P.; Gellman, S. H. Org. Lett. 2007, 9, 1801
37. Vaz, E.; Pomerantz, W. C.; Geyer, M.; Gellman, S. H.; Brunsveld, L. ChemBioChem 2008, 9, 2254
38. Appella, D. H.; Christianson, L. A.; Klein, D. A.; Richards, M. R.; Powell, D. R.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 7574
39. Woll, M. G.; Fisk, J. D.; LePlae, P. R.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12447
40. Park, J.; Lee, H.; Lai, J. R.; Kim, B.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8539
41. Peelen, T. J.; Chi, Y.; English, E. P.; Gellman, S. H. Org. Lett. 2004, 6, 4411
42. Claridge, T. D. W.; Goodman, J. M.; Moreno, A.; Angus, D.; Barker, S. F.; Taillefumier, C.; Watterson, M. P.; Fleet, G. W. J. Tetrahedron Lett. 2001, 42, 4251
43. Hetenyi, A.; Mandity, I. M.; Martinek, T. A.; Toth, G. K.; Fulop, F. J. Am. Chem. Soc. 2004, 127, 547
44. Doerksen, R. J.; Chen, B.; Yuan, J.; Winkler, J. D.; Klein, M. L. Chem. Commun. 2003, 2534
45. Gademann, K.; Hane, A.; Rueping, M.; Jaun, B.; Seebach, D. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 1534
46. Rueping, M.; Schreiber, J. V.; Lelais, G.; Jaun, B.; Seebach, D. Helv. Chim. Acta 2002, 85, 2577
47. Hamm, P.; Woutersen, S.; Rueping, M. Helv. Chim. Acta 2002, 85, 3883
48. Scheurer, C.; Piryatinski, A.; Mukamel, S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3114
49. Park, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10660
50. Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 5438
51. Park, J.; Ha, J.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 2004, 121, 7281
52. Park, J.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2006, 323, 78
53. Wang, J. Chem. Phys. Lett. 2009, 467, 375
54. Hayashi, T.; Zhuang, W.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 9747
55. Cai, K.; Han, C.; Wang, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 9149
56. Decatur, S. M.; Antonic, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11914
57. Wang, J. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1813
58. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision B.05; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
59. Wu, Y.; Wang, D. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9352
60. Wallace, R. Chem. Phys. 1975, 11, 189
61. Sage, M. L. Chem. Phys. 1978, 35, 375
62. Corcelli, S. A.; Lawrence, C. P.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2004, 120, 8107
63. Li, S.; Schmidt, J. R.; Corcelli, S. A.; Lawrence, C. P.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2006, 124, 204110
64. Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3798
65. Pohl, G.; Beke, T.; Csizmadia, I. G.; Perczel, A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 9338
66. Moran, A. M.; Park, S.; Dreyer, J.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 3651
67. Hamm, P.; Woutersen, S. Bull. Chem. Soc. Jpn. 2002, 75, 985
68. Kritzer, J. A.; Tirado-Rives, J.; Hart, S. A.; Lear, J. D.; Jorgensen, W. L.; Schepartz, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 127, 167
69. Barber-Armstrong, W.; Donaldson, T.; Wijesooriya, H.; Silva, R. A. G. D.; Decatur, S. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2339
70. Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10923
71. Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5300