Approaches for the calculation of vibrational frequencies in liquids: Comparison to benchmarks for azide/water clusters

Journal of Chemical Physics

Volumn 124, Issue 20, 2006, Pages

  Li, Shuzhou ^a   Schmidt, J R ^a   Corcelli, S A ^a   Lawrence, C P ^a   Skinner, J L ^a  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AZIDE/WATER CLUSTERS; BENCHMARK CALCULATIONS; MOLECULAR ENVIRONMENT; VIBRATIONAL FREQUENCIES;

BENCHMARKING; BINARY MIXTURES; MOLECULAR VIBRATIONS; PROBLEM SOLVING; QUANTUM THEORY; WATER;

FLUID DYNAMICS;

AZIDE; ION; WATER;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ELECTRICITY; ELECTRON; ELECTRONICS; METHODOLOGY; OSCILLOMETRY; PHYSICAL CHEMISTRY; SPECTROPHOTOMETRY; THEORETICAL MODEL; VIBRATION;

AZIDES; CHEMISTRY, PHYSICAL; ELECTRONICS; ELECTRONS; ELECTROSTATICS; IONS; MODELS, MOLECULAR; MODELS, THEORETICAL; OSCILLOMETRY; SPECTROPHOTOMETRY; VIBRATION; WATER;

EID: 34547926118     PISSN: 00219606     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.2200690     Document Type: Article

References (110)

1. J. B. Asbury, T. Steinel, C. Stromberg, K. J. Gaffney, I. R. Piletic, A. Goun, and M. D. Fayer, Chem. Phys. Lett. 374, 362 (2003).
2. J. Bredenbeck and P. Hamm, J. Chem. Phys. 119, 1569 (2003).
3. M. Khalil, N. Demirdöven, and A. Tokmakoff, J. Phys. Chem. A 107, 5258 (2003).
4. A. T. Krummel, P. Mukherjee, and M. T. Zanni, J. Phys. Chem. B 107, 9165 (2003).
5. S. Woutersen, R. Pfister, P. Hamm, Y. Mu, D. S. Kosov, and G. Stock, J. Chem. Phys. 117, 6833 (2002).
6. O. Golonzka, M. Khalil, N. Demirdöven, and A. Tokmakoff, Phys. Rev. Lett. 86, 2154 (2001).
7. D. E. Thompson, K. A. Merchant, and M. D. Fayer, J. Chem. Phys. 115, 317 (2001).
8. S. Woutersen and P. Hamm, J. Chem. Phys. 115, 7737 (2001).
9. S. Woutersen and P. Hamm, J. Chem. Phys. 114, 2727 (2001).
10. M. T. Zanni, M. C. Asplund, and R. M. Hochstrasser, J. Chem. Phys. 114, 4579 (2001).
11. M. T. Zanni, S. Gnanakaran, J. Stenger, and R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. B 105, 6520 (2001).
12. M. C. Asplund, M. T. Zanni, and R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97, 8219 (2000).
13. A. Piryatinski, S. Tretiak, V. Chernyak, and S. Mukamel, J. Raman Spectrosc. 31, 125 (2000).
14. S. Woutersen and P. Hamm, J. Phys. Chem. B 104, 11316 (2000).
15. W. Zhao and J. C. Wright, Phys. Rev. Lett. 84, 1411 (2000).
16. P. Hamm, M. Lim, W. F. DeGrado, and R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96, 2036 (1999).
17. P. Hamm, M. Lim, and R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. B 102, 6123 (1998).
18. E. C. Fulmer, P. Mukherjee, A. T. Krummel, and M. T. Zanni, J. Chem. Phys. 120, 8067 (2004).
19. C. J. Fecko, J. D. Eaves, J. J. Loparo, A. Tokmakoff, and P. L. Geissler, Science 301, 1698 (2003).
20. J. B. Asbury, T. Steinel, C. Stromberg, S. A. Corcelli, C. P. Lawrence, J. L. Skinner, and M. D. Fayer, J. Phys. Chem. A 108, 1107 (2004).
21. T. Steinel, J. B. Asbury, S. A. Corcelli, C. P. Lawrence, J. L. Skinner, and M. D. Fayer, Chem. Phys. Lett. 386, 295 (2004).
22. P. Hamm, M. Lim, and R. M. Hochstrasser, Phys. Rev. Lett. 81, 5326 (1998).
23. J. J. Loparo, C. J. Fecko, J. D. Eaves, S. T. Roberts, and A. Tokmakoff, Phys. Rev. B 70, 180201 (2004).
24. C. J. Fecko, J. J. Loparo, S. T. Roberts, and A. Tokmakoff, J. Chem. Phys. 122, 054506 (2005).
25. R. Laenen, K. Simeonidis, and A. Laubereau, J. Phys. Chem. B 106, 408 (2002).
26. S. Woutersen and H. J. Bakker, Phys. Rev. Lett. 83, 2077 (1999).
27. A. J. Lock and H. J. Bakker, J. Chem. Phys. 117, 1708 (2002).
28. J. C. Deàk, S. T. Rhea, L. K. Iwaki, and D. D. Dlott, J. Phys. Chem. A 104, 4866 (2000).
29. Z. Wang, Y. Pang, and D. D. Dlott, J. Chem. Phys. 120, 8345 (2004).
30. Z. Wang, A. Pakoulev, Y. Pang, and D. D. Dlott, J. Phys. Chem. A 108, 9054 (2004).
31. G. Gallot, N. Lascoux, G. M. Gale, J.-Cl. Leicknam, S. Bratos, and S. Pommeret, Chem. Phys. Lett. 341, 535 (2001).
32. J. Stenger, D. Madsen, P. Hamm, E. T. J. Nibbering, and T. Elsaesser, J. Phys. Chem. A 106, 2341 (2002).
33. K. Ohta, H. Maekawa, S. Saito, and K. Tominaga, J. Phys. Chem. A 107, 5643 (2003).
34. G. Seifert, T. Patzlaff, and H. Graener, J. Chem. Phys. 120, 8866 (2004).
35. D. Cringus, S. Yeremenko, M. S. Pshenichnikov, and D. A. Wiersma, J. Phys. Chem. B 108, 10376 (2004).
36. A. M. Dokter, S. Woutersen, and H. J. Bakker, Phys. Rev. Lett. 94, 178301 (2005).
37. P. Bodis, O. F. A. Larsen, and S. Woutersen, J. Phys. Chem. A 109, 5305 (2005).
38. N. Huse, S. Ashihara, E. T. J. Nibbering, and T. Elsaesser, Chem. Phys. Lett. 404, 389 (2005).
39. Z. Wang, Y. Pang, and D. D. Dlott, Chem. Phys. Lett. 397, 40 (2004).
40. O. F. A. Larsen and S. Woutersen, J. Chem. Phys. 121, 12143 (2004).
41. M. L. Cowan, B. D. Bruner, N. Huse, J. R. Dwyer, B. Chugh, E. T. J. Nibbering, T. Elsaesser, and R. D. J. Miller, Nature (London) 434, 199 (2005).
42. H. J. Bakker, A. J. Lock, and D. Madsen, Chem. Phys. Lett. 384, 236 (2004).
43. G. M. Sando, K. Dahl, and J. C. Owrutsky, J. Phys. Chem. A 108, 11209 (2004).
44. Y. L. A. Rezus and H. J. Bakker, J. Chem. Phys. 123, 114502 (2005).
45. N. Huse, B. D. Bruner, M. L. Cowan, J. Dreyer, E. T. J. Nibbering, R. J. D. Miller, and T. Elsaesser, Phys. Rev. Lett. 95, 147402 (2005).
46. Q. Zhong, A. P. Baronavski, and J. C. Owrutsky, J. Chem. Phys. 118, 7074 (2003).
47. H. Maekawa, K. Ohta, and K. Tominaga, Phys. Chem. Chem. Phys. 6, 4074 (2004).
48. H. Maekawa, K. Ohta, and K. Tominaga, Res. Chem. Intermed. 31, 703 (2005).
49. M. Li, J. Owrutsky, M. Sarisky, J. P. Culver, A. Yodh, and R. M. Hochstrasser, J. Chem. Phys. 98, 5499 (1993).
50. E. L. Sibert III and R. Rey, J. Chem. Phys. 116, 237 (2002).
51. C. P. Lawrence and J. L. Skinner, Chem. Phys. Lett. 369, 472 (2003).
52. E. Harder, J. D. Eaves, A. Tokmakoff, and B. J. Berne, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102, 11611 (2005).
53. C. P. Lawrence and J. L. Skinner, J. Chem. Phys. 0021-9606 10.1063/1.1514652 117, 8847 (2002); C. P. Lawrence and J. L. Skinner, J. Chem. Phys. 118, 264 (2003).
54. C. P. Lawrence and J. L. Skinner, J. Chem. Phys. 0021-9606 10.1063/1.1514652 117, 8847 (2002); C. P. Lawrence and J. L. Skinner, J. Chem. Phys. 118, 264 (2003).
55. M. Diraison, Y. Guissani, J.-Cl. Leicknam, and S. Bratos, Chem. Phys. Lett. 258, 348 (1996).
56. D. W. Oxtoby, D. Levesque, and J.-J. Weis, J. Chem. Phys. 68, 5528 (1978).
57. R. Rey and J. T. Hynes, J. Chem. Phys. 108, 142 (1998).
58. R. Rey, K. B. Møller, and J. T. Hynes, J. Phys. Chem. A 106, 11993 (2002).
59. K. B. Møller, R. Rey, and J. T. Hynes, J. Phys. Chem. A 108, 1275 (2004).
60. L. Ojamäe, K. Hermansson, and M. Probst, Chem. Phys. Lett. 191, 500 (1992).
61. L. Ojamäe, J. Tegenfeldt, J. Lindgren, and K. Hermansson, Chem. Phys. Lett. 195, 97 (1992).
62. K. F. Everitt and J. L. Skinner, J. Chem. Phys. 115, 8531 (2001).
63. K. F. Everitt, C. P. Lawrence, and J. L. Skinner, J. Phys. Chem. B 108, 10440 (2004).
64. R. B. Williams, R. F. Loring, and M. D. Fayer, J. Phys. Chem. B 105, 4068 (2001).
65. S. M. Li and W. H. Thompson, Chem. Phys. Lett. 405, 304 (2005).
66. A. Morita and S. Kato, J. Chem. Phys. 109, 5511 (1998).
67. K. F. Everitt, J. L. Skinner, and B. M. Ladanyi, J. Chem. Phys. 116, 179 (2002).
68. D. A. Yarne, M. E. Tuckerman, and M. L. Klein, Chem. Phys. 258, 163 (2000).
69. T. Hayashi and H. Hamaguchi, Chem. Phys. Lett. 326, 115 (2000).
70. T. Hayashi, T. la Cour Jansen, W. Zhuang, and S. Mukamel, J. Phys. Chem. A 109, 64 (2005).
71. T. la Cour Jansen, T. Hayashi, W. Zhuang, and S. Mukamel, J. Chem. Phys. 123, 114504 (2005).
72. T. Hayashi, W. Zhuang, and S. Mukamel, J. Phys. Chem. A 109, 9747 (2005).
73. M. J. Field, P. A. Bash, and M. Karplus, J. Comput. Chem. 11, 700 (1990).
74. J. Gao, Acc. Chem. Res. 29, 298 (1996).
75. Q. Cui and M. Karplus, J. Phys. Chem. B 106, 1768 (2002).
76. M. Garcia-Viloca, K. Nam, C. Alhambra, and J. Gao, J. Phys. Chem. B 108, 13501 (2004).
77. J. P. Stewart, J. Comput. Chem. 10, 209 (1989).
78. K. Speranskiy and M. Kurnikova, J. Chem. Phys. 121, 1516 (2004).
79. S. Yang and M. Cho, J. Chem. Phys. 123, 134503 (2005).
80. M. Klähn, G. Mathias, C. Kötting, M. Nonella, J. Schlitter, K. Gerwert, and P. Tavan, J. Phys. Chem. A 108, 6186 (2004).
81. W. H. Thompson and J. T. Hynes, J. Am. Chem. Soc. 122, 6278 (2000).
82. S. A. Corcelli, C. P. Lawrence, and J. L. Skinner, J. Chem. Phys. 120, 8107 (2004).
83. J. R. Schmidt, S. A. Corcelli, and J. L. Skinner, J. Chem. Phys. 121, 8897 (2004).
84. S. A. Corcelli and J. L. Skinner, J. Phys. Chem. A 109, 6154 (2005).
85. K. Kwac, H. Lee, and M. Cho, J. Chem. Phys. 120, 1477 (2004).
86. K. Kwac and M. Cho, J. Chem. Phys. 119, 2256 (2003).
87. P. Bour and T. Keiderling, J. Chem. Phys. 119, 11253 (2003).
88. P. Bour, D. Michalik, and J. Kapitan, J. Chem. Phys. 122, 144501 (2005).
89. K. Hermansson, S. Knuts, and J. Lindgren, J. Chem. Phys. 95, 7486 (1991).
90. K. Kwac and M. Cho, J. Chem. Phys. 119, 2247 (2003).
91. B. Rowland, N. S. Kadagathur, J. P. Devlin, V. Buch, T. Feldman, and M. J. Wojcik, J. Chem. Phys. 102, 8328 (1995).
92. V. Buch and J. P. Devlin, J. Chem. Phys. 110, 3437 (1999).
93. V. Buch, S. Bauerecker, J. P. Devlin, U. Buck, and J. K. Kazimirski, Int. Rev. Phys. Chem. 23, 375 (2004).
94. V. Buch, J. Phys. Chem. B 109, 17771 (2005).
95. M. Ferrario, M. L. Klein, and I. R. McDonald, Chem. Phys. Lett. 213, 537 (1993).
96. H. J. C. Berendsen, J. R. Grigera, and T. P. Straatsma, J. Phys. Chem. 91, 6269 (1987).
97. S. Li, J. R. Schmidt, A. Piryatinski, C. P. Lawrence, and J. L. Skinner, J. Phys. Chem. A (in press).
98. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, GAUSSIAN 98, Gaussian Inc., Pittsburgh, PA, 1998.
99. Water: A Comprehensive Treatise, edited by, F. Franks, (Plenum, New York, 1972), Vol. 1.
100. D. J. Adams and G. S. Dubey, J. Chem. Phys. 72, 156 (1987).
101. M. Polak, M. Gruebele, and R. J. Saykally, J. Am. Chem. Soc. 109, 2884 (1987).
102. M. Polak, M. Gruebele, G. S. Peng, and R. J. Saykally, J. Chem. Phys. 89, 110 (1988).
103. S. Li (unpublished).
104. R. Wallace, Chem. Phys. 11, 189 (1975).
105. M. L. Sage, Chem. Phys. 35, 375 (1978).
106. M. C. Asplund, M. Lim, and R. M. Hochstrasser, Chem. Phys. Lett. 323, 269 (2000).
107. E. C. Fulmer, F. Ding, and M. T. Zanni, J. Chem. Phys. 122, 034302 (2005).
108. M. F. DeCamp, L. DeFlores, J. M. McCracken, A. Tokmakoff, K. Kwac, and M. Cho, J. Phys. Chem. B 109, 11016 (2005).
109. D. E. Goldberg, Genetic Algorithms in Search, Optimization, and Machine Learning (Addison-Wesley, Reading, MA, 1989).
110. F. Weinhold and C. Landis, Valency and Bonding: A Natural Bond Orbital Donor-Acceptor Perspective (Cambridge University Press, Cambridge, 2005).