Two-dimensional infrared spectroscopy as a probe of the solvent electrostatic field for a twelve residue peptide

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 19, 2008, Pages 5930-5937

  Wang, Jianping ^a,c   Zhuang, Wei ^b   Mukamel, Shaul ^b   Hochstrasser, Robin ^a  

^a UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^c INSTITUTE OF CHEMISTRY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDES; AMINES; AMINO ACIDS; SPECTROSCOPIC ANALYSIS; TWO DIMENSIONAL;

ELECTROSTATIC FIELDS; IR SPECTRUM; TWO-DIMENSIONAL INFRARED;

INFRARED SPECTROSCOPY;

AMIDE; PEPTIDE; SOLVENT;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; ELECTRICITY; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; VIBRATION;

AMIDES; COMPUTER SIMULATION; ELECTROSTATICS; MODELS, MOLECULAR; PEPTIDES; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; SOLVENTS; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED; VIBRATION;

EID: 44949148016     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp075683k     Document Type: Article

References (50)

1. Gnanakaran, S., Hochstrasser, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12886.
2. Scheurer, C.; Piryatinski, A.; Mukamel, S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3114.
3. Decatur, S. M. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 169.
4. Walsh, S. T. R.; Cheng, R. P.; Wright, W. W.; Alonso, D. O. V.; Daggett, V.; Vanderkooi, J. M.; DeGrado, W. F. Protein Sci. 2003, 12, 520.
5. Manas, E. S.; Getahun, Z.; Wright, W. W.; DeGrado, W. F.; Vanderkooi, J. M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9883.
6. Fang, C.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 18652.
7. Wang, J.; Chen, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 7545.
8. Mukherjee, P.; Kass, I.; Arkin, I.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2006, 103, 3528.
9. Smith, A. W.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2007, 126, 045109/1.
10. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3379.
11. Wang, J.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2004, 297, 195.
12. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123.
13. Hamm, P.; Lim, M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 2036.
14. Asplund, M. C.; Zanni, M. T.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000, 97, 8219.
15. Zhuang, W.; Abramavicius, D.; Mukamel, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 18934.
16. Lee, C.; Park, K.-H.; Kim, J.-A.; Hahn, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2006, 125, 114510/1.
17. Li, S.; Schmidt, J. R.; Piryatinski, A.; Lawrence, C. P.; Skinner, J. L. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 18933.
18. Kolano, C.; Helbing, J.; Kozinski, M.; Sander, W.; Hamm, P. Nature (London) 2006, 444, 469.
19. Krummel, A. T.; Zanni, M. T. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13991.
20. Zheng, J.; Fayer, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4328.
21. Kurochkin, D. V.; Naraharisetty, S. R. G.; Rubtsov, I. V. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 10799.
22. Larsen, O. F. A.; Bodis, P.; Buma, W. J.; Hannam, J. S.; Leigh, D. A.; Woutersen, S. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2005, 102, 13378.
23. Cowan, M. L.; Bruner, B. D.; Huse, N.; Dwyer, J. R.; Chugh, B.; Nibbering, E. T. J.; Elsaesser, T.; Miller, R. J. D. Nature (London) 2005, 434, 199.
24. Maekawa, H.; Toniolo, C.; Broxterman, Q. B.; Ge, N.-H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 3222.
25. Klimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181.
26. Corcelli, S. A.; Lawrence, C. P.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2004, 120, 8107.
27. Fecko, C. J.; Eaves, J. D.; Loparo, J. J.; Tokmakoff, A.; Geissler, P. L. Science 2003, 301, 1698.
28. Ham, S.; Kim, J.-H.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 3491.
29. Bour, P.; Keiderling, T. A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 11253.
30. Schmidt, J. R.; Corcelli, S. A.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2004, 121, 8887.
31. Hayashi, T.; Zhuang, W.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 9747.
32. Watson, T. M.; Hirst, J. D. Mol. Phys. 2005, 103, 1531.
33. la Cour Jansen, T.; Knoester, J. J. Chem. Phys. 2006, 124, 044502/1.
34. Choi, J.-H.; Ham, S.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9132.
35. Cochran, A. G.; Skelton, N. J.; Starovasnik, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2001, 98, 5578.
36. Kim, Y. S.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7511.
37. Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2001, 266, 273.
38. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Klaus, S. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781.
39. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
40. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577.
41. Zhuang, W.; Abramavicius, D.; Hayashi, T.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3362.
42. Torii, H.; Tasumi, M. J. Roman Spectrosc. 1998, 29, 81.
43. Wang, J.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2004, 297, 195.
44. Gorbunov, R. D.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2005, 122, 224904.
45. Cheam, T. C.; Krimm, S. Chem. Phys. Lett. 1984, 107, 613.
46. Hamm, P.; Lim, M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 2036.
47. Moran, A.; Mukamel, S. PNAS 2004, 101, 506.
48. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Vreven, J. T.; K. N. Kudin; J. C. Burant; J. M. Millam; S. S. Iyengar; J. Tomasi; V. Barone; B. Mennucci; M. Cossi; G. Scalmani; N. Rega; G. A. Petersson; H. Nakatsuji; M. Hada; M. Ehara; K. Toyota; R. Fukuda; J. Hasegawa; M. Ishida; T. Nakajima; Y. Honda; O. Kitao; H. Nakai; M. Klene; X. Li; J. E. Knox; H. P. Hratchian; J. B. Cross; C. Adamo; J. Jaramillo; R. Gomperts; R. E. Stratmann; O. Yazyev; A. J. Austin; R. Cammi; C. Pomelli; J. W. Ochterski; P. Y. Ayala; K. Morokuma; G. A. Voth; P. Salvador; J. J. Dannenberg; V. G. Zakrzewski; S. Dapprich; A. D. Daniels; M. C. Strain; O. Farkas; D. K. Malick; A. D. Rabuck; K. Raghavachari; J. B. Foresman; J. V. Ortiz; Q. Cui; A. G. Baboul; S. Clifford; J. Cioslowski; B. B. Stefanov; G. Liu, A.; Liashenko; P. Piskorz; I. Komaromi; R. L. Martin; D. J. Fox; T. Keith; M. A. Al-Laham; C. Y. Peng; A. Nanayakkara; M. Challacombe; P. M. W. Gill; B. Johnson; W. Chen; M. W. Wong; C. Gonzalez; Pople, J. A., Eds. Gaussian 03, Revision B.05; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
49. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235.
50. Fang, C.; Wang, J.; Kim, Y. S.; Charnley, A. K.; Barber-Armstrong, W.; Smith, A. B., Ill; Decatur, S. M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 10415.