Dynamics and structural changes induced by ATP binding in SAV1866, a bacterial ABC exporter

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 48, 2010, Pages 15948-15957

  Becker, Jean Paul ^a   Van Bambeke, Françoise ^b   Tulkens, Paul M ^b   Prévost, Martine ^a  

^a UNIVERSITÉ LIBRE DE BRUXELLES   (Belgium)

^b UNIVERSITÉ CATHOLIQUE DE LOUVAIN   (Belgium)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVATION ANALYSIS; BINDING ENERGY; BIOLOGICAL MEMBRANES; DIMERS; DYNAMICS; LIPID BILAYERS; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEINS;

ATP BINDING; ATP HYDROLYSIS; ATP-BINDING CASSETTE; BOUND STRUCTURE; CATALYTIC CYCLES; CONFORMATIONAL CHANGE; ENERGY SOURCE; EXTRACELLULAR; FREE STRUCTURES; MEMBRANE PROTEINS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; MULTIDRUG TRANSPORTERS; NUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN; OUTER MEMBRANE; STRUCTURAL CHANGE; STRUCTURAL STUDIES; TRANSMEMBRANE DOMAIN;

NUCLEOTIDES;

EID: 78650108564     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp1038392     Document Type: Article

References (77)

1. Dean, M.; Rzhetsky, A.; Allikmets, R. Genome Res. 2001, 11, 1156
2. Gottesman, M. M.; Ambudkar., S. V. J. Bioenerg. Biomembr. 2001, 33, 453
3. Leonard, G. D.; Fojo, T.; Bates, S. E. Oncologist 2003, 8, 411
4. Jones, P. M.; O'Mara, M. L.; George, A. M. Trends Biochem. Sci. 2009, 34, 520
5. Davidson, A. L.; Dassa, E.; Orelle, C.; Chen, J. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2008, 72, 317
6. Seeger, M. A.; van Veen, H. W. BBA-Proteins Proteom. 2009, 1794, 725
7. Higgins, C. F.; Linton, K. J. Nat. Struct. Mol. Biol. 2004, 11, 918
8. Sauna, Z. E.; Kim, I. W.; Ambudkar, S. V. J. Bioenerg. Biomembr. 2007, 39, 481
9. Locher, K. P.; Lee, A. T.; Rees, D. C. Science 2002, 296, 1091
10. Hvorup, R. N.; Goetz, B. A.; Niederer, M.; Hollenstein, K.; Perozo, E.; Locher, K. P. Science 2007, 317, 1387
11. Hollenstein, K.; Frei, D. C.; Locher, K. P. Nature 2007, 446, 213
12. Gerber, S.; Comellas-Bigler, M.; Goetz, B. A.; Locher, K. P. Science 2008, 321, 246
13. Pinkett, H. W.; Lee, A. T.; Lum, P.; Locher, K. P.; Rees, D. C. Science 2007, 315, 373
14. Oldham, M. L.; Khare, D.; Quiocho, F. A.; Davidson, A. L.; Chen, J. Nature 2007, 450, 515
15. Kadaba, N. S.; Kaiser, J. T.; Johnson, E.; Lee, A.; Rees, D. C. Science 2008, 321, 250
16. Dawson, R. J. P.; Locher, K. P. Nature 2006, 443, 180
17. Dawson, R. J. P.; Locher, K. P. FEBS Lett. 2007, 581, 935
18. Ward, A.; Reyes, C. L.; Yu, J.; Roth, C. B.; Chang, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 19005
19. Aller, S. G.; Yu, J.; Ward, A.; Weng, Y.; Chittaboina, S.; Zhuo, R. P.; Harrell, P. M.; Trinh, Y. T.; Zhang, Q. H.; Urbatsch, I. L.; Chang, G. Science 2009, 323, 1718
20. Loo, T. W.; Bartlett, M. C.; Clarke, D. M. Biochemistry 2007, 46, 9328
21. Lee, J. Y.; Urbatsch, I. L.; Senior, A. E.; Wilkens, S. J. Biol. Chem. 2008, 283, 5769
22. Dong, J. H.; Yang, G. Y.; Mchaourab, H. S. Science 2005, 308, 1023
23. Borbat, P. P.; Surendhran, K.; Bortolus, M.; Zou, P.; Freed, J. H.; Mchaourab, H. S. PLoS Biol. 2007, 5, 2211
24. Ward, A.; Mulligan, S.; Carragher, B.; Chang, G.; Milligan, R. A. J. Struct. Biol. 2009, 165, 169
25. Zou, P.; Mchaourab, H. S. J. Mol. Biol. 2009, 393, 574
26. Zou, P.; Bortolus, M.; Mchaourab, H. S. J. Mol. Biol. 2009, 393, 586
27. van Veen, H. W.; Margolles, A.; Muller, M.; Higgins, C. F.; Konings., W. N. EMBO J. 2000, 19, 2503
28. Ambudkar, S. V.; Cardarelli, C. O.; Pashinsky, I.; Stein, W. D. J. Biol. Chem. 1997, 272, 21160
29. Campbell, J. D.; Sansom, M. S. P. FEBS Lett. 2005, 579, 4193
30. Jones, P. M.; George, A. M. J. Biol. Chem. 2007, 282, 22793
31. Jones, P. M.; George, A. M. Proteins 2009, 75, 387
32. Oliveira, A. S.; Baptista, A. M.; Soares, C. M. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 5486
33. Campbell, J. D.; Deol, S. S.; Ashcroft, F. M.; Kerr, I. D.; Sansom, M. S. P. Biophys. J. 2004, 87, 3703
34. Wen, P. C.; Tajkhorshid, E. Biophys. J. 2008, 95, 5100
35. Newstead, S.; Fowler, P. W.; Bilton, P.; Carpenter, E. P.; Sadler, P. J.; Campopiano, D. J.; Sansom, M. S. P.; Iwata, S. Structure 2009, 17, 1213
36. Tanizaki, S.; Feig, M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 548
37. Sonne, J.; Kandt, C.; Peters, G. H.; Hansen, F. Y.; Jensen, M. O.; Tieleman, D. P. Biophys. J. 2007, 92, 2727
38. Ivetac, A.; Campbell, J. D.; Sansom, M. S. P. Biochemistry 2007, 46, 2767
39. Weng, J.-W.; Fan, K.-N.; Wang, W.-N. J. Biol. Chem. 2010, 285, 3053
40. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306
41. Hess, B.; Bekker, H; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463
42. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952
43. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089
44. Oloo, E. O.; Tieleman, P. D. J. Biol. Chem. 2004, 279, 45013
45. Hopfner, K. P.; Karcher, A.; Shin, D. S.; Craig, L.; Arthur, L. M.; Carney, J. P.; Tainer, J. A. Cell 2000, 101, 789
46. Smith, P. C.; Karpowich, N.; Millen, L.; Moody, J. E.; Rosen, J.; Thomas, P. J.; Hunt, J. F. Mol. Cell 2002, 10, 139
47. Kandt, C.; Ash, W. L.; Tieleman, D. P. Methods 2007, 41, 475
48. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684
49. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695
50. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Appl. Phys. 1981, 52, 7182
51. Madura, J. D.; Briggs, J. M.; Wade, R. C.; Davis, M. E.; Luty, B. A.; Ilin, A.; Antosiewicz, J.; Gilson, M. K.; Bagheri, B.; Scott, L. R.; McCammon, J. A. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 57
52. Schaefer, M.; Bartels, C.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1998, 284, 835
53. Amadei, A.; Linssen, A. B. M.; Berendsen, H. J. C. Proteins 1993, 17, 412
54. Ortmans, I.; Prévost, M. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8730
55. Barrett, C. P.; Hall, B. A.; Noble, M. E. M. Acta Crystallogr D 2004, 60, 2280
56. Reynolds, C.; Damerell, D.; Jones, S. Bioinformatics 2009, 25, 413
57. Petrek, M.; Kosinova, P.; Koca, J.; Otyepka, M. Structure 2007, 15, 1357
58. Jardetzky, O. Nature 1966, 211, 969
59. Ramachandra, M.; Ambudkar, S. V.; Chen, D.; Hrycyna, C. A.; Dey, S.; Gottesman, M. M.; Pastan, I. Biochemistry 1998, 37, 5010
60. Rosenberg, M. F.; Velarde, G.; Ford, R. C.; Martin, C.; Berridge, G.; Kerr, I. D.; Callaghan, R.; Schmidlin, A.; Wooding, C.; Linton, K. J.; Higgins, C. F. EMBO J. 2001, 20, 5615
61. Loo, T. W.; Clarke, D. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 3511
62. Storm, J.; Modok, S.; O'Mara, M. L.; Tieleman, D. P.; Kerr, I. D.; Callaghan, R. Biochemistry 2008, 47, 3615
63. Rothnie, A.; Storm, J.; Campbell, J.; Linton, K. J.; Kerr, I. D.; Callaghan, R. J. Biol. Chem. 2004, 279, 34913
64. Kerr, I. D. BBA-Biomembranes 2002, 1561, 47
65. Moody, J. E.; Millen, L.; Binns, D.; Hunt, J. F.; Thomas, P. J. J. Biol. Chem. 2002, 277, 21111
66. Sauna, Z. E.; Ambudkar, S. V. Mol. Cancer Ther. 2007, 6, 13
67. Sauna, Z. E.; Kim, I. W.; Nandigama, K.; Kopp, S.; Chiba, P.; Ambudkar, S. V. Biochemistry 2007, 46, 13787
68. Nooren, I. M.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 2003, 325, 991
69. Nooren, I. M. A.; Thornton, J. M. EMBO J. 2003, 22, 3486
70. Loo, T. W.; Bartlett, M. C.; Clarke, D. M. J. Biol. Chem. 2003, 278, 1575
71. Loo, T. W.; Bartlett, M. C.; Clarke, D. M. Biochemistry 2005, 44, 10250
72. Priev, A.; Almagor, A.; Yedgar, S.; Gavish, B. Biochemistry 1996, 35, 2061
73. Venter, H.; Shilling, R. A.; Velamakanni, S.; Balakrishnan, L.; van Veen, H. W. Nature 2003, 426, 866
74. Ma, J. F.; Géraldine, G.; Melera, P. W. Mol. Pharmacol. 1997, 51, 922
75. Loo, T. W.; Clarke, D. M. J. Biol. Chem. 1997, 272, 20986
76. Kandt, C.; Tieleman, D. P. Proteins 2010, 78, 738
77. Aittoniemi, J.; de Wet, H.; Ashcroft, F. M.; Sansom, M. S. PloS Comput. Biol. 2010, 6 e 10000762