Application of protein engineering to enhance crystallizability and improve crystal properties

Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography

Volumn 66, Issue 5, 2010, Pages 604-615

  Derewenda, Zygmunt S ^a  

^a UNIVERSITY OF VIRGINIA   (United States)

Author keywords

Protein engineering

Indexed keywords

ARABIDOPSIS PROTEIN; BACTERIAL PROTEIN; CELL SURFACE RECEPTOR; MALTOSE BINDING PROTEIN; MALTOSE-BINDING PROTEIN; PERIPLASMIC BINDING PROTEIN; PROTEIN; RACK1 PROTEIN, ARABIDOPSIS;

ANIMAL; ARABIDOPSIS; ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ESCHERICHIA COLI; GENETICS; METHODOLOGY; PROTEIN ENGINEERING; SOLUBILITY; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

ANIMALS; ARABIDOPSIS; ARABIDOPSIS PROTEINS; BACTERIAL PROTEINS; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; ESCHERICHIA COLI; MODELS, MOLECULAR; PERIPLASMIC BINDING PROTEINS; PROTEIN ENGINEERING; PROTEINS; RECEPTORS, CELL SURFACE; SOLUBILITY;

EID: 77952022366     PISSN: 09074449     EISSN: 13990047     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S090744491000644X     Document Type: Article

References (154)

1. Abramson, J., Smirnova, I., Kasho, V., Verner, G., Kaback, H. R. & Iwata, S. (2003). Science, 301, 610-615.
2. Al-Ayyoubi, M., Gettins, P. G. & Volz, K. (2004). J. Biol. Chem. 279, 55540-55544.
3. Aleshin, A. E., Hoffman, C., Firsov, L. M. & Honzatko, R. B. (1994). J. Mol. Biol. 238, 575-591.
4. Bandeiras, T. M. et al. (2008). Acta Cryst. D64, 339-353.
5. Bauman, J. D., Das, K., Ho, W. C., Baweja, M., Himmel, D. M., Clark, A. D. Jr, Oren, D. A., Boyer, P. L., Hughes, S. H., Shatkin, A. J. & Arnold, E. (2008). Nucleic Acids Res. 36, 5083-5092.
6. Berman, H., Henrick, K., Nakamura, H. & Markley, J. L. (2007). Nucleic Acids Res. 35, D301-D303.
7. Birtley, J. R. & Curry, S. (2005). Acta Cryst. D61, 646-650.
8. Blundell, T. L. & Patel, S. (2004). Curr. Opin. Pharmacol. 4, 490-496.
9. Brewer, S. J., Haymore, B. L., Hopp, T. P. & Sassenfeld, H. M. (1991). Bioprocess Technol. 12, 239-266.
10. Brooun, A., Foster, S. A., Chrencik, J. E., Chien, E. Y., Kolatkar, A. R., Streiff,M., Ramage, P.,Widmer, H.,Weckbecker, G. & Kuhn, P. (2007). Protein Expr. Purif. 53, 51-62.
11. Cabantous, S., Pedelacq, J. D., Mark, B. L., Naranjo, C., Terwilliger, T. C. & Waldo, G. S. (2005). J. Struct. Funct. Genomics, 6, 113-119.
12. Cabantous, S. & Waldo, G. S. (2006). Nature Methods, 3, 845-854.
13. Campbell, J. W., Duée, E., Hodgson, G., Mercer, W. D., Stammers, D. K., Wendell, P. L., Muirhead, H. & Watson, H. C. (1972). Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 36, 165-170.
14. Canaves, J. M., Page, R.,Wilson, I. A. & Stevens, R. C. (2004). J. Mol. Biol. 344, 977-991.
15. Carter, C. W. Jr & Carter, C. W. (1979). J. Biol. Chem. 254, 12219-12223.
16. Carugo, O. & Argos, P. (1997). Protein Sci. 6, 2261-2263.
17. Center, R. J., Kobe, B., Wilson, K. A., Teh, T., Howlett, G. J., Kemp, B. E. & Poumbourios, P. (1998). Protein Sci. 7, 1612-1619.
18. Charron, C., Kern, D. & Giegé, R. (2002). Acta Cryst. D58, 1729-1733.
19. Cherezov, V., Rosenbaum, D. M., Hanson, M. A., Rasmussen, S. G. F., Thian, F. S., Kobilka, T. S., Choi, H. J., Kuhn, P.,Weis,W. I., Kobilka, B. K. & Stevens, R. C. (2007). Science, 318, 1258-1265.
20. Cieślik, M. & Derewenda, Z. S. (2009). Acta Cryst. D65, 500-509.
21. Cohen, S. L., Ferré-D'Amaré, A. R., Burley, S. K. & Chait, B. T. (1995). Protein Sci. 4, 1088-1099.
22. Cooper, D. R., Boczek, T., Grelewska, K., Pinkowska, M., Sikorska, M., Zawadzki, M. & Derewenda, Z. (2007). Acta Cryst. D63, 636-645.
23. Corsini, L., Hothorn, M., Scheffzek, K., Sattler, M. & Stier, G. (2008). Protein Sci. 17, 2070-2079.
24. Dale, G. E., Broger, C., Langen, H., D'Arcy, A. & Stuber, D. (1994). Protein Eng. 7, 933-939.
25. Derewenda, U., Mateja, A., Devedjiev, Y., Routzahn, K. M., Evdokimov, A. G., Derewenda, Z. S. & Waugh, D. S. (2004). Structure, 12, 301-306.
26. Derewenda, Z. S. (2004). Structure, 12, 529-535.
27. Derewenda, Z. S. & Vekilov, P. G. (2006). Acta Cryst. D62, 116-124.
28. Devedjiev, Y., Surendranath, Y., Derewenda, U., Gabrys, A., Cooper, D. R., Zhang, R. G., Lezondra, L., Joachimiak, A. & Derewenda, Z. S. (2004). J. Mol. Biol. 343, 395-406.
29. Dong, A. et al. (2007). Nature Methods, 4, 1019-1021.
30. Doye, J. P. K. (2004). Phys. Biol. 1, P9-P13.
31. Dutzler, R., Campbell, E. B. & MacKinnon, R. (2003). Science, 300, 108-112.
32. Dyda, F., Hickman, A. B., Jenkins, T. M., Engelman, A., Craigie, R. & Davies, D. R. (1994). Science, 266, 1981-1986.
33. Eichinger, A., Nasreen, A., Kim, H. J. & Skerra, A. (2007). J. Biol. Chem. 282, 31068-31075.
34. Engel, C. K., Chen, L. & Privé, G. G. (2002). Biochim. Biophys. Acta, 1564, 38-46.
35. Erdemir, D., Lee, A. Y. & Myerson, A. S. (2009). Acc. Chem. Res. 42, 621-629.
36. Farinas, E. T. (2006). Comb. Chem. High Throughput Screen. 9, 235-236.
37. Farinas, E. T., Bulter, T. & Arnold, F. H. (2001). Curr. Opin. Biotechnol. 12, 545-551.
38. Fellouse, F. A., Barthelemy, P. A., Kelley, R. F. & Sidhu, S. S. (2006). J. Mol. Biol. 357, 100-114.
39. Fellouse, F. A., Wiesmann, C. & Sidhu, S. S. (2004). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 101, 12467-12472.
40. Finkelstein, A. V. & Janin, J. (1989). Protein Eng. 3, 1-3.
41. Georgalis, Y., Umbach, P., Raptis, J. & Saenger,W. (1997). Acta Cryst. D53, 691-702.
42. Gilbreth, R. N., Esaki, K., Koide, A., Sidhu, S. S. & Koide, S. (2008). J. Mol. Biol. 381, 407-418.
43. Gliko, O., Neumaier, N., Pan, W., Haase, I., Fischer, M., Bacher, A., Weinkauf, S. & Vekilov, P. G. (2005). J. Am. Chem. Soc. 127, 3433-3438.
44. Goeddel, D. V., Kleid, D. G., Bolivar, F., Heyneker, H. L., Yansura, D. G., Crea, R., Hirose, T., Kraszewski, A., Itakura, K. & Riggs, A. D. (1979). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 76, 106-110.
45. Goldschmidt, L., Cooper, D. R., Derewenda, Z. S. & Eisenberg, D. (2007). Protein Sci. 16, 1569-1576.
46. Gordon, K., Redelinghuys, P., Schwager, S. L., Ehlers, M. R., Papageorgiou, A. C., Natesh, R., Acharya, K. R. & Sturrock, E. D. (2003). Biochem. J. 371, 437-442.
47. Hamuro, Y., Coales, S. J., Southern, M. R., Nemeth-Cawley, J. F., Stranz, D. D. & Griffin, P. R. (2003). J. Biomol. Tech. 14, 171-182.
48. Hawkins, R. E., Russell, S. J. & Winter, G. (1992). J. Mol. Biol. 226, 889-896.
49. He, B., Wang, K., Liu, Y., Xue, B., Uversky, V. N. & Dunker, A. K. (2009). Cell Res. 19, 929-949.
50. Horan, T. P., Simonet, L., Jacobsen, R., Mann, M., Haniu, M., Wen, J., Arakawa, T., Kuwamoto, M. & Martin, F. (1998). Protein Expr. Purif. 14, 45-53.
51. Hunte, C. & Michel, H. (2002). Curr. Opin. Struct. Biol. 12, 503-508.
52. Itakura, K., Hirose, T., Crea, R., Riggs, A. D., Heyneker, H. L., Bolivar, F. & Boyer, H. W. (1977). Science, 198, 1056-1063.
53. Jancarik, J. & Kim, S.-H. (1991). J. Appl. Cryst. 24, 409-411.
54. Janda, I., Devedjiev, Y., Derewenda, U., Dauter, Z., Bielnicki, J., Cooper, D. R., Graf, P. C., Joachimiak, A., Jakob, U. & Derewenda, Z. S. (2004). Structure, 12, 1901-1907.
55. Janin, J. (1997). Nature Struct. Biol. 4, 973-974.
56. Janin, J. & Rodier, F. (1995). Proteins, 23, 580-587.
57. Jenkins, T. M., Hickman, A. B., Dyda, F., Ghirlando, R., Davies, D. R. & Craigie, R. (1995). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 92, 6057-6061.
58. Jiang, Y., Lee, A., Chen, J., Ruta, V., Cadene, M., Chait, B. T. & MacKinnon, R. (2003). Nature (London), 423, 33-41.
59. Jin, L., Pandey, P., Babine, R. E.,Weaver, D. T., Abdel-Meguid, S. S. & Strickler, J. E. (2005). Acta Cryst. D61, 1418-1425.
60. Karpusas, M., Lucci, J., Ferrant, J., Benjamin, C., Taylor, F. R., Strauch, K., Garber, E. & Hsu, Y. M. (2001). Structure, 9, 321-329.
61. Kawate, T., Michel, J. C., Birdsong,W. T. & Gouaux, E. (2009). Nature (London), 460, 592-598.
62. Ke, A. & Wolberger, C. (2003). Protein Sci. 12, 306-312.
63. Kendrew, J. C., Parrish, R. G., Marrack, J. R. & Orlans, E. S. (1954). Nature (London), 174, 946-949.
64. Koide, A., Gilbreth, R. N., Esaki, K., Tereshko, V. & Koide, S. (2007). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 104, 6632-6637.
65. Koide, A., Tereshko, V., Uysal, S., Margalef, K., Kossiakoff, A. A. & Koide, S. (2007). J. Mol. Biol. 373, 941-953.
66. Koide, S. (2009). Curr. Opin. Struct. Biol. 19, 449-457.
67. Korotkov, K. V., Pardon, E., Steyaert, J. & Hol, W. G. (2009). Structure, 17, 255-265.
68. Kovari, L. C., Momany, C. & Rossmann, M. G. (1995). Structure, 3, 1291-1293.
69. Kuge, M., Fujii, Y., Shimizu, T., Hirose, F., Matsukage, A. & Hakoshima, T. (1997). Protein Sci. 6, 1783-1786.
70. Kwong, P. D., Wyatt, R., Desjardins, E., Robinson, J., Culp, J. S., Hellmig, B. D., Sweet, R. W., Sodroski, J. & Hendrickson, W. A. (1999). J. Biol. Chem. 274, 4115-4123.
71. Kwong, P. D., Wyatt, R., Robinson, J., Sweet, R. W., Sodroski, J. & Hendrickson, W. A. (1998). Nature (London), 393, 648-659.
72. Lam, A. Y., Pardon, E., Korotkov, K. V., Hol, W. G. & Steyaert, J. (2009). J. Struct. Biol. 166, 8-15.
73. Lawson, D. M., Artymiuk, P. J., Yewdall, S. J., Smith, J. M., Livingstone, J. C., Treffry, A., Luzzago, A., Levi, S., Arosio, P., Cesareni, G., Thomas, C. D., Shaw, W. V. & Harrison, P. M. (1991). Nature (London), 349, 541-544.
74. Lee, C. V., Liang, W. C., Dennis, M. S., Eigenbrot, C., Sidhu, S. S. & Fuh, G. (2004). J. Mol. Biol. 340, 1073-1093.
75. Lee, J. E., Fusco,M. L., Abelson, D. M., Hessell, A. J., Burton, D. R. & Saphire, E. O. (2009). Acta Cryst. D65, 1162-1180.
76. Lee, J. E., Fusco, M. L., Hessell, A. J., Oswald, W. B., Burton, D. R. & Saphire, E. O. (2008). Nature (London), 454, 177-182.
77. Lee, S. Y., Lee, A., Chen, J. &MacKinnon, R. (2005). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 102, 15441-15446.
78. Lee, X., Ahmed, F. R., Hirama, T., Huber, C. P., Rose, D. R., To, R., Hasnain, S., Tam, A. & Mort, J. S. (1990). J. Biol. Chem. 265, 5950-5951.
79. Levinson, N. M., Seeliger, M. A., Cole, P. A. & Kuriyan, J. (2008). Cell, 134, 124-134.
80. Lipovsek, D. & Pluckthun, A. (2004). J. Immunol. Methods, 290, 51-67.
81. Liu, B., Luna, V. M., Chen, Y., Stout, C. D. & Fee, J. A. (2007). Acta Cryst. F63, 1029-1034.
82. Longenecker, K. L., Garrard, S. M., Sheffield, P. J. & Derewenda, Z. S. (2001). Acta Cryst. D57, 679-688.
83. Longenecker, K. L., Lewis, M. E., Chikumi, H., Gutkind, J. S. & Derewenda, Z. S. (2001). Structure, 9, 559-569.
84. Malawski, G. A., Hillig, R. C., Monteclaro, F., Eberspaecher, U., Schmitz, A. A., Crusius, K., Huber, M., Egner, U., Donner, P. & Muller-Tiemann, B. (2006). Protein Sci. 15, 2718-2728.
85. Malhotra, A. (2009). Methods Enzymol. 463, 239-258.
86. Mark, B. L., Mahuran, D. J., Cherney, M. M., Zhao, D., Knapp, S. & James, M. N. (2003). J. Mol. Biol. 327, 1093-1109.
87. Mateja, A., Devedjiev, Y., Krowarsch, D., Longenecker, K., Dauter, Z., Otlewski, J. & Derewenda, Z. S. (2002). Acta Cryst. D58, 1983-1991.
88. Matulis, D., Kranz, J. K., Salemme, F. R. & Todd, M. J. (2005). Biochemistry, 44, 5258-5266.
89. McElroy, H. H., Sisson, G. W., Schottlin, W. E., Aust, R. M. & Villafranca, J. E. (1992). J. Cryst. Growth, 122, 265-272.
90. McPherson, A. (1982). The Preparation and Analysis of Protein Crystals. New York: John Wiley & Sons.
91. Mezzasalma, T. M., Kranz, J. K., Chan,W., Struble, G. T., Schalk-Hihi, C., Deckman, I. C., Springer, B. A. & Todd, M. J. (2007). J. Biomol. Screen. 12, 418-428.
92. Mizutani, H., Saraboji, K., Malathy Sony, S. M., Ponnuswamy, M. N., Kumarevel, T., Krishna Swamy, B. S., Simanshu, D. K., Murthy, M. R. N. & Kunishima, N. (2008). Acta Cryst. D64, 1020-1033.
93. Mohanty, A. K., Fisher, A. J., Yu, Z., Pradeep, M. A., Janjanam, J. & Kaushik, J. K. (2009). Protein Expr. Purif. 64, 213-218.
94. Monne, M., Han, L., Schwend, T., Burendahl, S. & Jovine, L. (2008). Nature (London), 456, 653-657.
95. Mooij, W. T. M., Mitsiki, E. & Perrakis, A. (2009). Nucleic Acids Res. 37, W402-W405.
96. Mullis, K., Faloona, F., Scharf, S., Saiki, R., Horn, G. & Erlich, H. (1986). Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 51, 263-273.
97. Munshi, S., Hall, D. L., Kornienko, M., Darke, P. L. & Kuo, L. C. (2003). Acta Cryst. D59, 1725-1730.
98. Muto, T., Tsuchiya, D., Morikawa, K. & Jingami, H. (2009). Acta Cryst. F65, 236-241.
99. Nasreen, A., Vogt, M., Kim, H. J., Eichinger, A. & Skerra, A. (2006). Protein Sci. 15, 190-199.
100. Nauli, S., Farr, S., Lee, Y.-J., Kim, H.-Y., Faham, S. & Bowie, J. U. (2007). Protein Sci. 16, 2542-2551.
101. Neau, D. B., Gilbert, N. C., Bartlett, S. G., Dassey, A. & Newcomer, M. E. (2007). Acta Cryst. F63, 972-975.
102. Nettleship, J. E., Ren, J., Rahman, N., Berrow, N. S., Hatherley, D., Barclay, A. N. & Owens, R. J. (2008). Protein Expr. Purif. 62, 83-89.
103. Niemann, H. H., Schmoldt, H. U., Wentzel, A., Kolmar, H. & Heinz, D. W. (2006). J. Mol. Biol. 356, 1-8.
104. Niessing, D., Huttelmaier, S., Zenklusen, D., Singer, R. H. & Burley, S. K. (2004). Cell, 119, 491-502.
105. Obradovic, Z., Peng, K., Vucetic, S., Radivojac, P., Brown, C. J. & Dunker, A. K. (2003). Proteins, 53, 566-572.
106. Ostermeier, C., Iwata, S., Ludwig, B. & Michel, H. (1995). Nature Struct. Biol. 2, 842-846.
107. Pai, E. F., Krengel, U., Petsko, G. A., Goody, R. S., Kabsch, W. & Wittinghofer, A. (1990). EMBO J. 9, 2351-2359.
108. Pantazatos, D., Kim, J. S., Klock, H. E., Stevens, R. C., Wilson, I. A., Lesley, S. A. & Woods, V. L. Jr (2004). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 101, 751-756.
109. Patel, S. B., Cameron, P. M., Frantz-Wattley, B., O'Neill, E., Becker, J. W. & Scapin, G. (2004). Biochim. Biophys. Acta, 1696, 67-73.
110. Peabody, D. S. & Al-Bitar, L. (2001). Nucleic Acids Res. 29, E113.
111. Pédelacq, J. D., Piltch, E., Liong, E. C., Berendzen, J., Kim, C.-Y., Rho, B.-S., Park, M. S., Terwilliger, T. C. & Waldo, G. S. (2002). Nature Biotechnol. 20, 927-932.
112. Pellicane, G., Smith, G. & Sarkisov, L. (2008). Phys. Rev. Lett. 101, 248102.
113. Petsev, D. N., Thomas, B. R., Yau, S. T., Tsekova, D., Nanev, C., Wilson, W. W. & Vekilov, P. G. (2001). J. Cryst. Growth, 232, 21-29.
114. Pornillos, O., Ganser-Pornillos, B. K., Kelly, B. N., Hua, Y., Whitby, F. G., Stout, C. D., Sundquist, W. I., Hill, C. P. & Yeager, M. (2009). Cell, 137, 1282-1292.
115. Price, W. N. II et al. (2009). Nature Biotechnol. 27, 51-57.
116. Privé, G. G., Verner, G. E.,Weitzman, C., Zen, K. H., Eisenberg, D. & Kaback, H. R. (1994). Acta Cryst. D50, 375-379.
117. Prongay, A. J., Smith, T. J., Rossmann, M. G., Ehrlich, L. S., Carter, C. A. & McClure, J. (1990). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 87, 9980- 9984.
118. Robien, M. A., Nguyen, K. T., Kumar, A., Hirsh, I., Turley, S., Pei, D.& Hol, W. G. (2004). Protein Sci. 13, 1155-1163.
119. Rosenbaum, D. M., Cherezov, V., Hanson, M. A., Rasmussen, S. G. F., Thian, F. S., Kobilka, T. S., Choi, H. J., Yao, X. J., Weis, W. I., Stevens, R. C. & Kobilka, B. K. (2007). Science, 318, 1266-1273.
120. Saiki, R. K., Gelfand, D. H., Stoffel, S., Scharf, S. J., Higuchi, R., Horn, G. T., Mullis, K. B. & Erlich, H. A. (1988). Science, 239, 487-491.
121. Saiki, R. K., Scharf, S., Faloona, F., Mullis, K. B., Horn, G. T., Erlich, H. A. & Arnheim, N. (1985). Science, 230, 1350-1354.
122. Sassenfeld, H. M. (1990). Trends Biotechnol. 8, 88-93.
123. Schwartz, T. U., Walczak, R. & Blobel, G. (2004). Protein Sci. 13, 2814-2818.
124. Sennhauser, G., Amstutz, P., Briand, C., Storchenegger, O. & Grü tter, M. G. (2007). PLoS Biol. 5, 106-113.
125. Sennhauser, G. & Grü tter, M. G. (2008). Structure, 16, 1443-1453.
126. Serrano-Vega, M. J. & Tate, C. G. (2009). Mol. Membr. Biol. 26, 385-396.
127. Sharma, S., Zheng, H., Huang, Y. P. J., Ertekin, A., Hamuro, Y., Rossi, P., Tejero, R., Acton, T. B., Xiao, R., Jiang, M., Zhao, L., Ma, L.-C., Swapna, G. V. T., Aramini, J. M. & Montelione, G. T. (2009). Proteins, 76, 882-894.
128. Slabinski, L., Jaroszewski, L., Rychlewski, L., Wilson, I. A., Lesley, S. A. & Godzik, A. (2007). Bioinformatics, 23, 3403-3405.
129. Smyth, D. R., Mrozkiewicz, M. K., McGrath, W. J., Listwan, P. & Kobe, B. (2003). Protein Sci. 12, 1313-1322.
130. Standfuss, J., Xie, G., Edwards, P. C., Burghammer, M., Oprian, D. D. & Schertler, G. F. (2007). J. Mol. Biol. 372, 1179-1188.
131. Thornton, J. M. & Sibanda, B. L. (1983). J. Mol. Biol. 167, 443-460.
132. Tidor, B. & Karplus, M. (1994). J. Mol. Biol. 238, 405-414.
133. Trevino, S. R., Scholtz, J. M. & Pace, C. N. (2007). J. Mol. Biol. 366, 449-460.
134. Trevino, S. R., Scholtz, J. M. & Pace, C. N. (2008). J. Pharm. Sci. 97, 4155-4166.
135. Uhlen, M., Forsberg, G.,Moks, T., Hartmanis, M. & Nilsson, B. (1992). Curr. Opin. Biotechnol. 3, 363-369.
136. Ullah, H., Scappini, E. L., Moon, A. F., Williams, L. V., Armstrong, D. L. & Pedersen, L. C. (2008). Protein Sci. 17, 1771-1780.
137. Uysal, S., Vasquez, V., Tereshko, V., Esaki, K., Fellouse, F. A., Sidhu, S. S., Koide, S., Perozo, E. & Kossiakoff, A. (2009). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 106, 6644-6649.
138. Vedadi, M. et al. (2006). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 103, 15835-15840.
139. Veesler, D., Dreier, B., Blangy, S., Lichière, J., Tremblay, D., Moineau, S., Spinelli, S., Tegoni, M., Plü ckthun, A., Campanacci, V. & Cambillau, C. (2009). J. Biol. Chem. 284, 30718-30726.
140. Vekilov, P. G. (2003). Methods Enzymol. 368, 84-105.
141. Vekilov, P. G. (2004). Cryst. Growth Des. 4, 671-685.
142. Vekilov, P. G., Feeling-Taylor, A., Yau, S.-T. & Petsev, D. (2002). Acta Cryst. D58, 1611-1616.
143. Vucetic, S., Brown, C. J., Dunker, A. K. & Obradovic, Z. (2003). Proteins, 52, 573-584.
144. Waldo, G. S. (2003). Curr. Opin. Chem. Biol. 7, 33-38.
145. Waldo, G. S., Standish, B. M., Berendzen, J. & Terwilliger, T. C. (1999). Nature Biotechnol. 17, 691-695.
146. Warne, T., Serrano-Vega, M. J., Baker, J. G., Moukhametzianov, R., Edwards, P. C., Henderson, R., Leslie, A. G., Tate, C. G. & Schertler, G. F. (2008). Nature (London), 454, 486-491.
147. Warne, T., Serrano-Vega, M. J., Tate, C. G. & Schertler, G. F. (2009). Protein Expr. Purif. 65, 204-213.
148. Wernimont, A. & Edwards, A. (2009). PLoS One, 4, e5094.
149. Wiltzius, J. J., Sievers, S. A., Sawaya, M. R. & Eisenberg, D. (2009). Protein Sci. 18, 1521-1530.
150. Yanez, M. E., Korotkov, K. V., Abendroth, J. & Hol, W. G. (2008). J. Mol. Biol. 375, 471-486.
151. Yau, S.-T., Petsev, D. N., Thomas, B. R. & Vekilov, P. G. (2000). J. Mol. Biol. 303, 667-678.
152. Ye, J.-D., Tereshko, V., Frederiksen, J. K., Koide, A., Fellouse, F. A., Sidhu, S. S., Koide, S., Kossiakoff, A. A. & Piccirilli, J. A. (2008). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 105, 82-87.
153. Yip, C. K., Kimbrough, T. G., Felise, H. B., Vuckovic, M., Thomas, N. A., Pfuetzner, R. A., Frey, E. A., Finlay, B. B., Miller, S. I. & Strynadka, N. C. (2005). Nature (London), 435, 702-707.
154. Zhang, F., Basinski, M. B., Beals, J. M., Briggs, S. L., Churgay, L. M., Clawson, D. K., DiMarchi, R. D., Furman, T. C., Hale, J. E., Hsiung, H. M., Schoner, B. E., Smith, D. P., Zhang, X. Y., Wery, J.-P. & Schevitz, R. W. (1997). Nature (London), 387, 206-209.