New approaches to structure-based discovery of Dengue protease inhibitors

Infectious Disorders - Drug Targets

Volumn 9, Issue 3, 2009, Pages 327-343

  Tomlinson, S M ^a   Malmstrom, R D ^a   Watowich, S J ^a  

^a University of Texas Medical Branch School of Medicine   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACETYLARGINYLTHREONYLSERYLLYSYLLYSYLARGINYL CARBOXAMIDE; ACETYLGLUTAMYLVALYLLYSYLLYSYLGLUTAMINYLARGINYL CARBOXAMIDE; ACETYLLYSYLLYSYLARGINYL CARBOXAMIDE; ACETYLPHENYLALANYLALANYLALANYLGLYCYLARGINYLARGINYL ALDEHYDE; ACETYLPHENYLALANYLALANYLALANYLGLYCYLARGINYLLYSYL CARBOXAMIDE; ACETYLTHREONYLTHREONYLSERYLTHREONYLARGINYLARGINYL CARBOXAMIDE; BENZOYLNORLEUCYLLYSYLARGINYLARGINYL ALDEHYDE; BENZOYLNORLEUCYLLYSYLARGINYLARGINYL BORONIC ACID; BENZOYLNORLEUCYLLYSYLARGINYLARGINYL THIAZOLE; CAPSID PROTEIN; M PROTEIN; NONSTRUCTURAL PROTEIN 3; NONSTRUCTURAL PROTEIN 5; PEPTIDE HYDROLASE INHIBITOR; PROTEINASE INHIBITOR; TRIFLUOROMETHYLBENZOYLNORLEUCYLLYSYLARGINYL ARGININE; UNCLASSIFIED DRUG; VIRUS ENVELOPE PROTEIN;

COMPUTER ANALYSIS; DATA BASE; DENGUE; DENGUE VIRUS; DRUG RESEARCH; DRUG TARGETING; FLAVIVIRUS; HUMAN; MOLECULAR DOCKING; MORBIDITY; NONHUMAN; PREVALENCE; PROCESS DESIGN; PROCESS TECHNOLOGY; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN STRUCTURE; REVIEW; STRUCTURE ANALYSIS; VIRUS MORPHOLOGY; VIRUS REPLICATION; VIRUS TRANSMISSION;

EID: 67650663433     PISSN: 18715265     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/1871526510909030327     Document Type: Review

References (148)

1. Morens, D. M.; Fauci, A. S. JAMA, 2008, 299, 214-216.
2. Gubler, D. J.; Meltzer, M. Adv. Virus Res., 1999, 53, 35-70.
3. CDC. Dengue Fever. 2008 24 April 2008 [cited 2008 01 November]; Available from: http://www.cdc.gov/ncidod/dvbid/dengue.
4. Ligon, B. L. Semin. Pediatr. Infect. Dis., 2005, 16, 60-65.
5. Gubler, D. J.; Clark, G. G. Emerg. Infect. Dis., 1995, 1, 55-57.
6. Gratz, N. G. Annu. Rev. Entomol., 1999, 44, 51-75.
7. Lanciotti, R. S.; Roehrig, J. T.; Deubel, V.; Smith, J.; Parker, M.; Steele, K.; Crise, B.;, Volpe, K. E.; Crabtree, M. B.; Scherret, J. H.; Hall, R. A.; MacKenzie, J. S.; Cropp, C. B.; Panigrahy, B.; Ostlund, E.; Schmitt, B.; Malkinson, M.; Banet, C.; Weissman, J.; Komar, N.; Savage, H. M.; Stone, W.; McNamara, T.; Gubler, D. J. Science, 1999, 286, 2333-2337.
8. Halstead, S. B. Adv. Virus Res., 2003, 60, 421-467.
9. Hayes, E. B.; Gubler, D. J. Pediatr. Infect. Dis. J., 1992, 11, 311-317.
10. Kalayanarooj, S.; Vaughn, D. W.; Nimmannitya, S.; Green, S.; Suntayakorn, S.; Kunentrasai, N.; Viramitrachai, W.; Ratanachueke, S.; Kiatpolpoj, S.; Innis, B. L.; Rothman, A. L.; Nisalak, A.; Ennis, F. A. J. Infect. Dis., 1997, 176, 313-321.
11. Edelman, R. Clin. Infect. Dis. Suppl., 2007, 1, 56-60.
12. McGee, C.; Lewis, M.; Claire, M.; Wagner, W.; Lang, J.; Guy, B.; Tsetsarkin, K.; Higgs, S.; Decelle, T. J. Infect. Dis., 2008, 197, 693-697.
13. Simasathien, S.; Thomas, S.; Watanaverradej, V.; Nisalak, A.; Barberousse, C.; Innis, B.; Sun, W.; Putnak, J.; Eckels, K.; Hutagalung, Y.; Gibbons, R.; Zhang, C.; De La Barrera, R.; Jarman, R.; Chawachalasai, W.; Mammen, M. Am. J. Trop. Med. Hyg., 2008, 78, 426-433.
14. Mukhopadhyay, S.; Kuhn, R. J.; Rossmann, M. G. Nat. Rev. Microbiol., 2005, 3, 13-22.
15. Allison, S. L.; Schalich, J.; Stiasny, K.; Mandl, C. W.; Kunz, C.; Heinz, F. X. J. Virol., 1995, 69, 695-700.
16. Knipe, D.; Howley, P. Flaviviridae: The Viruses and Their Replication, in Fundamental Virology, 4th ed. Lippincott Williams & Wilkins: Philadelphia, PA. 2001, pp. 589-639.
17. Marks, R. M.; Lu, H.; Sundaresan, R.; Toida, T.; Suzuki, A.; Imanari, T.; Hernaiz, M. J.; Linhardt, R. J. J. Med. Chem., 2001, 44, 2178-2187.
18. Modis, Y.; Ogata, S.; Clements, D.; Harrison, S. C. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2003, 100, 6986-6991.
19. Yang, J. M.; Chen, Y. F.; Tu, Y. Y.; Yen, K. R.; Yang, Y. L. PLoS ONE, 2007, 2, e428.
20. Hrobowski, Y. M.; Garry, R. F.; Michael, S. F. Virol. J., 2005, 2, 49.
21. Nowak, T.; Farber, P.; Wengler, G.; Wengler, G. Virology, 1989, 169, 365-376.
22. Markoff, L.; Falgout, B.; Chang, A. Virology, 1997, 233, 105-117.
23. Kofler, R. M.; Heinz, F. X.; Mandl, C. W. J. Virol., 2002, 76, 3534-3543.
24. Khromykh, A. A.; Westaway, E. G. J. Virol., 1997, 71, 1497-1505.
25. Wang, W. K.; Sung, T. L.; Lee, C. N.; Lin, T. Y.; King, C. C. Virology, 2002, 303, 181-191.
26. Ma, L.; Jones, C. T.; Groesch, T. D.; Kuhn, R. J.; Post, C. B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2004, 101, 3414-3419.
27. Guirakhoo, F.; Bolin, R. A.; Roehrig, J. T. Virology, 1992, 191, 921-931.
28. Stadler, K.; Allison, S. L.; Schalich, J. Heinz, F. X. J. Virol., 1997, 71, 8475-8481.
29. Elshuber, S.; Allison, S. L.; Heinz, F. X.; Mandl, C. W. J. Gen. Virol., 2003, 84, 183-191.
30. Bhardwaj, S.; Holbrook, M.; Shope, R. E.; Barrett, A. D.; Watowich, S. J. J. Virol., 2001, 75, 4002-4007.
31. Rey, F. A.; Heinz, F. X.; Mandl, C.; Kunz, C.; Harrison, S. C. Nature, 1995, 375, 291-298.
32. Gromowski, G. D.; Barrett, N. D.; Barrett, A. D. J. Virol., 2008, 82, 8828-8837.
33. Huang, K. C.; Lee, M. C.; Wu, C. W.; Huang, K. J.; Lei, H. Y.; Cheng, J. W. Proteins., 2008, 70, 1116-1119.
34. Lok, S. M.; Kostyuchenko, V.; Nybakken, G. E.; Holdaway, H. A.; Battisti, A. J.; Sukupolvi-Petty, S.; Sedlak, D.; Fremont, D. H.; Chipman, P. R.; Roehrig, J. T.; Diamond, M. S.; Kuhn, R. J.; Rossmann, M. G. Nat. Struct. Mol. Biol., 2008, 15, 312-317.
35. Sukupolvi-Petty, S.; Austin, S. K.; Purtha, W. E.; Oliphant, T.; Nybakken, G. E.; Schlesinger, J. J.; Roehrig, J. T.; Gromowski, G. D.; Barrett, A. D.; Fremont, D. H.; Diamond, M. S. J. Virol., 2007, 81, 12816-12826.
36. Perera, R.; Khaliq, M.; Kuhn, R. J. Antiviral Res., 2008, 80, 11-22.
37. Wu, J.; Bera, A. K.; Kuhn, R. J.; Smith, J. L. J. Virol., 2005, 79, 10268-10277.
38. Matusan, A.; Pryor, M.; Davidson, W.; Wright, P. J. Gen. Virol., 2002, 83, 3093-3102.
39. Xu, T.; Sampath, A.; Chao, A.; Wen, D.; Nanao, M.; Chene, P.; Vasudevan, S. G.; Lescar, J. J. Virol., 2005, 79, 10278-10288.
40. Luo, D.; Xu, T.; Hunke, C.; Gruber, G.; Vasudevan, S. G.; Lescar, J. J. Virol., 2008, 82, 173-183.
41. Bartelma, G.; Padmanabhan, R. Virology, 2002, 299, 122-132.
42. Sampath, A.; Xu, T.; Chao, A.; Luo, D.; Lescar, J.; Vasudevan, S. G. J. Virol., 2006, 80, 6686-6690.
43. Khromykh, A. A.; Sedlak, P. L.; Westaway, E. G. J. Virol., 1999, 73, 9247-9255.
44. Benarroch, D.; Egloff, M. P.; Mulard, L.; Guerreiro, C.; Romette, J. L.; Canard, B. J. Biol. Chem., 2004, 279, 35638-35643.
45. Egloff, M. P.; Benarroch, D.; Selisko, B.; Romette, J. L.; Canard, B. EMBO J., 2002, 21, 2757-2768.
46. Egloff, M. P.; Decroly, E.; Malet, H.; Selisko, B.; Benarroch, D.; Ferron, F.; Canard, B. J. Mol. Biol., 2007, 372, 723-736.
47. Vasudevan, S. G.; Johansson, M.; Brooks, A. J.; Llewellyn, L. E.; Jans, D. A. Farmaco., 2001, 56, 33-36.
48. Yap, T. L.; Xu, T.; Chen, Y. L.; Malet, H.; Egloff, M. P.; Canard, B.; Vasudevan, S. G.; Lescar, J. J. Virol., 2007, 81, 4753-4765.
49. Malet, H.; Masse, N.; Selisko, B.; Romette, J. L.; Alvarez, K.; Guillemot, J. C.; Tolou, H.; Yap, T. L.; Vasudevan, S.; Lescar, J.; Canard, B. Antiviral. Res., 2008, 80, 23-35.
50. Bazan, J. F.; Fletterick, R. J. Virology, 1989, 171, 637-639.
51. Yusof, R.; Clum, S.; Wetzel, M.; Murthy, H. M.; Padmanabhan, R. J. Biol. Chem., 2000, 275, 9963-9969.
52. Cahour, A.; Falgout, B.; Lai, C. J. J. Virol., 1992, 66, 1535-1542.
53. Chambers, T. J.; Nestorowicz, A.; Amberg, S. M.; Rice, C. M. J. Virol., 1993, 67, 6797-6807.
54. Preugschat, F.; Lenches, E. M.; Strauss, J. H. J. Virol., 1991, 65, 4749-4758.
55. Preugschat, F.; Yao, C. W.; Strauss, J. H. J. Virol., 1990, 64, 4364-4374.
56. Falgout, B.; Pethel, M.; Zhang, Y.; Lai, C. J. Virology, 1991, 65, 2467-2475.
57. Hsu, J. T.; Wang, H. C.; Chen, G. W.; Shih, S. R. Curr. Pharm. Des., 2006, 12, 1301-1314.
58. Wlodawer, A.; Vondrasek, J. Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 1998, 27, 249-284.
59. Leung, D.; Schroder, K.; White, H.; Fang, N. X.; Stoermer, M. J.; Abbenante, G.; Martin, J. L.; Young, P. R.; Fairlie, D. P. J. Biol. Chem., 2001, 276, 45762-45771.
60. Chanprapaph, S.; Saparpakorn, P.; Sangma, C.; Niyomrattanakit, P.; Hannongbua, S.; Angsuthanasombat, C.; Katzenmeier, G. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2005, 330, 1237-1246.
61. Yin, Z.; Patel, S. J.; Wang, W. L.; Wang, G.; Chan, W. L.; Rao, K. R.; Alam, J.; Jeyaraj, D. A.; Ngew, X.; Patel, V.; Beer, D.; Lim, S. P.; Vasudevan, S. G.; Keller, T. H. Bioorg. Med. Chem. Lett., 2006, 16, 36-39.
62. Yin, Z.; Patel, S. J.; Wang, W. L.; Chan, W. L.; Ranga Rao, K. R.; Wang, G.; Ngew, X.; Patel, V.; Beer, D.; Knox, J. E.; Ma, N. L.; Ehrhardt, C.; Lim, S. P.; Vasudevan, S. G.; Keller, T. H. Bioorg. Med. Chem. Lett., 2006, 16, 40-43.
63. Murthy, H. M.; Clum, S.; Padmanabhan, R. J. Biol. Chem., 1999, 274, 5573-5580.
64. Murthy, H. M.; Judge, K.; DeLucas, L.; Padmanabhan, R. J. Mol. Biol., 2000, 301, 759-767.
65. Ganesh, V. K.; Muller, N.; Judge, K.; Luan, C. H.; Padmanabhan, R.; Murthy, K. H. Bioorg. Med. Chem., 2005, 13, 257-264.
66. Watowich, S. personal communication 2009.
67. D'Arcy, A.; Chaillet, M.; Schiering, N.; Villard, F.; Lim, S. P.; Lefeuvre, P.; Erbel, P. Acta. Crystallogr. Sect. F. Struct. Biol. Cryst. Commun., 2006, 62, 157-162.
68. Erbel, P.; Schiering, N.; D'Arcy, A.; Renatus, M.; Kroemer, M.; Lim, S. P.; Yin, Z.; Keller, T. H.; Vasudevan, S. G.; Hommel, U. Nat. Struct. Mol. Biol., 2006, 13, 372-373.
69. Tomlinson, S.; Watowich, S. Biochemistry, 2008, 47, 11763-11770.
70. Courageot, M.; Frenkiel, M.; Dos Santos, C.; Deubel, V.; Despres, P. J. Virology, 2000, 74, 564-572.
71. Paranjape, S.; Harris, E. J. Biol. Chem., 2007, 282, 30497-30508.
72. Talarico, L., Pujol, C.; Zibetti, R.; Faria, P.; Noseda, M.; Duarte, M.; Damonte, E. Antiviral Res., 2005, 66, 103-110.
73. Chu, J.; Yang, P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2007, 104, 3520-3525.
74. Kiat, T.; Pippen, R.; Yusof, R.; Ibrahim, H.; Khalid, N.; Rahman, N. Bioorg. Med. Chem. Lett., 2006, 16, 3337-3340.
75. Laille, M.; Gerald, F.; Debitus, C. Cell Mol. Life. Sci., 1998, 54, 167-170.
76. Parida, M.; Upadhyay, C.; Pandya, G.; Jana, A. J. Ethnopharmacol., 2002, 79, 273-278.
77. Reis, S.; Valente, L.; Sampaio, A.; Siani, A.; Gandini, M.; Azeredo, E.; Avila, L.; Mazzei, J. Int. Immunopharmacol., 2008, 8, 468-476.
78. Hayden, F.; Turner, R.; Gwaltney, J.; Chi-Burris, K.; Gersten, M.; Hsyu, P.; Patick, A.; Smith, G.; Zalman, L. Antimicrob. Agents Chemother., 2003, 47, 3907-3916.
79. Lamarre, D.; Anderson, P. C.; Bailey, M.; Beaulieu, P.; Bolger, G.; Bonneau, P.; Bos, M.; Cameron, D. R.; Cartier, M.; Cordingley, M. G.; Faucher, A. M.; Goudreau, N.; Kawai, S. H.; Kukolj, G.; Lagace, L.; LaPlante, S. R.; Narjes, H.; Poupart, M. A.; Rancourt, J.; Sentjens, R. E.; St George, R.; Simoneau, B.; Steinmann, G.; Thibeault, D.; Tsantrizos, Y. S.; Weldon, S. M.; Yong, C. L.; Llinas-Brunet, M. Nature, 2003, 426, 186-189.
80. Campbell, S. J.; Gold, N. D.; Jackson, R. M.; Westhead, D. R. Curr. Opin. Struct. Biol., 2003, 13, 389-395.
81. Kitchen, D. B.; Decornez, H.; Furr, J. R.; Bajorath, J. Nat. Rev. Drug Discov., 2004, 3, 935-949.
82. Mohan, V.; Gibbs, A. C.; Cummings, M. D.; Jaeger, E. P.; DesJarlais, R. L. Curr. Pharm. Des., 2005, 11, 323-333.
83. Irwin, J. J.; Shoichet, B. K. J. Chem. Inf. Model., 2005, 45, 177-182.
84. Allen, F. H. Acta Crystallogr. B., 2002, 58, 380-388.
85. Lipinski, C. A.; Lombardo, F.; Dominy, B. W.; Feeney, P. J. Adv. Drug Deliv. Rev., 2001, 46, 3-26.
86. Oprea, T. I.; Allu, T. K.; Fara, D. C.; Rad, R. F.; Ostopovici, L.; Bologa, C. G. J. Comput. Aided. Mol. Des., 2007, 21, 113-119.
87. Oprea, T. I.; Davis, A. M.; Teague, S. J.; Leeson, P. D. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41, 1308-1315.
88. Teague, S. J.; Davis, A. M.; Leeson, P. D.; Oprea, T. Angew Chem. Int. Ed. Engl., 1999, 38, 3743-3748.
89. van de Waterbeemd, H.; Gifford, E. Nat. Rev. Drug Discov., 2003, 2, 192-204.
90. Yamashita, F.; Hashida, M. Drug Metab. Pharmacokinet., 2004, 19, 327-338.
91. Knox, A. J.; Meegan, M. J.; Carta, G.; Lloyd, D. G. J. Chem. Inf. Model., 2005, 45, 1908-1919.
92. Leach, A. R.; Hann, M. M.; Burrows, J. N.; Griffen, E. J. Mol. Biosyst., 2006, 2, 430-446.
93. Pearlman, R. Chem. Des. Auto. News, 1987, 2, 1-6.
94. Sadowski, J.; Rudolph, C.; Gasteiger, J. Tetrahedron Comput. Methodol., 1990, 3, 537-547.
95. Koshland, D. E. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1958, 44, 98-104.
96. Ferrari, A. M.; Wei, B. Q.; Costantino, L.; Shoichet, B. K. J. Med. Chem., 2004, 47, 5076-5084.
97. Floquet, N.; Marechal, J.; Badet-Denisot, M.; Robert, C.; Dauchez, M.; Perahia, D. FEBS Lett., 2006, 580, 5130-5136.
98. Jones, G.; Willett, P.; Glen, R. C.; Leach, A. R.; Taylor, R. J. Mol. Biol., 1997, 267, 727-748.
99. Kramer, B.; Rarey, M.; Lengauer, T. Proteins, 1999, 37, 228-241.
100. Pang, Y. P.; Perola, E.; Xu, K.; Prendergast, F. G. J. Comput. Chem., 2001, 22, 1750-1771.
101. Pang, Y. P.; Xu, K.; Kollmeyer, T. M.; Perola, E.; McGrath, W. J.; Green, D. T.; Mangel, W. F. FEBS Lett., 2001, 502, 93-97.
102. Friesner, R. A.; Banks, J. L.; Murphy, R. B.; Halgren, T. A.; Klicic, J. J.; Mainz, D. T.; Repasky, M. P.; Knoll, E. H.; Shelley, M.; Perry, J. K.; Shaw, D. E.; Francis, P.; Shenkin, P. S. J. Med. Chem., 2004, 47, 1739-1749.
103. Thomsen, R.; Christensen, M. H. J. Med. Chem., 2006, 49, 3315-3321.
104. Ewing, T. J.; Makino, S.; Skillman, A. G.; Kuntz, I. D. J. Comput. Aided. Mol. Des., 2001, 15, 411-428.
105. Moustakas, D. T.; Lang, P. T.; Pegg, S.; Pettersen, E.; Kuntz, I. D.; Brooijmans, N.; Rizzo, R. C. J. Comput. Aided. Mol. Des., 2006, 20, 601-619.
106. Huey, R.; Morris, G. M.; Olson, A. J.; Goodsell, D. S. J. Comput. Chem., 2007, 28, 1145-1152.
107. Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Halliday, R. S.; Huey, R.; Hart, W. E.; Belew, R. K.; Olson, A. J. J. Comput. Chem., 1998, 19, 1639-1662.
108. Chen, H. M.; Liu, B. F.; Huang, H. L.; Hwang, S. F.; Ho, S. Y. J. Comput. Chem., 2007, 28, 612-623.
109. Jain, A. N. Curr. Protein Pept. Sci., 2006, 7, 407-420.
110. Charifson, P. S.; Corkery, J. J.; Murcko, M. A.; Walters, W. P. J. Med. Chem., 1999, 42, 5100-5109.
111. Oda, A.; Tsuchida, K.; Takakura, T.; Yamaotsu, N.; Hirono, S. J. Chem. Inf. Model., 2006, 46, 380-391.
112. Malmstrom, R.; Watowich, S. 2009.
113. Bursulaya, B. D.; Totrov, M.; Abagyan, R.; Brooks, C. L. 3rd., J. Comput. Aided. Mol. Des., 2003, 17, 755-763.
114. Chen, H.; Lyne, P. D.; Giordanetto, F.; Lovell, T.; Li, J. J. Chem. Inf. Model., 2006, 46, 401-415.
115. Joy, S.; Nair, P. S.; Hariharan, R.; Pillai, M. R. In Silico Biol., 2006, 6, 601-605.
116. Totrov, M.; Abagyan, R. Curr. Opin. Struct. Biol., 2008, 18, 178-184.
117. Zhou, Z.; Felts, A. K.; Friesner, R. A.; Levy, R. M. J. Chem. Inf. Model., 2007, 47, 1599-1608.
118. Warren, G. L.; Andrews, C. W.; Capelli, A. M.; Clarke, B.; LaLonde, J.; Lambert, M. H.; Lindvall, M.; Nevins, N.; Semus, S. F.; Senger, S.; Tedesco, G.; Wall, I. D.; Woolven, J. M.; Peishoff, C. E.; Head, M. S. J. Med. Chem., 2006, 49, 5912-5931.
119. Damm, K.; Ung, P.; Quintero, J.; Gestwicki, J.; Carlson, H. Biopolymers, 2008, 89, 643-652.
120. Luzhkov, V. B.; Selisko, B.; Nordqvist, A.; Peyrane, F.; Decroly, E.; Alvarez, K.; Karlen, A.; Canard, B.; Qvist, J. Bioorg. Med. Chem., 2007, 15, 7795-7802.
121. Mukherjee, P.; Desai, P.; Ross, L.; White, E.; Avery, M. Bioorg. Med. Chem. Lett., 2008, 16, 4138-4149.
122. Foloppe, N.; Hubbard, R. Curr. Med. Chem., 2006, 13, 3583-3608.
123. Gilson, M. K.; Given, J. A.; Bush, B. L.; McCammon, J. A. Biophys. J., 1997, 72, 1047-1069.
124. Aqvist, J.; Marelius, J. Comb. Chem. High Throughput Screen., 2001, 4, 613-626.
125. Thompson, D. C.; Humblet, C.; Joseph-McCarthy, D. J. Chem. Inf. Model., 2008, 48, 1081-1091.
126. Helms, V.; Wade, R. J. Am. Chem. Soc., 1998, 120, 2710-2713.
127. Gasteiger, J.; Marsili, M. Tetrahedron, 1980, 36, 3219-3228.
128. Bottegoni, G.; Cavalli, A.; Recanatini, M. J. Chem. Inf. Model., 2006, 46, 852-862.
129. Aleshin, A. E.; Shiryaev, S. A.; Strongin, A. Y.; Liddington, R. C. Protein Sci., 2007, 16, 795-806.
130. Arasappan, A.; Njoroge, F. G.; Chen, K. X.; Venkatraman, S.; Parekh, T. N.; Gu, H.; Pichardo, J.; Butkiewicz, N.; Prongay, A.; Madison, V.; Girijavallabhan, V. Bioorg. Med. Chem. Lett., 2006, 16, 3960-3965.
131. Bogen, S.; Saksena, A. K.; Arasappan, A.; Gu, H.; Njoroge, F. G.; Girijavallabhan, V.; Pichardo, J.; Butkiewicz, N.; Prongay, A.; Madison, V. Bioorg. Med. Chem. Lett., 2005, 15, 4515-4519.
132. Di Marco, S.; Rizzi, M.; Volpari, C.; Walsh, M. A.; Narjes, F.; Colarusso, S.; De Francesco, R.; Matassa, V. G.; Sollazzo, M. J. Biol. Chem., 2000, 275, 7152-7157.
133. Kim, J. L.; Morgenstern, K. A.; Lin, C.; Fox, T.; Dwyer, M. D.; Landro, J. A.; Chambers, S. P.; Markland, W.; Lepre, C. A.; O'Malley, E. T.; Harbeson, S. L.; Rice, C. M.; Murcko, M. A.; Caron, P. R.; Thomson, J. A. Cell, 1996, 87, 343-355.
134. Yan, Y.; Li, Y.; Munshi, S.; Sardana, V.; Cole, J. L.; Sardana, M.; Steinkuehler, C.; Tomei, L.; De Francesco, R.; Kuo, L. C.; Chen, Z. Protein Sci., 1998, 7, 837-847.
135. Deng, Y.; Roux, B. J. Chem. Phys., 2008, 128, 115103.
136. Wang, J.; Deng, Y.; Roux, B. Biophys. J., 2006, 91, 2798-2814.
137. Woo, H. J.; Roux, B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2005, 102, 6825-6830.
138. Zhang, W.; Chipman, P.; Corver, J.; Hohnson, R.; Zhang, Y.; Suchetana, M.; Baker, T.; Strauss, J.; Rossmann, M.; Kuhn, R. Nat. Struct. Biol., 2003, 10, 907-912.
139. Zhang, Y.; Zhang, W.; Ogata, S.; Clements, D.; Strauss, J. H.; Baker, T. S.; Kuhn, R. J.; Rossmann, M. G. Structure, 2004, 12, 1607-1618.
140. Modis, Y.; Ogata, S.; Clements, D.; Harrison, S. Nature, 2004, 427, 313-319.
141. Modis, Y.; Ogata, S.; Clements, D.; Harrison, S. J. Virology, 2005, 79, 1223-1231.
142. Pokidysheve, E.; Zhang, Y.; Battisti, A.; Bator-Kelly, C.; Chipman, P.; Ziao, C.; Gregorio, G.; Hendrickson, W.; Kuhn, R.; Rossmann, M. Cell, 2006, 124, 485-493.
143. Kuhn, R.; Zhang, W.; Rossmann, M.; Pletnev, S.; Corver, J.; Lenches, E.; Jones, C.; Mukhopadhyay, S.; Chipman, P.; Strauss, E.; Baker, T.; Strauss, J. Cell, 2002, 108, 717-725.
144. Yu, I.; Zhang, W.; Holdaway, H.; Li, L.; Kostyuchenko, V.; Chipman, P.; Kuhn, R.; Rossman, M.; Chen, J. Science, 2008, 319, 1834-1837.
145. Li, L.; Lok, S.; Yu, I.; Zhang, Y.; Kuhn, R.; Chen, J.; Rossman, M. Science, 2008, 319, 1830-1834.
146. Volk, D. E.; Lee, Y. C.; Li, X.; Thiviyanathan, V.; Gromowski, G. D.; Li, L.; Lamb, A. R.; Beasley, D. W.; Barrett, A. D.; Gorenstein, D. G. Virology, 2007, 364, 147-154.
147. Zhang, W.; Corver, J.; Chipman, P.; Zhang, W.; Pletnev, S.; Sedlak, D.; Baker, T.; Strauss, J.; Kuhn, R.; Rossmann, M. EMBO, 2003, 22, 2604-2613.
148. Muellar, N. K.; Pattabiraman, N.; Ansarah-Sobrinho, C.; Viswanathan, P.; Pierson, T. C.; Padmanabhan, R. Antimicrob. Agents Chemother., 2008, 52, 3385-3393.