Scoring functions for protein-ligand docking

Current Protein and Peptide Science

Volumn 7, Issue 5, 2006, Pages 407-420

  Jain, Ajay N ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

Docking; Free energy; Glide; GOLD; Machine learning; PMF; Scoring; Surflex

Indexed keywords

LIGAND; PROTEIN;

ACCURACY; ALGORITHM; BINDING AFFINITY; COMPUTER ANALYSIS; CONFORMATION; CONTROLLED STUDY; DRUG DESIGN; PREDICTION; REVIEW; SCREENING; THEORETICAL MODEL;

ANIMALS; DRUG EVALUATION, PRECLINICAL; LIGANDS; MODELS, CHEMICAL; PROTEIN BINDING; PROTEINS; RESEARCH DESIGN;

EID: 33749513370     PISSN: 13892037     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/138920306778559395     Document Type: Review

References (49)

1. Walters, P. W., Stahl, M. T., Murcko, M. A. (1998) Drug Discov. Today, 3, 160-178.
2. Jain, A. N. (1996) J. Comput. Aided Mol. Des., 10, 427-40.
3. Bohm, H. J. (1994) J. Comput. Aided Mol. Des., 8, 243-56.
4. Eldridge, M. D., Murray, C. W., Auton, T. R., Paolini, G. V., Mee, R. P. (1997) J. Comput. Aided Mol. Des., 11, 425-45.
5. Rognan, D., Lauemoller, S. L., Holm, A., Buus, S., Tschinke, V. (1999) J. Med. Chem., 42, 4650-8.
6. Wang, R., Liu, L., Lai, L., Tang, Y. (1998) J. Mol. Model., 4, 379-384.
7. Muegge, I., Martin, Y. C. (1999) J. Med. Chem., 42, 791-804.
8. Gohlke, H., Hendlich, M., Klebe, G. (2000) J. Mol. Biol., 295, 337-36.
9. Welch, W., Ruppert, J., Jain, A. N. (1996) Chem. Biol., 3, 449-62.
10. Goodsell, D. S., Morris, G. M., Olson, A. J. (1996) J. Mol. Recognit., 9, 1-5.
11. Jones, G., Willett, P., Glen, R. C., Leach, A. R., Taylor, R. (1997) J. Mol. Biol., 267, 727-48.
12. Rarey, M., Kramer, B., Lengauer, T., Klebe, G. (1996) J. Mol. Biol., 261, 470-89.
13. Halgren, T. A., Murphy, R. B., Friesner, R. A., Beard, H. S., Frye, L. L., Pollard, W. T., Banks, J. L. (2004) J. Med. Chem., 47, 1750-9.
14. Schulz-Gasch, T., Stahl, M. (2003) J. Mol. Model. (Online), 9, 47-57.
15. Zavodszky, M. I., Sanschagrin, P. C., Korde, R. S., Kuhn, L. A. (2002) J. Comput. Aided Mol. Des., 16, 883-902.
16. Gilson, M. K., Given, J. A., Head, M. S. (1997) Chem. Biol., 4, 87-92.
17. Verkhivker, G. M., Bouzida, D., Gehlhaar, D. K., Rejto, P. A., Arthurs, S., Colson, A. B., Freer, S. T., Larson, V., Luty, B. A., Marrone, T., Rose, P. W. (2000) J. Comput. Aided Mol. Des., 14, 731-51.
18. Jain, A. N. (2004) Curr. Opin. Drug Discov. Devel., 7, 396-403.
19. Kuntz, I. D., Blaney, J. M., Oatley, S. J., Langridge, R., Ferrin, T. E. (1982) J. Mol. Biol., 161, 269-88.
20. Ewing, T. J., Makino, S., Skillman, A. G., Kuntz, I. D. (2001) J. Comput. Aided Mol. Des., 15, 411-28.
21. Wei, B. Q., Weaver, L. H., Ferrari, A. M., Matthews, B. W., Shoichet, B. K. (2004) J. Mol. Biol., 337, 1161-82.
22. Totrov, M., Abagyan, R. (1997) Proteins, (Suppl 1), 215-20.
23. Wei, B. Q., Baase, W. A., Weaver, L. H., Matthews, B. W., Shoichet, B. K. (2002) J. Mol. Biol., 322, 339-55.
24. Nicholls, A., Honig, B. (1991) J. Comput. Chem., 12, 435-445.
25. Chambers, C. C., Hawkins, G. D., Cramer, C. J., Truhlar, D. G. (1996) J. Phys. Chem., 100, 16385-16398.
26. Li, J. B., Zhu, T. H., Cramer, C. J., Truhlar, D. G. (1998) J. Phys. Chem., 102, 1820-1831.
27. Kortemme, T., Morozov, A. V., Baker, D. (2003) J. Mol. Biol., 326, 1239-59.
28. Murray-Rust, P., Glusker, J. P. (1984) JACS, 106, 1018-1025.
29. Pham, T. A., Jain, A. N. (In press) J. Med. Chem.
30. Verdonk, M. L., Cole, J. C., Hartshorn, M. J., Murray, C. W., Taylor, R. D. (2003) Proteins, 52, 609-23.
31. Friesner, R. A., Banks, J. L., Murphy, R. B., Halgren, T. A., Klicic, J. J., Mainz, D. T., Repasky, M. P., Knoll, E. H., Shelley, M., Perry, J. K., Shaw, D. E., Francis, P., Shenkin, P. S. (2004) J. Med. Chem., 47, 1739-49.
32. Wang, R., Lai, L., Wang, S. (2002) J. Comput. Aid. Mol. Des., 16, 11-26.
33. Morris, G. M., Goodsell, D. S., Halliday, R. S., Huey, R., Hart, W. E., Belew, R. K., Olson, A. J. (1998) J. Comput. Chem., 19, 1639-1662.
34. Bissantz, C., Folkers, G., Rognan, D. (2000) J. Med. Chem., 43, 4759-67.
35. Kellenberger, E., Rodrigo, J., Muller, P., Rognan, D. (2004) Proteins. 57. 225-42.
36. Jain, A. N. (2003) J. Med. Chem., 46, 499-511.
37. Nissink, J. W., Murray, C., Hartshorn, M., Verdonk, M. L., Cole, J. C., Taylor, R. (2002) Proteins, 49, 457-71.
38. Perola, E., Walters, W. P., Charifson, P. S. (2004) Proteins, 56, 235-49.
39. Warren, G. L., Andrews, C. W., Capelli, A.-M., Clarke, B.J.L., Lambert, M. H., Lindvall, M., Nevins, N., Semus, S. F., Senger, S., Tedesco, G., Wall, I. D., Woolven, J. M., Peishoff, C. E., Heads, M. S. (In press) J. Med. Chem.
40. Miteva, M. A., Lee, W. H., Montes, M. O., Villoutreix, B. O. (2005) J. Med. Chem., 48, 6012-22.
41. Murcia, M., Ortiz, A. R. (2004) J. Med. Chem., 47, 805-20.
42. Bradley, E. K., Miller, J. L., Saiah, E., Grootenhuis, P. D. (2003) J. Med. Chem., 46, 4360-4.
43. Wang, R., Fang, X., Lu, Y., Wang, S. (2004) J. Med. Chem., 47, 2977-80.
44. Olsen, L., Pettersson, I., Hemmingsen, L., Adolph, H. W., Jorgensen, F. S. (2004) J. Comput. Aided Mol. Des., 18, 287-302.
45. Terp, G. E., Johansen, B. N., Christensen, I. T., Jorgensen, F. S. (2001) J. Med. Chem., 44, 2333-43.
46. Morozov, A. V., Kortemme, T., Tsemekhman, K., Baker, D. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101, 6946-51.
47. Jain, A. N., Dietterich, T. G., Lathrop, R. H., Chapman, D., Critchlow, R. E., Jr., Bauer, B. E., Webster, T. A., Lozano-Perez, T. (1994) J. Comput. Aided Mol. Des., 8, 635-52.
48. Jain, A. N., Koile, K., Chapman, D. (1994) J. Med. Chem., 37, 2315-27.
49. Jain, A. N., Harris, N. L., Park, J. Y. (1995) J. Med. Chem., 38, 1295-308.