Influence of stacking on the hydrogen bond donating potential of nucleic bases

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 2, Issue 5, 2006, Pages 1444-1452

  Vanommeslaeghe, K ^a   Mignon, P ^a,b   Loverix, S ^a,c   Tourwe D ^a   Geerlings, P ^a  

^a VRIJE UNIVERSITEIT BRUSSEL   (Belgium)

^b UNIVERSITY OF LEUVEN   (Belgium)

^c DEPARTMENT OF PLANT SYSTEMS BIOLOGY   (Belgium)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33846316742     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct600150n     Document Type: Article

References (37)

1. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer-Verlag: Berlin, Germany, 1984.
2. McGaughey, G. B.; Gagné, M.; Rappé, A. K. J. Biol. Chem. 1998, 273, 15458-15463.
3. Versées, W.; Loverix, S.; Vandemeulebroucke, A.; Geerlings, P.; Steyaert, J. J. Mol. Biol. 2004, 338, 1-6.
4. Steyaert, J. Eur. J. Biochem. 1997, 247, 1-11.
5. Raines, R. T. Chem. Rev. 1998, 98, 1045-1065.
6. Finnin, M. S.; Donigian, J. R.; Cohen, A.; Richon, V. M.; Rifkind, R. A.; Marks, P. A.; Breslow, R.; Pavletich, N. P. Nature 1999, 401, 188-193.
7. Wang, D.-F.; Wiest, O.; Helquist, P.; Lan-Hargest, H.-Y.; Wiech, N. L. J. Med. Chem. 2004, 47, 3409-3417.
8. Nielsen, T. K.; Hildmann, C.; Dickmanns, A.; Schwienhorst, A.; Ficner, R. J. Mol. Biol. 2005, 354, 107-120.
9. Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J. Chem-Eur. J. 1999, 5, 3581-3594.
10. Suzuki, M.; Amano, N.; Kakinuma, J.; Tateno, M. J. Mol. Biol. 1997, 274, 421-435.
11. Mathews, D. H.; Sabina, J.; Zuker, M.; Turner, D. H. J. Mol. Biol. 1999, 255, 911-940.
12. Bommarito, S.; Peyret, N.; SantaLucia, J., Jr. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 1929-1934.
13. Wintjens, R.; Biot, C.; Rooman, M.; Lievin, J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6249-6258.
14. Sivanesan, D.; Babu, K.; Gadre, S. R.; Subramanian, V.; Ramasami, T. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 10887-10894.
15. Sivanesan, D.; Sumathi, I.; Welsh, W. J. Chem. Phys. Lett. 2003, 367, 351-360.
16. Mignon, P.; Loverix, S.; Steyaert, J.; Geerlings, P. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 1779-1789.
17. Kollman, P.; McKelvey, J.; Johansson, A.; Rothenberg, S. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 955-965.
18. Baeten, A.; De Proft, F.; Geerlings, P. Chem. Phys. Lett. 1995, 235, 17-21.
19. Baeten, A.; De Proft, F.; Geerlings, P. Int. J. Quantum Chem. 1996, 60, 931-939.
20. Mishra, P. C.; Kumar, A. In Molecular Electrostatic Potentials: Concepts and Applications; Murray, J. S., Sen, K., Eds.; Elsevier: Amsterdam, The Netherlands, 1996; Chapter 6, pp 257-296.
21. Kushwaha, P. S.; Mishra, P. C. Int. J. Quantum Chem. 2000, 76, 700-713.
22. Murray, J. S.; Politzer, P. J. Org. Chem. 1991, 56, 6715-6717.
23. Murray, J. S.; Politzer, P. J. Chem. Res. Synop. 1992, 110-111.
24. Hagelin, H.; Murray, J. S.; Brinck, T.; Berthelot, M.; Politzer, P. Can. J. Chem. 1995, 73, 483-488.
25. Hobza, P.; Šponer, J. Chem. Rev. 1999, 99, 3247-3276.
26. Sinnokrot, M. O.; Valeev, E. F.; Sherrill, C. D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10887-10893.
27. Sinnokrot, M. O.; Sherrill, C. D. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10200-10207.
28. Černý, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 1624-1626.
29. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision B.03; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2003.
30. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553-566.
31. Van Duijneveldt, F. B.; Van Duijneveldt-Van De Rijdt, J. G. C. M.; Van Lenthe, J. H. Chem. Rev. 1994, 94, 1873-1885.
32. Turi, L.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. 1993, 97, 2488-2490.
33. De Proft, F.; Amira, S.; Choho, K.; Geerlings, P. J. Phys. Chem. 1994, 98, 5227-5233.
34. Olasz, A.; Mignon, P.; De Proft, F.; Veszprémi, T.; Geerlings, P. Chem. Phys. Lett. 2005, 407, 504-509.
35. Šponer, J.; Leszczyński, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5590-5596.
36. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242.
37. Guo, D. W.; Sijbesma, R. P.; Zuilhof, H. Org. Lett. 2004, 6, 3667-3670.