Potential energy surface of the cytosine dimer: MP2 complete basis set limit interaction energies, CCSD(T) correction term, and comparison with the AMBER force field

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 17, 2004, Pages 5466-5471

  Jurečka, Petr ^a   Šponer, Jiří ^a,b   Hobza, Pavel ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

^b INSTITUTE OF MATHEMATICS   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EXTRAPOLATION; HYDRATION; HYDROGEN BONDS; MONOMERS; POLARIZATION; POTENTIAL ENERGY;

CYTOSINE DIMER; ELECTROSTATIC POTENTIAL; OLIGONUCLEOTIDE CRYSTALS; SOLUTION THERMODYNAMICS;

DIMERS;

EID: 17544396285     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp049956c     Document Type: Article

References (50)

1. (a) Mathews, D. H.; Sabina, J.; Zuker, M.; Turner, D. H. J. Mol. Biol. 1999, 288, 911.
2. (b) SantaLucia, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 1460.
3. Yanagi, K.; Prive, G. G.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1991, 2/7, 201.
4. (a) Yanson, I. K.; Teplitsky, A. B.; Sukhodub, L. F. Biopolymers 1979, 18, 1149.
5. (b) Nir, E.; Plutzer, C.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 317.
6. Luo, R.; Gilson, H. S. R.; Potter, M. J.; Gilson, M. K. Biophys. J. 2001, 80, 140.
7. Hobza, P.; Šponer, J. Chem. Rev. 1999, 99, 3247.
8. Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Comput. Chem. 1996, 17, 841.
9. Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5590.
10. (a) Šponer, J.; Gabb, H. A.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Biophys. J. 1997, 73, 76.
11. (b) Šponer, J.; Florian, J.; Ng, H. L.; Šponer, J. E.; Špačková, N.; Nucleic Acids Res. 2000, 28, 4893.
12. (a) Šponer, J.; Leszczynski, J.; Vetterl, V.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 13, 695.
13. (b) Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 9489.
14. (c) Cysewski, P.; Czyznikowska-Balcerak, Z.; Szefler, B. Pol. J. Chem. 2003, 77, 1287.
15. Florian, J.; Šponer, J.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 884.
16. Kroonbatenburg, L. M. J.; VanDuijneveldt, F. B. Theochem. J. Mol. Struct. 1985, 22, 185.
17. (a) Bondarev, D. A.; Skawinski, W. J.; Venanzi, C. A. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 815.
18. (b) Řeha, D.; Kabeláč, M.; Ryjáček, F.; Šponer, J.; Šponer J. E.; Elstner, M.; Suhai, S.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3366.
19. (a) Wintjens, R.; Biot, C.; Rooman, M.; Lievin, J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6249.
20. (b) Biot, C.; Buisine, E.; Kwasigroch, J. M.; Wintjens, R.; Rooman, M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 40816.
21. (c) Wintjens, R.; Lievin, J.; Rooman, M.; Buisine, E. J. Mol. Biol. 2000, 302, 395.
22. (a) Gervasio, F. L.; Chelli, R.; Procacci, P.; Schettino, V. Proteins 2002, 48, 117.
23. (b) Gervasio, F. L.; Procacci, P.; Cardini, G.; Guarna, A.; Giolitti, A.; Schettino, V. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 1108.
24. Mao, L. S.; Wang, Y. L.; Hu, X. C. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 3963.
25. Lee, N. K.; Park, S.; Kim, S. K. J. Chem. Phys. 2002, 116, 7910.
26. (a) Rauwolf, C.; Mehlhom, A.; Fabian, J. Collect. Czech. Chem. Commun. 1998, 63, 1223.
27. (b) Alagona, G.; Ghio, C.; Monti, S. Int. J. Quantum Chem. 2001, 83, 128.
28. Šponer, J.; Hobza, P. Chem. Phys. Lett. 1997, 267, 263.
29. Leininger, M. L.; Nielsen, I. M. B.; Colvin, M. E.; Janssen, C. L. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3850.
30. Hobza, P.; Šponer, J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11802.
31. (a) Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimaru, T.; Mikami, M.; Tanabe, K. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 4423.
32. (b) Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimaru, T.; Mikami, M.; Tanabe, K. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 8265.
33. (c) Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimaru, T.; Mikami, M.; Tanabe, K. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3746.
34. Jurečka, P.; Hobza, P. Chem. Phys. Lett. 2002, 365, 89.
35. Braun, J.; Neusser, H. J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 3918.
36. Jurečka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15608.
37. Lee, S. J.; Kim, K. S. POSMOL Molecular Viewer; Pohang University of Science and Technology:Pohang, Korea, 1999.
38. Šponer, J.; Kypr, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1993, 11, 277.
39. (a) Feyereisen, M.; Fitzgerald, G.; Komornicki, A. Chem. Phys. Lett. 1993, 208, 359.
40. (b) Vahtras, O.; Almlöf, J.; Feyereisen, M. Chem. Phys. Lett. 1993, 213, 514.
41. (c) Bernholdt, D. E.; Harrison, R. J. Chem. Phys. Lett. 1996, 250, 470.
42. Jurečka, P.; Nachtigall, P.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 4578.
43. (a) Ahlrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165.
44. (b) Weigend, F.; Häser, M. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 331.
45. Halkier, A.; Helgaker, T.; Jørgensen, P.; Klopper, W.; Koch, H.; Olsen, J.; Wilson, A. K. Chem. Phys. Lett. 1998, 286, 243.
46. Truhlar, D. G. Chem. Phys. Lett. 1998, 294, 45.
47. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
48. Amos, R. D.; Berahardsson, A.; Berning, A.; Celani, P.; Cooper, D. L.; Deegan, M. J. O.; Dobbyn, A. J.; Eckert, F.; Hampel, C.; Hetzer, G.; Knowles, P. J.; Korona, T.; Lindh, R.; Lloyd, A. W.; McNicholas, S. J.; Manby, F. R.; Meyer, W.; Mura, M. E.; Nicklass, A.; Palmieri, P.; Pitzer, R.; Rauhut, G.; Schütz, M.; Schumann, U.; Stoll, H.; Stone, A. J.; Tarroni, A.; Thorsteinsson, T.; Werner, H.-J. MOLPRO, version 2002.6 (a package of ab initio programs designed by H.-J. Werner and P. J. Knowles).
49. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
50. Hobza, P.; Šponer, J. Chem. Phys. Lett. 1998, 288, 7.