Thermodynamic parameters for stacking and hydrogen bonding of nucleic acid bases in aqueous solution: Ab initio/langevin dipoles study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 103, Issue 5, 1999, Pages 884-892

  Florián, Jan ^a   Šponer, Jiří ^b   Warshel, Arieh ^a  

^a UNIVERSITY OF SOUTHERN CALIFORNIA   (United States)

^b J HEYROVSKÝ INSTITUTE OF PHYSICAL CHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84962349365     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp983699s     Document Type: Article

References (51)

1. Ts'o, P. O. In Basic principles in nucleic acid chemistry; Ts'o, P. O., Ed.; Academic Press: New York, 1974; Vol. 1; p 454.
2. Sweitzer, B. A.; Kool, E. T. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 1863.
3. Guckian, K. M.; Sweitzer, B. A.; Ren, R. X. F.; Sheils, C. J.; Paris, P. L.; Tahmassebi, D. C.; Kool, E. T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8182.
4. Warshel, A. J. Phys. Chem. 1979, 83, 1640.
5. Sinanoglu, O.; Abdulnur, S. Photochem. Photobiol. 1964, 3, 333.
6. Egan, J. T.; Nir, S.; Rein, R.; MacElroy, R. Int. J. Quantum Chem.: Quantum Biol. Symp. 1978, 5, 433.
7. Pohorille, A.; Pratt, L. R.; Burt, S. K.; MacElroy, R. D. J. Biomol. Struct. Dyn. 1984, 1, 1257.
8. Danilov, V. I.; Tolokh, I. S. J. Biomol. Struct. Dyn. 1984, 2, 119.
9. Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 3334.
10. Dang, L. X.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 503.
11. Friedman, R. A.; Honig, B. Biophys. J. 1995, 69, 1528.
12. Arora, N.; Jayaram, B. J. Phys. Chem. 1998, 102, 6139.
13. Danilov, V. I.; Zheltovsky, N. V.; Slyusarchuk, O. N.; Poltev, V. I.; Alderfer, J. L. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 15, 69.
14. Hobza, P.; Sponer, J.; Polasek, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 792.
15. Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5590.
16. Šponer, J.; Gabb, H. A.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Biophys. J. 1997, 73, 76.
17. Fetzer, S. M.; Huang, C.-R.; Harvey, R. G.; LeBreton, P. R. J. Phys. Chem. 1993, 97, 2385.
18. Yu, C.; O'Donnell, T. J.; LeBreton, P. R. J. Phys. Chem. 1981, 85, 3851.
19. Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1965.
20. Šponer, J.; Hobza, P. Chem. Phys. Lett. 1997, 267, 263.
21. Hobza, P.; Sponer, J. Chem. Phys. Lett. 1998, 288, 7.
22. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; T. Keith; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 94, Revision D.2, Gaussian, Inc., 1995.
23. Florián, J.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5583.
24. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1981, 55, 117.
25. Miertus, S.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1982, 65, 239.
26. Florián, J.; Warshel, A. ChemSol, Version 1.0, University of Southern California, 1997. The program can be downloaded free of charge from http://apriori.usc.edu/florian.
27. Elcock, A. H.; Richards, W. G. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 7930.
28. Miller, J. L.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1997, 100, 8587.
29. Shih, P.; Pedersen, L. G.; Gibbs, P. R.; Wolfenden, R. J. Mol. Biol. 1998, 280, 421.
30. Bentzien, J.; Florián, J.; Glennon, T.; Warshel, A. In Combined Quantum Mechanical & Molecular Mechanical Methods; Gao, J., Thompson, M. A., Eds.; American Chemical Society: Washington, DC, 1998; ACS Symposium Series Vol. 712; p 16.
31. Baker, D.; Marsh, R. E. Acta Crystallogr. 1964, 17, 1581.
32. Bugg, C. E.; Thomas, J. M.; Sundaralingam, M.; Rao, S. T. Biopolymers 1971, 10, 175.
33. Dewey, T. G.; Turner, D. H. Biochemistry 1979, 18, 5757.
34. Brams, J.; Michelson, A. M.; van Holde, K. E. J. Mol. Biol. 1986, 15, 467.
35. Freier, S. M.; Hill, K. O.; Dewey, T. G.; Marky, L. A.; Breslauer, K. J.; Turner, D. H. Biochemistry 1981, 20, 1419.
36. Pörschke, D. Biochemistry 1976, 15, 1495.
37. Vesnaver, G.; Breslauer, K. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 3569.
38. Zegar, I. S.; Prakash, A. S.; Harvey, R. G.; LeBreton, P. R. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 7990.
39. Nakano, N. I.; Igarashi, S. J. Biochemistry 1970, 9, 577.
40. Chan, S. I.; Schweitzer, M. P.; Ts'o, P. O. P.; Helmkamp, G. K. J. Am. Chem. Soc. 1964, 86, 4182.
41. Hoogsteen, K. Acta Crystallogr. 1963, 16, 907.
42. Petruska, J.; Goodman, M. F.; Boosalis, M. S.; Sowers, L. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 6252.
43. Freier, S. M.; Kierzek, R.; Jaeger, J. A.; Sugimoto, N.; Caruthers, M. H.; Neilson, T.; Turner, D. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 9373.
44. SantaLucia Jr., J.; Allawi, H. T.; Senevirante, P. A. Biochemistry 1996, 35, 3555.
45. Mathews, D. H.; Andre, T. C.; Kim, J.; Turner, D. H.; Zuker, M. In Molecular Modeling of Nucleic Acids; Leontis, N. B., SantaLucia Jr., J., Eds.; American Chemical Society: Washington, DC, 1998; Vol. 682; pp 246.
46. Petruska, J.; Goodman, M. F. J. Biol. Chem. 1995, 270, 746.
47. Ts'o, P. O. P.; Melvin, I. S.; Olson, A. C. J. Am. Chem. Soc. 1963, 85, 1289.
48. van Holde, K. E.; Rossetti, G. P. Biochemistry 1967, 6, 2189.
49. Solie, T. N.; Schellman, J. A. J. Mol. Biol. 1968, 33, 61.
50. Broom, A. D.; Schweizer, M. P.; Ts'o, P. O. P. J. Am. Chem. Soc. 1967, 89, 3612.
51. Smith, F. W.; Feigon, J. Nature 1992, 356, 164.