Physical nature of ethidium and proflavine interactions with nucleic acid bases in the intercalation plane

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 19, 2006, Pages 9720-9727

  Langner, Karol M ^a   Kedzierski, Pawel ^a   Sokalski, W Andrzej ^a   Leszczynski, Jerzy ^b  

^a WROCLAW UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Poland)

^b JACKSON STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHROMOPHORES; COMPLEXATION; CRYSTAL STRUCTURE; CRYSTALLOGRAPHY; INTERCALATION COMPOUNDS; PERTURBATION TECHNIQUES;

CUMULATIVE ATOMIC MULTIPOLE MOMENTS (CAMM); MULTIPOLE ELECTROSTATIC INTERACTION ENERGY; MØLLER - PLESSET THEORY LEVEL (MP2);

NUCLEIC ACIDS;

EID: 33745468292     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp056836b     Document Type: Article

References (54)

1. Graves, D. E.; Velea, L. M. Curr. Org. Chem. 2000, 4 (9), 915-929.
2. Lerman, L. S. J. Mol. Biol. 1961, 3 (1), 18.
3. Waring, M. J. J. Mol. Biol. 1965, 13 (1), 269.
4. Lepeeq, J. B.; Paoletti, C. J. Mol. Biol. 1967, 27 (1), 87.
5. Hunter, C. A.; Lawson, K. R.; Perkins, J.; Urch, C. J. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 2001, (5), 651-669.
6. Waring, M. J. Annu. Rev. Biochem. 1981, 50, 159-192.
7. Cashman, D. J.; Kellogg, G. E. J. Med. Chem. 2004, 47 (6), 1360-1374.
8. Starcevic, K.; Karminski-Zamola, G.; Piantanida, I.; Zinic, M.; Suman, L.; Kralji, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127 (4), 1074-1075.
9. Fantacci, S.; de Angelis, F.; Sgamellotti, A.; Marrone, A.; Re, N. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127 (41), 14144-14145.
10. Chaires, J. B. Biopolymers 1997, 44 (3), 201-215.
11. Kubar, T.; Hanus, M.; Ryjacek, F.; Hobza, P. Chem.-Eur. J. 2005, 12 (1), 280-290.
12. Medhi, C.; Mitchell, J. B. O.; Price, S. L.; Tabor, A. B. Biopolymers 1999, 52 (2), 84-93.
13. Reha, D.; Kabelac, M.; Ryjacek, F.; Sponer, J.; Sponer, J. E.; Elstner, M.; Suhai, S.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124 (13), 3366-3376.
14. Hobza, P.; Sponer, J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124 (39), 11802-11808.
15. Seio, K.; Ukawa, H.; Shohda, K.; Sekine, M. J. Biomol. Struct. Dyn. 2005, 22 (6), 735-746.
16. Bondarev, D. A.; Skawinski, W. J.; Venanzi, C. A. J. Phys. Chem. B 2000, 104 (4), 815-822.
17. Dracinsky, M.; Castano, O. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 8 (6), 1799-1805.
18. Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Biopolymers 2001, 61 (1), 3-31.
19. Hill, G.; Forde, G.; Hill, N.; Lester, W. A.; Sokalski, W. A.; Leszczynski, J. Chem. Phys. Lett. 2003, 381 (5-6), 729-732.
20. Toczylowski, R. R,; Cybulski, S. M. J. Chem. Phys. 2005, 123 (15).
21. Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimaru, T.; Mikami, M.; Tanabe, K. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124 (1), 104-112.
22. Price, S. L.; Stone, A. J. J. Chem. Phys. 1987, 86 (5), 2859-2868.
23. Newcomb, L. F.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116 (11), 4993-4994.
24. Perez-Casas, S.; Hernandez-Trujillo, J.; Costas, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107 (17), 4167-4174.
25. Luo, R.; Gilson, H. S. R.; Potter, M. J.; Gilson, M. K. Biophys. J. 2001, 80 (1), 140-148.
26. Cockroft, S. L,; Hunter, C. A.; Lawson, K. R.; Perkins, J.; Urch, C. J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127 (4), 8594-8595.
27. Jain, S. C.; Sobell, H. M. J. Biomol. Struct. Dyn. 1984, 1 (5), 1161-1177.
28. Jain, S. C.; Sobell, H. M. J. Biomol. Struct. Dyn. 1984, 1 (5), 1179-1194.
29. Aggarwal, A.; Islam, S. A.; Kuroda, R.; Neidle, S. Biopolymers 1984, 23 (6), 1025-1041.
30. Sokalski, W.; Kedzierski, P.; Grembecka, J.; Dziekonski, P.; Strasburger, K. Computational Molecular Biology; Elsevier-Science: Amsterdam, The Netherlands, 1999; Chapter 10, pp 369-396.
31. Sokalski, W. A.; Roszak, S.; Pecul, K. Chem. Phys. Lett. 1988, 153 (2-3), 153-159.
32. Stone, A. J. Chem. Phys. Lett. 1981, 83, 233-239.
33. Spackman, M. A. J. Chem. Phys. 1986, 85, 6587-6601.
34. Sokalski, W. A.; Poirier, R. A. Chem. Phys. Lett. 1983, 98 (1), 86-92.
35. Sokalski, W. A.; Kedzierski, P.; Grembecka, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3 (5), 657-663.
36. Gora, R. W.; Bartkowiak, W.; Roszak, S.; Leszczynski, J. J. Chem. Phys. 2002, 117(3), 1031-1039.
37. Dyguda, E.; Grembecka, J.; Sokalski, W. A.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127(6), 1658-1659.
38. Gora, R. W.; Sokalski, W. A.; Leszczynski, J.; Pett, V. B. J. Phys. Chem. B 2005, 109 (5), 2027-2033.
39. Szefczyk, B.; Mulholland, A. J.; Ranaghan, K. E.; Sokalski, W. A. J. Am. Chem. Soc. 126, 16148-16159.
40. Popelier, P. L. A.; Joubert, L.; Kosov, D. S. J. Phys. Chem. A 2001, 105 (35), 8254-8261.
41. Volkov, A.; Coppens, P. J. Comput. Chem. 2004, 25 (7), 921-934.
42. Qian, W. L.; Krimm, S. J. Phys. Chem. A 2005, 109 (25), 5608-5618.
43. Kedzierski, P.; Wielgus, P.; Sikora, A.; Sokalski, W. A.; Leszczynski, J. Int. J. Mol. Sci. 2004, 5, 186-195.
44. Gresh, N.; Kafafi, S. A.; Truchon, J. F.; Salahub, D. R. J. Comput. Chem. 2004, 25 (6), 823-834.
45. Rinaldi, D.; Bouchy, A.; Rivail, J. L.; Dillet, V. J. Chem. Phys. 2004, 120 (5), 2343-2350.
46. Strasburger, K.; Sokalski, W. A. Chem. Phys. Lett. 1994, 22; (1-2), 129-135.
47. Kedzierski, P.; Sokalski, W. A. J. Comput. Chem. 2001, 22 (10), 1082-1097.
48. Word, J. M.; Lovell, S. C.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. J. Mol. Biol. 1999, 285 (4), 1735-1747.
49. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14(11), 1347-1363.
50. Cipriani, J.; Silvi, B. Mol. Phys. 1982, 45 (2), 259-272.
51. Stolarczyk, L. Z.; Piela, L. Int. J. Quantum Chem. 1979, 15 (6), 701-711.
52. van Rossum, G. Python Reference Manual CWI Report CS-R9524, 1995.
53. Jones, E.; Oliphant, T.; Peterson, P.; et al. SciPy: Open source scientific tools for Python, 2001.
54. Koster, A. M.; Kolle, C.; Jug, K. J. Chem. Phys. 1993, 99 (2), 1224-1229.