Non-covalent interactions in biomacromolecules

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 9, Issue 39, 2007, Pages 5291-5303

  Černý, Jiří ^a   Hobza, Pavel ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; PROTEIN;

BASE PAIRING; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; HYDROGEN BOND; HYDROPHOBICITY; REVIEW; THERMODYNAMICS;

BASE PAIRING; DNA; HYDROGEN BONDING; HYDROPHOBICITY; MODELS, MOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION; PROTEINS; THERMODYNAMICS;

EID: 34948812445     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b704781a     Document Type: Review

References (108)

1. K. Müller-Dethlefs P. Hobza Chem. Rev. 2000 100 143 167
2. F. London Z. Phys. 1930 60 491
3. E. A. Meyer R. K. Castellano F. Diederich Angew. Chem., Int. Ed. 2003 42 1210 1250
4. B. Jeziorski R. Moszynski K. Szalewicz Chem. Rev. 1994 94 1887 1930
5. A. Hesselmann G. Jansen Phys. Chem. Chem. Phys. 2003 5 5010 5014
6. A. J. Misquitta K. Szalewicz Chem. Phys. Lett. 2002 357 301 306
7. H. L. Williams C. F. Chabalowski J. Phys. Chem. A 2001 105 646 659
8. R. Podeszwa R. Bukowski K. Szalewicz J. Phys. Chem. A 2006 110 10345 10354
9. A. Hesselmann G. Jansen M. Schutz J. Am. Chem. Soc. 2006 128 11730 11731
10. A. Hesselmann G. Jansen Chem. Phys. Lett. 2002 357 464 470
11. A. Tekin G. Jansen Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 1680 1687
12. J. Pittner P. Hobza Chem. Phys. Lett. 2004 390 496 499
13. S. Grimme J. Chem. Phys. 2003 118 9095 9102
14. J. G. Hill J. A. Platts H. J. Werner Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 4072 4078
15. M. Piacenza S. Grimme J. Am. Chem. Soc. 2005 127 14841 14848
16. M. Piacenza S. Grimme ChemPhysChem 2005 6 1554 1558
17. S. F. Boys F. Bernardi Mol. Phys. 1970 19 553 566
18. M. Kolář and P. Hobza, J. Phys. Chem., in press
19. T. H. Dunning J. Chem. Phys. 1989 90 1007 1023
20. P. Jurečka P. Hobza Chem. Phys. Lett. 2002 365 89 94
21. A. Halkier T. Helgaker P. Jorgensen W. Klopper H. Koch J. Olsen A. K. Wilson Chem. Phys. Lett. 1998 286 243 252
22. S. Kristyan P. Pulay Chem. Phys. Lett. 1994 229 175 180
23. P. Hobza J. Šponer T. Reschel J. Comput. Chem. 1995 16 1315 1325
24. F. Sim A. Stamant I. Papai D. R. Salahub J. Am. Chem. Soc. 1992 114 4391 4400
25. S. Sirois E. I. Proynov D. T. Nguyen D. R. Salahub J. Chem. Phys. 1997 107 6770 6781
26. Y. K. Zhang W. Pan W. T. Yang J. Chem. Phys. 1997 107 7921 7925
27. H. Y. Liu M. Elstner E. Kaxiras T. Frauenheim J. Hermans W. T. Yang Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001 44 484 489
28. D. Řeha H. Valdes J. Vondrášek P. Hobza A. Abu-Riziq B. Crews M. S. de Vries Chem. Eur. J. 2005 11 6803 6817
29. M. Elstner P. Hobza T. Frauenheim S. Suhai E. Kaxiras J. Chem. Phys. 2001 114 5149 5155
30. S. Grimme J. Comput. Chem. 2004 25 1463 1473
31. P. Jurečka J. Černý P. Hobza D. R. Salahub J. Comput. Chem. 2007 28 555 569
32. P. Jurečka P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2003 125 15608 15613
33. J. Šponer P. Jurečka P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2004 126 10142 10151
34. P. Jurečka J. Šponer P. Hobza J. Phys. Chem. B 2004 108 5466 5471
35. J. Šponer P. Jurečka I. Marchan F. J. Luque M. Orozco P. Hobza Chem. Eur. J. 2006 12 2854 2865
36. P. Jurečka J. Šponer J. Černý P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1985 1993
37. A. Hesselmann G. Jansen M. Schutz J. Chem. Phys. 2005 122 014103
38. A. J. Misquitta B. Jeziorski K. Szalewicz Phys. Rev. Lett. 2003 91 033201
39. A. J. Misquitta R. Podeszwa B. Jeziorski K. Szalewicz J. Chem. Phys. 2005 123 214103
40. V. P. Osinga S. J. A. vanGisbergen J. G. Snijders E. J. Baerends J. Chem. Phys. 1997 106 5091 5101
41. I. Adamovic M. S. Gordon Mol. Phys. 2005 103 379 387
42. T. Sato T. Tsuneda K. Hirao J. Chem. Phys. 2005 123 104307
43. Y. Andersson D. C. Langreth B. I. Lundqvist Phys. Rev. Lett. 1996 76 102 105
44. J. F. Dobson Int. J. Quantum Chem. 1998 69 615 618
45. K. Rapcewicz N. W. Ashcroft Phys. Rev. B 1991 44 4032 4035
46. T. A. Wesolowski F. Tran J. Chem. Phys. 2003 118 2072 2080
47. A. D. Becke E. R. Johnson J. Chem. Phys. 2005 122 154104
48. T. R. Walsh Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 443 451
49. W. Kohn Y. Meir D. E. Makarov Phys. Rev. Lett. 1998 80 4153 4156
50. M. Dion H. Rydberg E. Schroder D. C. Langreth B. I. Lundqvist Phys. Rev. Lett. 2004 92 246401
51. D. J. Lacks R. G. Gordon Phys. Rev. A 1993 47 4681 4690
52. C. Adamo V. Barone J. Chem. Phys. 1998 108 664 675
53. X. Xu W. A. Goddard Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 2673 2677
54. N. Kurita H. Inoue H. Sekino Chem. Phys. Lett. 2003 370 161 169
55. J. Černý P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 1624 1626
56. J. Antony S. Grimme Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 5287 5293
57. S. Grimme J. Comput. Chem. 2006 27 1787 1799
58. S. Grimme J. Chem. Phys. 2006 124 034108
59. Y. Zhao D. G. Truhlar Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 2701 2705
60. D. G. Truhlar Y. Zhao N. E. Schultz Abstr. Pap. Am. Chem. Soc. 2006 231
61. Y. Zhao N. E. Schultz D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2006 2 364 382
62. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Phys. Chem. A 2006 110 13126 13130
63. Y. Zhao D. G. Truhlar Org. Lett. 2006 8 5753 5755
64. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Phys. 2006 125
65. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2007 3 289 300
66. J. J. Zheng Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2007 3 569 582
67. M. P. Waller A. Robertazzi J. A. Platts D. E. Hibbs P. A. Williams J. Comput. Chem. 2006 27 491 504
68. M. Gutowski K. D. Jordan P. Skurski J. Phys. Chem. A 1998 102 2624 2633
69. D. Svozil T. Frigato Z. Havlas P. Jungwirth Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 840 845
70. J. Hepburn G. Scoles R. Penco Chem. Phys. Lett. 1975 36 451 456
71. R. Ahlrichs R. Penco G. Scoles Chem. Phys. 1977 19 119 130
72. P. Hobza C. Sandorfy J. Am. Chem. Soc. 1987 109 1302 1307
73. P. Hobza F. Mulder C. Sandorfy J. Am. Chem. Soc. 1981 103 1360 1366
74. E. J. Meijer M. Sprik J. Chem. Phys. 1996 105 8684 8689
75. W. T. M. Mooij F. B. van Duijneveldt J. G. C. M. van Duijneveldt-van de Rijdt B. P. van Eijck J. Phys. Chem. A 1999 103 9872 9882
76. W. T. M. Mooij B. P. van Eijck J. Kroon J. Phys. Chem. A 1999 103 9883 9890
77. X. Wu M. C. Vargas S. Nayak V. Lotrich G. Scoles J. Chem. Phys. 2001 115 8748 8757
78. Q. Wu W. T. Yang J. Chem. Phys. 2002 116 515 524
79. U. Zimmerli M. Parrinello P. Koumoutsakos J. Chem. Phys. 2004 120 2693 2699
80. C. Morgado M. A. Vincent I. H. Hillier X. Shan Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 448 451
81. J. P. McNamara I. H. Hillier Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 2362 2370
82. J. Černý P. Jurečka P. Hobza H. Valdes J. Phys. Chem. A 2007 111 1146 1154
83. H. Valdes D. Řeha P. Hobza J. Phys. Chem. B 2006 110 6385 6396
84. L. Zhechkov T. Heine S. Patchkovskii G. Seifert H. A. Duarte J. Chem. Theory Comput. 2005 1 841 847
85. T. Kubař, P. Jurečka, J. Černý, J. Řezáč, M. Otyepka, H. Valdes and P. Hobza, J. Phys. Chem. A, in press
86. O. A. von Lilienfeld I. Tavernelli U. Rothlisberger D. Sebastiani Phys. Rev. Lett. 2004 93 153004
87. M. D. Towler Phys. Status Solidi B 2006 243 2573 2598
88. C. Diedrich A. Luchow S. Grimme J. Chem. Phys. 2005 123 184106
89. M. Korth, A. Luchkow and S. Grimme, Angew. Chem., Int. Ed., submitted
90. I. K. Yanson A. B. Teplitsky L. F. Sukhodub Biopolymers 1979 18 1149 1170
91. J. Řezáč P. Hobza Chem. -Eur. J. 2007 13 2983
92. D. A. Bondarev W. J. Skawinski C. A. Venanzi J. Phys. Chem. B 2000 104 815 822
93. T. Kubař M. Hanus F. Ryjáček P. Hobza Chem.-Eur. J. 2005 12 280 290
94. P. Hobza J. Šponer Chem. Rev. 1999 99 3247 3276
95. R. Car M. Parrinello Phys. Rev. Lett. 1985 55 2471 2474
96. Y. Q. Wu A. K. Ogawa M. Berger D. L. McMinn P. G. Schultz F. E. Romesberg J. Am. Chem. Soc. 2000 122 7621 7632
97. D. Řeha M. Hocek P. Hobza Chem.-Eur. J. 2006 12 3587 3595
98. G. D. Rose A. R. Geselowitz G. J. Lesser R. H. Lee M. H. Zehfus Science 1985 229 834 838
99. J. Vondrášek L. Bendová V. Klusák P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2005 127 2615 2619
100. R. Malham S. Johnstone R. J. Bingham E. Barratt S. E. V. Phillips C. A. Laughton S. W. Homans J. Am. Chem. Soc. 2005 127 17061 17067
101. G. Duan V. H. Smith D. F. Weaver Int. J. Quantum Chem. 2000 80 44 60
102. L. C. Snoek R. T. Kroemer M. R. Hockridge J. P. Simons Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 1819 1826
103. B. C. Dian A. Longarte S. Mercier D. A. Evans D. J. Wales T. S. Zwier J. Chem. Phys. 2002 117 10688 10702
104. I. Hünig K. Kleinermanns Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 2650 2658
105. M. Gerhards C. Unterberg A. Gerlach A. Jansen Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 2682 2690
106. W. Chin M. Mons J. P. Dognon F. Piuzzi B. Tardivel I. Dimicoli Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 2700 2709
107. C. Desfrancois S. Carles J. P. Schermann Chem. Rev. 2000 100 3943 3962
108. F. Ryjáček O. Engkvist J. Vacek M. Kratochvíl P. Hobza J. Phys. Chem. A 2001 105 1197 1202